Ру биолог: Биолог Баранова объяснила, у кого постковидный синдром может затянуться — Газета.Ru

Содержание

Биолог Баранова объяснила, у кого постковидный синдром может затянуться — Газета.Ru

Прослушать новость

Остановить прослушивание

Потерявшие обоняние из-за коронавируса склонны к более длительному течению постковидного синдрома. Об этом рассказала доктор биологических наук, профессор Школы системной биологии Университета Джорджа Мейсона Анча Баранова, сообщает mk.ru.

По словам специалиста, обоняние находится на входе в нервную систему. Она отметила, что в случае с новым «омикрон»-штаммом вирус быстрее переходит из носоглотки в нижние районы. При этом данных о постковидном синдроме у заболевших этим вариантом пока нет.

«И тем не менее для других вариантов вируса показано, что люди, у которых потеряно обоняние, более склонны к длинному ковидному хвосту. Поэтому отсутствие аносмии при «омикроне» вселяет надежду, что постковидного синдрома будет либо меньше, либо он будет выглядеть как-то по-другому», — сказала Баранова.

Также биолог рассказала, что сейчас на потерю обоняния жалуются все меньше людей. Однако с первых дней присутствует сильная усталость, состояние разбитости. По мнению Барановой, ее тревожит это явление, так как метаболическое истощение тяжело переносится пациентами с подорванными ресурсами.

Ранее врачи медцентра Royal Brompton and Harefield hospital предупредили, что коронавирус у детей может привести мультисистемному воспалению. По словам медиков, такое осложнение встречается достаточно редко — всего у половины процента перенесших инфекцию детей и подростков. Однако, если синдром все же проявляется, то у пациентов поднимается высокая температура, наблюдается постоянный кашель, а также изменение или потеря вкуса и обоняния.

По данным оперштаба по предупреждению завоза и распространения новой коронавирусной инфекции на территории России, среди невакцинированных людей, особенно в старших возрастных группах, болезнь при заражении штаммом COVID-19 «омикрон» протекает тяжелее.

Я – биолог 2021

Приветствие участников конкурса

Фотовыставка Н.Н.Родиной «С любовью к природе»

Секреты прививки растений

выпускник ЕГФ Миронов А.В.

Экскурсия «Аптекарский огород»

доцент, зав. кафедрой биологии, географии и химии
О.И. Недосеко, доцент кафедры биологии,
географии и химии Т.А. Кончина, студенты
естественно-географического факультета:
А. В. Миронов, А. Горшкова, А. Филоненко, А. Стряпихина

Мастерим Экотравянчика

педагог дополнительного образования
МБУ ДО «Центр внешкольной работы» С.А. Селиванова

Занимательная химия

доцент кафедры биологии, географии и химии С.А. Опарина,
студенты естественно-географического факультета:
А. Стряпихина, Ю. Савельева, А. Горшкова

Выставка минералов

доцент кафедры биологии, географии и химии М. С. Любов

Как быть отцом

доцент, директор МОУ ДЮЭЦ «Зеленый парус» (г. Нижний Новгород) Р.Д. Хабибуллин

ИБПК СО РАН

Институт биологических проблем криолитозоны Сибирского отделения – обособленное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки Федерального исследовательского центра «Якутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук» объявляет конкурс на замещение вакантных должностей:

 

По отделу зоологических исследований

Старший научный сотрудник по специальности 1. 5.12 Зоология (номенклатура научных специальностей, по которым присуждаются ученые степени по приказу Минобрнауки России от 24.02.21 №118) (кандидат биологических наук, специалист в области изучения фауны и населения птиц Якутии и сопредельных территорий). Институт биологических проблем криолитозоны Сибирского отделения – обособленное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки Федеральный исследовательский центр «Якутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук», 1 вакансия на 1,0 ставки

Старший научный сотрудник по специальности 1.5.14 Энтомология (номенклатура научных специальностей, по которым присуждаются ученые степени по приказу Минобрнауки России от 24.02.21 №118) (кандидат биологических наук, специалист в области систематики и экологии беспозвоночных). Институт биологических проблем криолитозоны Сибирского отделения – обособленное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки Федеральный исследовательский центр «Якутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук», 1 вакансия на 1,0 ставки

По отделу экологической и медицинской биохимии, биотехнологии

Младший научный сотрудник по специальности 1. 5.15 Экология (номенклатура научных специальностей, по которым присуждаются ученые степени по приказу Минобрнауки России от 24.02.21 №118) (без ученой степени, специалист в области экологии и биохимии растений, биотехнологии). Институт биологических проблем криолитозоны Сибирского отделения – обособленное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки Федеральный исследовательский центр «Якутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук», 1 вакансия на 1,0 ставки

Старший научный сотрудник по специальности 1.5.15 Экология (номенклатура научных специальностей, по которым присуждаются ученые степени по приказу Минобрнауки России от 24.02.21 №118) (кандидат биологических наук, специалист в области экологии и биохимии растений, биотехнологии). Институт биологических проблем криолитозоны Сибирского отделения – обособленное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки Федеральный исследовательский центр «Якутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук», 1 вакансия на 1,0 ставки

По отделу экспериментальной биологии растений мерзлотных экосистем

Старший научный сотрудник по специальности 5. 4.4. Социальная структура, социальные институты и процессы (номенклатура научных специальностей, по которым присуждаются ученые степени по приказу Минобрнауки России от 24.02.21 №118) (кандидат социологических наук, специалист в области изучения влияния климатических изменений на природную среду, традиционные виды хозяйствования, условия и качество жизни человека, адаптацию человека и смягчение последствий глобального потепления климата). Институт биологических проблем криолитозоны Сибирского отделения – обособленное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки Федеральный исследовательский центр «Якутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук», 1 вакансия на 1,0 ставки

 

Заявления и документы направлять по адресу: 677980, г. Якутск, пр. Ленина, 41, ИБПК СО РАН, каб.234. Справки по тел.: 8(4112) 33­57­59 (ученый секретарь). Дата, время и место проведения конкурса: 09 ноября 2021 г., 10.00 час., конференц-­зал ИБПК СО РАН, г. Якутск, пр. Ленина, 41. Объявление о конкурсе и перечень необходимых документов размещены на сайте института http://ibpc.ysn.ru/ и сайте ученые-исследователи.рф.

 

Для участия в конкурсе претендентам на вакантную должность необходимо до 17:00 ч. 01 ноября 2021 г.  разместить заявку на сайте ученые-исследователи.рф и предоставить ученому секретарю ИБПК СО РАН бумажный вариант следующих документов:

  • Личное заявление на имя директора о допуске к участию в конкурсе на замещение вакантной должности.
  • Личный листок по учету кадров + 1 фото (3 см*4 см) – 1 экз.
  • Автобиография (в произвольной форме) – 1 экз.
  • Список трудов за 5 лет – 1 экз.
  • Копии дипломов (о высшем образовании, диплом кандидата или доктора наук, доцента или профессора).
  • Копия паспорта, ИНН, СНИЛС.
  • Характеристика с места работы.
  • Иные материалы, наиболее полно характеризующие квалификацию, опыт и результативность (перечень грантов, договоров с участием претендента, членство в российских и международных организациях, советах, обществах, участие в работе экспертных советов, популяризация результатов научной деятельности, подготовка научных кадров высшей квалификации, наличие ведомственных и государственных наград и др.
    ).
  • Согласие на обработку персональных данных.

Биолог объяснила феномен исчезновения коронавируса в Японии

https://ria.ru/20211125/yaponiya-1760650728.html

Раскрыт секрет исчезновения коронавируса в Японии

Биолог объяснила феномен исчезновения коронавируса в Японии — РИА Новости, 25.11.2021

Раскрыт секрет исчезновения коронавируса в Японии

Изолированность и отсутствие широкого разнообразия штаммов способствовали «самоликвидация» дельта-варианта коронавируса в Японии. Об этом в интервью «Ленте.ру»… РИА Новости, 25.11.2021

2021-11-25T09:21

2021-11-25T09:21

2021-11-25T12:02

распространение коронавируса

в мире

япония

коронавирус covid-19

коронавирус в россии

дельта-штамм коронавируса

/html/head/meta[@name=’og:title’]/@content

/html/head/meta[@name=’og:description’]/@content

https://cdnn21.img.ria.ru/images/07e5/0a/1f/1757096454_0:0:3072:1728_1920x0_80_0_0_4f7c755061753a45bcbfa1e8faa6d4bc. jpg

МОСКВА, 25 ноя — РИА Новости. Изолированность и отсутствие широкого разнообразия штаммов способствовали «самоликвидация» дельта-варианта коронавируса в Японии. Об этом в интервью «Ленте.ру» рассказала профессор Школы системной биологии американского университета Джорджа Мейсона, главный научный сотрудник лаборатории функциональной геномики медико-генетического научного центра РАН Анча Баранова.Однако сам белок nsp14 «испортился», что привело к многочисленным ошибкам и впоследствии к исчезновению вируса, подчеркнула она.По словам эксперта, производные от «подпорченного» дельта-штамма коронавируса переняли от него ослабленную функцию по исправлению мутаций.Баранова также отметила, что исчезновению коронавируса в Японии способствовала не только относительная изолированность страны в отличие от Европы, но и дисциплинированное отношение граждан к ограничительным мерам.Вместе с тем генетик считает опасным исчезновение дельта-штамма коронавируса в России по примеру Японии. Она объяснила это его высоким уровнем инфекционности, которая позволяет сдерживать распространения других вариантов вируса. Ранее руководитель команды ученых из Национального института генетики и Университета Ниигаты, профессор Ицуро Иноуэ сообщил, что циркулирующий в Японии дельта-штамм коронавируса мог накопить слишком много мутаций в одном из неструктурных белков, что впоследствии могло лишить его способности «исправляться» и вызвало «самоликвидацию».Исследователь отметил, что в начале появления варианта дельта в Японии мутации в нем быстро накапливались, однако затем прекратились. По его словам, большая часть изменений происходила на участке A394V неструктурного белка nsp14, отвечающего за исправление ошибок при репликации. В итоге вирус, пытаясь исправить дефекты, потерял способность размножаться.

https://ria.ru/20211125/koronavirus-1760649952.html

https://ria.ru/20211124/perenoschiki-1760545205.html

япония

РИА Новости

[email protected]

7 495 645-6601

ФГУП МИА «Россия сегодня»

https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/

2021

РИА Новости

[email protected] ru

7 495 645-6601

ФГУП МИА «Россия сегодня»

https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/

Новости

ru-RU

https://ria.ru/docs/about/copyright.html

https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/

РИА Новости

[email protected]

7 495 645-6601

ФГУП МИА «Россия сегодня»

https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/

https://cdnn21.img.ria.ru/images/07e5/0a/1f/1757096454_341:0:3072:2048_1920x0_80_0_0_ff58abbf9f2dc8e3af2b38ce34a87c48.jpg

РИА Новости

[email protected]

7 495 645-6601

ФГУП МИА «Россия сегодня»

https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/

РИА Новости

[email protected]

7 495 645-6601

ФГУП МИА «Россия сегодня»

https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/

в мире, япония, коронавирус covid-19, коронавирус в россии, дельта-штамм коронавируса

09:21 25.11.2021 (обновлено: 12:02 25. 11.2021)

Биолог объяснила феномен исчезновения коронавируса в Японии

МОСКВА, 25 ноя — РИА Новости. Изолированность и отсутствие широкого разнообразия штаммов способствовали «самоликвидация» дельта-варианта коронавируса в Японии. Об этом в интервью «Ленте.ру» рассказала профессор Школы системной биологии американского университета Джорджа Мейсона, главный научный сотрудник лаборатории функциональной геномики медико-генетического научного центра РАН Анча Баранова.

