Критерии вида, генетический, морфологический, экологический, физиологический, географический, исторический, биохимический, примеры критериев вида и их роль
Критерии вида определяют, как ярко выражены черты и свойства, отличающие один вид от другого.
Видом считается исторически образовавшееся объединение популяций, где особи наделены генетическим соответствием, подобием морфологическим, физиологическим, свободой скрещивания и дальнейшего размножения, пребывают в определенном ареале в особых жизненных условиях.
Генетический (генетико-репродуктивный) критерий вида
Генетическая связь исходная причина внешнего подобия организмов и первичный признак для объединения в обособленную совокупность особей.
Для особей в пределах одного вида характерен определенный набор хромосом, их количественное значение, величина и наружные очертания.
Цитогенетический критерий служит важнейшим признаком вида. Ввиду различного набора хромосом живые организмы разных видов придерживаются особой изоляции в производстве потомства и не имеют возможности скрещиваться.
Исследование формы и числа хромосом выполняется с помощью цитологического метода. Число структурных элементов клеточного ядра отличительная черта вида.
Морфологический критерий вида
Согласно морфологическому методу, особей одного вида объединяют по сходным форме и строению. По внешнему облику черную и белую ворон относят к разным видам.
Морфологические признаки одни из основных, но часто не определяющие. В природе обитают совокупности организмов, обладающие общими внешними чертами, но не скрещивающиеся. Они являются видами-двойниками.
Пример разновидности комаров, ранее относимые к малярийным. Их отличает не сходная пищевая база, относящая особей к различным экологическим нишам.
Экологический критерий вида
Причастность к индивидуальной среде обитания является основополагающим принципом экологического критерия.
Один вид комаров питается кровью млекопитающих, другой – птиц, третий – пресмыкающихся. При этом некоторые совокупности насекомых служат переносчиками малярии, а другие – нет.
Соответственно, два различных вида не могут сосуществовать в пределах одной экологической ниши, но разные живые организмы одного вида могут находиться в несходной среде обитания. Группы этих однородных популяций названы экотипами.
Физиологический (физиолого-биохимический) критерий вида
Физиологический критерий проявляется в связи с особенностями сложного комплекса жизнедеятельности организма и его отдельных систем. Согласно этой классификации, особи объединяются по сходству процессов размножения.
Организмы за пределами одного вида практически не способны к скрещиванию или дают бесплодное потомство. Но существуют отдельные представители, способные к размножению и дающие жизнеспособное потомство.
Поэтому деление на виды, исходя только из физиологического признака, ошибочно.
Географический критерий вида
Географический критерий основан на выделении мест распространения особей на определенных территориальных областях. Но часто ареалы различных видов перекрываются или разрываются, что ставит под сомнение абсолютное применение метода.
Поведенческий критерий вида
Поведенческий, или этологический критерий, характеризует межвидовые различия в поведении особей.
Песни птиц или звуки, издаваемые насекомыми, используются для распознавания определенных типов животных. Важную роль играет поведение в период спаривания, размножения и характер заботы о потомстве.
Критерии вида таблица для уроков биологии с примерами
Название критерия | Краткая характеристика | Примеры | Относительность критерия |
Генетический | Отличаются определенным кариотипом и способностью скрещиваться, с рождением плодовитого потомства | У людей 46 хромосом | У одного вида наблюдаются особи с различным количеством и строением хромосом (особи домовой мыши, долгоносика). Различные виды могут обладать совпадающим числом хромосом (у капусты и редьки по 18 хромосом, у ржи и ячменя по 14, волки, шакалы и койоты обладают совпадающим набором хромосом). |
Морфологический | Подобие внешних форм и строения организмов | Гадюки (обыкновенная, степная, гюрза), птицы пищухи (степная и рыжая). Амурских тигров отличает схожее строение, окрас, густая шерсть и крупные размеры. | Наличие двух различных морфологических форм у одного вида (наличие разнообразной окраски у гадюки обыкновенной), наличие двойников (комары малярийные, роза морщинистая и шиповник, ромашка аптечная и ромашка полевая). |
Экологический | Сочетание факторов среды обитания, существование в пределах определенной экологической ниши | Местом обитания травяной лягушки служит суша, а лягушки прудовой – вода. Среда обитания ласточек береговушек – норы на речных пологих берегах, а ласточка городская гнездится в городе, ласточка деревенская живет в сельской местности. | Одинаковый вид волков обитает в лесостепи и тундровой зоне, сосна обыкновенная произрастает на болотах, в песчаных дюнах и выровненных местностях боровых трасс. |
Физиологический | Генетическая независимость особей складывается за счет явного физиологического своеобразия, невозможности спариваться организмам, принадлежащих к различным видам. | Дикая лошадь тарпан, скрещиваясь с лошадью Пржевальского, дает бесплодное потомство, а при гибридизации косули европейской и косули сибирской развивается плод слишком больших размеров, приводящий к смерти самки при родах. | В природе часто бывают межвидовые гибриды, приспособленные к жизни и дающие потомство (спаривание волков обыкновенных и собак дает здоровое плодовитое потомство, скрещиваются тополь и ива, гибриды льва и самца тигра – тигрольвы). |
Географический | Определенная область размещения в рамках единого ареала. | Амурский тигр распространен в Приморском и Хабаровском крае, Маньчжурии, а суматранский – на острове Суматра. | Наличие категорий, обитающих повсеместно (рыжий таракан, сапсан, муха домовая). Перелетных птиц отличает существование вне определенных ареалов. В рамках одного ареала – Мексики, встречаются различные видовые группы кактусов. |
Поведенческий | Особенности повадок в брачный период (особые звуки, характерные ритуалы). | Звуки, издаваемые самцами певчих птиц, распускание хвоста самцом павлина. | Известны различные отдельные совокупности особей со схожим поведением. |
Морфологические признаки представителей флоры и фауны
Волк обыкновенный
Род волков состоит из семи видов и 17 подвидов, относящихся к волку обыкновенному, или серому (Canis lupus). Деление на подвидовые группы произошло благодаря различным пропорциям тела и цвета волосяного покрова.
Морфологические признаки:
- крупные размеры,
- внешнее сходство с собакой, различия в более покатой лобной части, вытянутых лапах, опущенной задней части туловища, прямом хвосте и особенном строении волосяного покрова,
- темно-серая полоса по хребту, макушка головы в темных отметинах, характерная «маска» на морде,
- окрас серо-бурый, охристо-ржавый и палевый, корни и кончики волоса темные, середина – светлых тонов.
География обитания отличается широтой ареалов. Существует в стаях от 2 до 40 животных. Отличается высокосоциальным развитием. Издают различные звуки, способствующие общению между особями.
Волк относится к типичным хищникам, но в рационе присутствует и растительная пища.
Волк относится к моногамным животным, живущим в паре от спаривания до взросления потомства. Брачные игры длятся с января по март. Половая зрелость у самцов наступает от 2 до 3 лет, у самок – к 2 годам.
Кактус
Многочисленное семейство кактусовых насчитывает примерно 2800 видов и делится на 3 подсемейства:
- Пейрескиевые кактусы включают лиственных представителей,
- Опунциевые состоят из плоских кактусов и подразделяются по форме побегов на 3 группы,
- Цереусовые включают растения, лишенные листьев и глохидий.
Отличительные морфологические признаки:
- наличие ареола, представленного колючками или волосками,
- уникальное строение плода и цветка, являющегося тканью стебля.
Ареалом кактусовых являются Северная и Южная Америка.
Амурский тигр
Амурский тигр от других тигров отличается по географическому и морфологическому признакам. Ареал – Дальний Восток и северная часть Китая.
К внешним отличиям относятся:
- густой и длинный мех,
- меньшее количество полос.
Какой критерий вида самый точный
Определить наиболее четкие границы между видовыми группами можно с помощью генетического метода.
Но в природе не может существовать полной генетической изолированности, поэтому для выявления принадлежности организма к определенной видовой категории необходимо использовать несколько различных критериев.
Самый древний видовой критерий
К наиболее старому и широко распространенному методу описания новых видов относится морфологический критерий, систематизирующий особей по внешнему сходству.
Этот метод и наименее точный в силу частого существенного отличия организмов определенного вида и морфологического подобия различных особей.
Заключение
Видовые критерии способствуют глубокому изучению, разбору и наиболее точной систематизации организмов. На Земле насчитывается более миллиона описанных видов и большое количество еще неизвестных и неизученных.
Исследование видовых особенностей способствует пониманию процесса эволюции на Земле.
Критерии вида [Признаки] — типы, какие бывают, сколько, классификация, примеры, разновидности, вики — WikiWhat
Морфологический критерий
Морфологический критерий отражает внешнее и внутреннее сходство особей одного вида.
Так, чёрная и белая вороны относятся к различным видам, что можно определить по их внешнему виду. Но и организмы, которые относятся к одному виду, могут отличаться друг от друга некоторыми признаками и свойствами. Однако эти различия очень незначительны по сравнению с теми, что наблюдаются у особей разных видов. Между тем существуют виды, которые обладают внешним сходством, но не могут скрещиваться между собой. Это так называемые виды-двойники. Так, у дрозофилы, малярийного комара и чёрной крысы установлено два вида-двойника. Виды-двойники встречаются также у земноводных, пресмыкающихся, птиц и даже у млекопитающих. Следовательно, морфологический критерий не является определяющим для разграничения видов. Однако данный критерий в течение длительного времени считался основным и единственным при определении видов (рис. 39).
Физиологический критерий
В основе физиологического критерия лежит сходство жизненных процессов у особей каждого вида, в особенности размножения.
Представители различных видов не скрещиваются между собой, а если и скрещиваются, то не дают потомства. Нескрещиваемость видов объясняется различиями в строении половых органов, разными сроками размножения и другими причинами. Однако в природе бывают случаи, когда некоторые виды растений (тополь, ива), птиц (канарейка) и животных (зайцы) могут скрещиваться между собой и давать потомство. Это также свидетельствует о том, что одного физиологического критерия также недостаточно для разграничения видов.
Биохимический критерий
Организмы различных видов различаются по своему химическому составу, т. е. по содержанию белков, углеводов, липидов, нуклеиновых кислот и других органических веществ. Но главными считаются различия в качестве и количестве молекул ДНК и белков в клетке. При определении видовой принадлежности организмов решающее значение имеет установление различий в их нуклеиновых кислотах.
Географический критерий
Ареал, занимаемый видом, может быть широким или узким, повсеместным или ограниченным. Один ареал могут населять два или три вида, а другие — несколько или множество видов. Следовательно, географический критерий так же, как и другие, не может быть определяющим.
Экологический критерий
см. Экологический критерий вида Материал с сайта http://wikiwhat.ru
Под этим критерием понимают конкретные условия среды, в которых живут и к которым приспособились особи того или иного вида. Например, на полях и лугах произрастает ядовитый, во влажных местах — ползучий, по берегам рек, водоёмов, по болотистым местам — жгучий лютик.
Генетический критерий
Под этим критерием понимаются характерные для каждого вида набор хромосом, строение и окраска. Один вид-двойник чёрной крысы имеет 38, другой — 42 хромосомы. Хотя генетический критерий характеризуется некоторым постоянством, это сходство относительно, так как внутри вида могут наблюдаться различия по числу и строению хромосом. Кроме того, у разных видов число хромосом может быть одинаковым. Например, капуста и редька имеют по 18 хромосом.
Картинки (фото, рисунки)
Рис. 39. Критерии вида: А — морфологический: 1 — большая синица; 2 — синица лазоревка; Б — генетический: 1, 2 — виды крыс, обладающих различным набором хромосом; В — физиологический: 1 — овсянка обыкновенная; 2 — овсянка садовая; Г — биохимический: 1 — люпин многолистный; 2 — жёлтый люпин узколистный; Д — экологический: 1 — лютик ядовитый; 2 — лютик стелющийся; Е — географический: поле, влажные луга; 1 — европейская ель; 2 — сибирская ель
Какие существуют критерии вида?
Критерии вида [Признаки] — типы, какие бывают, сколько, классификация, примеры, разновидности, вики — WikiWhat
Морфологический критерий
Морфологический критерий отражает внешнее и внутреннее сходство особей одного вида.Так, чёрная и белая вороны относятся к различным видам, что можно определить по их внешнему виду. Но и организмы, которые относятся к одному виду, могут отличаться друг от друга некоторыми признаками и свойствами. Однако эти различия очень незначительны по сравнению с теми, что наблюдаются у особей разных видов. Между тем существуют виды, которые обладают внешним сходством, но не могут скрещиваться между собой. Это так называемые виды-двойники. Так, у дрозофилы, малярийного комара и чёрной крысы установлено два вида-двойника. Виды-двойники встречаются также у земноводных, пресмыкающихся, птиц и даже у млекопитающих. Следовательно, морфологический критерий не является определяющим для разграничения видов. Однако данный критерий в течение длительного времени считался основным и единственным при определении видов (рис. 39).
Физиологический критерий
Представители различных видов не скрещиваются между собой, а если и скрещиваются, то не дают потомства. Нескрещиваемость видов объясняется различиями в строении половых органов, разными сроками размножения и другими причинами. Однако в природе бывают случаи, когда некоторые виды растений (тополь, ива), птиц (канарейка) и животных (зайцы) могут скрещиваться между собой и давать потомство. Это также свидетельствует о том, что одного физиологического критерия также недостаточно для разграничения видов.
Биохимический критерий
Организмы различных видов различаются по своему химическому составу, т. е. по содержанию белков, углеводов, липидов, нуклеиновых кислот и других органических веществ. Но главными считаются различия в качестве и количестве молекул ДНК и белков в клетке. При определении видовой принадлежности организмов решающее значение имеет установление различий в их нуклеиновых кислотах.
Географический критерий
Ареал, занимаемый видом, может быть широким или узким, повсеместным или ограниченным. Один ареал могут населять два или три вида, а другие — несколько или множество видов. Следовательно, географический критерий так же, как и другие, не может быть определяющим.
Экологический критерий
см. Экологический критерий вида Материал с сайта http://wikiwhat.ru
Под этим критерием понимают конкретные условия среды, в которых живут и к которым приспособились особи того или иного вида. Например, на полях и лугах произрастает ядовитый, во влажных местах — ползучий, по берегам рек, водоёмов, по болотистым местам — жгучий лютик.
Генетический критерий
Под этим критерием понимаются характерные для каждого вида набор хромосом, строение и окраска. Один вид-двойник чёрной крысы имеет 38, другой — 42 хромосомы. Хотя генетический критерий характеризуется некоторым постоянством, это сходство относительно, так как внутри вида могут наблюдаться различия по числу и строению хромосом. Кроме того, у разных видов число хромосом может быть одинаковым. Например, капуста и редька имеют по 18 хромосом.
Картинки (фото, рисунки)
Рис. 39. Критерии вида: А — морфологический: 1 — большая синица; 2 — синица лазоревка; Б — генетический: 1, 2 — виды крыс, обладающих различным набором хромосом; В — физиологический: 1 — овсянка обыкновенная; 2 — овсянка садовая; Г — биохимический: 1 — люпин многолистный; 2 — жёлтый люпин узколистный; Д — экологический: 1 — лютик ядовитый; 2 — лютик стелющийся; Е — географический: поле, влажные луга; 1 — европейская ель; 2 — сибирская ель
Какие существуют критерии вида?
Название критерия | Какими общими признаками по этому критерию должны обладать особи, чтобы отнести их к одному виду. | Исключение |
1. Морфологический | Сходство внешнего и внутреннего строения организмов. | Виды – двойники, половой диморфизм, полиморфизм особей одного вида. Учёные обнаружили виды двойники у растений, рыб, насекомых, млекопитающих. У чёрных крыс два вида-двойника, внешне не отличающихся друг от друга, с 38 и 42 хромосомами. Ранее считавшийся один вид малярийного комара разделён на 6 видов-двойников. У многих птиц ярко выражен половой диморфизм, например разная окраска самцов и самок у представителей отряда Куриные (тетерев, глухарь). У кряквы самец ярко окрашен, а самка темно-бурая. У благородного оленя самцы имеют рога, а у самок их нет. У бабочки капустной белянки гусеница отличается от взрослой особи внешними признаками. У папоротника щитовника мужского спорофит имеет листья и корни, а гаметофит представлен зеленой пластинкой с ризоидами. Рыбка-щиповка имеет 3 вида –двойника. По одному морфологическому критерию нельзя судить, относятся ли особи к одному виду. |
2. Биохимический | Сходны по биохимическим показателям (химический состав, состав и структура белков и нуклеиновых кислот) | Есть очень близкие виды по биохимическому составу, поэтому один биохимический критерий нельзя использовать для определения вида. Ряд биологически активных веществ играют аналогичную роль в обмене веществ у разных видов. Например, хлорофилл у всех зеленых растений участвует в фотосинтезе. |
3. Физиологический | Сходство всех процессов жизнедеятельности и возможность получения плодовитого потомства при скрещивании. Представители разных видов не скрещиваются или потомство бесплодно. Нескрещиваемость объясняется разным строением половых органов, разными сроками размножения. | Собака х волк – плодовитое потомство — волкособ. Тополь х ива – плодовитое потомство. Канарейка х зяблик – плодовитое потомство. |
4. Генетический | Хромосомный набор – главный критерий. Генетическая изоляция видов. Особи одного вида скрещиваются между собой и дают плодовитое потомство (основан на сходстве числа хромосом, их форм и строения) | Наличие межвидовых гибридов. Геномный полиморфизм: козья ива имеет диплоидное — 38 и тетраплоидное число хромосом — 76. У серебряного карася встречаются популяции с набором хромосом 100, 150, 200, тогда как нормальное число их равно 50. |
5. Цитологический | Одинаковое строение клеток у особей одного вида. | Хромосомный полиморфизм в пределах вида. У разных видов число хромосом может быть одинаковым: у человека и тополя – 46 хромосом, но они имеют разную форму и размеры. |
6. Географический | Занимают определенный ареал. Он бывает большим или меньшим, сплошным или прерывистым. Лиственница сибирская распространена в Сибири (Зауралье), а лиственница даурская — в Приморском крае (Дальний Восток). | Есть виды-космополиты, обитающие повсеместно: сорные растения, насекомые-вредители. Ареалы многих видов совпадают. |
7. Экологический | Сходны способом питания, местом обитания, условиями факторов внешней среды, необходимых для их существования. Каждый из 14 видов дарвиновых вьюрков (названных так в честь Ч. Дарвина, впервые обратившего на них внимание), обитающих на Галапагосских островах, имеет свою специфическую эконишу, отличающуюся от других, прежде всего характером корма и путями его добывания. | Экологические ниши разных видов перекрываются. Выведение человеком новых пород животных и сортов растений показало, что особи одного вида (дикие и окультуренные) могут жить в сильно различающихся условиях среды. Это доказывает относительный характер экологического критерия. |
8. Исторический | Единая история возникновения и развития вида, общие предки. | У некоторых видов неизвестны конкретные далёкие предки. |
9. Этологический | Особи одного вида схожи по поведенческим признакам. | Существуют виды, имеющие сходное поведение. |
Тест по теме «Критерии вида» Вариант1
Ответы: 1-б,2-в, 3-в,4-б, 5-в, 6- ААББА |
Биология критерии вида таблица характеристика недостатки. Критерии вида. Значение атмосферных осадков на примере экологического критерия вида
3.3. Структура хромосом Каждая хроматида содержит одну молекулу ДНК, связанную с белками-гистонами и негистоновыми белками. В настоящее время принята нуклеосомная модель организации хроматина эукариот (Kornberg R., 1974; Olins А., Olins D., 1974).Согласно этой модели, белки-гистоны (они
автора Лелевич Владимир ВалерьяновичГлава 4. Критерии половой принадлежности у человека Заложенная древнегреческой культурой традиция доминирования мужчин над женщинами вне дома (прежде всего, речь идет о социальной жизни и политике) существенным образом повлияла на развитие научных представлений об
Из книги автораГлава 9. Рыцарь и прекрасная дама: критерии мужской и женской привлекательности Внешняя привлекательность: модель множественной приспособленности Эмпирические данные свидетельствуют о том, что естественный отбор может оказывать влияние на социальное восприятие
Вид (лат. species) — таксономическая, систематическая единица, группа особей с общими морфофизиологическими, биохимическими и поведенческими признаками, способная к взаимному скрещиванию, дающему в ряду поколений плодовитое потомство, закономерно распространённая в пределах определённого ареала и сходно изменяющаяся под влиянием факторов внешней среды. Вид — реально существующая генетически неделимая единица живого мира, основная структурная единица в системе организмов, качественный этап эволюции жизни.
Долгое время считалось, что любой вид — это закрытая генетическая система, то есть между генофондами двух видов нет обмена генами. Это утверждение верно для большинства видов, однако из него есть исключения. Так, к примеру, львы и тигры могут иметь общее потомство (лигры и тиграны), самки которого плодовиты — могут рожать как от тигров, так и львов. В неволе скрещиваются и многие другие виды, которые в природных условиях не скрещиваются из-за географической или репродуктивной изоляции. Скрещивание (гибридизация) между разными видами может происходить и в природных условиях, особенно при антропогенных нарушениях среды обитания, нарушающих экологические механизмы изоляции. Особенно часто гибридизуются в природе растения. Заметный процент видов высших растений имеет гибридогенное происхождение — они образовались при гибридизации в результате частичного или полного слияния родительских видов.
Основные критерии вида
1. Морфологический критерий вида. Основан на существовании морфологических признаков, характерных для одного вида, но отсутствующих у других видов.
Например: у гадюки обыкновенной ноздря находится в центре носового щитка, а у всех других гадюк (носатая, малоазиатская, степная, кавказская, гюрза) ноздря смещена к краю носового щитка.
В то же время в пределах видов существуют значительные индивидуальные морфологические различия. Например, гадюка обыкновенная представлена множеством цветовых форм (черные, серые, голубоватые, зеленоватые, красноватые и другие оттенки). Эти признаки не могут использоваться для разграничения видов.
2. Географический критерий. Основан на том, что каждый вид занимает определенную территорию (или акваторию) – географический ареал. Например, в Европе одни виды малярийного комара (род Anopheles) населяют Средиземноморье, другие – горы Европы, Северную Европу, Южную Европу.
Однако географический критерий не всегда применим. Ареалы разных видов могут перекрываться, и тогда один вид плавно переходит в другой. В этом случае образуется цепь викарирующих видов (надвид, или серия), границы между которыми часто можно установить только путем специальных исследований (например, чайка серебристая, клуша, западная, калифорнийская).
3. Экологический критерий. Основан на том, что два вида не могут занимать одну экологическую нишу. Следовательно, каждый вид характеризуется своими собственными отношениями со средой обитания.
Однако в пределах одного вида разные особи могут занимать разные экологические ниши. Группы таких особей называются экотипами. Например, один экотип сосны обыкновенной населяет болота (сосна болотная), другой – песчаные дюны, третий – выровненные участки боровых террас.
Совокупность экотипов, образующих единую генетическую систему (например, способных скрещиваться между собой с образованием полноценного потомства) часто называется эковидом.
4. Молекулярно-генетический критерий. Основан на степени сходства и различия последовательностей нуклеотидов в нуклеиновых кислотах. Как правило, для оценки степени сходства или различия используются «некодирующие» последовательности ДНК (молекулярно-генетические маркеры). Однако в пределах одного и того же вида существует полиморфизм ДНК, а разные виды могут характеризоваться сходными последовательностями.
5. Физиолого-биохимический критерий. Основан на том, что разные виды могут различаться по аминокислотному составу белков. В то же время в пределах вида существует белковый полиморфизм (например, внутривидовая изменчивость многих ферментов), а разные виды могут иметь сходные белки.
6. Цитогенетический (кариотипический) критерий. Основан на том, что каждый вид характеризуется определенным кариотипом – числом и формой метафазных хромосом. Например, у всех твердых пшениц в диплоидном наборе 28 хромосом, а всех мягких – 42 хромосомы. Однако у разных видов могут быть очень сходные кариотипы: например, у большинства видов семейства кошачьих 2n=38 . В то же время, в пределах одного вида может наблюдаться хромосомный полиморфизм. Например, у лосей евразийских подвидов 2n=68, а у лосей североамериканских видов 2n=70 (в кариотипе североамериканских лосей на 2 метацентрика меньше и на 4 акроцентрика больше). У некоторых видов существуют хромосомные расы, например, у черной крысы – 42-хромосомная (Азия, Маврикий), 40-хромосомная (Цейлон) и 38-хромосомная (Океания).
7. Репродуктивный критерий. Основан на том, что особи одного вида могут скрещиваться между собой с образованием плодовитого потомства, похожего на родителей, а особи разных видов, обитающих совместно, не скрещиваются между собой, или их потомство бесплодно.
Однако известно, что в природе часто распространена межвидовая гибридизация: у многих растений (например, ивы), ряда видов рыб, земноводных, птиц и млекопитающих (например, волк и собака). В то же время в пределах одного вида могут существовать группировки, репродуктивно изолированные друг от друга.
8. Этологический критерий. Связан с межвидовыми различиями в поведении у животных. У птиц для распознавания видов широко используется анализ песен. По характеру издаваемых звуков различаются разные виды насекомых. Разные виды североамериканских светляков различаются по частоте и цвету световых вспышек.
9. Исторический (эволюционный) критерий. Основан на изучении истории группы близких видов.
ГЕОГРАФИЧЕСКИМ КРИТЕРИЕМ ВИДА ЯВЛЯЕТСЯ ЧТО
Этот критерий носит комплексный характер, поскольку включает сравнительный анализ современных ареалов видов (географический критерий), сравнительный анализ геномов (молекулярно-генетический критерий), сравнительный анализ цитогеномов (цитогенетический критерий) и другие.
Ни один из рассмотренных критериев вида не является главным или наиболее важным. Для четкого разделения видов необходимо их тщательное изучение по всем критериям.
В связи с неодинаковыми условиями среды особи одного вида в пределах ареала распадаются на более мелкие единицы — популяции. Реально вид существует именно в виде популяций.
Виды бывают монотипическими — со слабо дифференцированной внутренней структурой, они характерны для эндемиков. Политипические виды отличаются сложной внутривидовой структурой.
Внутри видов могут быть выделены подвиды — географически или экологически обособленные части вида, особи которых под влиянием факторов среды в процессе эволюции приобрели устойчивые морфофизиологические особенности, отличающие их от других частей этого вида. В природе особи разных подвидов одного вида могут свободно скрещиваться и давать плодовитое потомство.
Название вида
Научное название вида биномиально, то есть состоит из двух слов: названия рода, к которому принадлежит данный вид, и второго слова, называемого в ботанике видовым эпитетом, а в зоологии — видовым названием.
Первое слово — существительное в единственном числе; второе — либо прилагательное в именительном падеже, согласованное в роде (мужском, женском или среднем) с родовым названием, либо существительное в родительном падеже. Первое слово пишется с заглавной буквы, второе -со строчной.
- Petasites fragrans — научное название вида цветковых растений из рода Белокопытник (Petasites) (русское название вида — Белокопытник душистый). В качестве видового эпитета использовано прилагательное fragrans («душистый»).
- Petasites fominii — научное название ещё одного вида из этого же рода (русское название — Белокопытник Фомина). В качестве видового эпитета использована латинизированная фамилия (в родительном падеже) ботаника Александра Васильевича Фомина (1869-1935), исследователя флоры Кавказа.
Иногда используются также записи для обозначения неопределённых таксонов в ранге вида:
- Petasites sp. — запись обозначает, что имеется в виду таксон в ранге вида, относящийся к роду Petasites.
- Petasites spp. — запись обозначает, что имеются в виду все таксоны в ранге вида, входящие в род Petasites (либо все остальные таксоны в ранге вида, входящие в родPetasites, но не включённые в некий данный список таких таксонов).
Понятие вида. Вид как таксономическая категория
Чтобы изучать многообразие жизни, человеку необходимо было разработать систему классификации организмов для разделения их на группы. Как вы уже знаете, наименьшей структурной единицей в систематике живых организмов является вид.
Вид — исторически сложившаяся совокупность особей, которые сходны по морфологическим, физиологическим и биохимическим признакам, свободно скрещиваются и дают плодовитое потомство, приспособлены к определенным условиям среды и занимают в природе общую территорию — ареал.
Для того чтобы отнести особей к одному и тому же или к разным видам, их сравнивают между собой по ряду определенных характерных признаков — критериев.
Критерии вида
Совокупность характерных однотипных признаков, по которым особи одного вида схожи, а особи разных видов различаются между собой, называют критерием вида. В современной биологии выделяют следующие основные критерии вида: морфологический, физиологический, биохимический, генетический, экологический, географический.
Морфологический критерий отражает совокупность характерных признаков внешнего строения. Например, виды клевера различаются по окраске соцветий, форме и окраске листьев. Этот критерий относительный. В пределах вида особи могут заметно различаться по строению. Эти различия зависят от пола (половой диморфизм), стадии развития, стадии в цикле размножения, условий среды обитания, принадлежности к сортам или породам.
Например, у кряквы самец ярко окрашен, а самка темно-бурая, у благородного оленя самцы имеют рога, а у самок их нет. У бабочки капустной белянки гусеница отличается от взрослой особи внешними признаками. У папоротника щитовника мужского спорофит имеет листья и корни, а гаметофит представлен зеленой пластинкой с ризоидами. В то же время некоторые виды настолько схожи по морфологическим признакам, что их называют видами-двойниками. Например, некоторые виды малярийных комаров, дрозофил, североамериканских сверчков внешне не различаются, но не скрещиваются между собой.
Таким образом, на основании одного морфологического критерия нельзя судить о принадлежности особи к тому или иному виду.
Физиологический критерий — совокупность характерных особенностей процессов жизнедеятельности (размножение, пищеварение, выделение и др.). Одним из важных признаков является способность особей скрещиваться. Особи разных видов не могут скрещиваться из-за несовместимости половых клеток, несоответствия половых органов. Этот критерий относительный, поскольку и особи одного вида иногда не могут скрещиваться. У мух дрозофил невозможность спаривания может быть обусловлена различием в строении полового аппарата. Это приводит к нарушению процессов размножения. И наоборот, известны такие виды, представители которых могут скрещиваться между собой. Например, лошадь и осел, представители некоторых видов ив, тополей, зайцев, канареек. Из этого следует, что для определения видовой принадлежности особей недостаточно сравнивать их только по физиологическому критерию.
Биохимический критерий отражает характерный химический состав тела и обмен веществ. Это самый ненадежный критерий. Нет веществ или биохимических реакций, характерных только для определенного вида. Особи одного вида могут значительно различаться по этим показателям. Тогда как у особей разных видов синтез белков и нуклеиновых кислот происходит одинаково. Ряд биологически активных веществ играют аналогичную роль в обмене веществ у разных видов. Например, хлорофилл у всех зеленых растений участвует в фотосинтезе. Значит, определение видовой принадлежности особей на основании одного биохимического критерия тоже невозможно.
Генетический критерий характеризуется определенным набором хромосом, сходных по размерам, форме и составу. Это самый надежный критерий, так как он является фактором репродуктивной изоляции, поддерживающей генетическую целостность вида. Однако и этот критерий не является абсолютным. У особей одного вида число, размеры, форма и состав хромосом могут различаться в результате геномных, хромосомных и генных мутаций. В то же время при скрещивании некоторых видов иногда появляются жизнеспособные плодовитые межвидовые гибриды. Например, собака и волк, тополь и ива, канарейка и зяблик при скрещивании дают плодовитое потомство. Таким образом, сходства по данному критерию также недостаточно, чтобы отнести особей к одному виду.
Экологический критерий — это совокупность характерных факторов среды, необходимых для существования вида. Каждый вид может обитать в той среде, где климатические условия, особенности почвы, характер рельефа и источники пищи соответствуют его пределам толерантности. Но в этих же условиях среды могут обитать и организмы других видов. Выведение человеком новых пород животных и сортов растений показало, что особи одного вида (дикие и окультуренные) могут жить в сильно различающихся условиях среды.
ГЕОГРАФИЧЕСКИМ КРИТЕРИЕМ ВИДА ЯВЛЯЕТСЯ…
Это доказывает относительный характер экологического критерия. Следовательно, есть необходимость использования других критериев при определении принадлежности особей к определенному виду.
Географический критерий характеризует способность особей одного вида населять в природе определенную часть земной поверхности (ареал).
Например, лиственница сибирская распространена в Сибири (Зауралье), а лиственница даурская — в Приморском крае (Дальний Восток), морошка — в тундре, а черника — в умеренной зоне.
Этот критерий указывает на приуроченность вида к определенному местообитанию. Но есть виды, не имеющие четких границ расселения, а обитающие практически повсеместно (лишайники, бактерии). У некоторых видов ареал совпадает с ареалом человека. Такие виды называются синантропными (комнатная муха, постельный клоп, домовая мышь, серая крыса). У разных видов могут быть совпадающие местообитания. Значит, и этот критерий имеет относительный характер. Он не может использоваться в качестве единственного для определения видовой принадлежности особей.
Таким образом, ни один из описанных критериев не является абсолютным и универсальным. Поэтому при определении принадлежности особи к определенному виду следует учитывать все его критерии.
Ареал вида. Понятие об эндемиках и космополитах
Согласно географическому критерию, каждый вид в природе занимает определенную территорию — ареал.
Ареал (от лат. area — площадь, пространство) — часть земной поверхности, в пределах которой распространены и проходят полный цикл своего развития особи данного вида.
Ареал может быть сплошным или прерывистым, обширным или ограниченным. Виды, имеющие обширный ареал в пределах разных континентов, называются видами-космополитами (некоторые виды протистов, бактерий, грибов, лишайников). Когда ареал распространения очень узкий и находится в пределах небольшого региона, то населяющий его вид называется эндемиком (от греч. endemos — местный).
Например, кенгуру, ехидна и утконос обитают только в Австралии. Гинкго в естественных условиях произрастает только в Китае, рододендрон остроконечный и лилия даурская — только на Дальнем Востоке.
Вид — совокупность особей, которые сходны по морфологическим, физиологическим и биохимическим признакам, свободно скрещиваются и дают плодовитое потомство, приспособлены к определенным условиям среды и занимают в природе общую территорию — ареал. Для каждого вида характерны следующие критерии: морфологический, физиологический, биохимический, генетический, экологический, географический. Все они носят относительный характер, поэтому при определении видовой принадлежности особей используются все возможные критерии.
Согласно упрощенной морфологической концепции вида, природные популяции, морфологически отличные друг от друга, признаются видами .
Точнее и более правильно определять виды как природные популяции, в пределах которых изменчивость морфологических (обычно количественных) признаков носит непрерывный характер, отделенные от других популяций разрывом. Если различия невелики, но непрерывность распределения нарушена, то такие формы должны приниматься за разные виды. В афористичной форме это выражается так: критерием вида служит дискретность границ распределения признаков .
При определении видов часто возникают затруднения, вызванные двумя обстоятельствами. Во-первых, причиной затруднений может быть сильная внутривидовая изменчивость, а во-вторых, наличие так называемых видов-двойников. Рассмотрим эти случаи.
Внутривидовая вариабельность может достигать большого размаха. Прежде всего это различия между самцами и самками одного и того же вида. Такие различия четко проявляются у многих птиц, дневных бабочек, ос-немок, некоторых рыб и других организмов. Подобные факты были использованы Дарвином в работах о половом отборе. У ряда животных резкие различия наблюдаются между взрослыми и неполовозрелыми особями. Подобные факты широко известны зоологам. Поэтому очень полезны выборки из популяций видов на разных стадиях их жизненного цикла. Теоретическая основа внутривидовой изменчивости (индивидуальной или групповой) изложена в ряде руководств. Здесь будут рассмотрены только признаки, которые чаще всего используются при установлении видового статуса особей из выборки.
Морфологические признаки — это общая наружная морфология и, если необходимо, структура генитального аппарата. Наиболее важные морфологические признаки имеются у животных с наружным скелетом, таких как членистоногие или моллюски, но их можно найти и у многих других животных, без панцирей или раковин. Это всевозможные отличия в шерстном покрове зверей, оперении птиц, рисунке крыльев бабочек и т. д.
Во многих случаях критерием, позволяющим различить близкие виды, является структура гениталий. Это особенно подчеркивается сторонниками биологической концепции вида, поскольку различия в форме хитинизированных или склеротизированных частей генитального аппарата препятствуют скрещиванию между самцами одного вида и самками другого. В энтомологии известно правило Дюфура, по которому у видов с хитинизированными частями гениталий самцов и совокупительными органами самок наблюдается такое соотношение, как у ключа и замка. Иногда его так и называют — правило «ключа и замка». Следует, однако, помнить о том, что признаки гениталий, как и другие морфологические признаки, у некоторых видов также варьируют (например, у жуков-листоедов рода Altica), что было неоднократно показано. Тем не менее в тех группах, где систематическое значение строения гениталий доказано, оно служит очень ценным признаком, так как при дивергенции видов их структура должна меняться одной из первых.
Анатомические признаки, такие как детали строения черепа или форма зубов, обычно используются в надвидовой систематике позвоночных животных.
Экологические признаки . Известно, что каждый вид животных характеризуется определенными экологическими предпочтениями, зная которые, нередко можно если не совсем точно решить, с каким видом мы имеем дело, то хотя бы значительно облегчить идентификацию. Согласно правилу конкурентного исключения (правило Гаузе), два вида не могут существовать в одном и том же месте, если их экологические требования одинаковы.