«В Японию попала одна дельта, в которой накопились мутации в белке nsp14, отвечающим за способность вируса исправлять мутации», — пояснила специалист.

Однако сам белок nsp14 «испортился», что привело к многочисленным ошибкам и впоследствии к исчезновению вируса, подчеркнула она.

По словам эксперта, производные от «подпорченного» дельта-штамма коронавируса переняли от него ослабленную функцию по исправлению мутаций.

25 ноября, 09:09Распространение коронавирусаВОЗ назвала основного распространителя коронавируса

Баранова также отметила, что исчезновению коронавируса в Японии способствовала не только относительная изолированность страны в отличие от Европы, но и дисциплинированное отношение граждан к ограничительным мерам.

Вместе с тем генетик считает опасным исчезновение дельта-штамма коронавируса в России по примеру Японии. Она объяснила это его высоким уровнем инфекционности, которая позволяет сдерживать распространения других вариантов вируса.

«Есть штаммы более зловредные, среди них и те, которые уклоняются от антител, а значит, их хуже берет вакцина. Если дельта сама по себе сдохнет, а другие штаммы обрадуются и придут — возможно, от этого станет гораздо хуже», — заключила Баранова.

Ранее руководитель команды ученых из Национального института генетики и Университета Ниигаты, профессор Ицуро Иноуэ сообщил, что циркулирующий в Японии дельта-штамм коронавируса мог накопить слишком много мутаций в одном из неструктурных белков, что впоследствии могло лишить его способности «исправляться» и вызвало «самоликвидацию».

Исследователь отметил, что в начале появления варианта дельта в Японии мутации в нем быстро накапливались, однако затем прекратились. По его словам, большая часть изменений происходила на участке A394V неструктурного белка nsp14, отвечающего за исправление ошибок при репликации. В итоге вирус, пытаясь исправить дефекты, потерял способность размножаться.

24 ноября, 16:00НаукаУченые установили, могут ли вакцинированные быть переносчиками коронавируса

Биология – Олимпиада школьников «Высшая проба» – Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики»

В старых версиях браузеров сайт может отображаться некорректно. Для оптимальной работы с сайтом рекомендуем воспользоваться современным браузером.

Мы используем файлы cookies для улучшения работы сайта НИУ ВШЭ и большего удобства его использования. Более подробную информацию об использовании файлов cookies можно найти здесь, наши правила обработки персональных данных – здесь. Продолжая пользоваться сайтом, вы подтверждаете, что были проинформированы об использовании файлов cookies сайтом НИУ ВШЭ и согласны с нашими правилами обработки персональных данных. Вы можете отключить файлы cookies в настройках Вашего браузера.

Отзывы участников

Турова Варвара

11 класс, село Раздольное, Ставропольский край

Задания вполне адекватные, решаемые, но очень интересные. Они основаны на базовых знаниях, но требуют логики. Будущие олимпиадники, учитесь понимать, а не зубрить. Умейте углубляться в материал не увеличением объёма знаний, а прежде всего его пониманием до фундамента, до корня.

Репин Данила

9 класс, Кимры, Тверская область

Большое спасибо оргкомитету и членам жюри за организованное проведение олимпиады и компетентное оценивание! Моё участие в «Высшей пробе» — вызов самому себе, отчёт за проделанную работу по изучению биологии. Было очень интересно размышлять над заданиями, где нужно было проявить такие качества как логику, внимательность, способность к критическому мышлению, рассудительность. Будущим участникам олимпиады хочу пожелать не бояться пробовать себя в чём-то новом, с любовью относиться к своему предмету, что поможет Вам успешно выступить на олимпиаде!

Данилова Дарья

10 класс, Воронеж, Воронежская область

Интересно писать. Часто участвую в олимпиадах. Будущим участникам порекомендовала бы участвовать с ранних классов в олимпиадах и читать дополнительную литературу. Это развивает всестороннее мышление и может помочь при поступлении в ВУЗ мечты

ЛенОбласть | Биолог назвала летальные последствия «омикрона»

Несмотря на выздоровление, вирус может запустить метаболическое истощение.

Доктор биологических наук, профессор Школы системной биологии университета Джорджа Мейсона (США) Анча Баранова рассказала о возможных летальных последствиях заражением «омикрона».

В интервью «Лента.ру» биолог отметила, что омикрон-штамм способен вызвать в организме переболевшего длительное метаболическое истощение, которое может привести к смерти. Особенно данный симптом опасен для пожилых людей, страдающих другими болезнями.

Такая особенность нового варианта коронавируса способна увеличить смертность в России, которую не будут причислять к коронавирусу, подытожила Баранова.

Ранее Online47 сообщал , что биолог Баранова посоветовала россиянам со всей серьезностью отнестись к мерам личной защиты от нового варианта коронавируса, носить маски и соблюдать изоляцию.

Фото: pixabay

Новости соседних регионов по теме:

Биолог Баранова: «омикрон» способен запускать смертельные процессы в организме

Доктор биологических наук, профессор американской Школы системной биологии университета Джорджа Мейсона Анча Баранова рассказала, какую смертельную опасность несет «омикрон»-штамм некоторым пациентам.
16:13 20.12.2021 ИА Тульская служба новостей — Тула

Ученые заявили о связи омикрон-штамма с лабораторным вирусом

Ученые из Института генетики и биологии развития Китайской академии наук выдвинули новую гипотезу возникновения штамма коронавируса «омикрон».
10:44 20.12.2021 ИА НовостиВолгограда.ру — Волгоград

В Курской области следят за распространением штамма «омикрон»

В Курской области следят за распространением штамма коронавируса «омикрон».
10:23 20.12.2021 ТРК Сейм — Курск

Специалист рассказал о способности омикрон-штамма запускать смертельные болезни

Доктор биологических наук, профессор Школы системной биологии университета Джорджа Мейсона (США) Анча Баранова рассказала, что омикрон-штамм коронавируса способен привести к смерти уже выздоровевшего человека.
14:12 20.12.2021 A42.Ru — Кемерово

Маски и отказ от походов в аптеки помогут защититься от омикрона

Способы защититься от штамма «омикрон» назвала россиянам биолог. В разговоре с  «Лентой.ру»  доктор биологических наук, профессор Школы системной биологии университета Джорджа Мейсона (США) Анча Баранова сообщила,
09:40 20.12.2021 Teleport2001.Ru — Благовещенск

Врач назвал симптом «омикрона», проявляющийся по ночам

Обнаружен симптом омикрон-штамма коронавируса, который проявляется по ночам.
13:50 19.12.2021 ИА Татар-информ — Казань

Журналисты-факчекеры «развалили» версию академика Чумакова о происхождении «омикрон» штамма

Служба новостей ТюменьPRO Член-корреспондент Российской академии наук молекулярный биолог Петр Чумаков выступил на «Радио России», где выдвинул конспирологическую версию происхождения «омикрон» штамма коронавирусной инфекции.
12:37 19.12.2021 ТюменьПро — Тюмень

Биолог Зиновкин спрогнозировал будущее коронавируса после «омикрона»

Автор: Владислав Кава Вектор коронавируса. Фото: коллаж ОСН Заведующий лабораторией НИИ физико-химической биологии им.
06:11 19.12.2021 ИА Общественная служба новостей — Москва

Назван неожиданный симптом омикрон-штамма, который поможет похудеть

Британские эксперты из организации ZOE COVID Study описали симптомы омикрон-штамма коронавируса.
10:00 19.12.2021 A42.Ru — Кемерово

Российские вирусологи дали оценку гипотезе о связи омикрон-штамма с мышами

Автор: София Барышева Фото: Смотрим Гипотеза биолога Анчи Барановой о том, что большое количество мутаций омикрон-штамма может быть связано с несколькими передачами вируса от человека к мышам и обратно, требует проверки.
19:21 18.12.2021 ИА Общественная служба новостей — Москва

Эксперты назвали неожиданный симптом «омикрона»

СИМФЕРОПОЛЬ, 18 дек – РИА Новости Крым. Британские ученые опубликовали список симптомов, указывающих на заражение омикрон-штаммом коронавируса.
19:10 18.12.2021 Crimea-news.com — Симферополь

В появлении «омикрона» виноваты мыши?