При изучении галлообразующих или минирующих насекомых-фитофагов (мушки-галлицы, осы-орехотворки, минирующие личинки бабочек, жуков и других насекомых) зачастую главными признаками оказываются формы мин, для которых даже разработана классификация, или галлов. Так, на шиповниках иди на дубах развивается несколько видов орехотворок, вызывающих образование галлов на листьях или побегах растений. И во всех случаях галлы каждого вида имеют свою характерную форму.
Пищевые предпочтения животных достигли большого размаха — от строгой монофагии через олигофагию до полифагии. Известно, что гусеницы тутового шелкопряда питаются исключительно листьями тутовника, или шелковицы. Гусеницы бабочек-белянок (капустницы, репницы и др.) грызут листья крестоцветных растений, не переходя на растения других семейств. А медведь или кабан, будучи полифагами, питаются и животной, и растительной пищей.
В группах животных, где установлен строгий выбор пищи, по характеру погрыза определенного вида растений можно установить их видовую принадлежность. Так поступают энтомологи в полевых условиях. Лучше, конечно, собрать для дальнейшего изучения и самих растительноядных насекомых. Опытный натуралист, хорошо знающий природные условия определенной местности, заранее может предсказать, с каким набором видов животных можно встретиться, посещая те или иные биотопы — лес, луг, песчаные дюны или берег реки. Поэтому на этикетках, сопровождающих коллекционные сборы, обязательно нужно указывать условия, в которых были собраны те или иные виды. Это сильно облегчает дальнейшую обработку коллекции и идентификацию видов.
Этологические признаки . На таксономическую ценность этологических признаков указывает ряд авторов. Известный этолог Хайнд считает поведение таксономическим признаком, который может быть использован для уточнения систематического положения видов. К этому следует добавить, что наиболее полезными оказываются стереотипные действия. Они столь же характерны для каждого вида, как и любые морфологические признаки. Это следует иметь в виду при изучении близкородственных видов или видов-двойников. Если даже элементы поведения могут быть сходными, то выражение этих элементов специфично для каждого вида.
Вопрос: ГЕОГРАФИЧЕСКИМ КРИТЕРИЕМ ВИДА ЯВЛЯЕТСЯ ЧТО
Дело в том, что особенности поведения являются у животных важными изолирующими механизмами, препятствующими скрещиванию между разными видами. Примерами этологической изоляции являются случаи, когда потенциальные брачные партнеры встречаются, но не спариваются.
Как показывают многочисленные наблюдения в природе и эксперименты в лабораторных условиях, отологические признаки вида в первую очередь проявляются в особенностях брачного поведения. К ним относятся характерные позы самцов в присутствии самки, а также голосовые сигналы. Изобретение звукозаписывающих аппаратов, особенно сонографов, позволяющих представить звук в графической форме, окончательно убедило исследователей в видоспецифичности песен не только птиц, но и сверчков, кузнечиков, цикадок, а также голосов лягушек и жаб.
Но не только позы или голоса животных являются этологическими видовыми признаками. К ним относятся и особенности строительства гнезд у птиц и насекомых из отряда перепончатокрылых (пчел и ос), типы и характер яйцекладок у насекомых, форма паутинных ловчих сетей у пауков и многое другое. Видоспецифичны оотеки богомолов и кубышки саранчовых, световые вспышки жуков-светляков.
Иногда различия имеют количественный характер, но и этого достаточно, чтобы распознать видовую принадлежность объекта исследования.
Географические признаки . Часто географические признаки являются удобным средством различения популяций, точнее, решения вопроса о том, являются ли две изучаемые популяции одним или разными видами. Если ряд форм географически замещают друг друга, образуя цепь или кольцо форм, каждая из которых отличается от своих соседей, то они называются аллопатрическими формами . Считается, что аллопатрические формы представляют собой политипический вид, состоящий из нескольких подвидов.
Противоположную картину представляют случаи, когда ареалы форм частично или полностью совпадают. Если между этими формами нет переходов, то их называют симпатрическими формами . Такой характер распространения указывает на полную видовую самостоятельность данных форм в связи с тем, что симпатрическое (совместное) существование, не сопровождающееся скрещиванием, служит одним из основных критериев вида.
В практике систематика часто возникают затруднения в отнесении конкретной аллопатрической формы к виду или подвиду. Если аллопатрические популяции соприкасаются, но не скрещиваются в зоне контакта, то такие популяции следует считать видами. В противоположность этому, в случае если аллопатрические популяции соприкасаются и в узкой зоне контакта свободно скрещиваются или в широкой зоне контакта связаны переходами, то их почти всегда следует считать подвидами.
Сложнее обстоит дело, когда между ареалами аллопатрических популяций есть разрыв, из-за которого контакт невозможен. В этом случае мы можем иметь дело либо с видами, либо с подвидами. Классическим примером подобного рода является географическая разобщенность популяций голубой сороки. Один подвид (С. с. cooki) населяет Пиренейский полуостров, а другой (С. с. cyanus) — юг Дальнего Востока (Приморье и смежные части Китая). Считается, что это результат разрыва прежнего сплошного ареала, возникшего в ледниковом периоде. Многие систематики придерживаются мнения, что сомнительные аллопатрические популяции целесообразнее считать подвидами.
Другие признаки . Во многих случаях близкородственные виды легче различать по морфологии хромосом, чем по другим признакам, что и было продемонстрировано на видах рода Drosophila и на клопах семейства Lygaeidae. Все больший размах приобретает использование физиологических признаков, по которым можно различать близкие таксоны. Было показано, что у близкородственных видов комаров значительно различаются скорость роста и длительность стадии яйца. Все большее признание получает вывод о том, что основная часть белков специфична для каждого вида. На этом феномене базируются выводы в области серосистематики. Полезным оказалось также изучение специфических выделений, образующих на теле определенный рисунок или восковые сооружения в виде колпачков, как у щитовок или мучнистых червецов из класса насекомых. Они также видоспецифичны. Нередко приходится использовать всю совокупность признаков различного характера для решения сложных таксономических проблем. В современных работах по зоологической систематике, как показывает ознакомление с новейшими публикациями, авторы не ограничиваются одними только морфологическими признаками. Чаще всего присутствуют указания на хромосомный аппарат.
Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter.
Вконтакте
Одноклассники
Вид, критерии вида. Популяции.
Вид – совокупность особей, обладающих наследственным сходством морфологических, физиологических и биологических особенностей, свободно скрещивающихся и дающих плодовитое потомство, приспособившихся к определенным условиям жизни и занимающих в природе определенный ареал.
Виды представляют собой устойчивые генетические системы, так как в природе отделены друг от друга целым рядом барьеров.
Вид представляет собой одну из основных форм организации живого. Однако определить, принадлежат ли данные особи к одному виду или нет, иногда бывает трудно. Поэтому для решения вопроса о принадлежности особей к данному виду используется целый ряд критериев:
Морфологический критерий – главный критерий, основанный на внешних различиях между видами животных или растений. Этот критерий служит для разделения организмов, которые четко отличаются по внешним или внутренним морфологическим признакам. Но следует отметить, что очень часто между видами существуют очень тонкие отличия, которые можно выявить лишь при длительном изучении данных организмов.
Географический критерий – основан на том, что каждый вид обитает в пределах определенного пространства (ареала). Ареал – это географические границы распространения вида, размеры, форма и расположение в биосфере которого отлично от ареалов других видов. Однако этот критерий также недостаточно универсален по трем причинам. Во-первых, ареалы многих видов географически совпадают, во-вторых, существуют виды космополиты, для которых ареалом является практически вся планета (кит-касатка). В-третьих, у некоторых быстрорасселяющихся видов (домового воробья, домовой мухи и др.) ареал настолько быстро изменяет свои границы, что не может быть определен.
Экологический критерий – предполагает, что каждый вид характеризуется определенным типом питания, местом обитания, сроками размножения, т.е.
занимает определенную экологическую нишу.
Этологический критерий – заключается в том, что поведение животных одних видов отличается от поведения других.
Генетический критерий – заключает в себе главное свойство вида – его генетическую изоляцию от других. Животные и растения разных видов почти никогда не скрещиваются между собой. Конечно, вид не может быть полностью изолирован от потока генов со стороны близкородственных видов, но при этом он сохраняет постоянство генетического состава на протяжении эволюционно длительного времени. Самые четкие границы между видами проходят именно с генетической точки зрения.
Физиолого-биохимический критерий – этот критерий не может служить надежным способом разграничения видов, так как основные биохимические процессы протекают у сходных групп организмов одинаково. А в пределах каждого вида существует большое число приспособлений к конкретным условиям обитания путем изменения протекания физиолого-биохимических процессов.
По одному из критериев нельзя точно различать виды между собой. Определить принадлежность особи к конкретному виду можно только на основании совокупности всех или большинства критериев. Особи, занимающие определенную территорию и свободно скрещивающиеся между собой, называются популяцией.
Популяция – совокупность особей одного вида, занимающих определенную территорию и обменивающихся генетическим материалом. Совокупность генов всех особей в популяции называется генофондом популяции. В каждом поколении отдельные особи вносят больший или меньший вклад в общий генофонд в зависимости от их приспособительной ценности. Неоднородность организмов, входящих в популяцию, создает условия для действия естественного отбора, поэтому популяция считается наименьшей эволюционной единицей, с которой начинается эволюционные преобразования вида — видообразования. Популяция, таким образом, представляет собой надорганизменную формулу организации жизни. Популяция не является полностью изолированной группой. Иногда происходит скрещивание между особями различных популяций. Если какая-то популяция окажется полностью географически или экологически изолированной от других, то она может дать начало новому подвиду, а впоследствии и виду.
Каждая популяция животных или растений состоит из особей разного пола и различного возраста. Соотношение численности этих особей может быть различно в зависимости от времени года, природных условий. Численность популяции определяется соотношением рождаемости и смертности, составляющих ее организмов. Если на протяжении достаточно длительного времени эти показатели равны, то численность популяции не изменяется. Факторы среды, взаимодействие с другими популяциями может изменять численность популяции.
Вид является одной из основных форм организации жизни на Земле (наряду с клеткой, организмом и экосистемой) и основной единицей классификации биологического разнообразия. Но в то же время термин «вид» до сих пор остается одним из наиболее сложных и неоднозначных биологических понятий.
Проблемы, связанные с понятием биологического вида легче понять, рассматривая их в историческом аспекте.
История вопроса
Термин «вид» употреблялся для обозначения имен биологических объектов с древнейших времен. Изначально он не был чисто биологическим: виды уток (кряква, шилохвость, чирок) не имели принципиальных отличий от видов кухонной утвари (сковородка, кастрюля и т.д.).
Биологический смысл термину «вид» придал шведский натуралист Карл Линней. Он употреблял это понятие для обозначения важного свойства биологического разнообразия – его дискретности (прерывистости; от латинского discretio – разделять). К. Линней рассматривал виды как объективно существующие группы живых организмов, достаточно легко отличимые друг от друга. Он считал их неизменными, раз и навсегда созданными богом.
Выделение видов в то время происходило на основе различий между особями по ограниченному числу внешних признаков. Этот метод получил название типологического подхода. Отнесение особи к тому или иному виду осуществлялось на основе сличения ее признаков с описаниями уже известных видов. Если ее признаки не удавалось соотнести ни с одним из существующих видовых диагнозов, то по данному экземпляру (он получал название типового) описывался новый вид. Иногда это приводило к казусным ситуациям: самцы и самки одшого вида описывались как разные виды.
С развитием эволюционных идей в биологии возникла дилемма: либо виды без эволюции, либо эволюция без видов. Авторы эволюционных теорий – Жан-Батист Ламарк и Чарльз Дарвин отрицали реальность видов. Ч.Дарвин, автор «Происхождения видов путем естественного отбора…», считал их «искусственными понятиями, придуманными ради удобства».
К концу XIX века, когда разнообразие птиц и млекопитающих было достаточно полно изучено на значительной территории Земли, стали очевидны недостатки типологического подхода: выяснилось, что животные из разных мест порой хоть и незначительно, но достаточно надежно отличаются друг от друга. В соответствии с установленными правилами им надо было присваивать статус самостоятельных видов. Число новых видов росло лавинообразно. Наряду с этим крепло сомнение: стоит ли различным популяциям близкородственных животных присваивать видовой статус только на том основании, что они слегка друг от друга отличаются?
В XX веке с развитием генетики и синтетической теории вид стали рассматривать как группу популяций с общим уникальным генофондом, обладающую собственной «системой защиты» целостности своего генофонда. Таким образом, типологический подход к выделению видов сменился эволюционным: виды определяются не различием, а обособленностью. Популяциям вида, морфологически отличным друг от друга, но способных свободно скрещиваться друг с другом, придается статус подвидов. Эта система взглядов легла в основу биологической концепции вида, получившей мировое признание благодаря заслуге Эрнста Майра. Смена концепций вида «примирила» представления о морфологической обособленности и эволюционной изменяемости видов и позволила с большей объективностью подойти к задаче описания биологического разнообразия.
Вид и его реальность. Ч. Дарвин в своей книге «Происхождение видов» и в других работах исходил из факта изменяемости видов, превращения одного вида в другой. Отсюда его трактовка вида как устойчивого и одновременно изменяющегося с течением времени, приводящего сначала к появлению разновидностей, которые он назвал «зарождающимися видами».
Вид – совокупность географически и экологически близких популяций, способных в природных условиях скрещиваться между собой, обладающих общими морфофизиологи-ческими признаками, биологически изолированных от популяций других видов.
Критерии вида – совокупность определенных признаков, свойственных только одному какому-либо виду (Т.А. Козлова, В.С. Кучменко. Биология в таблицах. М.,2000)
Критерии вида | Показатели каждого критерия |
Морфологический | Сходство внешнего и внутреннего строения особей одного вида; характеристика особенностей строения представителей одного вида |
Физиологический | Сходство всех процессов жизнедеятельности, и прежде всего размножения. Представители разных видов, как правило, не скрещиваются или их потомство бесплодно |
Биохимический | Видовая специфичность белков и нуклеиновых кислот |
Генетический | Каждый вид характеризуется определенным, присущим только ему набором хромосом, их структурой и дифференцированной окраской |
Эколого-географический | Ареал обитания и непосредственная среда обитания – экологическая ниша. Каждый вид имеет свою собственную нишу обитания и ареал распространения |
Существенно и то, что вид представляет собой универсальную дискретную (дробимую) единицу организации жизни. Вид – это качественная ступень живой природы, он существует как результат внутривидовых взаимоотношений, которые обеспечивают его жизнь, воспроизведение и эволюцию.
Главная черта вида- относительная стабильность его генофонда, поддерживаемая репродуктивной изоляцией особей от других таких же видов. Единство вида поддерживается свободным скрещиванием между особями, в результате которого осуществляется постоянный поток генов во внутривидовом сообществе. Поэтому каждый вид на протяжении многих поколений устойчиво существует на той или иной местности, в этом проявляется его реальность. В то же время генетическая структура вида постоянно перестраивается под влиянием эволюционных факторов (мутации, рекомбинации, отбор), и поэтому вид оказывается неоднородным. Он распадается на популяции, расы, подвиды.
Генетическая обособленность видов достигается географической (родственные группы разделены морем, пустыней, горным хребтом) и экологической изоляцией (несовпадение сроков и мест размножения, обитание животных в различных ярусах биоценоза). В тех случаях, когда межвидовое скрещивание все же происходит, гибриды либо ослаблены, либо стерильны (например, гибрид осла и лошади – мул), что указывает на качественную обособленность вида и его реальность. По определению К. А. Тимирязева, «вида как категории строго определенной, всегда себе равной и неизменной, в природе не существует. Но вместе с этим мы должны признать, что виды, в наблюдаемый нами момент, имеют реальное существование».
Популяция. В пределах ареала какого-либо вида его особи распространены неравномерно, так как в природе нет идентичных условий для существования и размножения. Например, колонии кротов встречаются лишь в отдельных луговинах, заросли крапивы – по оврагам и канавам, лягушки одного озера бывают отделены от другого соседнего озера и т. д. Население вида распадается на естественные группировки – популяции. Однако эти разграничения не устраняют возможности скрещивания между особями, занимающими пограничные участки. Плотность населения популяции подвержена значительным колебаниям в разные годы и различные сезоны года. Популяция – это форма существования вида в конкретных условиях среды и единица его эволюции.
Популяция представляет собой совокупность свободно скрещивающихся особей одного вида, длительно существующих на определенной части ареала внутри вида и относительно обособленных от других популяций. Особи одной популяции обладают наибольшим, сходством по всем признакам, присущим виду, вследствие того, что возможность скрещивания внутри популяции выше, чем между особями соседних популяций и они испытывают одинаковое давление отбора. Несмотря на это популяции генетически неоднородны вследствие непрерывно возникающей наследственной изменчивости.
Дарвиновская дивергенция (расхождение признаков и свойств потомков по отношению к исходным формам) может происходить только путем дивергенции популяций. Впервые это положение в 1926 г. обосновал С. С. Четвериков, показав, что за кажущейся внешней однородностью любой вид обладает огромным скрытым запасом генетической изменчивости в форме множества разнообразных рецессивных генов. Этот генетический резерв неодинаков в разных популяциях. Именно поэтому популяция является элементарной единицей вида и элементарной эволюционной единицей.
Типы видов
Выделение видов происходит на основании двух принципов (критериев). Это морфологический критерий (выявляющий различия между видами) и критерий репродуктивной изоляции (оценивающий степень их генетической обособленности). Процедура описания новых видов зачастую сопряжена с определенными сложностями, связанных как с неоднозначным соответствием критериев вида друг другу, так и с постепенностью и незавершенностью процесса видообразования. В зависимости от того, какого рода сложности возникали при выделении видов и каким образом они были решены, выделяют так называемые «типы видов».
Монотипический вид. Часто никаких сложностей при описании новых видов не возникает. Такие виды обычно обладают обширным неразорванным ареалом, на протяжении которого географическая изменчивость выражена слабо.
Политипический вид. Нередко с помощью морфологического критерия выделяется целая группа близкородственных форм, обитающих, как правило, в сильно расчлененной местности (в горах, либо на островах). Каждая из этих форм имеет свой, обычно довольно ограниченный ареал. Если между сравниваемыми формами существует географический контакт, то возможно применение критерия репродуктивной изоляции: если гибриды не возникают, либо относительно редки, этим формам придается статус самостоятельных видов; в противном случае описывают разные подвиды одного вида. Вид, включающий в себя несколько подвидов называется политипическим. Когда же анализируемые формы географически изолированы, оценка их статуса довольно субъективна и происходит только на основании морфологического критерия: если различия между ними «существенны», то перед нами – разные виды, если нет – подвиды. Не всегда в группе близкородственных форм удается однозначно определить статус каждой формы. Иногда группа популяций замыкается в кольцо, охватывающее горный массив или земной шар. В таком случае может оказаться, что «хорошие» (обитающие совместно и не гибридизирующие) виды связаны друг с другом цепью подвидов.