Ученые рассказали, как появился южно-африканский штамм коронавируса Фото: открытый источник Новая мутация коронавируса «омикрон» не возникла из неоткуда,
16:20 18.12.2021 LiveKuban.Ru — Краснодар

Шесть вопросов об «Омикроне»

Новый штамм коронавируса «Омикрон» на слуху у каждого, но это не главное.
14:44 18.12.2021 Чистополь-информ — Чистополь

Биолог объяснила причину мутаций омикрон-штамма

Большое количество мутаций штамма «омикрон» может быть связано с несколькими передачами вируса от человека к мышам и обратно, пояснила РИА «Новости» профессор Школы системной биологии университета Джорджа Мейсона,
13:30 18.12.2021 Бизнес Online — Казань

Биолог назвала причины мутаций «омикрона»

По предварительным данным ВОЗ, «омикрон» может обойти по этому показателю штамм «дельта».
13:00 18.12.2021 ГАZЕТА.СПб — Санкт-Петербург

Биолог раскрыла причину мутаций омикрон-штамма COVID

Специалист скептически отнеслась к рукотворной версии возникновения нового штамма.
12:12 18.12.2021 ГАZЕТА.СПб — Санкт-Петербург

Биолог Баранова рассказала о причинах мутаций омикрон-штамма коронавируса

Автор: Игорь Чамовских Фото: Global Look Press Профессор Школы системной биологии университета Джорджа Мейсона (Вирджиния, США),
09:51 18.12.2021 ИА Общественная служба новостей — Москва

Коронавирус в России: «омикрон» создали искусственно?

Россияне, привитые иностранными вакцинами, или прошедшие вакцинацию «Спутником» за рубежом, все-таки смогут получить сертификат.
09:30 18.12.2021 Gorod48.ru — Липецк

Омикрон увеличивает в пять раз риск заболеть повторно коронавирусом

В случае «омикрона» риск повторно заразиться коронавирусом в пять раз выше . считают ученые.
09:01 18.12.2021 Teleport2001.Ru — Благовещенск

Новокубанск — Футбольная национальная лига 2

1-й тур
24 июля 2021
19:00 Ессентуки 0 : 5 Биолог-Новокубанск
3-й тур
7 августа 2021
17:00 Биолог-Новокубанск 0 : 0 Легион Динамо
4-й тур
15 августа 2021
17:00 Машук-КМВ 2 : 0 Биолог-Новокубанск
5-й тур
18 августа 2021
17:00 Биолог-Новокубанск 1 : 0 Спартак-Нальчик
6-й тур
29 августа 2021
17:00 Чайка 2 : 1 Биолог-Новокубанск
7-й тур
4 сентября 2021
16:00 Биолог-Новокубанск 0 : 2 Анжи
8-й тур
8 сентября 2021
17:30 Дружба 1 : 1 Биолог-Новокубанск
9-й тур
12 сентября 2021
16:00 Биолог-Новокубанск 5 : 3 Алания Владикавказ-2
10-й тур
18 сентября 2021
16:00 Кубань Холдинг 2 : 1 Биолог-Новокубанск
11-й тур
26 сентября 2021
14:00 Биолог-Новокубанск 0 : 0 Форте
12-й тур
3 октября 2021
15:00 Динамо 2 : 0 Биолог-Новокубанск
13-й тур
10 октября 2021
13:00 Биолог-Новокубанск 3 : 0 Ротор-2
14-й тур
18 октября 2021
14:00 Туапсе 1 : 3 Биолог-Новокубанск
15-й тур
23 октября 2021
14:00 Биолог-Новокубанск 1 : 3 СКА Ростов-на-Дону
16-й тур
31 октября 2021
14:00 Динамо Ставрополь 1 : 0 Биолог-Новокубанск
17-й тур
6 ноября 2021
13:00 Биолог-Новокубанск 2 : 2 Черноморец
19-й тур
20 ноября 2021
13:30 Легион Динамо 1 : 0 Биолог-Новокубанск
20-й тур
6 марта 2022
- Биолог-Новокубанск -:- Машук-КМВ
21-й тур
13 марта 2022
- Спартак-Нальчик -:- Биолог-Новокубанск
22-й тур
20 марта 2022
- Биолог-Новокубанск -:- Чайка
23-й тур
28 марта 2022
- Анжи -:- Биолог-Новокубанск
24-й тур
3 апреля 2022
- Биолог-Новокубанск -:- Дружба
25-й тур
10 апреля 2022
- Алания Владикавказ-2 -:- Биолог-Новокубанск
26-й тур
17 апреля 2022
- Биолог-Новокубанск -:- Кубань Холдинг
27-й тур
23 апреля 2022
- Форте -:- Биолог-Новокубанск
28-й тур
30 апреля 2022
- Биолог-Новокубанск -:- Динамо
29-й тур
6 мая 2022
- Ротор-2 -:- Биолог-Новокубанск
30-й тур
12 мая 2022
- Биолог-Новокубанск -:- Туапсе
31-й тур
16 мая 2022
- СКА Ростов-на-Дону -:- Биолог-Новокубанск
32-й тур
22 мая 2022
- Биолог-Новокубанск -:- Динамо Ставрополь
33-й тур
29 мая 2022
- Черноморец -:- Биолог-Новокубанск
34-й тур
5 июня 2022
- Биолог-Новокубанск -:- Ессентуки

Требования для зачисления Биология — Университет Радбауд

Прежде чем вы сможете поступить на биологический факультет, вы должны соответствовать требованиям для поступления. Вы должны иметь достаточное предыдущее образование в Нидерландах или за рубежом, подтвержденное дипломом. Вы также должны хорошо владеть английским языком, что в некоторых случаях подтверждается сертификатом.

Биология — это избирательная программа.Подавать заявку необходимо до 15 января, 23:59 по центральноевропейскому времени. Подробную информацию о процедурах и сроках см. На странице «Заявка и выбор».

Процедура отбора должна гарантировать, что количество участников не превышает максимальной вместимости. За последние два года максимальная вместимость не была достигнута, и все подходящие кандидаты были включены в программу

Образовательные квалификации в Нидерландах

Если вы получили или получите диплом vwo , то вы можете быть приняты, если вы соответствуете следующим требованиям:

  • Два диплома по профилям Природа и технологии , Природа и здоровье , Экономика и общество и Культура и общество принимаются для прямого зачисления, если они включают все четыре из следующих предметов: Биология, математика ( А или Б), физика и химия. Если вы не изучали биологию, математику (A или B), физику и / или химию, то вы условно допущены и должны пройти тест CCVX или Boswell-Bèta по недостающему предмету (-ам).
  • Вам не нужно получать сертификат английского языка, если у вас есть диплом vwo (но если он у вас есть, вы можете указать его при подаче заявления).
  • Если вы не отвечаете вышеуказанным требованиям и вам исполнился 21 год, вы можете принять участие в Colloquium Doctum, вступительном экзамене.

Центральная студенческая администрация будет рассматривать заявления студентов, получивших один из дипломов, описанных выше. С Центральной студенческой администрацией можно связаться по (+31) (0) 24 361 23 45 или по адресу [email protected]

Вы не допускаетесь напрямую?

Если вы не можете быть зачислены автоматически на выбранную вами программу бакалавриата, вам необходимо добавить процесс цифрового приема в вашу процедуру зачисления.

После вашего запроса в Studielink вы автоматически получите приглашение заполнить электронную анкету. Затем ваши ответы на эту анкету будут оценены приемной комиссией программы, на которую вы зарегистрировались. Приемная комиссия решает, можете ли вы поступить и какие дополнительные требования будут к вам применяться. Примерно в течение трех недель после отправки вашей анкеты приемная комиссия проинформирует вас о решении приемной комиссии по электронной почте.

Международные образовательные квалификации

Обратите внимание: Вскоре будут обновлены новые требования к поступающим для конкретных дипломов и языковые требования на 2022-2023 учебный год.

Если у вас нет диплома об окончании средней школы в Нидерландах, ваше предыдущее образование будет проверено приемным отделом факультета естественных наук, чтобы определить, достаточного ли оно уровня. Если уровень достаточен, то вы можете быть допущены напрямую или могут применяться дополнительные условия (например, сдача экзамена по английскому языку или биологии, математике, химии или физике). Для принятых тестов по английскому ознакомьтесь с языковыми требованиями. Для тестов по биологии, математике (A или B), химии или физике: мы принимаем два теста по этим предметам от CCVX и Boswell-Bèta.

Из-за вспышки COVID-19, которая привела к временному закрытию центров тестирования, Университет Радбауд в настоящее время принимает OMPT-D в качестве онлайн-альтернативы для vwo Wiskunde B.По всем остальным вопросам, касающимся коронавируса, посетите наш FAQ.

Проверьте свое право на участие

Если вы получили неголландский диплом, например, немецкий, диплом из Великобритании или США, международный или европейский бакалавриат, загрузите требования к поступающим для конкретного диплома (pdf, 527 kB), чтобы проверить, можете ли вы поступают напрямую или должны пройти дополнительный тест.

Кроме того, вы можете пройти E-Check, чтобы узнать, имеете ли вы право на поступление на программу бакалавриата по биологии.Ответив на несколько вопросов, для которых потребуется ок. Через 2-3 минуты вы получите представление о ваших шансах на поступление.

Если у вас есть вопросы, соответствуете ли вы требованиям для поступления, отправьте электронное письмо по адресу [email protected]

Требования к языку

Вы должны в достаточной степени владеть английским языком. Это требование считается выполненным, если вы выполняете одно из следующих условий, указанных в списке языковых требований (pdf, 464 kB).

Из-за вспышки COVID-19, которая привела к временному закрытию центров тестирования, Университет Радбауд в настоящее время принимает специальную домашнюю версию iBT TOEFL. По всем остальным вопросам, касающимся коронавируса, посетите наш FAQ.

Порядок приема

Вы будете проинформированы о результатах зачисления в течение трех недель после того, как мы получим все необходимые документы. Пожалуйста, узнайте, как подать заявку и какие документы отправить, при подаче заявления и регистрации.

Посетите наш F.A.Q. чтобы узнать больше о требованиях к зачислению и процедуре зачисления.

Все не голландские дипломы будут оцениваться индивидуально.
Информация в этом документе была составлена ​​с особой тщательностью и не должна содержать ошибок. Однако на основании его содержания нельзя получить никаких прав.

Контакты — Radboud University

У меня вопрос по поводу… Пожалуйста, обращайтесь:
  • Бакалавриат по биологии.
  • Руководство по учебе и студенческая жизнь в Неймегене, или об особых обстоятельствах, которые могут повлиять на результаты моей учебы.

Консультанты
biology @ ru.nl
Санне Фостерс
Марли Бекс

  • конкретный вопрос, касающийся требований приема или процесса приема.

Приемная комиссия
[email protected]

Michiel Bronkhorst
Hub Nijssen

  • Порядок выбора и размещения.

Выбор и размещение Биологические науки

[email protected]

  • мое заявление и / или зачисление в Studielink и / или OSIRIS.

Приемная комиссия
Студенты с международным дипломом
+31 24 362 34 56
admissions @ ru.nl
Houtlaan 4, Неймеген

Студенты с голландским дипломом
024-3612345 (вариант 3)
[email protected]
Houtlaan 4, Nijmegen

  • мероприятие (в Университете Радбауд или за границей) (День открытых дверей для бакалавров, День студента, встреча с Университетом Радбауд в вашей стране).
  • Учится в Radboud University, учится в Нидерландах.

Информационная стойка для студентов
Студенты с международным образованием
[email protected]
06-25319096
(рабочие дни с 09.00 до 17.00)
Facebook

Студенты с голландским дипломом
024- 3612345 (вариант 2)
06-25319096
(рабочие дни 09.С 00:00 до 17:00)
[email protected]

  • Я хочу узнать больше об исследовательской ассоциации BeeVee.

Учебная ассоциация
www.beevee.nl

  • Я хочу следить за программой или факультетом в социальных сетях.

Биология
Факультет естественных наук

Ру Чжи Хуан | Кафедра биологии

Область научных исследований

Гипоксия, направленная на гепатоцеллюлярную карциному с нитроимидазолами, конъюгированными с триметил нордигидрогваяретиновой кислотой

Гепатоцеллюлярная карцинома (ГЦК) развивается в результате цирроза, вызванного хроническим повреждением печени.Это хроническое повреждение приводит к фиброгенезу, который повреждает нормальную систему кровообращения печени и приводит к нехватке перфузии крови и доставки кислорода. Более того, в опухолевых тканях высокая скорость клеточной пролиферации в опухолевых клетках и аномалии структуры и функции опухолевых сосудов увеличивают потребность в кислороде. Мы заинтересованы в разработке методов лечения, нацеленных на гипоксические клетки ГЦК, и проводим эксперименты с нитроимадазолами, конъюгированными с противораковыми агентами на основе метилированной нордигидрогваяретиновой кислоты (NDGA), разработанными в нашей лаборатории.

В гипоксических опухолевых клетках нитроимидазолы подвергаются серии ферментативных восстановлений, опосредованных ферментами нитроредуктазы, с последующей фрагментацией кольца. Таким образом образуются реактивные радикалы, которые затем необратимо связываются с клеточными компонентами. После того, как соединения попадают в клетку, восстановление позволяет большему количеству лекарств накапливаться в клетке за счет благоприятного градиента концентрации. В нормоксических клетках присутствие кислорода предотвращает ферментативное восстановление нитроимидазола, и, следовательно, связывание не происходит.Кроме того, производные нитроимидазола проявляют преимущественную токсичность для гипоксических клеток по сравнению с гипоксическими цитотоксинами. Их цитотоксичность по отношению к гипоксическим клеткам является результатом отщепления водорода от молекул-мишеней свободными радикалами, образующимися при восстановлении нитрогруппы.

Чтобы повысить эффективность тетра-O-метил NDGA (M4N, терампрокол), полусинтетического низкомолекулярного противоракового агента, разработанного в нашей лаборатории, мы разработали молекулы, которые включают триметил-NDGA с нитроимидазольным звеном. Чтобы улучшить растворимость в воде, мы также связали нитроимидазольное звено с NDGA с помощью полиэтиленгликоля. К настоящему времени мы успешно синтезировали восемь региоизомерных конъюгатов NDGA – нитроимидазол в чистом виде. Все они проявляют активность против гепатоцеллюлярной карциномы с эффективностью в диапазоне 10–25 мкМ, и наши предварительные результаты показывают, что они даже более эффективны против клеток HCC, когда клетки выращивают в условиях гипоксии. Планируются дальнейшие исследования этих соединений на мышиных моделях ГЦК.

Быстрая индукция гибели и рост и подавление метастазов раковых клеток человека с помощью тетра-О-метил нордигидрогваяретиновой кислоты в сочетании с ингибиторами протеинкиназ

Фактор транскрипции Sp1 регулирует экспрессию множества клеточных генов, включая сам ген Sp1 в эукариотических клетках. Было обнаружено, что высокие уровни Sp1 коррелируют с развитием и прогрессированием рака у человека. Противоопухолевый препарат M4N (терампрокол), блокируя связывание белка Sp1 с его сайтом узнавания, подавляет сверхэкспрессию ряда генов, связанных с ростом, во всех протестированных типах рака. Остановка роста опухоли наблюдается в культурах раковых клеток, в различных ксенотрансплантатах опухолей, в моделях на животных и у 30-40% пациентов, получавших терапрокол в клинических испытаниях. Однако быстрая гибель раковых клеток in vivo не всегда достигается, особенно когда количество терампрокола в опухоли ниже терапевтического уровня, и это ограничивает его эффективность в подавлении более агрессивных видов рака. Используя ксенотрансплантаты рака человека на мышиной модели, мы смогли повысить количество M4N в плазме и в опухолях мышей до уровня> 1 мМ с помощью одного цикла лечения ежедневными внутривенными инъекциями M4N в течение 14-21 дней.Кроме того, M4N в сочетании с рапамицином или этопозидом способен синергетически вызывать быструю гибель клеток в простате, толстой кишке, поджелудочной железе, груди, раковых клетках мозга в культуре и устранять LNCaP, ортотопические опухоли простаты и метастазы у голых мышей. Обработанные животные выжили с хорошим здоровьем (в настоящее время более 240 дней), в то время как все необработанные мыши или мыши, подвергшиеся лечению только одним лекарством, умерли менее чем за 35 дней из-за бремени опухоли. В настоящее время мы изучаем, как M4N и ингибиторы протеинкиназ в пути PI3 / AKT действуют синергетически, вызывая быстрый апоптоз в раковых клетках.

Серия противовирусных агентов, полученных из натуральных продуктов, для использования в комбинированной терапии ВИЧ-1

Эпидемия СПИДа продолжает оставаться разрушительной проблемой для миллионов людей в мире. Наш успех с тетра-О-метил NDGA (M4N, терапрокол) и другими производными NDGA в качестве эффективных ингибиторов Sp1-зависимой репликации ВИЧ побудил нас придерживаться терапевтического подхода против ВИЧ, который включает смесь соединений, которые ингибируют различные стадии в Жизненный цикл ВИЧ.В дополнение к ингибиторам транскрипции, полученным из NDGA, мы очистили два мощных ингибитора интегразы ВИЧ, литоспермовую кислоту и литоспермовую кислоту B, из корней Salvia miltiorrhiza. Они также являются мощными ингибиторами репликации ВИЧ. Было обнаружено, что все эти соединения нечувствительны к мутациям и поэтому должны повышать эффективность и снижать токсичность терапии. В настоящее время мы тестируем эти соединения в комбинации на их эффективность при блокировании продукции ВИЧ в культуре клеток и в мононуклеарных клетках периферической крови (PBMC).По мере разработки терапевтического режима лаборатория будет участвовать в более подробном изучении молекулярных механизмов, посредством которых эти соединения проявляют свою фармакологическую активность.

Самоиндуцирующаяся система экспрессии плазмидного белка с убегающей репликацией, разработанная для протеомики XXI века

В нашей лаборатории была разработана уникальная, высокоэффективная система экспрессии прокариот, которая производит беспрецедентное количество белка. Система состоит из термочувствительной плазмиды с числом копий, которая несет ген rop и промотор ниже промотора trp.Любая последовательность, клонированная в ген rop, изменяет активность белка Rop и вызывает летальную неконтролируемую репликацию плазмидной ДНК. Репликацию этой плазмиды можно подавить в транс путем комплементации с подобной плазмидой дикого типа. Клетки, несущие обе плазмиды, довольно стабильны, и индукция синтеза плазмидной ДНК происходит только после того, как клетки растут в течение нескольких поколений в условиях, которые приводят к потере транс-действующего репрессора. Большие количества слитых белков Rop накапливаются в клетке по мере того, как оперон trp постепенно индуцируется посредством титрования репрессора.Экспрессионная плазмида была сконструирована с аффинной меткой для легкой очистки слитого белка и сайта расщепления тромбином для отщепления интересующего белка от слияния Rop. Мы начали изучать способы адаптации этой системы к созданию протеомных библиотек, пригодных для высокопроизводительного скрининга.

Hwu, J.R., Varadaraju, T.G., Abd-Elazem, I., Huang, R.C.C. 2012. Первые полные синтезы оребиусинов A и B, их антиподов и рацематов: пересмотр конфигурации и активность против ВИЧ.Отправлено в Европейский журнал органической химии.

Hwu, J.R., Hsu, C., Hsu M., Liang, Y., Huang, R.C.C., Lee, Y.C. 2011. Гликозилированные нордигидрогваяретиновые кислоты как противораковые агенты. Bioorganic & Medicinal Chem Letts 21: 380-382.

Гнабре, Дж., Унлу, И., Чанг, Т., Лиссек, П., Борн, Б., Скольник, Р., Якобсен, Н.Э., Бейтс, Р., Хуанг, Р.К.С. 2010. Выделение лигнанов из лимонника китайского с антипролиферативной активностью при колоректальной карциноме человека: взаимосвязь структура-активность.Журнал хроматографии B 878: 2693-2700.

Mold, D.E., Dinitz, A.E., Sambandan, D.R. 2009. Регулирование активности гена zona pellucida у рыбок данио в развивающихся ооцитах. Биол Репрод 81: 101-110.

Hwu, J-R., Hsu, M-H., Huang, R.C.C. 2008. Новые производные нордигидрогваяретиновой кислоты как средства против ВИЧ. Bioorg Med Chem Lett 18: 1884-1888.

Yeh, H-C., Puleo, C., Lim, T.C., Ho, Y-P., Giza, P., Huang, R.C.C., Wang, T.C., 2006. Микрожидкостная платформа FCS для исследования диссоциации комплекса Sp1-ДНК доксорубицином.Nuc Acids Res, принято к публикации.