Полиморфный вид. Иногда в пределах единой популяции вида существуют две или несколько морф – групп особей, резко отличных по окраске, но способных свободно скрещиваться друг с другом. Как правило, генетическая основа полиморфизма проста: различия между морфами обуславливается действием разных аллелей одного гена. Пути возникновения этого явления могут быть весьма различны.
Адаптивный полиморфизм богомола | Гибридогенный полиморфизм испанской каменки |
У богомола существует зеленая и бурая морфы. Первая плохо заметна на зеленых частях растений, вторая – на ветках деревьев и сухой траве. В экспериментах по пересаживанию богомолов на фон не соответствующий их окраске удалось показать, что полиморфизм в данном случае мог возникнуть и поддерживается благодаря естественному отбору: зеленая и бурая окраска богомолов является защитой от хищников и позволяет этим насекомым меньше конкурировать друг с другом. | У самцов испанской каменки существуют белогорлая и черногорлая морфы. Характер соотношения этих морф в разных частях ареала позволяет предположить, что черногорлая морфа образовалась в результате гибридизации с близкородственным видом – каменкой-плешанкой. |
Виды-двойники – виды, обитающие совместно и не скрещивающиеся друг с другом, но очень слабо отличающиеся морфологически. Сложность различения таких видов связана со сложностью выделения или неудобстве использования их диагностических признаков – ведь сами виды-двойники прекрасно разбираются в собственной «таксономии». Чаще виды-двойники встречаются среди групп животных, использующих для поиска полового партнера запах (насекомые, грызуны) и реже – у тех, которые пользуются зрительной и акустической сигнализацией (птицы).
Клесты еловик (Loxia curvirostra) и сосновик (Loxia pytyopsittacus). Эти два вида клестов являются одним из немногочисленных примеров видов-двойников среди птиц. Обитая совместно на значительной территории, охватывающую Северную Европу и Скандинавский полуостров, эти виды не скрещиваются друг с другом. Морфологические различия между ними, незначительные и весьма ненадежные, выражаются в размерах клюва: у сосновика он несколько толще, чем у еловика.
«Полувиды». Видообразование – длительный процесс, и поэтому можно столкнуться с такими формами, статус которых нельзя оценить объективно. Они еще не являются самостоятельными видами, поскольку гибридизируют в природе, но это уже и не подвиды, так как морфологические различия между ними весьма существенны. Такие формы называются «пограничными случаями», «проблемными видами» или «полувидами». Формально им приписываются бинарные латинские названия, как у «нормальных» видов, и в таксономических списках они помещаются рядом друг с другом. «Полувиды» встречаются не так уж и редко, и мы сами зачастую не подозреваем, что окружающие нас виды являются типичными примерами «пограничных случаев». В Средней Азии домовый воробей обитает совместно с другим близкородственным видом – черногрудым воробьем, от которого хорошо отличается по окраске. Гибридизация между ними в этом районе отсутствует. Их систематический статус как самостоятельных видов не вызывал бы сомнений, если бы не существовала вторая зона контакта в Европе. Италию населяет особая форма воробьев, возникшая в результате гибридизации домового и испанского. При этом в Испании, где домовый и испанский воробьи также обитают совместно, гибриды встречаются редко.
Тема урока: Вид. Критерии вида. 9 класс
ТЕМА: «ВИД. КРИТЕРИИ ВИДА».
ТЕМА: «ВИД. КРИТЕРИИ ВИДА». Задачи: Сформировать знания: 1. О популяции; 2. Структуре вида; 3. Основных видовых критериях. В И Д. С Т Р У К Т У РА В И Д А. К.Линней считал, что число видов постоянно, виды
ПодробнееВид, его критерии и структура
Вид, его критерии и структура Важнейшим понятием в биологии является «вид» Вид (лат. species) группа особей с общими морфофизиологическими, биохимическими и поведенческими признаками, способная к взаимному
ПодробнееТема: «Концепция вида, его критерии»
Лекция 11 Тема: «Концепция вида, его критерии» Эпиграф «Деятельность единственный путь к знанию» Б.Шоу. Подготовила: Цели: Создать условия для эффективного усвоения знаний о концепции вида; кем был введен
ПодробнееПрактическая работа: «Критерии вида»
Вид — это совокупность географически и экологически сходных популяций, способных в природных условиях скрещиваться между собой, обладающих общими морфофизиологическими признаками, биологически изолированных
ПодробнееТема урока «Лишайники»
Тема урока «Лишайники» Тип урока: урок открытия нового знания. Цель урока: (для учителя): создание условий для открытия новых знаний о лишайниках, как симбиотических организмах, ознакомление учащихся с
ПодробнееЗадания А21 по биологии
Задания А21 по биологии 1. Сходство естественного и искусственного отбора заключается в том, что в обоих случаях 1) отбираются только полезные для организма признаки 2) возникают приспособления к условиям
ПодробнееТема: «Путешествие по родной стране».
Тема: «Путешествие по родной стране». 2 класс Цель урока: Развитие личности в процессе обучения и воспитания. Задачи: 1) Способствовать: — развитию пространственных представлений детей; — воспитанию любви
ПодробнееЗадание 6 ЕГЭ по биологии
Задание 6 ЕГЭ по биологии Скрещивание Шестое здание ЕГЭ по биологии это задачи. На людей, которые только начинают заниматься биологией или подготовкой к экзамену в частности, они наводят ужас. Очень зря.
ПодробнееББК 28.5я72 П56 ISBN
ББК 28.5я72 П56 П56 Пономарёва И.Н. Биология : 9 класс : рабочая тетрадь для учащихся общеобразовательных организаций / И.Н. Пономарёва, Г.Н. Па нина, О.А. Корнилова ; под ред. И.Н. Пономарёвой. М. : Вентана-Граф,
ПодробнееБиология. ББК 28.6я72 С89
ББК 28.6я72 С89 С89 Суматохин С.В. Биология : 7 класс : рабочая тетрадь 1 для учащихся общеобразовательных организаций / С.В. Суматохин, В.С. Кучменко. 4-е изд., перераб. М. : Вентана-Граф, 2016. 112 с.
Подробнеепособий по предметам или темам.
3 Медиатека. Электронные версии учебных и/или наглядных пособий по предметам или темам. 1. CD-ROM Природные зоны и биологические ресурсы России. 2. CD-ROM Северо-запад России. Физическая карта. 3. CD-ROM
ПодробнееДля жизни на Земле есть условия, которых
Дополнительный материал к уроку П.С. Лопух, О.В. Сарычева, Л.В. Шкель Вспоминаем: Благодаря каким оболочкам на Земле существует жизнь? Размышляем: Как вы понимаете словосочетание «условия жизни»? О чем
ПодробнееГидросфера и Мировой океан
Гидросфера и Мировой океан Н. А. Божко, учитель географии первой категории гимназии 2 г. Пинска Тема: «Основные части гидросферы и Мирового океана» (VI класс) Цель: сформировать у учащихся понятие о гидросфере
ПодробнееОткрытый урок в 10 «а» кл на тему:
Открытый урок в 10 «а» кл на тему: Закономерности изменчивости. Генотипическая изменчивость. Провела: Магомедова Р.Ш Урок «Закономерности изменчивости. Генотипическая изменчивость» Цель: Познакомить учащихся
ПодробнееКонспект урока биологии 8 класс
Конспект урока биологии 8 класс Учитель I квалификационной категории Соловьева Л.А. Тема урока: Грызуны: мышь, белка, бобр. Общие признаки грызунов. Внешний вид и отличительные особенности. Образ жизни,
ПодробнееКТП на учебный год по биологии 9 класс
КТП на 2015-2016 учебный год по биологии 9 класс п/п Тема урока Дата КЭС 1. Введение. Биология наука о жизни 1. Многообразие живого мира. 2. Основные свойства живых 3. Развитие биологии в додарвинский
ПодробнееЗнакомство с тетрадью
Знакомство с тетрадью 1 Вы держите в руках пособие, состоящее из двух частей Рабочей тетради и Тетради для лабораторных и практических работ. Вторую тетрадь вы найдёте внутри первой. Аккуратно выньте её.
ПодробнееТест по теме «Критерии вида» Вариант 1
Ответы: 1-b, 2-c, 3-c, 4-b, 5-c, 6-AABBA |
Шесть биологических королевств
Организмы традиционно подразделяются на три области и далее подразделяются на одно из шести царств жизни.
Шесть царств жизни
- Архебактерии
- Эубактерии
- Протиста
- Грибы
- Растения
- Животные
Организмы помещены в эти категории на основании сходства или общих характеристик.Некоторые из характеристик, которые используются для определения размещения, — это тип клеток, получение питательных веществ и размножение. Двумя основными типами клеток являются прокариотические и эукариотические клетки.
Общие типы получения питательных веществ включают фотосинтез, абсорбцию и прием внутрь. Типы воспроизводства включают бесполое размножение и половое размножение.
Некоторые более современные классификации отказываются от термина «царство». Эти классификации основаны на кладистике, которая отмечает, что царства в традиционном смысле не монофилетичны; то есть не все они имеют общего предка.
Архебактерии
Moelyn Photos / Getty ImagesАрхебактерии — одноклеточные прокариоты, первоначально считавшиеся бактериями. Они находятся в домене архей и имеют уникальный тип рибосомной РНК.
Состав клеточной стенки этих экстремальных организмов позволяет им жить в очень негостеприимных местах, таких как горячие источники и гидротермальные источники. Археи, относящиеся к метаногенам, также можно найти в кишечнике животных и человека.
- Домен: Археи
- Организмы: Метаногены, галофилы, термофилы и психрофилы
- Тип клетки: Прокариотическая
- Метаболизм: В зависимости от вида, кислород, водород, углекислый газ, сера или сульфид может потребоваться для метаболизма
- Приобретение питания: В зависимости от вида потребление пищи может происходить путем абсорбции, нефотосинтетического фотофосфорилирования или хемосинтеза
- Размножение: Бесполое размножение путем бинарного деления, почкования или фрагментации
Эубактерии
Н.Неринг / Getty ImagesЭти организмы считаются настоящими бактериями и относятся к домену «Бактерии».Бактерии обитают практически в любой среде и часто связаны с болезнями. Однако большинство бактерий не вызывают болезней.
Бактерии — это основные микроскопические организмы, составляющие микробиоту человека. Например, в кишечнике человека больше бактерий, чем клеток тела. Бактерии обеспечивают нормальное функционирование нашего организма.
Эти микробы размножаются с угрожающей скоростью при правильных условиях. Большинство размножаются бесполым путем двойного деления. Бактерии имеют различные формы бактериальных клеток, включая круглую, спиральную и стержневую.
- Домен: Бактерии
- Организмы: Бактерии, цианобактерии (сине-зеленые водоросли) и актинобактерии
- Тип клетки: Прокариотический
- Метаболизм: В зависимости от вида кислород может быть токсичным, переносимым или необходимым для обмена веществ
- Приобретение пищи: В зависимости от вида, потребление пищи может происходить через абсорбцию, фотосинтез или хемосинтез
- Размножение: Бесполое
Протиста
Н.Неринг / Getty ImagesЦарство протистов включает очень разнообразную группу организмов.Некоторые имеют характеристики животных (простейшие), а другие напоминают растения (водоросли) или грибы (слизистые плесени).
Эти эукариотические организмы имеют ядро, заключенное в мембрану. У некоторых протистов есть органеллы, которые находятся в клетках животных (митохондриях), в то время как у других есть органеллы, которые находятся в клетках растений (хлоропласты).
Протисты, похожие на растения, способны к фотосинтезу. Многие протисты являются паразитарными патогенами, вызывающими болезни у животных и людей.Другие существуют в комменсалистических или мутуалистических отношениях со своим хозяином.
- Домен: Eukarya
- Организмы: Амебы, зеленые водоросли, бурые водоросли, диатомовые водоросли, эвглена и слизевые плесени
- Тип клетки: Эукариотическая
- Обмен веществ: Кислород необходим для обмена веществ
- Потребление пищи: В зависимости от вида потребление пищи может происходить через абсорбцию, фотосинтез или проглатывание
- Размножение: В основном бесполое, но у некоторых видов встречается мейоз
Грибки
Луиза Тиманн / EyeEm / Getty ImagesК грибам относятся как одноклеточные (дрожжи и плесень), так и многоклеточные (грибы) организмы.В отличие от растений, грибы не способны к фотосинтезу. Грибы важны для повторного использования питательных веществ в окружающей среде. Они разлагают органические вещества и усваивают питательные вещества.
В то время как некоторые виды грибов содержат токсины, смертельно опасные для животных и людей, другие имеют полезное применение, например, для производства пенициллина и связанных с ним антибиотиков.
- Домен: Eukarya
- Организмы: Грибы, дрожжи и плесень
- Тип клетки: Эукариотическая
- Обмен веществ: Кислород необходим для обмена веществ
- Nutrition Приобретение: Absorption
- Размножение: Половым или бесполым путем образования спор
Plantae
Создано МэриЭнн Нельсон / Getty ImagesРастения чрезвычайно важны для всего живого на Земле, поскольку они обеспечивают кислород, укрытие, одежду, пищу и лекарства для других живых организмов.
В эту разнообразную группу входят сосудистые и несосудистые растения, цветковые и нецветущие растения, а также семенники и не семенные растения. Как и большинство фотосинтезирующих организмов, растения являются основными продуцентами и поддерживают жизнь для большинства пищевых цепочек в основных биомах планеты.
Животные
Дуг Аллан / Getty ImagesВ это царство входят животные организмы. Эти многоклеточные эукариоты питаются от растений и других организмов.
Большинство животных живут в водной среде и варьируются по размеру от крошечных тихоходок до чрезвычайно большого синего кита. Большинство животных размножаются половым путем, при котором происходит оплодотворение (соединение мужских и женских гамет).
- Домен: Eukarya
- Организмы: Млекопитающие, земноводные, губки, насекомые, черви
- Тип клетки: Эукариотическая
- Обмен веществ: Кислород необходим для обмена веществ
- Питание Получено: Проглатывание
- Размножение: Половое размножение происходит в большинстве случаев, а бесполое размножение происходит примерно в
Представление данных — Графики и таблицы — Принципы биологии
Есть разные типы данных, которые могут быть собраны в эксперименте.Обычно мы стараемся разрабатывать эксперименты, которые собирают объективные количественные данные.
Объективные Данные основаны на фактах, поддаются измерению и наблюдению. Это означает, что если два человека произведут одно и то же измерение одним и тем же инструментом, они получат одинаковый ответ. Измерение определяется измеряемым объектом. Длина червяка, измеренная линейкой, — это объективное измерение. Наблюдение за изменением цвета химической реакции в пробирке является объективным измерением.Оба эти факта наблюдаемы.
Субъективные данные основаны на мнениях, точках зрения или эмоциональных суждениях. Субъективные данные могут дать два разных ответа, если их собирают два разных человека. Измерение определяется субъектом, выполняющим измерения. Опрос людей о том, какое из двух химических веществ пахнет хуже, является субъективным измерением. Оценка качества презентации — это субъективное измерение. Оценка вашего относительного счастья по шкале от 1 до 5 — это субъективное измерение.Все это зависит от человека, который делает наблюдение — кто-то другой может провести эти измерения по-другому.
Количественные измерений собирают числовые данные. Например, длина червяка составляет 5 см. Это количественное измерение.
Качественные измерения описывают качество, а не численное значение. Утверждение, что один червь длиннее другого, является качественным показателем.
Количественный | Качественный | |
Объектив | В результате химической реакции образовалось 5 см пузырей. | В результате химической реакции образовалось много пузырей. |
Субъективно | Я даю количеству пузырей 7 баллов по шкале от 1 до 10. | Я думаю, что пузыри красивые. |
После того, как вы собрали данные в ходе эксперимента, вам нужно выяснить, как лучше всего представить эти данные значимым образом. В зависимости от типа данных и истории, которую вы пытаетесь рассказать, используя эти данные, вы можете представить свои данные по-разному.
Самый простой способ организовать данные — поместить их в таблицу данных. В большинстве таблиц данных независимая переменная (переменная, которую вы тестируете или изменяете специально) будет находиться в столбце слева, а зависимая переменная (и) будет в верхней части таблицы.
Обязательно:
- Обозначьте каждую строку и столбец так, чтобы таблицу можно было интерпретировать
- Включите используемые единицы
- Добавить описательную подпись к таблице
Пример
Вы оцениваете влияние различных видов удобрений на рост растений.Вы сажаете 12 растений томатов и делите их на три группы, каждая из которых состоит из четырех растений. В первую группу удобрений не вносят, а растения поливают простой водой. Вторую и третью группы поливают удобрениями двух разных марок. Через три недели вы измеряете рост каждого растения в сантиметрах и вычисляете средний рост для каждого вида удобрений.
Лечение | Завод № | ||||
1 | 2 | 3 | 4 | Среднее значение | |
Без лечения | 10 | 12 | 8 | 9 | 9.75 |
Марка A | 15 | 16 | 14 | 12 | 14,25 |
Марка B | 22 | 25 | 21 | 27 | 23,75 |
Обзор научного метода: Можете ли вы определить ключевые части научного метода из этого эксперимента?
- Независимая переменная — Тип обработки (марка удобрения)
- Зависимая переменная — рост растений в см
- Контрольная группа (группы) — растения, не обработанные удобрениями
- Опытная группа (группы) — растения, обработанные удобрениями разных марок
Графики используются для отображения данных, поскольку при их визуальном отображении легче увидеть тенденции в данных, чем при их числовом отображении в таблице.Сложные данные часто легче отображать и интерпретировать в формате графика, чем в таблице данных.
На графике ось X проходит горизонтально (из стороны в сторону), а ось Y проходит вертикально (вверх и вниз). Обычно независимая переменная отображается на оси X, а зависимая переменная отображается на оси Y (точно так же, как вы учились в классе математики!).
Линейный график
Линейные графики — лучший тип графиков для использования, когда вы отображаете изменение чего-либо в непрерывном диапазоне.Например, вы можете использовать линейный график для отображения изменения температуры во времени. Время — это непрерывная переменная, потому что оно может иметь любое значение между двумя заданными измерениями. Он измеряется по континууму. Между 1 и 2 минутами может быть бесконечное количество значений, например 1,1 минуты или 1,93456 минут.
Изменения в нескольких разных выборках можно отобразить на одном графике с помощью линий, различающихся цветом, символом и т. Д.