Чанг, C. C., Лян, Y.C., Klutz, A., Hsu, C.I., Lin, C.F., Mold, D.E., Chou, T.C., Lee, Y.C., Huang, R.C.C. 2006. Устранение множественной лекарственной устойчивости с помощью двух производных нордигидрогваяретиновой кислоты, M4N и мальтозы-M3N, и их использование в комбинации с доксорубицином или паклитакселом. Cancer Chemother Pharmacol. 58: 640-653.

Huang, R.C.C., Chang, C-C., And Mold, D.E. 2006. Зависимые и независимые пути выживания и индукция гибели раковых клеток тетра-О-метил нордигидрогваяретиновой кислотой.Ред. Дэниел Ван Хофф и Филип Дж. Грей младший. Приглашенная статья, Семинары по онкологии 33: 479-485.

Dohm, JA, Hsu, MH., Hwu, JR., Huang, RCC, Moudrianakis, EN, Lattman, EE, Gittis, AG 2005. Влияние полиаминов, ионов, гидратации и ингибитора транскрипции P4N на конформации Сайт связывания Sp1. J. Molec. Bio. 349: 731-744.

Парк, Р., Чанг, Си-Си, Лян, Ю.С., Чанг, Ю., Генри, Р.А., Лин, Э., Молд, Д.Э., Хуанг, Р.С.С. 2005. Системное лечение тетра-о-метил нордигидрогваяретиновой кислотой подавляет рост опухолей ксенотрансплантата человека. Clinical Cancer Res. 11: 4601-4609.

Hansel, DE, Dhara, S., Huang, RCC, Ashfaq, R., Deasel, M., Shimada, Y., Bernstein, HS, Harmon, J., Brock, M., Forastiere, A., Washington, MK, Maitra, A., Montgomery, E. 2005. Экспрессия CDC2 / CDK1 в аденокарциноме пищевода и предшествующих поражениях служит диагностическим маркером и маркером прогрессирования рака и потенциальной мишенью для нового лекарственного средства. Am J Surg Pathol. 29: 390-399.

Чанг, Си-Си, Хеллер, Дж.Д., Куо, Дж., Хуанг, Р.С.С., 2004. Тетра-О-метил нордигидрогваяретиновая кислота индуцирует остановку роста и клеточный апоптоз C3-трансформированных клеток за счет подавления cdc2 и выживания экспрессии.Proc Natl Acad Sci USA. 101: 13239-13244.

Gosse, B.K., Ito, Y., Huang, R.C.C. 2004. Оптимизация активного сапонина, арганина С, для микробицидного наружного применения. J Liq Chromatogr Rel Technol. 27: 1947-1953.

Хуанг, Р.С.К., Ли, Ю., Гиза, П.Э., Гнабре, Дж. Antiviral Res. 58: 57-64.

Park, R. , Giza, P.E., Mold, D.Э., Хуанг, R.C.C. 2003. Ингибирование репликации и реактивации HSV-1 нечувствительным к мутациям ингибитором транскрипции тетра-O-глицил-нордигидрогваяретиновой кислотой. Antiviral Res. 58: 35-45.

Gosse, B.K., Gnabre, J.N., Bates, R.B., Nakkiew, P., Huang, R.C.C. 2002. Противовирусные сапонины из Tieghemella heckelii. Продукты J Nat. 65: 1942-1944.

Госсе, Б.К., Гнабре, Д.Н., Ито, Ю., Хуанг, Р.С. 2002. Выделение сапонинов с активностью ингибирования проникновения вирусов комбинированными хроматографическими методами.J Liq Chromatogr Rel Technol. 25: 3197-3209.

Abd-Elazem, I.S., Chen, H.S., Bates, R.B., Huang, R.C.C. 2002. Выделение двух высокоэффективных и нетоксичных ингибиторов интегразы вируса иммунодефицита человека типа 1 (ВИЧ-1) из Salvia miltiorrhiza. Antiviral Res. 55: 91-106.

Heller, J.D., Kuo, J., Wu, T.C., Kast, W.M., Huang, R.C.C. 2001 Тетра-О-метил нордигидрогваяретиновая кислота вызывает задержку G2 в клетках млекопитающих. Cancer Res. 61: 5499-5504.

Молд, Д.Э., Ким, И.Ф., Цай, К.М., Ли, Д., Чанг, Си-Я., Хуанг, Р.С.С. 2001. Кластер генов, кодирующих основной белок оболочки яиц рыбок данио. Mol Reprod Dev. 58: 4-14.

Редакторы и сотрудники | Журнал клеточной биологии

Научные редакторы

Тим Спенсер, ответственный редактор

[email protected]

Тим получил докторскую степень в Городском университете Нью-Йорка, где он изучал сигнальные механизмы, лежащие в основе ускорения роста и регенерации аксонов после травмы в лаборатории Мари Филбин.Затем он перешел в лабораторию Криса Хендерсона в Колумбийском университете, где исследовал молекулярные маркеры постнатального созревания моторных нейронов и элементы моторно-специфических заболеваний. Тим работал старшим научным редактором в Nature Neuroscience с 2011 года, а затем перешел в RUP и стал заместителем редактора Journal of Cell Biology в 2016 году. Он стал исполнительным редактором в 2019 году.

Андреа Марат, старший научный редактор, Reviews

амарат @ rockefeller.edu

Андреа защитила докторскую диссертацию вместе с Питером Макферсоном в Университете Макгилла в Монреале, изучая регуляцию мембранного переноса с помощью Rab GTPases. Затем она переехала в лабораторию Фолькера Хауке в Берлине, где изучала механизмы, контролирующие передачу сигналов mTORC1. Андреа присоединилась к издательству Rockefeller University Press в 2016 году в качестве научного редактора журнала Journal of Cell Biology . Помимо работы с исследовательскими рукописями, Андреа отвечает за все обзоры и перспективы, опубликованные в журнале.

Тим Фессенден, научный редактор

[email protected]

Тим Фессенден получил докторскую степень в Чикагском университете под руководством Маргарет Гардель за свою работу по цитоскелетной регуляции многоклеточной инвазии. Затем он переехал в Массачусетский технологический институт, где завершил постдокторские исследования иммунологии опухолей и механизмов восприятия опухоли дендритными клетками. Тим присоединился к журналу Journal of Cell Biology в качестве научного редактора в 2021 году.

Люсия Моргадо Паласин, научный редактор

lmorgado @ rockefeller.edu

Люсия защитила докторскую диссертацию у Мануэля Серрано в Испанском национальном центре исследования рака в Испании, где она изучала роль пути рибосомного стресса в плюрипотентности и раке. После короткой постдокторской подготовки в Эдинбургском университете, где она исследовала влияние механических сил на онтогенез кроветворной системы под руководством Александра Медвинского, Люсия присоединилась к лаборатории Адольфо Феррандо в Колумбийском университете, чтобы изучить роль микробелков в развитии рака.Она присоединилась к журналу Journal of Cell Biology в качестве научного редактора в 2020 году.

Дэн Саймон, научный редактор

[email protected]

Дэн получил докторскую степень в Медицинской школе Джонса Хопкинса в Балтиморе, где вместе с Кэтрин Уилсон исследовал функции и регуляцию ламинов А-типа. Затем он переехал в Рокфеллеровский университет в Нью-Йорке в качестве постдока с Майклом Раутом, изучающим онкогенные дефекты в комплексе ядерных пор. Дэн присоединился к издательству Rockefeller University Press в 2020 году в качестве научного редактора журнала Journal of Cell Biology .

Главный редактор

Джоди Нуннари, главный редактор

Постдокторская работа Джоди Нуннари изменила взгляд ученых на митохондрии и помогла открыть область митохондриальной динамики. Она провела новаторские исследования, которые выявили молекулярные механизмы, лежащие в основе деления и слияния митохондрий. Джоди получила образование химика в Колледже Вустера в Вустере, Огайо, и получила докторскую степень по фармакологии в Университете Вандербильта, работая с Ли Лимбердом.После докторантуры в лаборатории Питера Уолтера в UCSF она получила независимую должность в Калифорнийском университете в Дэвисе, где в настоящее время является профессором и заведующим кафедрой молекулярной и клеточной биологии.

Академические редакторы

Аршад Десаи, редактор

Аршад Десаи изучает молекулярные механизмы, обеспечивающие точное распределение генома во время деления клеток. Он получил докторскую степень в области клеточной биологии в UCSF, где он работал с Тимом Митчисоном над регулированием динамики микротрубочек, а свою постдокторскую работу проводил с Тони Хайманом в EMBL Heidelberg и в Институте Макса Планка в Дрездене.С конца 2002 года он работал в Калифорнийском университете в Сан-Диего и в Институте онкологических исследований Людвига, где его группа исследовала многие аспекты сегрегации хромосом и деления клеток, включая механизмы, лежащие в основе прикрепления хромосомы к веретену, координацию механики и передачу сигналов во время хромосом. сегрегация, точные пути, которые предотвращают потерю хромосом, эпигенетическую основу идентичности центромер и, в совместной работе, роль центросом в сегрегации хромосом и прогрессии клеточного цикла.Он является лауреатом премии ASCB Early Career Award и стипендиатом Кейта Р. Портера.

Пьер Паоло Ди Фьоре, редактор

Пьер Паоло Ди Фьоре — основатель IFOM, международного исследовательского центра, в котором он проводит большую часть своих исследований. Его работа сосредоточена на раке, особенно на механизмах передачи сигнала рецепторами фактора роста в опухолях и роли эндоцитоза в этом процессе. Он является профессором общей патологии Миланского университета и соучредителем Европейской школы медицины, которая предоставляет докторские программы в области молекулярной медицины, медицинских нанотехнологий и биоэтики.Работа всей жизни Ди Фьоре широко признана, о чем свидетельствуют более 170 опубликованных работ. Он стал членом EMBO в 1998 году и получил множество международных наград.

Элейн Фукс, редактор

Доктор Фукс изучает эпителиальные стволовые клетки кожи и их роль в гомеостазе и заживлении ран. Ее исследования охватывают нормальную биологию стволовых клеток кожи и то, как эти процессы нарушаются при заболеваниях. Доктор Фукс получила степень бакалавра химии в Университете Иллинойса, Урбана-Шампейн, в 1972 году и докторскую степень по биохимии в 1977 году в Принстонском университете. С 1977 по 1980 год она работала постдоком в Массачусетском технологическом институте. До прихода в Рокфеллерский университет в 2002 году доктор Фукс была профессором фундаментальных наук Amgen в Чикагском университете. год. Она была исследователем Медицинского института Говарда Хьюза с 1988 года. Доктор Фукс получила множество наград и наград, в том числе Национальную медаль науки в 2009 году и премию Э.Б. Уилсона от ASCB.