Рисунок 1: Изменение высоты пузырька в сантиметрах за 120 секунд для трех образцов, содержащих разное количество фермента.Образец A не содержал фермента, образец B содержал 1 мл фермента, образец C содержал 2 мл фермента.Гистограмма
Гистограммы используются для сравнения измерений между разными группами. Гистограммы следует использовать, когда ваши данные не непрерывны, а разделены на разные категории. Если посчитать количество птиц разных видов, каждый вид птиц будет отдельной категорией. Между «робином» и «орлом» нет значения, поэтому эти данные не являются непрерывными.
Рисунок 2: Конечная высота пузырьков через 120 секунд для трех образцов, содержащих различные комбинации ингредиентов.Образец A содержал фермент, но не субстрат, образец B содержал субстрат, но не фермент, образец C содержал субстрат и фермент.Точечная диаграмма
Диаграммы разбросаиспользуются для оценки взаимосвязи между двумя различными непрерывными переменными. Эти графики сравнивают изменения сразу двух разных переменных. Например, вы можете посмотреть на соотношение между ростом и весом. И рост, и вес — непрерывные переменные. Вы не можете использовать диаграмму рассеяния, чтобы посмотреть взаимосвязь между количеством детей в семье и весом каждого ребенка, потому что количество детей в семье не является непрерывной переменной: у вас не может быть двух.В семье 3 ребенка.
Рисунок 3: Соотношение между ростом (в метрах) и весом (в килограммах) членов женской команды по софтболу. «Пример диаграммы разброса веса и роста OLS» от Stpasha находится в общественном достоянии Как сделать график- Определите ваши независимые и зависимые переменные.
- Выберите правильный тип графика, определив, является ли каждая переменная непрерывной или нет.
- Определите значения, которые будут идти по осям X и Y.Если значения непрерывны, они должны быть равномерно распределены в зависимости от значения.
- Обозначьте оси X и Y, включая единицы измерения.
- Постройте график ваших данных.
- Добавьте описательную подпись к вашему графику. Обратите внимание, что таблицы данных названы над рисунком, а графики — под рисунком.
Пример
Давайте вернемся к данным нашего эксперимента с удобрениями и используем их для построения графика. Я решил изобразить только средний рост четырех растений, потому что это наиболее важная часть данных.Включение каждой отдельной точки данных сделало бы график очень запутанным.
- Независимая переменная — это тип обработки, а зависимая переменная — рост растений (в см).
- Тип лечения не является непрерывной переменной. Между марками удобрений нет среднего значения (марка A 1/2 не имеет смысла). Рост растений — это непрерывная переменная. Имеет смысл разделить сантиметры на меньшие значения. Поскольку независимая переменная категориальна, а зависимая переменная непрерывна, этот график должен быть гистограммой.
- Рост растений (зависимая переменная) должен идти по оси Y, а тип обработки (независимая переменная) — по оси X.
- Обратите внимание, что значения по оси Y непрерывны и равномерно распределены. Каждая линия представляет собой увеличение на 5 см.
- Обратите внимание, что оси X и Y имеют метки, в которых указаны единицы измерения (при необходимости).
- Обратите внимание, что график имеет описательную подпись, которая позволяет фигуре стоять отдельно без дополнительной информации, полученной из процедуры: вы знаете, что этот график показывает среднее значение измерений, сделанных для четырех растений томата.
Все рисунки, представляющие данные, должны стоять отдельно — это означает, что вы должны иметь возможность интерпретировать информацию, содержащуюся на рисунке, не обращаясь ни к чему другому (например, к разделу о методах в документе). Это означает, что все рисунки должны иметь описательную подпись, которая дает информацию о независимой и зависимой переменных.Другой способ заявить об этом состоит в том, что подпись должна описывать, что вы тестируете и что вы измеряете. Хорошей отправной точкой для разработки заголовка является «влияние [независимой переменной] на [зависимую переменную]».
Вот несколько примеров хорошей подписи к цифрам:
- Влияние физических упражнений на частоту сердечных сокращений
- Скорость роста кишечной палочки при разных температурах
- Взаимосвязь между временем теплового шока и эффективностью трансформации
Вот несколько менее эффективных подписей:
- Пульс и упражнения
- График E.рост температуры кишечной палочки
- Стол для эксперимента 1
Введение в патогены — молекулярная биология клетки
Обычно мы думаем о патогенах враждебно — как о захватчиках, атакующих наши тела. Но возбудитель или паразит, как и любой другой организм, просто пытается жить и производить потомство. Жизнь за счет организма-хозяина — очень привлекательная стратегия, и вполне возможно, что каждый живой организм на Земле подвержен тому или иному типу инфекции или паразитизма ().Человеческий хозяин — это богатая питательными веществами, теплая и влажная среда, которая поддерживает постоянную температуру и постоянно обновляется. Неудивительно, что многие микроорганизмы развили способность выживать и размножаться в этой желанной нише. В этом разделе мы обсудим некоторые общие черты, которыми должны обладать микроорганизмы, чтобы быть заразными. Затем мы исследуем широкий спектр организмов, которые, как известно, вызывают заболевания у людей.
Рис. 25-1
Паразитизм на многих уровнях.(A) Сканирующая электронная микрофотография блохи. Блохи — распространенный паразит млекопитающих, включая собак, кошек, крыс и людей. Он пьет кровь своего хозяина. Укусы блох распространяют бубонную чуму, передавая патогенные (подробнее …)
Патогены развили особые механизмы взаимодействия со своими хозяевами
Человеческое тело представляет собой сложную и процветающую экосистему. Он содержит около 10 13 клеток человека, а также около 10 14 бактериальных, грибковых и простейших клеток, которые представляют тысячи видов микробов.Эти микробы, называемые нормальной флорой , обычно ограничены определенными участками тела, включая кожу, рот, толстую кишку и влагалище. Кроме того, люди всегда инфицированы вирусами, большинство из которых редко, если вообще когда-либо, проявляют симптомы. Если для нас нормально жить в такой тесной близости с широким спектром микробов, почему некоторые из них способны вызвать у нас болезнь или смерть?
Патогены обычно отличаются от нормальной флоры. Наши нормальные микробные обитатели вызывают проблемы только в том случае, если наша иммунная система ослаблена или если они получают доступ к обычно стерильной части тела (например, когда перфорация кишечника позволяет кишечной флоре проникать в брюшную полость брюшной полости, вызывая перитонит ). ). Напротив, специализированные патогены не требуют ослабления иммунитета или повреждения хозяина. Они разработали узкоспециализированные механизмы для преодоления клеточных и биохимических барьеров и для вызова специфических реакций организма-хозяина, которые способствуют выживанию и размножению патогена.
Чтобы выжить и размножаться в хозяине, успешный патоген должен быть способен: (1) колонизировать хозяина; (2) найти в организме хозяина нишу, совместимую с питанием; (3) избегать, подрывать или обходить врожденные и адаптивные иммунные ответы хозяина; (4) репликация с использованием ресурсов хоста; и (5) выход и распространение на новый хост.Под сильным давлением отбора, направленным на то, чтобы вызвать только правильные ответы клетки-хозяина для выполнения этого сложного набора задач, патогены развили механизмы, которые максимально используют биологию их организмов-хозяев. Многие из патогенов, которые мы обсуждаем в этой главе, являются опытными и практичными клеточными биологами. Наблюдая за ними, мы можем многое узнать о клеточной биологии.
Признаки и симптомы инфекции могут быть вызваны патогеном или реакцией хозяина
Хотя мы можем легко понять, почему инфекционные микроорганизмы эволюционируют для размножения в хозяине, менее ясно, почему они эволюционируют и вызывают болезнь.Одно из объяснений может заключаться в том, что в некоторых случаях патологические реакции, вызываемые микроорганизмами, повышают эффективность их распространения или размножения и, следовательно, явно имеют избирательное преимущество для патогена. Например, вирусосодержащие поражения на гениталиях, вызванные инфекцией простого герпеса , способствуют прямому распространению вируса от инфицированного хозяина к неинфицированному партнеру во время полового контакта. Точно так же диарейные инфекции эффективно передаются от пациента к ухаживающему за ним.Однако во многих случаях индукция заболевания не имеет очевидных преимуществ для патогена.
Многие симптомы и признаки, которые мы ассоциируем с инфекционным заболеванием, являются прямыми проявлениями действующих иммунных реакций хозяина. Некоторые признаки бактериальной инфекции, включая отек и покраснение в месте инфекции и образование гноя (в основном мертвых лейкоцитов), являются прямым результатом попыток клеток иммунной системы уничтожить вторгшиеся микроорганизмы.Лихорадка также является защитной реакцией, поскольку повышение температуры тела может подавлять рост некоторых микроорганизмов. Таким образом, понимание биологии инфекционного заболевания требует признания вклада как патогена, так и хозяина.
Филогенетически разнообразны патогены
Многие типы патогенов вызывают заболевания у людей. Наиболее известны вирусы и бактерии. Вирусы вызывают различные заболевания, от СПИДа и оспы до простуды. По сути, они представляют собой фрагменты инструкций нуклеиновой кислоты (ДНК или РНК), завернутые в защитную оболочку из белков и (в некоторых случаях) мембрану ().Они используют базовый аппарат транскрипции и трансляции своих клеток-хозяев для своей репликации.
Рисунок 25-2
Патогены во многих формах. (A) Структура белковой оболочки или капсида полиовируса. Этот вирус когда-то был частой причиной паралича, но это заболевание (полиомиелит) почти искоренено с помощью широко распространенной вакцинации. (B) Бактерия Vibrio cholerae (подробнее …)
Из всех бактерий, с которыми мы сталкиваемся в нашей жизни, лишь незначительное меньшинство являются специализированными патогенами.Гораздо более крупные и сложные, чем вирусы, бактерии обычно являются свободноживущими клетками, которые сами выполняют большинство своих основных метаболических функций, полагаясь на хозяина в первую очередь для питания ().
Некоторые другие инфекционные агенты являются эукариотическими организмами. Они варьируются от одноклеточных грибов и простейших () до крупных сложных многоклеточных организмов, таких как паразитические черви. Одно из самых распространенных инфекционных заболеваний на планете, которым в настоящее время болеют около миллиарда человек, — это заражение кишечника Ascaris lumbricoides .Эта нематода очень похожа на своего кузена Caenorhabditis elegans , который широко используется в качестве модельного организма для генетических исследований и биологических исследований развития (обсуждаемых в главе 21). Однако C. elegans имеет длину всего около 1 мм, тогда как Ascaris может достигать 30 см ().
Некоторые редкие нейродегенеративные заболевания, включая коровье бешенство, вызываются необычным типом инфекционной частицы, называемой прионом , который состоит только из белка.Хотя прион не содержит генома, он, тем не менее, может реплицироваться и убивать хозяина.
Даже внутри каждого класса патогенов наблюдается поразительное разнообразие. Вирусы сильно различаются по размеру, форме и содержанию (ДНК против РНК, в оболочке или без нее и т. Д.), И то же самое верно и для других патогенов. Способность вызывать болезнь (патогенез) — это выбор образа жизни, а не наследство, которое разделяют только близкие родственники ().
Рисунок 25-3
Филогенетическое разнообразие патогенов.Эта диаграмма показывает сходство между 16S рибосомной РНК для клеточных форм жизни (бактерий, архей и эукариот). Каждая ветвь помечена именем представителя этой группы и длиной (подробнее …)
Каждый отдельный патоген вызывает заболевание по-своему, что затрудняет понимание базовой биологии инфекции. Но при рассмотрении взаимодействия инфекционных агентов с их хозяевами возникают некоторые общие темы патогенеза. Этим общим темам и посвящена данная глава.Во-первых, мы представляем основные особенности каждого из основных типов патогенов, которые используют особенности биологии клетки-хозяина. Затем мы по очереди исследуем механизмы, которые патогены используют для контроля над своими хозяевами, и врожденные механизмы, которые хозяева используют для контроля над патогенами.
Бактериальные патогены несут специализированные гены вирулентности
Бактерии небольшие и структурно просты по сравнению с подавляющим большинством эукариотических клеток. Большинство из них можно в общих чертах классифицировать по форме стержней, сфер или спиралей, а также по свойствам их клеточной поверхности.Хотя им не хватает сложного морфологического разнообразия эукариотических клеток, они демонстрируют удивительное множество поверхностных придатков, которые позволяют им плавать или прилипать к желаемым поверхностям (). Соответственно, их геномы просты, обычно порядка 1 000 000–5 000 000 пар нуклеотидов (по сравнению с 12 000 000 для дрожжей и более 3 000 000 000 для человека).
Рисунок 25-4
Формы бактерий и структуры клеточной поверхности. Бактерии подразделяются на три разные формы: (A) сферы (кокки), (B) палочки (бациллы) и (C) спиральные клетки (спирохеты).(D) Они также классифицируются как грамположительные, или грамотрицательные. Такие бактерии (подробнее …)
Как подчеркивалось выше, лишь небольшая часть видов бактерий развила способность вызывать болезни у людей. Некоторые из тех, которые вызывают заболевание, могут размножаться только внутри клеток человеческого тела и называются облигатными патогенами . Другие размножаются в резервуаре окружающей среды, таком как вода или почва, и вызывают заболевание только в том случае, если им довелось столкнуться с восприимчивым хозяином; их называют факультативных патогенов .Многие бактерии обычно доброкачественные, но обладают скрытой способностью вызывать заболевание у травмированного или ослабленного иммунитета; их называют условно-патогенных микроорганизмов .
Некоторые бактериальные патогены придирчивы к выбору хозяина и могут инфицировать только один вид или группу родственных видов, тогда как другие являются универсальными. Shigella flexneri , например, вызывающая эпидемическую дизентерию (кровавую диарею) в районах мира, где отсутствует чистая вода, заразит только людей и других приматов.Напротив, близкородственная бактерия Salmonella enterica , которая является частой причиной пищевых отравлений у людей, также может инфицировать многих других позвоночных, включая кур и черепах. Лучшим универсалом является условно-патогенный микроорганизм Pseudomonas aeruginosa , который способен вызывать болезни как у растений, так и у животных.
Значительные различия между вирулентной патогенной бактерией и ее ближайшим непатогенным родственником могут быть результатом очень небольшого количества генов.Гены, которые способствуют способности организма вызывать заболевание, называются генами вирулентности. Белки, которые они кодируют, называются факторами вирулентности . Гены вирулентности часто сгруппированы вместе либо в группы на бактериальной хромосоме, называемые островами патогенности , либо на внехромосомных плазмидах вирулентности (). Эти гены также могут переноситься мобильными бактериофагами (бактериальные вирусы). Поэтому кажется, что патоген может возникнуть, когда группы генов вирулентности переносятся вместе в ранее невирулентную бактерию.Рассмотрим, например, Vibrio cholerae — бактерию, вызывающую холеру. Некоторые из генов, кодирующих токсины, вызывающие диарею при холере, переносятся мобильным бактериофагом (). Из сотен штаммов Vibrio cholerae , обнаруженных в озерах в дикой природе, заболевания человека вызывают только те, которые инфицированы этим вирусом.
Рисунок 25-5
Генетические различия между патогенами и непатогенами. Непатогенный Escherichia coli имеет единственную кольцевую хромосому. E. coli очень тесно связана с двумя типами пищевых патогенов: Shigella flexneri , вызывающей дизентерию, и Salmonella (подробнее …)
Рисунок 25-6
Генетическая организация Vibrio Сибирь . (A) Vibrio cholerae необычно тем, что имеет две кольцевые хромосомы, а не одну. Две хромосомы имеют разные источники репликации (oriC 1 и oriC 2 ). Три локуса в патогенных штаммах V.cholerae are (подробнее …)
Многие гены вирулентности кодируют белки, которые напрямую взаимодействуют с клетками-хозяевами. Например, два гена, которые несет фаг Vibrio cholerae , кодируют две субъединицы холерного токсина . Субъединица B этого секретируемого токсичного белка связывается с гликолипидным компонентом плазматической мембраны эпителиальных клеток кишечника человека, который употребил Vibrio cholerae в загрязненной воде. Субъединица B переносит субъединицу A через мембрану в цитоплазму эпителиальных клеток.Субъединица A представляет собой фермент, который катализирует перенос фрагмента АДФ-рибозы от НАД к тримерному G-белку G s , который обычно активирует аденилатциклазу с образованием циклического АМФ (обсуждается в главе 15). АДФ-рибозилирование G-белка приводит к чрезмерному накоплению циклического АМФ и дисбалансу ионов, что приводит к массивной водянистой диарее, связанной с холерой. Затем инфекция распространяется фекально-оральным путем через зараженную пищу и воду.
Некоторые патогенные бактерии используют несколько независимых механизмов, чтобы вызвать токсичность для клеток своего хозяина. Сибирская язва, , например, является острым инфекционным заболеванием овец, крупного рогатого скота, других травоядных животных, а иногда и человека. Обычно это вызвано контактом со спорами грамположительной бактерии Bacillus anthracis. В отличие от холеры, сибирская язва никогда не передавалась напрямую от одного инфицированного человека к другому. Спящие споры могут сохраняться в почве в течение длительных периодов времени и обладают высокой устойчивостью к неблагоприятным условиям окружающей среды, включая тепло, ультрафиолетовое и ионизирующее излучение, давление и химические агенты.После того, как споры вдыхаются, проглатываются или втираются в раны на коже, споры прорастают, и бактерии начинают размножаться. Растущие бактерии выделяют два токсина, называемых смертельным токсином и токсином отека . Достаточно одного токсина, чтобы вызвать признаки инфекции. Как и субъединицы А и В токсина холеры, оба токсина состоят из двух субъединиц. Субъединица B идентична между летальным токсином и токсином отека, и она связывается с рецептором на поверхности клетки-хозяина для переноса двух различных субъединиц A в клетки-хозяева.Субъединица A отечного токсина представляет собой аденилилциклазу, которая непосредственно превращает АТФ клетки-хозяина в циклический АМФ. Это вызывает ионный дисбаланс, который может привести к накоплению внеклеточной жидкости (отек) в инфицированной коже или легких. Субъединица А летального токсина представляет собой протеазу цинка, которая расщепляет несколько членов семейства киназ-киназ MAP (обсуждается в главе 15). Введение смертельного токсина в кровоток животного вызывает шок и смерть. Молекулярные механизмы и последовательность событий, ведущих к смерти от сибирской язвы, остаются неопределенными.
Эти примеры иллюстрируют общую тему факторов вирулентности. Часто это либо токсичные белки (токсины) , которые напрямую взаимодействуют с важными структурными или сигнальными белками хозяина, вызывая ответ клетки-хозяина, который полезен для колонизации или репликации патогенов, либо они являются белками, которые необходимы для доставки таких токсинов к хозяину. клетки-мишени. Один общий и особенно эффективный механизм доставки, называемый системой секреции типа III, действует как крошечный шприц, который вводит токсичные белки из цитоплазмы внеклеточной бактерии непосредственно в цитоплазму соседней клетки-хозяина ().Между шприцем типа III и основанием бактериального жгутика наблюдается значительная степень структурного сходства (см.), И многие белки в этих двух структурах явно гомологичны.
Рисунок 25-7
Системы секреции типа III, которые могут доставлять факторы вирулентности в цитоплазму клеток-хозяев. (A) Электронные микрофотографии очищенных аппаратов типа III. Для создания полной структуры необходимо около двух десятков белков, что видно на трех (подробнее …)
Поскольку бактерии образуют царство, отличное от эукариот, которые они заражают (см.), Большая часть их основных механизмов репликации, транскрипции, трансляции и основного метаболизма ДНК сильно отличается от таковой у их хозяина. Эти различия позволяют нам находить антибактериальные препараты, которые специфически подавляют эти процессы у бактерий, не нарушая их у хозяина. Большинство антибиотиков, которые мы используем для лечения бактериальных инфекций, представляют собой небольшие молекулы, которые ингибируют синтез макромолекул в бактериях, воздействуя на бактериальные ферменты, которые либо отличаются от их эукариотических аналогов, либо участвуют в таких путях, как биосинтез клеточной стенки, которые отсутствуют у людей. (и таблица 6-3).
Рисунок 25-8
Антибиотики-мишени. Несмотря на большое количество доступных антибиотиков, у них есть узкий круг целей, которые выделены желтым цветом . Перечислены несколько репрезентативных антибиотиков каждого класса. Все антибиотики, используемые для лечения инфекций человека, падают (подробнее …)
Грибковые и простейшие паразиты имеют сложный жизненный цикл с множественными формами
Патогенные грибы и простейшие паразиты являются эукариотами. Поэтому труднее найти лекарства, которые убьют их, не убивая хозяина.Следовательно, противогрибковые и противопаразитарные препараты часто менее эффективны и более токсичны, чем антибиотики. Вторая характеристика грибковых и паразитарных инфекций, затрудняющая их лечение, — это тенденция инфекционных организмов переключаться между несколькими различными формами в течение их жизненного цикла. Лекарство, которое эффективно уничтожает одну форму, часто оказывается неэффективным при уничтожении другой формы, поэтому она выживает после лечения.
Ветвь грибов эукариотического царства включает как одноклеточные дрожжи (такие как Saccharomyces cerevisiae и Schizosaccharomyces pombe) , так и нитчатые, многоклеточные плесневые грибки (например, те, которые встречаются на плесневых фруктах или хлебе).Большинство важных патогенных грибов демонстрируют диморфизм — способность расти в форме дрожжей или плесени. Переход от дрожжей к плесени или от плесени к дрожжам часто связан с инфекцией. Histoplasma capsulatum , например, растет как плесень при низкой температуре в почве, но при вдыхании в легкие переходит в дрожжевую форму, что может вызвать заболевание гистоплазмоз ().
Рисунок 25-9
Диморфизм патогенного гриба Histoplasma capsulatum .(A) При низкой температуре почвы Histoplasma растет как нитчатый гриб. (B) После вдыхания в легкие млекопитающего Histoplasma претерпевает морфологическое переключение, запускаемое (подробнее …)
Простейшие паразиты имеют более сложный жизненный цикл, чем грибы. Эти циклы часто требуют услуг более чем одного хоста. Малярия — наиболее распространенное протозойное заболевание, ежегодно поражающее 200–300 миллионов человек и убивая 1–3 миллиона из них.Это вызвано четырьмя видами Plasmodium , которые передаются человеку при укусе самок любого из 60 видов комаров Anopheles . Plasmodium falciparum — наиболее интенсивно изученный из паразитов, вызывающих малярию, — существует не менее чем в восьми различных формах, и он требует, чтобы как человек, так и комары завершили свой половой цикл (). Гаметы образуются в кровотоке инфицированных людей, но они могут сливаться только с образованием зиготы в кишечнике комара.Три из форм Plasmodium являются высокоспециализированными для проникновения и репликации в определенных тканях — слизистой оболочке кишечника насекомых, печени человека и эритроците человека.
Рисунок 25-10
Сложный жизненный цикл малярии. (A) Половой цикл Plasmodium falciparum требует прохождения между человеком-хозяином и насекомым-хозяином. (B) — (D) Мазки крови людей, инфицированных малярией, демонстрирующие три различные формы паразита, которые появляются (подробнее …)
Поскольку малярия настолько широко распространена и разрушительна, она оказывает сильное избирательное давление на человека. популяции в регионах мира, в которых обитает комар Anopheles . Серповидноклеточная анемия , например, является рецессивным генетическим заболеванием, вызванным точечной мутацией в гене, кодирующем β-цепь гемоглобина, и часто встречается в районах Африки с высокой заболеваемостью наиболее серьезной формой малярии (вызванной by Plasmodium falciparum). Малярийные паразиты плохо растут в эритроцитах как у гомозиготных пациентов с серповидными клетками, так и у здоровых гетерозиготных носителей, и, как следствие, малярия редко встречается среди носителей этой мутации.По этой причине малярия поддерживает мутацию серповидных клеток с высокой частотой в этих регионах Африки.
Вирусы используют механизмы клетки-хозяина для всех аспектов своего размножения
Бактерии, грибы и эукариотические паразиты сами являются клетками. Даже будучи облигатными паразитами, они используют свои собственные механизмы для репликации, транскрипции и трансляции ДНК и обеспечивают собственные источники метаболической энергии. Вирусы , напротив, являются настоящими автостопщиками, несущими лишь информацию в форме нуклеиновой кислоты.Информация в значительной степени копируется, упаковывается и сохраняется клетками-хозяевами (). Вирусы имеют небольшой геном, состоящий из нуклеиновых кислот одного типа — ДНК или РНК, — которые в любом случае могут быть одноцепочечными или двухцепочечными. Геном упакован в белковую оболочку, которая у некоторых вирусов дополнительно заключена в липидную оболочку.
Рисунок 25-11
Простой жизненный цикл вируса. Показанный гипотетический вирус состоит из небольшой двухцепочечной молекулы ДНК, которая кодирует только один вирусный капсидный белок.Ни один известный вирус не может быть таким простым.
Вирусы размножаются по-разному. Как правило, репликация включает (1) разборку инфекционной вирусной частицы, (2) репликацию вирусного генома, (3) синтез вирусных белков с помощью механизма трансляции клетки-хозяина и (4) повторную сборку этих компонентов в потомство вируса. частицы. Одна вирусная частица (вирион ) , которая заражает одну клетку-хозяин, может произвести тысячи потомков в инфицированной клетке. Такого огромного размножения вирусов часто бывает достаточно, чтобы убить клетку-хозяина: инфицированная клетка раскрывается (лизируется) и, таким образом, позволяет вирусам-потомкам получить доступ к соседним клеткам.Многие клинические проявления вирусной инфекции отражают цитолитический эффект вируса. Как герпес, образованный вирусом простого герпеса , так и поражения, вызванные вирусом оспы , например, отражают гибель эпидермальных клеток в локальном участке инфицированной кожи.
Вирусы бывают самых разных форм и размеров, и, в отличие от клеточных форм жизни, их нельзя систематически классифицировать по родству в едином филогенетическом древе.Из-за их крошечных размеров полные последовательности генома были получены почти для всех клинически важных вирусов. Поксвирусы являются одними из самых крупных, их длина достигает 450 нм, что примерно соответствует размеру некоторых небольших бактерий. Их геном двухцепочечной ДНК состоит примерно из 270 000 пар нуклеотидов. На другом конце шкалы размеров находятся парвовирусы, длина которых менее 20 нм и геном одноцепочечной ДНК длиной менее 5000 нуклеотидов (). Генетическая информация в вирусе может нести множество необычных форм нуклеиновых кислот ().
Рисунок 25-12
Примеры морфологии вируса. Как показано, вирусы сильно различаются как по размеру, так и по форме.
Рисунок 25-13
Схематические изображения нескольких типов вирусных геномов. Самые маленькие вирусы содержат всего несколько генов и могут иметь геном РНК или ДНК. Самые крупные вирусы содержат сотни генов и имеют геном двухцепочечной ДНК. Своеобразные концы (а также (подробнее …)
Капсид, в который заключен вирусный геном, состоит из одного или нескольких белков, расположенных в регулярно повторяющиеся слои и узоры.В вирусах , заключенных в оболочку , сам капсид заключен в двухслойную липидную мембрану, которая приобретается в процессе отпочкования от плазматической мембраны клетки-хозяина (). В то время как вирусов без оболочки обычно покидают инфицированную клетку, лизируя ее, вирус с оболочкой может покинуть клетку, отпочковавшись, без нарушения плазматической мембраны и, следовательно, без гибели клетки. Эти вирусы могут вызывать хронические инфекции, а некоторые могут помочь превратить инфицированную клетку в раковую.
Рисунок 25-14
Получение вирусной оболочки. (A) Электронная микрофотография клетки животного, из которой прорастают шесть копий оболочечного вируса ( Semliki forest virus ). (B) Схематическое изображение сборки оболочки и процессов бутонизации. Липидный бислой, окружающий (подробнее …)
Несмотря на это разнообразие, все вирусные геномы кодируют три типа белков: белки для репликации генома, белки для упаковки генома и его доставки большему количеству клеток-хозяев и белки, которые модифицируют структура или функция клетки-хозяина в соответствии с потребностями вируса ().Во втором разделе этой главы мы сосредоточимся в первую очередь на этом третьем классе вирусных белков.
Рисунок 25-15
Карта генома ВИЧ. Этот ретровирусный геном состоит примерно из 9000 нуклеотидов и содержит девять генов, расположение которых показано в зеленом и красном . Три гена (зеленый), являются общими для всех ретровирусов: gag кодирует капсидные белки, env (подробнее …)
Поскольку большинство критических этапов репликации вируса выполняются механизмами клетки-хозяина, выявление эффективных противовирусных препаратов особенно проблематично.В то время как антибиотик тетрациклин специфически отравляет, например, бактериальные рибосомы, невозможно найти лекарство, которое специфически отравляет вирусные рибосомы, поскольку вирусы используют рибосомы клетки-хозяина для производства своих белков. Лучшая стратегия сдерживания вирусных заболеваний — их предотвращение путем вакцинации потенциальных хозяев. Благодаря весьма успешным программам вакцинации оспа на планете полностью ликвидирована, и ликвидация полиомиелита неизбежна ().
Рисунок 25-16
Ликвидация вирусного заболевания путем вакцинации.На графике показано количество случаев полиомиелита, зарегистрированных в США за год. Стрелки и указывают время введения вакцины Солка (инактивированный вирус, вводимый путем инъекции) (подробнее …)
Прионы являются инфекционными белками
Вся информация в биологических системах закодирована структурой. Мы привыкли думать о биологической информации в виде последовательностей нуклеиновых кислот (как в нашем описании вирусных геномов), но сама последовательность является сокращенным кодом для описания структуры нуклеиновой кислоты.Репликация и экспрессия информации, закодированной в ДНК и РНК, строго зависят от структуры этих нуклеиновых кислот и их взаимодействия с другими макромолекулами. Распространение генетической информации в первую очередь требует, чтобы информация хранилась в структуре, которая может быть скопирована из неструктурированных предшественников. Последовательности нуклеиновых кислот являются самым простым и надежным решением проблемы точной структурной репликации, которое нашли организмы.
Нуклеиновые кислоты — не единственное решение.Прионы — это инфекционные агенты, которые реплицируются в организме хозяина путем копирования аберрантной структуры белка. Они могут встречаться в дрожжах и вызывать различные нейродегенеративные заболевания у млекопитающих. Наиболее известной инфекцией, вызываемой прионами, является губчатая энцефалопатия крупного рогатого скота (коровье бешенство или коровье бешенство), которая иногда передается людям, поедающим инфицированные части коровы (). Выделение инфекционных прионов, вызывающих болезнь scrapie у овец, а затем годы кропотливой лабораторной характеристики мышей, инфицированных скрепи, в конечном итоге установили, что сам белок является инфекционным.
Рисунок 25-17
Нервная дегенерация при прионной инфекции. На этой микрофотографии показан срез мозга человека, умершего от куру. Куру — это прионная болезнь человека, очень похожая на BSE, которая в Новой Гвинее передавалась от одного человека к другому в ходе ритуальных погребальных практик. (подробнее …)
Интересно, что инфекционный прионный белок производится хозяином, и его аминокислотная последовательность идентична нормальному белку хозяина. Более того, прионная и нормальная формы белка неотличимы в своих посттрансляционных модификациях.Единственное различие между ними заключается в их сложенной трехмерной структуре. Неправильно свернутый прионный белок имеет тенденцию к агрегации и обладает замечательной способностью заставлять нормальный белок принимать свою неправильно свернутую прионную конформацию и тем самым становиться заразным (см.). Эта способность приона преобразовывать нормальный белок-хозяин в неправильно свернутый прионный белок эквивалентна репликации приона в организме-хозяине. Если их поедает другой восприимчивый хозяин, эти недавно неправильно свернутые прионы могут передавать инфекцию.
Неизвестно, как нормальные белки обычно способны находить единую, правильную, свернутую конформацию среди миллиардов других возможностей, не застревая в тупиковых промежуточных соединениях (обсуждаемых в главах 3 и 6). Прионы — хороший пример того, как сворачивание белка может пойти не так, как надо. Но почему прионные заболевания так редки? Каковы ограничения, которые определяют, будет ли неправильно свернутый белок вести себя как прион, или он просто будет повторно свернут или разложен клеткой, которая его создала? У нас пока нет ответов на эти вопросы, и изучение прионов остается областью интенсивных исследований.
Резюме
Инфекционные заболевания вызываются патогенами, в том числе бактериями, грибами, простейшими, червями, вирусами и даже инфекционными белками, называемыми прионами. Патогены всех классов должны иметь механизмы для проникновения в свой хозяин и для избежания немедленного уничтожения иммунной системой хозяина. Большинство бактерий не являются патогенными. Те, которые содержат специфические гены вирулентности, которые опосредуют взаимодействия с хозяином, вызывая определенные ответы от хозяйских клеток, которые способствуют репликации и распространению патогена.Патогенные грибы, простейшие и другие эукариотические паразиты обычно проходят через несколько различных форм в ходе инфекции; способность переключаться между этими формами обычно требуется паразитам, чтобы выжить в организме хозяина и вызвать болезнь. В некоторых случаях, таких как малярия, паразиты должны последовательно проходить через несколько видов хозяев, чтобы завершить свой жизненный цикл. В отличие от бактерий и эукариотических паразитов, вирусы не обладают собственным метаболизмом и не обладают внутренней способностью производить белки, кодируемые их геномами ДНК или РНК.Они полностью полагаются на подрыв механизма клетки-хозяина для производства своих белков и репликации своих геномов. Прионы, самые маленькие и самые простые инфекционные агенты, не содержат нуклеиновой кислоты; вместо этого они представляют собой редкие, неправильно свернутые белки, которые катализируют неправильную укладку белков в организме хозяина, которые разделяют их первичную аминокислотную последовательность.
Перейти к основному содержанию ПоискПоиск
- Где угодно
Поиск Поиск
Расширенный поиск- Войти | регистр
- Подписка / продление
- Учреждения
- Индивидуальные подписки
- Индивидуальные продления
- Библиотекари
- Тарифы, 913 и платежи Пакет Чикаго
- Полный цикл и охват содержимого
- Файлы KBART и RSS-каналы
- Разрешения и перепечатки
- Инициатива развивающихся стран Чикаго
- Даты отправки и претензии
- Часто задаваемые вопросы библиотекарей
- Тарифы, заказы, и платежи
- Полный пакет Chicago
- Полный охват и содержание
- Даты отправки и претензии
- Часто задаваемые вопросы об агенте
- О нас
- Публикуйте с нами
- Недавно приобретенные журналы
- Издательская часть tners
- Подпишитесь на уведомления eTOC
- Пресс-релизы
- СМИ
- Книги издательства Чикагского университета
- Распределительный центр в Чикаго
- Чикагский университет
- Положения и условия
- Заявление о публикационной этике
- Уведомление о конфиденциальности
- Доступность Chicago Journals
- Доступность университета
- Следуйте за нами на facebook
- Следуйте за нами в Twitter
- Свяжитесь с нами
- Медиа и рекламные запросы
- Открытый доступ в Чикаго
- Следуйте за нами на facebook
- Следуйте за нами в Twitter
Советы по эффективному использованию таблиц и рисунков в научных статьях
Несколько исследований, руководств для журналов и бесед о научной литературе 1-10 подтверждают критическую роль, которую таблицы, рисунки и графики (или экспонаты) играют в повышении качества рукописей.Научные таблицы и графики могут использоваться для представления значительных числовых или статистических данных эффективным по времени и пространству способом. Читателей часто привлекают таблицы и рисунки, потому что они воспринимают их как удобные для чтения по сравнению с чтением подробных отчетов того же содержания. Они справедливо предполагают, что эти элементы отображения предоставят им больший объем информации за более короткий промежуток времени.
На этапе просмотра рукописи эти элементы отображения предлагают рецензентам и редакторам журналов быстрый обзор результатов исследования, а после публикации статьи они делают то же самое для читателей (некоторые из которых смотрят только на эти элементы отображения, а не на остальная часть рукописи 7 ).Однако таблицы и рисунки добавляют ценность формату исследовательского отчета только в том случае, если они краткие, но достаточно информативные.
Эти визуальные элементы помогают авторам четко и кратко представить подробные результаты и сложные взаимосвязи, закономерности и тенденции; 1-8,11,13,14 уменьшить длину рукописи; 3,5,13,15 и улучшить понимание читателями результатов исследования. 11,12 Таким образом, эти инструменты являются неотъемлемой частью формата исследовательской статьи , потому что, если они ясны и хорошо организованы, они ускоряют понимание и интерпретацию результатов исследования.
Но в то время как хорошо представленные таблицы и рисунки в исследовательских статьях могут эффективно фиксировать и представлять информацию, плохо составленные таблицы и рисунки могут запутать читателей и снизить эффективность статьи. 16 Чтобы помочь авторам найти правильный баланс, в этой статье представлены некоторые важные рекомендации по эффективному использованию таблиц и рисунков в исследовательских работах.
Можем ли мы представить одинаковые результаты на рисунке и в таблице в рукописи?
Я отправил рукопись с представлением данных с…
Планирование вашей статьи: когда использовать таблицы и рисунки в научных статьях
Создание эффективных таблиц и рисунков требует тщательного планирования, которое начинается на этапе написания рукописи.Вот как это сделать:
- Сначала проверьте, что ваш целевой журнал пишет по проблеме. Некоторые журналы ограничивают количество таблиц и рисунков, а также содержат конкретные рекомендации по аспектам дизайна этих элементов отображения.