Анна Хаттенлохер, редактор

Анна Хаттенлохер изучает основные молекулярные механизмы, регулирующие миграцию клеток, и интересуется влиянием этих механизмов на болезни человека.Ее лаборатория впервые применила подходы к визуализации и манипулированию подвижностью клеток и врожденным иммунитетом у рыбок данио. Доктор Хаттенлохер получила степень бакалавра в Оберлинском колледже и степень доктора медицины в Гарвардской медицинской школе. Она выполняла свои постдокторские работы с Зеной Верб и Кэролайн Дамски в UCSF и Риком Хорвицем в Университете Иллинойса. В настоящее время она является заслуженным профессором-исследователем Виласа кафедры педиатрии, медицинской микробиологии и иммунологии Университета Висконсин-Мэдисон. Она является получателем гранта MIRA от NIGMS и недавно была избрана в Национальную медицинскую академию.

Ян Макара, редактор

Ян Макара изучает апикальную / базальную полярность и ее регуляцию при морфогенезе молочной железы и раке груди. Он получил степень бакалавра и доктора биохимии в Университете Шеффилда, Великобритания, и его постдокторские исследования проводились с Лью Кэнтли в Гарвардском университете. После 3 лет преподавания в Университете Найроби в Кении, его первая должность преподавателя в США была в Университете Рочестера, где он обнаружил взаимодействие между киназой PI и тирозинкиназами.Впоследствии он провел 15 лет в Университете Вирджинии, где он был заслуженным профессором Харрисона, работая над механизмами переноса нуклеоцитоплазмы и полярностью эпителиальных клеток. Он работал в Совете фундаментальных наук NCI и Совете ASCB. С 2012 года он является заведующим кафедрой клеточной биологии и биологии развития в Медицинской школе Университета Вандербильта.

Ира Меллман, редактор

Ира Меллман пришел в Genentech весной 2007 года в качестве вице-президента по исследовательской онкологии после более чем 20 лет работы в качестве преподавателя в Медицинской школе Йельского университета, где он был заведующим кафедрой (клеточная биология), членом Институт рака Людвига, научный директор Йельского онкологического центра и профессор клеточной биологии и иммунобиологии Стерлинг.Доктор Меллман получил степень бакалавра в Оберлинском колледже и консерватории и докторскую степень по генетике в Йельском университете. Он был научным сотрудником Университета Рокфеллера с Ральфом Стейнманом. Его лаборатория известна не только достижениями в фундаментальной клеточной биологии, особенно в области мембранного движения (включая открытие эндосом), но и применением этих идей для понимания клеточной основы иммунного ответа. Особое значение для иммунотерапии рака имеет новаторский вклад его лаборатории в выяснение того, как дендритные клетки инициируют иммунитет или поддерживают иммунную толерантность.Ира руководил всеми онкологическими исследованиями в Genentech до конца 2013 года, когда он решил сосредоточить свои усилия на быстро развивающейся области иммунотерапии рака и стал вице-президентом по иммунологии рака. Он остается разочарованным композитором и автором песен и записал два компакт-диска в малоизвестном жанре «биорок». Ира является членом Национальной академии наук США, Американской академии искусств и наук и Европейской организации молекулярной биологии, а также бывшим главным редактором журнала Journal of Cell Biology .Он также работал в редакционных советах Cell , Journal of Experimental Medicine , EMBO Journal и OncoImmunology , среди прочего, и является лауреатом многих названных лекций, почетных профессоров и наград, в большинстве случаев. недавно награжденная медалью Уилбура Люциуса Креста Йельского университета. Он также входит в правление Общества иммунотерапии рака, Группы по изучению рака Moonshot Blue Ribbon при президенте Обамы, Института иммунотерапии рака, Американского общества клеточной биологии, Фонда исследования меланомы и Института исследования рака.

Ана Помбо, редактор

Ана Помбо исследует, как трехмерная укладка хромосом влияет на экспрессию генов в развитии и болезнях млекопитающих, а также механизмы РНК-полимеразы II, определяющие, какие гены активируют в будущем. Она получила докторскую степень в Оксфордском университете (1998, Великобритания), где впервые применила визуализацию участков транскрипции в ядрах млекопитающих с высоким разрешением. Она была удостоена стипендии Дороти Ходжкин Королевского общества (Великобритания; 1998–2002 гг.) И начала руководить своей исследовательской группой в 2000 г. в Центре клинических наук MRC Имперского колледжа Лондона (Великобритания).Ее лаборатория показала, что репрессия Polycomb связана с уравновешиванием РНК-полимеразы II, и разработала подходы cryoFISH с высоким разрешением для изучения пространственных отношений между областями генома и ядерными ориентирами. Она была удостоена премии Роберта Фельгена 2007 года за вклад в создание изображений ядерной архитектуры. Ее лаборатория переехала в Берлинский институт системной медицинской биологии, в Центр Макса Дельбрюка (Берлин, Германия) в 2013 году, и она была назначена профессором (W3) Берлинского университета Гумбольдта.Ее лаборатория разработала картирование архитектуры генома, подход без ортогонального лигирования для картирования контактов хроматина по всему геному.

Луи Райхардт, редактор

Луи Райхардт — директор Инициативы по исследованию аутизма Фонда Саймонса. До того, как занять этот пост, он был заведующим кафедрой клеточной физиологии в Калифорнийском университете в Сан-Франциско, которую возглавлял Джек Д. и ДеЛорис Ланге, где руководил программой выпускников неврологии с 1988 по 2013 год и Программой Герберта Бойера по биологическим наукам с 2000 года. к 2013 г.Он получил докторскую степень в Стэнфорде за исследования регуляции синтеза лямбда-репрессоров и провел постдокторские исследования в области клеточной нейробиологии в Гарварде. Исследования Райхардта были сосредоточены на нейротрофинах, семействе секретируемых белков, которые способствуют выживанию, развитию и функционированию нейронов, а также на нескольких семействах мембранных белков, которые способствуют адгезии нервных клеток. Его лаборатория внесла свой вклад в понимание внутриклеточных сигнальных путей ниже этих белков, включая путь Wnt, который может играть роль в расстройствах аутистического спектра и других аспектах поведения и болезней человека.

Кеннет Ямада, редактор

Кеннет Ямада получил степень доктора медицины и доктора наук в Стэнфордском университете. Проработав 15 лет в Национальном институте рака в качестве начальника отдела, он перешел в Национальный институт стоматологических и черепно-лицевых исследований при Национальном институте здравоохранения. В настоящее время он является выдающимся исследователем NIH и руководителем отдела клеточной биологии. Исследования в его лаборатории сосредоточены на механизмах клеточной адгезии и трехмерной миграции клеток, клеточной биологии интегринов и внеклеточного матрикса и динамике морфогенеза органов млекопитающих. У него более 400 публикаций, он является научным сотрудником AAAS и входил в Совет ASCB. Награды включают первую премию старшего исследователя ASMB и премию AADR за выдающиеся ученые 2008 года. Он является старшим редактором журнала The Journal of Cell Biology и Current Protocols in Cell Biology , а также помощником редактора или членом правления многих других журналов.

Ричард Юл, редактор

Доктор Юл — старший научный сотрудник Национального института здравоохранения в Бетесде, штат Мэриленд.Он получил степень бакалавра гуманитарных наук в колледже Альбион и степень доктора философии в Университете Южной Каролины. После постдокторской работы в Национальном институте психического здоровья он присоединился к отделению хирургической неврологии Национального института неврологических расстройств и инсульта в качестве ИП, где он разработал и приступил к клиническим испытаниям новых стратегий лечения опухолей головного мозга. Его лаборатория впоследствии исследовала молекулярные механизмы запрограммированной гибели клеток, показав, как члены семейства Bcl-2 участвуют в митохондриях, чтобы контролировать выживание клеток. Совсем недавно его лаборатория обнаружила функции и взаимосвязи между белками, мутировавшими при семейной болезни Паркинсона. Его текущая работа сосредоточена на молекулярных механизмах аутофагии, контроле качества митохондрий и нейродегенеративных расстройствах.

Персонал

Линдси Холландер, ответственный редактор

Линдси работает в прессе с 2005 года.

Элисса Хантер, помощник редактора производства

Элисса Хантер присоединилась к Rockefeller University Press в июле 2020 года после более чем десятилетней работы редактором и корректором, в последнее время в Marvel Entertainment и The Culture Trip.У нее есть степень бакалавра журналистики Университета Флориды и MLIS Института Пратта, и она не знает, как она получила две научные степени.

Рошель Ритакко, предполетный редактор

Рошель отвечает за подготовку рисунков для публикации RUP — проверку качества продукции, соответствия стилю и ясности изложения. Она опытный цифровой художник с опытом работы во многих медиа-приложениях. Рошель начала работать фрилансером в RUP в 2007 году и вскоре после этого присоединилась к персоналу.До RUP она помогала фотографу в университетском городке Монмутского университета. Рошель получила степень бакалавра в области коммуникаций в Университете Сетон-Хилл и завершила две программы сертификации: цифровое искусство (BCC) и кинопроизводство (NYU). Она входит в правление Художественного совета Belmar. Рошель живет на великолепном северном побережье Джерси с мужем и дочерью.

Лаура Смит, старший редактор предполетной подготовки

Лаура начала свою карьеру в Университете Рокфеллера в 1996 году в Управлении по связям с общественностью.В 1997 году она присоединилась к RU Press в качестве ассистента тогдашнего режиссера Майкла Хельда. В 2002 году под руководством Майка Росснера Лора приступила к просмотру изображений. С тех пор она путешествовала по США и за границу, обучая других распознавать манипуляции с изображениями. Лаура живет в долине Гудзона со своей дочерью и спасательной кошечкой «Вики».

Саманта Вольнер, старший редактор-постановщик

Саманта начала работать в Rockefeller University Press в январе 2018 года. В последнее время она работала редактором Cambridge University Press и работала в художественных журналах и музеях культуры.Она получила степень бакалавра в Университете Святого Иоанна и степень магистра Колумбийского университета.