- Затем решите, следует ли использовать таблицы и рисунки или текст для размещения ключевой информации. (См. Таблицу 1 ниже, чтобы помочь в принятии этого решения.)
- После того, как вы решили использовать элемент отображения, выберите элемент отображения. который лучше всего соответствует вашей цели, исходя из того, на чем вы хотите сосредоточить внимание читателей и что вы хотите представить.(Для получения дополнительной информации см. Таблицу 1 ниже.)
- Наконец, следуйте рекомендациям по передовому опыту, изложенным в разделе 3, и просмотрите примеры, представленные в разделе 4 этого документа, чтобы убедиться, что ваши таблицы и рисунки составлены правильно.
Таблица 1: Как выбирать между таблицами, рисунками и текстом для представления данных
Лучшие практики представления таблиц и рисунков в научных статьях
Общие рекомендации:
1.Убедитесь, что элементы отображения не требуют пояснений: некоторые читатели (и, конечно, рецензенты и редакторы журналов) обращают свое внимание на таблицы и рисунки, прежде чем они прочитают весь текст, поэтому эти элементы отображения должны быть автономными. 6,8,9,12,16,20
Выбор между таблицами, рисунками и текстом для ваших данных исследования
Один из самых сложных аспектов подготовки ваших…
2. Обратитесь, но не повторяйте : Используйте текст, чтобы привлечь внимание читателя к значимости и ключевым моментам таблицы / рисунка, но не повторяйте детали. 5,12,16,19,21,22 Так, например, вы можете выделить свой основной вывод (например, «Мы обнаружили, что лечение было эффективным только в 24% случаев, как показано на Рисунке 1»), но не повторяйте точные значения (например, «как показано в таблице 2, 32% испытуемых выбрали вариант 1, 12% выбрали вариант 2, 10% выбрали вариант 3 и 46% выбрали вариант 4»). Это противоречит самой цели (эффективности и ясности) наличия таблицы или рисунка.
3. Будьте последовательны: 6,9,12,17 Обеспечьте соответствие между значениями или деталями в таблице (например,g., аббревиатуры, названия групп, названия лечения) и те, что в тексте.
4. Дайте ясные, информативные заголовки: 16,17 Названия таблиц и рисунков не должны быть расплывчатыми 9,19 , но должны кратко описывать назначение или содержание таблицы / рисунка и в идеале привлекать внимание читателя к тому, что вы хотите, чтобы он / она заметил 17 (например, «Преимущества и недостатки использования терапии сна для пациентов, страдающих шизофренией»). Также убедитесь, что заголовки столбцов, метки осей, метки фигур и т. Д., имеют четкую и соответствующую маркировку.
5. Соблюдайте правила журнала: проверьте, что ваш целевой журнал сообщает о таких вопросах, как количество таблиц и рисунков, стиль нумерации, заголовки, разрешение изображения, форматы файлов и т. Д., И внимательно следуйте этим инструкциям. 18,23
Пошаговое руководство по форматированию таблиц и рисунков в вашей рукописи
[Это видео было первоначально опубликовано Стивом Кирком на…
Рекомендации для таблиц:
1.Комбинируйте повторяющиеся таблицы: таблицы и рисунки, содержащие повторяющуюся информацию, скорее ухудшат общение, чем улучшат его. 8,12 Изучите названия всех своих таблиц и рисунков и проверьте, говорят ли они об одном и том же или схожем. 8 Если это так, переосмыслите презентацию и объедините или удалите таблицы / графики.
Есть ли у вас какие-либо вопросы, связанные с написанием и публикацией вашей исследовательской работы?
Задайте вопрос2. Разделите данные: 7 При представлении больших объемов информации разделите данные на четкие и подходящие категории и представьте их в столбцах с точными и описательными названиями.
3. Следите за объемом данных в ваших таблицах: если данные, которые вы должны представить, обширны и сделают таблицы слишком загроможденными или длинными, подумайте о том, чтобы сделать таблицы частью Приложения или дополнительного материала. 8
Как вести эффективный поиск литературы и не отставать от новых публикаций
Объем публикаций резко увеличился. Вы…
4. Уберите беспорядок в таблице: убедитесь, что между столбцами и строками 7 достаточно промежутков и что макет не делает таблицу слишком беспорядочной или переполненной.
Рекомендации для рисунков:
1. Обеспечьте четкость изображения: Убедитесь, что все части рисунка четкие: 18 Используйте стандартный шрифт; убедитесь, что надписи читаются на фоне рисунка; и убедитесь, что изображения резкие. 24
2. Используйте легенды для объяснения ключевого сообщения: 25 Легенды к рисункам имеют решающее значение для эффективности рисунка. Используйте их, чтобы привлечь внимание к центральному сообщению, а также для объяснения сокращений и символов.
3. Обозначьте все важные части: Обозначьте ключевые разделы и части схематических диаграмм и фотографий, а также все оси, кривые и наборы данных на графиках и графиках. 6,7,16,18
4. Укажите детали: Включите масштабные линейки в изображения и карты; укажите единицы везде, где указаны количества; включать легенды в карты и схемы; и укажите на картах широту и долготу. 7,18
Примеры хорошо подготовленных таблиц и рисунков
В этом разделе представлены по одному примеру хорошо подготовленной таблицы и хорошо продуманного рисунка.
Приведенная ниже таблица взята из исследования питания макаронных пингвинов при выращивании цыплят 26 и является примером эффективной таблицы по следующим причинам:
1. Заголовок четко описывает, о чем таблица.
2. Заголовки столбцов носят описательный характер и четко указывают на характер представленных данных.
3. Для наглядности данные разделены на категории.
4. Он самодостаточен, и его можно довольно хорошо понять даже без ссылки на всю статью.
5. Надстрочные буквы и примечания используются для предоставления дополнительной уточняющей информации.
6. Достаточный интервал между столбцами и строками; макет чистый, шрифт разборчивый.
Примеры эффективного рисунка (графика)
Рисунок ниже из статьи об эффективности устричных рифов как естественных волноломов 27 , оценка по нескольким пунктам:
- Информационное название, сразу сообщает читателю, чего ожидать от графика.
- Оси четко обозначены.
- Ключ четко определяет, что означает каждый элемент на графике.
- Легенда к рисунку внизу привлекает внимание читателя к ключевым моментам графика.
- Примечание внизу подтверждает источник.
- График двухмерный, без помех.
3 Основные советы по написанию отличного названия исследовательской статьи
Один из наиболее важных компонентов исследования…
Заключение
Рисунки и таблицы или элементы отображения являются мощными инструментами коммуникации — они придают вашей рукописи видимость. профессионально чувствуют, привлекают и поддерживают интерес читателей и эффективно представляют большие объемы сложной информации. 7 Более того, поскольку большинство редакторов и рецензентов журналов взглянут на эти экспонаты до того, как начнут полное чтение вашей статьи, их важность невозможно переоценить.
Возможно, вам будет интересно пройти этот содержательный курс: Создание эффективных таблиц для своей исследовательской работы
1. Совет научных редакторов. Стиль и формат журнала. В Совет научных редакторов (ред.), Научный стиль и формат: Руководство CSE для авторов, редакторов и издателей, 7-е издание (стр.460). Рестон, Вирджиния: Издательство Рокфеллерского университета, 2006.
2. Американская психологическая ассоциация. Редакционный стиль APA. В руководстве по публикациям Американской психологической ассоциации, 5-е издание (стр. 147–201). Вашингтон, округ Колумбия: Американская психологическая ассоциация, 2001.
3. Международный комитет редакторов медицинских журналов. Единые требования к рукописям, представляемым в биомедицинские журналы: написание и редактирование для биомедицинских публикаций [дата обращения: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http: // www.ICMJE.org.
4. Купер Р.Дж., Шригер Д.Л., Уоллес Р.К., Микулич В.Дж., Уилкс М.С. Количество и качество научных графиков в фармацевтической рекламе. Журнал общей внутренней медицины, 2003 г .; 18: 294–297.
5. Дурбин К.Г. мл. Эффективное использование таблиц и рисунков в рефератах, презентациях и статьях. Респираторная помощь, 2004; 49 (10): 1233–1237.
6. Институт медицинских исследований EMGO. Представление результатов в таблицах и рисунках. В Рекомендациях на этапе анализа (стр.14–16). [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://www.emgo.nl/kc/reporting-results-in-tables-and-figures/
Семинар для авторов: разработка эффективной стратегии публикации
Это был практический полдня состоится в январе…
7. Springer. Важность рисунков и таблиц. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://www.springer.com/authors/journal+authors/training?SGWID=0-1726414-12-837813-0.
8. Clark JC. Эффективные таблицы и рисунки. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http: // ion.uwinnipeg.ca/~clark/research/comm/C12_FIGU.pdf.
9. Макмиллан В.Э. Использование таблиц и рисунков. В письменных статьях по биологическим наукам (стр. 30–50). Нью-Йорк: St. Martin’s Press, 1988.
10. Смит Л.Д., Бест Л.А., Стаббс Д.А., Арчибальд А.Б., Роберсон-Нэй Р. Создание знаний: роль графиков и таблиц в жесткой и мягкой психологии. Американский психолог, 2002; 57 (10): 749–761.
11. Лаборатория письма Purdue Online. Таблицы и рисунки APA 1. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http: // owl.english.purdue.edu/owl/resource/560/19/.
12. Публикации SAGE. Как опубликовать статью в журнале. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://www.uk.sagepub.com/journalgateway/files/how_to_get_published.pdf.
13. Paradise C. Как записывать и представлять данные в графическом виде с помощью Excel. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://www.bio.davidson.edu/people/midorcas/research/herpstaff/StevePrice/BIO%20112
/Lab/Exercise_1.pdf.
14. Шригер Д.Л., Синха Р., Шротер С., Лю П., Альтман Д.От представления до публикации: ретроспективный обзор таблиц и цифр в когорте рандомизированных контролируемых испытаний, представленных в British Medical Journal. Анналы неотложной медицины, 2006 г .; 48 (6): 750–756.
Знайте, когда использовать таблицы и рисунки в своей исследовательской работе.
Таблицы и рисунки являются важными компонентами…
15. Институт пищевых технологий. Правила для авторов. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://www.ift.org/Knowledge-Center/Read-IFT-Publications/Journal-of-Food-Science/Authors-Corner/Author-Guidelines.aspx.
16. Центр статистических услуг Университета Рединга. Информативное представление таблиц, графиков и статистики. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://www.reading.ac.uk/ssc/n/resources/Docs/PresentationOfTablesGraphsAndStatistics.pdf.
17. Хоугланд Н. Использование таблиц и рисунков в научном исследовании. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://polaris.umuc.edu/~nhoaglan/COMM600/Tables%20and%20Figures.pdf.
18. Библиотека ресурсов для помощи авторам.Таблицы и рисунки: некоторые основные советы. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http: //www.authoraid.info/resource-library/authoraid-workshop-on-research-writing-march-2011/Nepal-RM_01a-Tables%20and%20Figures-minus % 20photos.ppt / at_download / file.
19. Интернет-ресурсы по письму Северо-Западного округа. Визуальная коммуникация: дизайн документов, рисунки и таблицы. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://nuwrite.northwestern.edu/communities/design/docs/engineering-design-and-communication-principles-and-practice/chapter_20.pdf.
20. Серия «Прогресс в морской экологии». Рекомендации для авторов MEPS. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://www.int-res.com/journals/meps/guidelines-for-meps-authors/.
21. Издательская группа BMJ. Основы стиля BMJ. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http: //resources.bmj.com/bmj/authors/bmj-house-style.
22. Геологическое общество Америки. Руководство по геологии. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://www.geosociety.org/pubs/geoguid6.htm.
23. Wiley-Blackwell. Услуги для авторов: Руководство по электронным произведениям искусства. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://authorservices.wiley.com/bauthor/illustration.asp.
24. Wiley-Blackwell. Электронное произведение искусства — Введение. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://authorservices.wiley.com/electronicartworkguidelines.pdf.
25. PLOS Биология. Руководство по биологии PLOS для авторов. [Доступ: 8 августа 2011 г.] Доступно по адресу: http://www.plosbiology.org/static/guidelines.действия # цифры.
26. Дигл Б. Э., Гейлс Н. Дж., Эванс К., Джарман С. Н., Робинсон С. и др. Изучение рациона морских птиц с помощью генетического анализа фекалий: исследование на примере макаронных пингвинов (Eudypteschrysolophus). PLoS ONE 2007; 2 (9): e831.
Можем ли мы представить одинаковые результаты на рисунке и в таблице в рукописи?
Я представил рукопись с презентацией данных с…
27. Сайферс С.Б., Пауэрс С.П., Хек К.Л. мл., Байрон Д. Устричные рифы как естественные волноломы уменьшают потерю береговой линии и облегчают рыболовство.PLoS ONE2011; 6 (8): e22396.
Вычислительная биология PLOS: рецензируемый журнал открытого доступа
О журнале
PLOS Computational Biology публикует оригинальные исследования, которые четко демонстрируют новизну, важность для конкретной области, биологическое значение и выводы, которые подтверждаются исследованием.
Наша цель — сделать процесс редактирования строгим и последовательным, а также предложить нашим авторам максимальную поддержку на протяжении всего этого процесса.Авторам предлагается решить, как лучше всего представить свои идеи, результаты и выводы. Стиль письма должен быть лаконичным и доступным. Редакторы могут вносить предложения о том, как этого добиться, а также предложения по сокращению или дополнениям, которые можно было бы внести в статью, чтобы усилить аргумент.
Дополнительная информация для авторов
PLOS Computational Biology принимает первоначальные представления рукописей в одном файле PDF, который может включать текст и рисунки.Если вы отправляете исправленную рукопись, загрузите отдельные файлы для текста, рисунков и вспомогательной информации. Затем редактор оценит ваше сообщение.Когда вы впервые отправляете в журнал, если вы включаете всю необходимую информацию, необходимую для редакционной оценки и рецензирования, мы не будем просить вас вносить какие-либо изменения в форматирование. Во время повторной отправки мы можем попросить вас выполнить требования к форматированию.
Формат файла | Файлы рукописей могут быть в следующих форматах: DOC, DOCX, RTF или PDF.Документы Microsoft Word не должны быть заблокированы или защищены. Рукописи LaTeX должны быть представлены в формате PDF. Прочтите руководство LaTeX. | ||||||||||
Длина | Рукописи могут быть любой длины. Нет никаких ограничений на количество слов, количество цифр или количество вспомогательной информации. | ||||||||||
Шрифт | Используйте стандартный размер шрифта и любой стандартный шрифт, кроме шрифта с именем «Symbol».Чтобы добавить символы в рукопись, используйте функцию Вставить → Символ в текстовом процессоре или вставьте соответствующий символ Юникода. | ||||||||||
Заголовки | Ограничьте разделы и подразделы рукописи 3 уровнями заголовков. Убедитесь, что уровни заголовков четко указаны в тексте рукописи. | ||||||||||
Расположение и расстояние | Текст рукописи должен быть через два интервала. Не форматируйте текст в несколько столбцов. | ||||||||||
Номера страниц и строк | Включите номера страниц и строк в файл рукописи. Используйте номера непрерывных строк (не перезапускайте нумерацию на каждой странице). | ||||||||||
Таблицы | Вставляйте таблицы сразу после первого абзаца, в котором они цитируются. | ||||||||||
Дополнительная информация | Загрузите файлы вспомогательной информации (SI) отдельно. | ||||||||||
Сноски | Сноски не допускаются. Если ваша рукопись содержит сноски, переместите информацию в основной текст или в список литературы, в зависимости от содержания. | ||||||||||
Язык | Рукописи должны быть представлены на английском языке. Вы можете предоставить переводы рукописи или реферата в качестве вспомогательной информации. Прочтите вспомогательные информационные руководства. | ||||||||||
Сокращения | Определяйте сокращения при первом появлении в тексте. Не используйте нестандартные сокращения, если они не встречаются в тексте хотя бы три раза. Сократите количество сокращений до минимума. | ||||||||||
Ссылочный стиль | PLOS использует стиль «Ванкувер», как указано в примерах ссылок ICMJE. См. Ниже примеры форматирования ссылок и дополнительные инструкции. | ||||||||||
Уравнения | Мы рекомендуем использовать MathType для отображения и встроенных уравнений, так как это обеспечит наиболее надежный результат. Если это невозможно, можно использовать редактор формул или функцию Microsoft Insert → Equation. Избегайте использования MathType, Equation Editor или функции Insert → Equation для вставки отдельных переменных (например, «a² + b² = c²»), греческих или других символов (например, β, Δ или ′ [простое число]) или математические операторы (например,g., x, ≥ или ±) в бегущем тексте. По возможности вставляйте отдельные символы как обычный текст с правильными значениями Unicode (шестнадцатеричные). Не используйте MathType, Equation Editor или функцию Insert → Equation только для части уравнения. Лучше убедитесь, что включено все уравнение. Уравнения не должны содержать сочетание различных инструментов уравнения. Избегайте «гибридных» встроенных или отображаемых уравнений, в которых часть — текст, а часть — MathType, часть — MathType, а часть — редактор формул. | ||||||||||
Номенклатура | По возможности используйте правильную и установленную номенклатуру.
|
Копирование рукописей
Перед отправкой авторов, которые считают, что их рукописи выиграют от углубленного профессионального редактирования, рекомендуется воспользоваться услугами языкового и копировального редактирования.Получение этой услуги является обязанностью автора и должно быть выполнено до первоначальной подачи. Эти услуги можно найти в Интернете, используя такие поисковые запросы, как «служба научного редактирования» или «служба редактирования рукописей».
Обратите внимание, что если ваша рукопись будет принята, PLOS не будет выполнять подробное копирование. Поэтому внимательно просмотрите свою рукопись, уделяя особое внимание орфографии, пунктуации и грамматике, а также научному содержанию.
Рукописная организация
Большинство рукописей должно быть организовано следующим образом.Инструкции для каждого элемента приведены ниже.
- Название
- Авторы
- Филиалы
- Абстрактные
- Сведения об авторе
- Введение
- Результаты
- Обсуждение
- Материалы и методы (также называемые методами или моделями)
- Благодарности
- Список литературы
- Вспомогательные информационные подписи
Единообразие формата облегчает опыт читателей и пользователей журнала.Однако для обеспечения гибкости авторы также могут включить раздел «Материалы и методы» перед разделом «Результаты» или перед разделом «Обсуждение». Пожалуйста, поясните причины включения раздела «Материалы и методы» перед разделами «Результаты» или «Обсуждение» в сопроводительном письме при отправке файлов рукописи.
Также обратите внимание, что результаты и обсуждение могут быть объединены в один раздел результатов / обсуждения.
Готовы отформатировать вашу предварительно принятую рукопись? Обратитесь к нашим загружаемым образцам файлов, чтобы убедиться, что ваша заявка соответствует нашим требованиям к форматированию:
Просмотр рисунков и дополнительной информации в скомпилированном документе PDF
Скомпилированный предоставленный PDF-файл включает изображения предварительного просмотра рисунков с низким разрешением после списка литературы.Эти предварительные просмотры предназначены для того, чтобы вы могли как можно быстрее загрузить все материалы. Щелкните ссылку вверху каждой страницы предварительного просмотра, чтобы загрузить версию каждого рисунка в высоком разрешении. Ссылки для загрузки файлов вспомогательной информации также доступны после списка ссылок.
Название
Включите полное и короткое название рукописи.
Заголовок | Длина | Инструкции | Примеры |
Полное название | 200 знаков | Конкретный, информативный, краткий и понятный для читателей за пределами области | Влияние воздействия сигаретного дыма на врожденный иммунитет: A Caenorhabditis elegans модель Солнечная дезинфекция питьевой воды (SODIS) для уменьшения детской диареи в сельских районах Боливии: кластерное рандомизированное контролируемое исследование |
Краткое название | 70 символов | Укажите тему исследования | Воздействие сигаретного дыма и врожденный иммунитет SODIS и детская диарея |
Названия следует писать в регистре предложений (с заглавной буквы пишутся только первое слово текста, имена собственные и названия родов).По возможности избегайте специальных сокращений. Для клинических испытаний, систематических обзоров или метаанализов подзаголовок должен включать дизайн исследования.
Список авторов
Требования к авторствуВсе авторы должны соответствовать критериям авторства, изложенным в политике в отношении авторства. Тех, кто внес свой вклад в работу, но не соответствует критериям авторства, можно указать в Благодарностях. Узнайте больше о Благодарностях.
Соответствующий автор должен предоставить ORCID iD во время подачи, введя его в профиль пользователя в системе подачи.Узнайте больше об ORCID.
Имена авторов и место работы
Введите имена авторов на титульном листе рукописи и в системе онлайн-подачи.
На титульном листе напишите имена авторов в следующем порядке:
- Имя (или инициалы, если использовались)
- Отчество (или инициалы, если есть)
- Фамилия (фамилия, фамилия)
Каждый автор в списке должен иметь свою аффилированность.Принадлежность включает отдел, университет или организацию, а также ее местонахождение, включая город, штат / провинцию (если применимо) и страну. Авторы имеют возможность указать текущий адрес в дополнение к адресу своей организации на момент исследования. Текущий адрес должен быть указан в подписи и четко обозначен как «текущий адрес». Как минимум, адрес должен включать в себя текущее учреждение, город и страну автора.
Если автор имеет несколько организаций, укажите все ассоциации только на титульной странице.В системе отправки укажите только предпочтительную или основную принадлежность. Принадлежность авторов будет указана в набранной статье в формате PDF в том же порядке, в котором авторы указаны в заявке.
Имена авторов будут опубликованы точно так, как они указаны в файле рукописи. Пожалуйста, внимательно проверьте информацию, чтобы убедиться, что она верна.
Автор, ответственный за переписку
Подающий автор автоматически назначается соответствующим автором в системе подачи.Соответствующий автор является основным контактным лицом для офиса журнала и единственным автором, который может просматривать или изменять рукопись, пока она находится на рассмотрении редакции.
Соответствующая роль автора может быть передана другому соавтору. Однако обратите внимание, что передача соответствующей роли автора также передает доступ к рукописи. (Чтобы назначить нового автора-корреспондента, пока рукопись все еще находится на рассмотрении, просмотрите видеоурок ниже.)
В системе подачи заявок может быть указан только один автор-корреспондент, но это не ограничивает количество соответствующих авторов, которые могут быть указаны в статье в случае публикации.Любой, кто обозначен как автор-корреспондент на титульном листе файла рукописи, будет указан как таковой при публикации. Включите адрес электронной почты каждого соответствующего автора, указанного на титульном листе рукописи.
Как выбрать нового автора-корреспондента в Редакционном Менеджере
Консорциумы и авторские коллективы
Если рукопись подается от имени консорциума или группы, укажите ее название в подписи к рукописи.Не добавляйте его в список авторов в системе подачи. Вы можете включить полный список участников в Благодарности или в вспомогательный информационный файл.
PubMed индексирует только отдельных членов консорциума или группы авторов, перечисленных в подписи к статье. Если они включены, эти люди должны иметь право на авторство в соответствии с нашими критериями.
Вклад авторов
Обеспечьте как минимум один вклад для каждого автора в системе подачи.Используйте таксономию CRediT для описания каждого вклада. Ознакомьтесь с политикой и полным списком ролей.
Вклады будут опубликованы вместе с финальной статьей, и они должны точно отражать вклады в работу. Отправляющий автор несет ответственность за заполнение этой информации при отправке, и мы ожидаем, что все авторы рассмотрят, обсудят и согласятся с их индивидуальными вкладами до этого времени.
PLOS Computational Biology свяжется со всеми авторами по электронной почте при отправке, чтобы убедиться, что они осведомлены о подаче.
Сопроводительное письмо
Загрузите сопроводительное письмо отдельным файлом в онлайн-систему.
Сопроводительное письмо должно содержать ответы на следующие вопросы:
- Почему эта рукопись подходит для публикации в PLOS Computational Biology ?
- Почему ваше исследование вдохновит других специалистов в вашей области и как оно будет способствовать развитию исследований?
Вы можете порекомендовать подходящего помощника редактора для обработки вашей заявки; тем не менее, редакторы оставляют за собой право связаться с альтернативным вариантом — либо из правления, либо с приглашенным редактором.
Сопроводительное письмо будет доступно только редактору и сотрудникам журнала.
Титульный лист
Название, авторы и принадлежность должны быть включены на титульный лист в качестве первой страницы файла рукописи.
Аннотация
Реферат ставится после титульного листа в файле рукописи. Текст аннотации также вводится в отдельное поле в системе подачи.
Аннотация должна быть лаконичной; он не должен превышать 300 слов.Авторы должны упомянуть использованные методы, не вдаваясь в методологические детали, и должны суммировать наиболее важные результаты.
Хотя реферат концептуально разделен на три раздела («Предпосылки», «Методология / основные выводы» и «Выводы / значение»), не применяйте эти отдельные заголовки к реферату в файле статьи.
Не включать цитаты. Избегайте специальных сокращений.
Информация об авторе
Мы просим всех авторов исследовательских статей включать в рукопись нетехническое резюме работы объемом 150–200 слов, чтобы сразу следовать за аннотацией.Этот текст подлежит редакционным изменениям, должен быть написан от первого лица и должен отличаться от научного реферата.
Стремитесь подчеркнуть, где ваша работа вписывается в более широкий контекст; просто и объективно представить значение или возможные последствия вашей работы; и по возможности избегайте использования сокращений и сложной терминологии. Цель состоит в том, чтобы сделать ваши выводы доступными для широкой аудитории, в которую входят как ученые, так и не ученые.
Авторам может быть полезно проконсультироваться с научным обозревателем или сотрудником прессы, чтобы убедиться, что они эффективно доводят свои выводы до широкой аудитории.
Введение
Введение должно поместить фокус рукописи в более широкий контекст. Составляя введение, думайте о читателях, которые не являются экспертами в этой области. Включите краткий обзор основной литературы. Если есть соответствующие разногласия или разногласия в данной области, их следует упомянуть, чтобы читатель, не являющийся экспертом, мог глубже вникнуть в эти вопросы. Введение должно заканчиваться кратким изложением общей цели экспериментов и комментарием о том, была ли эта цель достигнута.
Результаты
Раздел «Результаты» должен содержать подробную информацию обо всех экспериментах, которые необходимы для подтверждения выводов статьи. В этом разделе нет определенного ограничения по количеству слов, но не следует включать детали экспериментов, которые второстепенны по отношению к основной теме статьи и которые отвлекают от фокуса статьи. Раздел можно разделить на подразделы, каждый из которых имеет краткий подзаголовок. Раздел должен быть написан в прошедшем времени.
ЖурналыPLOS требуют от авторов сделать все данные, лежащие в основе результатов, описанных в их рукописи, полностью доступными без ограничений, за редким исключением. PLOS Computational Biology также требует, чтобы авторы сделали любой созданный автором код, лежащий в основе результатов, полностью доступным без ограничений, за редким исключением. При отправке рукописи онлайн авторы должны предоставить Заявление о доступности данных , описывающее соблюдение обеих политик.
Большие наборы данных, включая необработанные данные, могут храниться в соответствующем общедоступном репозитории.См. Наш список рекомендуемых репозиториев.
Для небольших наборов данных и определенных типов данных авторы могут предоставлять свои данные в вспомогательных информационных файлах, сопровождающих рукопись. Авторам следует позаботиться о максимальной доступности и возможности повторного использования данных, выбрав формат файла, из которого данные могут быть эффективно извлечены (например, при предоставлении табличных данных следует предоставлять электронные таблицы или плоские файлы, а не PDF-файлы).
Для получения дополнительной информации о том, как лучше всего предоставлять данные, ознакомьтесь с нашей политикой доступности данных.PLOS не принимает ссылки на «данные не показаны».
Коддолжен быть открыт для общего доступа в соответствующем репозитории с сопроводительной документацией и иметь четкую лицензию для облегчения повторного использования другими. Для получения дополнительной информации о том, как лучше всего предоставить код, ознакомьтесь с нашей политикой доступности кода.
Обсуждение
В Обсуждении должны быть изложены основные выводы работы вместе с некоторыми объяснениями или предположениями о значении этих выводов.Как выводы влияют на существующие предположения и модели в данной области? Как будущие исследования могут основываться на этих наблюдениях? Какие ключевые эксперименты необходимо провести?
Обсуждение должно быть кратким и аргументированным.
При желании результаты и обсуждение могут быть объединены в один раздел.
Материалы и методы
Материалы и методы должны содержать достаточно подробностей для воспроизведения результатов. Отправьте подробные протоколы для новых или менее известных методов.Можно сослаться на хорошо зарекомендовавшие себя протоколы.
Подробная информация об алгоритмах и протокольных документах для клинических испытаний, обсервационных исследований и других внелабораторных исследований может быть загружена в качестве вспомогательной информации. Они не включены в наборную рукопись, но их можно загрузить и полностью найти в HTML-версии статьи. Прочтите вспомогательные информационные инструкции для инструкций по форматированию.
Мы рекомендуем и рекомендуем вам хранить лабораторных протокола в протоколах.io, где протоколам могут быть назначены их собственные постоянные идентификаторы цифровых объектов (DOI).
Чтобы включить ссылку на протокол в свою статью:
- Опишите свой пошаговый протокол на protocol.io
- Выберите Получить DOI , чтобы присвоить вашему протоколу постоянный идентификатор цифрового объекта (DOI).
- Включите ссылку DOI в раздел «Методы» вашей рукописи, используя следующий формат, предоставленный протоколами .io: http: //dx.doi.org / 10.17504 / protocol.io. [ДОИ ПРОТОКОЛА]
На этом этапе ваш протокол виден только тем, у кого есть ссылка. Это позволяет редакторам и рецензентам обращаться к вашему протоколу при оценке рукописи. Вы можете сделать свои протоколы общедоступными в любое время, выбрав Опубликовать на сайте protocol.io. Любые упомянутые протоколы будут автоматически опубликованы после публикации вашей статьи.
PLOS ONE предлагает возможность публикации рецензируемых статей Lab Protocol, в которых описываются протоколы, размещенные на протоколах.io статьи. Подробнее читайте в статьях Lab Protocol.
Благодарности
Те, кто внесли свой вклад в работу, но не соответствуют нашим критериям авторства, должны быть перечислены в разделе «Благодарности» с описанием вклада.
Авторы несут ответственность за то, чтобы все лица, указанные в Благодарностях, согласились на свое имя.
Журналы PLOS публично признают незаменимые усилия наших редакторов и рецензентов на ежегодной основе.Чтобы обеспечить справедливое признание и избежать любой видимости пристрастия, не включайте редакторов или рецензентов — названных или неназванных — в Благодарности.Не включайте источники финансирования в Благодарности или где-либо еще в файле рукописи. Информацию о финансировании следует вводить только в разделе раскрытия финансовой информации системы подачи заявок.
Список литературы
Любые и все имеющиеся работы могут быть указаны в списке литературы. Приемлемые источники включают:
- Опубликованные или принятые рукописи
- Рукописи на серверах препринтов при условии, что рукопись имеет URL-адрес DOI или arXiv, доступный для цитирования.
Не приводить в справочнике следующие источники:
- Недоступные и неопубликованные работы, включая рукописи, которые были отправлены, но еще не приняты (например, «неопубликованные работы», «данные не показаны»). Вместо этого включите эти данные в качестве дополнительных материалов или поместите данные в общедоступную базу данных.
- Личные сообщения (они должны быть подтверждены письмом соответствующих авторов, но не включены в список литературы)
- Представленные исследования не должны основываться на отозванных исследованиях.Вам следует избегать цитирования отозванных статей, если только вам не нужно обсуждать отозванные работы, чтобы предоставить исторический контекст для представленного вами исследования. Если необходимо обсудить отозванную работу, укажите статус отозванной статьи в тексте статьи и списке литературы.
Убедитесь, что ваш список литературы включает полную и актуальную библиографию для каждой цитируемой работы на момент подачи статьи (и публикации, если она принята). Если процитированная работа исправлена, отозвана или помечена выражением озабоченности до публикации вашей статьи, и если вы считаете, что уместно процитировать работу даже в свете уведомления после публикации, включите в свою рукопись цитаты и полные ссылки как для затронутой статьи, так и для уведомления после публикации.Если у вас есть вопросы, отправьте электронное письмо в редакцию журнала.
Ссылки перечислены в конце рукописи и пронумерованы в том порядке, в котором они появляются в тексте. В тексте укажите ссылочный номер в квадратных скобках (например, «Мы использовали методы, разработанные нашими коллегами [19] для анализа данных»). PLOS использует метод пронумерованного цитирования (последовательность цитирования), и первые шесть авторов и др.
Не включать цитаты в тезисы.
Убедитесь, что части рукописи расположены в правильном порядке перед , упорядочивая цитаты.
Ссылки на форматирование
Поскольку все ссылки будут иметь как можно больше электронных ссылок на статьи, которые они цитируют, правильное форматирование ссылок имеет решающее значение.
PLOS использует справочный стиль, определенный Международным комитетом редакторов медицинских журналов (ICMJE), также называемый «Ванкуверским» стилем. Примеры форматов перечислены ниже. Дополнительные примеры можно найти в образцах ссылок ICMJE.
Инструмент управления ссылками, EndNote, предлагает файл текущего стиля, который может помочь вам с форматированием ваших ссылок.Если у вас возникли проблемы с какой-либо программой управления ссылками, обратитесь в службу технической поддержки компании-источника.Сокращения названий журналов должны соответствовать тем, которые можно найти в базах данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI).
Источник | Формат |
---|---|
Опубликованные статьи | Hou WR, Hou YL, Wu GF, Song Y, Su XL, Sun B и др. кДНК, клонирование геномной последовательности и сверхэкспрессия гена рибосомного белка L9 (rpL9) гигантской панды (Ailuropoda melanoleuca).Genet Mol Res. 2011; 10: 1576-1588. Девараджу П., Гулати Р., Энтони П.Т., Митхун С.Б., Неги В.С. На предрасположенность к СКВ у южноиндийских тамилов может влиять давление генетического отбора на гены TLR2 и TLR9. Мол Иммунол. 2014 22 ноября. Pii: S0161-5890 (14) 00313-7. DOI: 10.1016 / j.molimm.2014.11.005. Примечание. Номер DOI для полнотекстовой статьи приемлем в качестве альтернативы или в дополнение к традиционным номерам томов и страниц. Предоставляя DOI, придерживайтесь формата из приведенного выше примера, включая метку и полный DOI в конце ссылки (doi: 10.1016 / j.molimm.2014.11.005). Не указывайте сокращенный DOI или URL. |
Принятые, неопубликованные статьи | То же, что и опубликованные статьи, но вместо номеров страниц или DOI используйте слово «Предстоящие». |
Интернет-статьи | Huynen MMTE, Martens P, Hilderlink HBM. Воздействие глобализации на здоровье: концептуальная основа. Глобальное здоровье. 2005; 1:14. Доступно по адресу: http://www.globalizationandhealth.com/content/1/1/14 |
Книги | Бейтс Б.Торговля на всю жизнь: социальная история туберкулеза. 1-е изд. Филадельфия: издательство Пенсильванского университета; 1992. |
Глав книги | Хансен Б. Эпидемии и история Нью-Йорка для общественности. В: Харден В.А., Рисе Г.Б., редакторы. СПИД и историк. Bethesda: Национальные институты здоровья; 1991. С. 21-28. |
Депонированные статьи (препринты, электронные отпечатки или arXiv) | Крик Т., Шуб Д.А., Верстраете Н., Феррейро Д.Ю., Алонсо Л.Г., Шуб М. и др.Метаболизм аминокислот противоречит разнообразию белков. arXiv: 1403.3301v1 [Препринт]. 2014 г. [цитируется 17 марта 2014 г.]. Доступно по ссылке: https://128.84.21.199/abs/1403.3301v1 Кординг К.П., Менш Б. Десять простых правил структурирования статей. BioRxiv [Препринт]. 2016 bioRxiv 088278 [опубликовано 28 ноября 2016 г .; пересмотрено 14 декабря 2016 г .; пересмотрено 15 декабря 2016 г .; цитируется 9 февраля 2017 г.]: [12 стр.]. Доступно по ссылке: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/088278v5 doi: 10.1101 / 088278 |
Публикуемые СМИ (печатные или интернет-газеты и журнальные статьи) | Фонтан Х.Исследование показало, что изменение климата — еще одна опасность для уже уязвимых пингвинов. Нью-Йорк Таймс. 2014 29 января [цитируется 17 марта 2014 года]. Доступно по адресу: http://www.nytimes.com/2014/01/30/science/earth/climate-change-taking-toll-on-penguins-study-finds.html |
Новые медиа (блоги, веб-сайты или другие письменные работы) | Аллен Л. объявляет о блогах PLOS. 2010, 1 сентября [цитировано 17 марта 2014 года]. В: Блоги PLOS [Интернет]. Сан-Франциско: PLOS 2006 -. [около 2-х экранов].Доступно по адресу: http://blogs.plos.org/plos/2010/09/announcing-plos-blogs/. |
кандидатские или докторские диссертации | Wells A. Изучение развития независимого электронного научного журнала. M.Sc. Диссертация, Шеффилдский университет. 1999. Доступно по ссылке: http://cumincad.scix.net/cgi-bin/works/Show?2e09 |
Базы данных и репозитории (Figshare, arXiv) | Roberts SB. Треки функций браузера QPX Genome; 2013 [цитируется 5 октября 2013 года].База