О факультете — Биологический и биотехнологический факультет — НИУ ВШЭ

Факультет биологии и биотехнологии основан в октябре 2018 года при поддержке Российской академии наук. Целью факультета является подготовка высококвалифицированных специалистов в области биологии и молекулярной биотехнологии в ответ на потребности в области науки (исследовательские центры, академические институты, технопарки) и различных секторах экономики (фармацевтика, медицина). , биотехнологическая промышленность, химическая промышленность, коммерческие структуры, работающие в области биологических наук и др. ).

Объединенная кафедра факультета создана совместно с Институтом биоорганической химии им. Шемякина-Овчинникова Российской академии наук (ИБХ РАН).

Образовательные пособия:

• Учебные программы факультета разрабатываются сотрудниками РАН, занимающимися фундаментальными исследованиями и знакомыми с наиболее актуальными тенденциями и достижениями современной биологии и биотехнологии.

• Прекрасно оборудованные аудитории Высшей школы экономики, лаборатории ИБХ РАН и возможность с первого года проведения исследований в перспективных направлениях под руководством сотрудников Академии.

• Доступ ко всем возможностям обучения в Высшей школе экономики, включая обязательные курсы по большим данным (культура данных), изучение английского языка на уровне IELTS и широкий спектр элективных курсов для получения второй специальности или формирования «индивидуальности». траектория »обучения и развития личности студента.

Персонал факультета:

С первого семестра активно занимающиеся наукой ученые мирового уровня привлекаются к преподаванию дисциплин в области современной биологии. В разработке образовательной программы приняли участие заслуженные профессора, ведущие специалисты, ученые Российской академии наук, лучшие преподаватели биологии, химии и математики Высшей школы экономики.

Это позволило создать уникальные лекционные и семинарские курсы, а также оригинальную лабораторную практику, ориентированную на выпуск высококвалифицированных специалистов в наиболее актуальных областях современной биологии.

Ожидаем от поступающих:

  • предпринимательский дух и гибкость мышления, открытость к новым областям познания и постижения окружающего мира;
  • нестандартных решений, отвечающих современным требованиям общества в области биологии и биотехнологии, ведущих к глобальным качественным изменениям;
  • страсть к биологии и желание получить новые результаты в этой области, чтобы реализовать их в виде новых продуктов и технологий, конкурентоспособных на мировом рынке.

Декан биологического и биотехнологического факультета — заслуженный деятель науки, член-корреспондент РАН, доктор биологических наук, профессор Тоневицкий А.

Образовательная программа факультета:

С 2019 года на факультете открыта бакалаврская образовательная программа по направлению «Биология» — клеточная и молекулярная биотехнология.

В 2021 году планируется первый набор на образовательную программу «Молекулярная биология» — подготовка научно-педагогических кадров в аспирантуре, 06.06.01 Биологические науки, а также планируется открытие магистерской программы для выпускников, ориентированных в том числе на академическую карьеру.

В 2022 году откроется новая бакалаврская образовательная программа «Когнитивная нейробиология», образовательный курс 06.03.01 Биология.

Международная образовательная программа «Молекулярная биология и биотехнология» Университет ИТМО

Место учебы: Санкт-Петербург, Россия
Результат (диплом или кредиты): Магистр наук (Университет ИТМО)
Продолжительность: 2 года, 120 кредитов
Язык: Английский
Срок подачи заявок: 09 августа 2022 г.
Требования для зачисления: Степень бакалавра в области биологии, микробиологии, биотехнологии, медицины или смежных областях с отличными / хорошими оценками; CV и мотивационное письмо; уровень английского языка выше среднего (B2 согласно CEFR) *
Стоимость обучения: TBA

Варианты карьеры

Специалисты, работающие в области биологии и биотехнологии, несомненно, будут востребованы ведущими научными учреждениями и компаниями медицинской и фармацевтической промышленности, а также биологическими, биотехнологическими, пищевыми и химическими предприятиями в России и за рубежом.Они также могут продолжить свою карьеру в отделах контроля качества медицины, косметики, фармацевтики и биотехнологии, а также в больницах и частных лабораториях.

Специализации

  • Современная клеточная биология и микробиология
  • Молекулярная биология
  • Промышленное посредничество в области биотехнологии

Описание программы

Программа охватывает такие важные вопросы, как высокоселективные молекулярные технологии диагностики генетических и инфекционных заболеваний человека, основанные на разработке функциональных наноустройств.

Программа молекулярной биологии и биотехнологии направлена ​​на подготовку высококвалифицированных специалистов в области новых методов диагностики и лечения, доставки лекарств, наноустройств и материалов с инновационными свойствами. Эта программа предназначена для тех, кто хотел бы заниматься наукой мирового уровня во время учебы в магистратуре.

Программа следует инновационному междисциплинарному подходу, сочетающему современные информационные технологии и современные практические методы.Программа основана на синергии экспериментов и моделирования в клетке, молекулярной и микробиологии, а также биохимии.

Практическая часть включает теоретические курсы, которые проводят ведущие ученые, специализирующиеся в области молекулярной биологии, онкологии, новых материалов для биомедицинских приложений, маркетинга новых технологий и многих других.

Специализация молекулярной биологии и биотехнологии сосредоточена на мультидисциплинарном подходе к инженерии наноматериалов и генной инженерии для обеспечения устойчивости. Программа включает в себя широкий выбор курсов, проводимых учеными мирового уровня, связанными с исследовательскими центрами, по таким предметам, как молекулярная биология; биотехнология; генная инженерия, биохимия; нанотехнологии; неорганическая химия и материаловедение; золь-гель химия и др. Программа обеспечивает доступ к современной исследовательской базе центра: оборудование для синтеза современных материалов, биоинженерное оборудование, электронная микроскопия, атомно-силовая микроскопия, инфраструктура для вычислительного анализа.Студенты имеют возможность проводить исследования по темам, связанным с текущими социальными проблемами, в сотрудничестве с амбициозными исследовательскими группами, связанными с исследовательским центром.

Программа осуществляется под эгидой SCAMT Lab (химия решений передовых материалов и технологий), специализирующейся на создании гибридных материалов с использованием химических методов мягкого раствора в наноматериаловедении и разработке биомедицинских, оптических материалов и современных промышленных материалов.

Студенты могут выполнять исследовательские проекты в составе исследовательской группы или работать над собственными стартапами в промышленной лаборатории.

Исследовательские группы:

Содержание программы

1 семестр:

  • Иностранный язык для специальных целей, 2 ECTS
  • Soft Skills, 4 ECTS
  • Обработка и анализ данных, 3 ECTS
  • Основные учебные модули, 4 ECTS
  • Научно-исследовательская работа, 9 ECTS

2 семестр:

  • Иностранный язык для специальных целей, 2 ECTS

  • Прикладной искусственный интеллект, 3 ECTS

  • Нанобиотехнологии, 3 ECTS

  • Основы генной инженерии, 6 ECTS

  • Методы в наномедицине, 6 ECTS

  • Молекулярная онкология / Современные технологии производства наноразмерных объектов и материалов / Протеомика, 3 ECTS

  • Научно-исследовательская работа, 9 ECTS

3 семестр:

  • Биоинформатика, 6 ECTS

  • Продвинутая биохимия / Создание, внедрение и продвижение новых технологий и материалов на мировом рынке / Молекулярная биороботика, 6 ECTS

  • Основы клеточного метаболизма и передачи сигналов / Технологическое прогнозирование и маркетинг / Молекулярная неврология, 6 ECTS

  • Научно-исследовательская работа, 12 ECTS

4 семестр:

Молекулярная биология , ключевые курсы:

  • Клеточные биотехнологии

  • Molecular Biorobotics

  • Молекулярная неврология

Современная клеточная биология и микробиология , ключевые курсы:

Промышленное посредничество в области биотехнологии , ключевые курсы:

  • Современные технологии производства наноразмерных объектов и материалов

  • Создание, внедрение и продвижение новых технологий и материалов на мировом рынке

  • Технологическое прогнозирование и маркетинг

* Поступающие должны успешно сдать вступительные экзамены.

Перечень вопросов вступительных экзаменов (2021)

Отзыв ученика

Хотите узнать больше? Прочтите рассказов иностранных студентов по программе молекулярной биологии и биотехнологии, чтобы узнать больше о специальности и их опыте:

«Я выиграла стипендию Федерального агентства Россотрудничества и должна была выбрать вуз.

В конце концов, я решил поступать в Университет ИТМО из-за его престижа и всемирного признания ».

Мустафа Нур, студент программы молекулярной биологии и биотехнологии

«Запуск программы онлайн был увлекательным путешествием: нам пришлось многое сделать онлайн.

Университет хорошо работает над тем, чтобы мы чувствовали себя частью ИТМО,

часть семьи, несмотря на то, что мы находимся далеко друг от друга ».

Субхраджит Баруа, студент программы молекулярной биологии и биотехнологии

Как подать заявку?

Чтобы подать заявку, заполните, пожалуйста, форму заявки и следуйте нашему пошаговому руководству для получения более подробной информации.

Хотите поступить в ИТМО без вступительных экзаменов и без платы за обучение ? Узнайте больше о наших конкурсах и соревнованиях, которые дадут вам эту удивительную возможность!

Контакт

Ассемблер генома

SPAdes | Лаборатория алгоритмической биологии

Руководство SPAdes с руководством по установке (версия 3. 0)

Руководство по dipSPAdes

Загрузить SPAdes

Сборка длинных парных считывателей Illumina (2×150 и 2×250), примечание по применению

SPAdes на тесте наборов данных GAGE-B

Контрольный показатель для других наборов данных

Электронная почта поддержки: [email protected]

Для тестов мы использовали:

E. coli K-12 MG1655 эталонная длина составляет 4639675 п.н. с 4324 аннотированными генами. S. aureus USA300 FPR3757 (хромосома и три плазмиды) Контрольная длина составляет 29 п.н. с 2622 аннотированными генами.

Учитывались только контиги длиной 500 п.н. и более. Таблицы были получены с использованием QUAST 2.3.

Сборка NG50 # contigs Самый большой Общая длина MA ММ ИНД ГФ (%) # гены
Одноэлементный E. кишечная палочка
A5 14399 745 101584 4441145 8 12.01 0,14 89,880 3444
ABySS 68534 179 178720 4345617 6 0,81 88,268 3704
CLC 32506 503 113285 4656964 2 5,53 0,91 92,291 3768
EULER-SR 26662 429 140518 4248713 19 19,40 84,898 3416
Луч 45448 361 210820 4379139 17 6.22 1,29 88,372 3636
SOAP Деново 1540 1166 51517 2958144 1 0,11 57.672 1766
Бархат 22648 261 132865 3501984 2 2,19 1,20 73.765 3080
E + V-SC 32051 344 132865 4540286 2 0,68 91,744 3771
Контиги IDBA-UD 98306 244 284464 4814043 8 5,09 0,25 95.210 4045
Подмости ИДБА-УД 109057 229 284464 4813609 8 0,72 95.199 4052
SPAdes3.0 контигов 110081 240 268493 4798198 1 3,54 0,64 94.940 4038
Подмости SPAdes3.0 112393 234 268493 4800145 1 0,79 94.962 4043
Изолят E. coli
A5 43651 176 181690 4551797 0 0,09 98.017 4163
ABySS 106155 96 221861 4619631 2 3,77 0,39 98.974 4241
CLC 86964 112 221549 4550314 1 0,29 98.094 4205
EULER-SR 110153 100 221409 4574240 9 3,16 5,03 98.102 4192
Луч 86246 98 221942 4634429 2 0,09 96,903 4136
SOAP Деново 49626 181 165487 4535469 0 0.15 0,09 97,696 4132
Бархат 82776 120 242032 4554702 3 0,33 98,175 4196
E + V-SC 54856 171 166115 4539639 0 1,30 0,11 97,795 4134
Контиги IDBA-UD 106844 110 221687 4565529 3 0,28 98,331 4206
Подмости ИДБА-УД 133098 93 284363 4565454 4 4,08 0,59 98,355 4216
SPAdes3.0 контигов 133088 92 285414 4558033 0 0,33 98,137 4208
Подмости SPAdes3.0 133309 90 285414 4558337 0 2,59 0,42 98,156 4212
Одноэлементный S. золотистый
A5 4829 937 41828 2770402 8 24,63 0,37 91,581 1815
ABySS 43173 185 175286 2899223 4 0,43 96,578 2456
EULER-SR 7247 750 66549 2988161 46 21,85 10,67 94,436 2009
Луч 62026 84 125177 2947717 13 0,96 92.936 2412
SOAP Деново 510 1047 27317 1473402 0 1.32 0,29 46,717 595
Бархат 15656 347 67677 2746768 3 4,27 93.181 2274
E + V-SC 32296 215 107657 2932416 5 6,92 4,89 97,519 2478
Контиги IDBA-UD 87549 114 175236 2996997 7 0,66 98.655 2568
Подмости ИДБА-УД 111392 99 210360 2996115 7 2,50 1,35 98.678 2574
SPAdes3.0 контигов 148260 101 284175 2996547 4 1.01 98,596 2579
Подмости SPAdes3.0 159252 99 429536 2997079 4 4,62 1.08 98,614 2579

A5 и CLC 3.22.55708 были запущены с параметрами по умолчанию: ABySS 1. 3.5, EULER-SR 2.0.1, Ray 2.2.0, SOAPdenovo 2.04, Velvet 1.2.07 и E + V-SC выполнялись с размером вершины 55. IDBA-UD 1.1.0 выполнялся в итеративном режиме по умолчанию.

Общий размер сборки может увеличиваться (а в некоторых случаях превышать размер генома) из-за контаминантов (см. Chitsaz et al. (2011)), неправильно собранных контигов, повторов и концентраторов, которые вносят вклад в множественные контиги. Процент покрытых геномов E. coli и S. aureus отфильтровывает эти проблемы (GF (%), столбец «Доля генома (%)»).

Статистика NG50 такая же, как и для N50, за исключением того, что используется размер генома, а не размер сборки.

Ошибочные сборки (MA) — это места на собранном контиге, где левая фланкирующая последовательность выравнивается более чем на 1 kb от правой фланкирующей последовательности на эталоне.

Частота ошибок несовпадения (замены) (MM) и количество отступов (IND) на 100 kbp измеряются в выровненных областях контигов.

В каждом столбце лучшие сборщики по данному критерию обозначены жирным шрифтом .

Тестирование гибридных сборок

SPAdes 3.0 на наборах данных Illumina + PacBio E. coli .

Сборка NG50 # contigs Самый большой Общая длина MA ММ ИНД ГФ (%) # гены
E.coli K-12 Только для Illumina
SPAdes 3.0 контигов 133088 92 285414 4558033 0 2,17 0,33 98,137 4208
E. coli K-12 Illumina + PacBio P4
SPAdes 3.0 контигов 4647797 5 4647797 4650744 0 (6 *) 8,71 0,71 99.999 4322
Подмости SPAdes 3.0 4647797 5 4647797 4650744 0 (6 *) 0,71 99.999 4322

* Неправильная сборка не настоящая и соответствует разнице относительно артикула

Для тестов мы использовали:

  • E.coli K-12 MG1655 Стандартный набор данных изолята Illumina, описанный выше
  • E. coli K-12 MG1655 Набор данных PacBio RS II C2 / P4 доступен в PacBio DevNet

SPAdes 3.0, экспериментальное тестирование IonTorrent на наборах данных E. coli .

Сборка NG50 # contigs Самый большой Общая длина MA ММ ИНД ГФ (%) # гены
E. coli Dh20B (R17-67)
SPAdes 3.0 контигов 97052 109 326325 4495193 2 1,69 8,62 95,840 4142
Подмости SPAdes 3.0 97052 108 326325 4495961 3 1.69 8,62

4144

E. coli O157: H7 (BEA-1108)
SPAdes 3.0 контигов

145024

220

316929

5395996

2

3,51

96,314

НЕТ

Подмости SPAdes 3.0

145024

219

316929

5396398

2

8,30

3,58

96,310

НЕТ

Для тестов мы использовали:

  • E.coli Dh20B (R17-67) секвенирован на чипе 318v2 и доступен на IonCommunity
  • E. coli O157: Набор данных H7 Sakai (EHEC) (BEA-1108) секвенирован на чипе 314 с ферментом HiQ и доступен на IonCommunity

Публикации по теме

  • С. Нурк, А. Банкевич, Д. Антипов, А. А. Гуревич, А. Коробейников, А. Лапидус, А. Д. Пржибельский, А. Пышкин, А. Сироткин, Ю. Сироткин, Р. Степанаускас, Дж. С. Маклин, Р.Ласкен, С. Р. Клингенпил, Т. Войке, Г. Теслер, М. А. Алексеев, П. А. Певзнер. Сборка одноклеточных геномов и мини-метагеномов из химерных продуктов MDA . Журнал вычислительной биологии 20 (10) (2013), 714-737. DOI: 10.1089 / cmb.2013.0084

  • Антон Банкевич, Сергей Нурк, Дмитрий Антипов, Алексей А. Гуревич, Михаил Дворкин, Александр Сергеевич Куликов, Валерий Михайлович Лесин, Сергей Иванович Николенко, Сын Фам, Андрей Дмитриевич Пржибельский, Алексей В. Пышкин, Александр В.Сироткин, Николай Вяххи, Гленн Теслер, Макс А. Алексеев и Павел А. Певзнер. SPAdes: новый алгоритм сборки генома и его приложения для секвенирования отдельных клеток . Журнал вычислительной биологии 19 (5) (2012), 455-477. DOI: 10.1089 / cmb.2012.0021

  • Сын К. Фам, Дмитрий Антипов, Александр Сироткин, Гленн Теслер, Павел А. Певзнер и Макс А. Алексеев. Графики набора путей: новый подход к всестороннему использованию парных считываний в сборке генома . Журнал вычислительной биологии (2012). DOI: 10.1089 / cmb.2012.0098

  • Николай Вяххи, Сын К. Фам и Павел А. Певзнер. От графов де Брейна к прямоугольным графам для сборки генома . Конспект лекций по биоинформатике 7534 (2012), стр. DOI: 10.1007 / 978-3-642-33122-0_20
  • Николенко Сергей Иванович, Коробейников Антон Иванович и Макс. А. Алексеев. BayesHammer: Байесовская кластеризация для исправления ошибок при секвенировании отдельных клеток . BMC Genomics (2013) 14 (S1): S7. DOI: 10.1186 / 1471-2164-14-S1-S7

  • Алексей Гуревич, Владислав Савельев, Николай Вяххи и Гленн Теслер. QUAST: инструмент оценки качества сборки генома. Биоинформатика 29 (8), стр. 1072-1075. DOI: 10.1093 / биоинформатика / btt086


«Я хотел бы поблагодарить вас за отличную работу, которую вы делаете с SPAdes. Это очень полезная программа! »

Лайонел Гай

Уппсальский университет, Швеция

«Спасибо за ваш замечательный ассемблер SPAdes, мы успешно собрали несколько культивируемых организмов, и ваш ассемблер всегда работал лучше, чем другие ассемблеры, когда он работал с данными PE- и / или MP MiSeq, которые мы обычно используем.”

Д-р Харальд Р. Грубер-Водичка

Группа симбиоза

Институт морской микробиологии Макса Планка, Бремен, Германия

«Мы также получаем хорошие результаты с SPAdes для метагеномных образцов, благодаря его усилиям по восстановлению как можно большей геномной последовательности».

Amr Abouelleil

Аналитик по сборке биоинформатики в Институте Броуда

«Недавно я использовал SPAdes для чтения ассемблера, созданного на платформе Illumina (2 x 250 bp). Сборки выглядят очень хорошо! »

Марк де Бин

Кафедра медицинской микробиологии

Университетский медицинский центр Утрехта (UMCU) Нидерланды

Благодарности

Работа поддержана Правительством Российской Федерации (грант 11.G34.31.0018) и Национальными институтами здравоохранения США (грант NIH 3P41RR024851-02S1). Любые мнения, выводы и заключения или рекомендации, выраженные в этом материале, принадлежат автору (авторам) и не обязательно отражают точку зрения организаций или агентств, оказавших поддержку проекту.

.

Author: alexxlab

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *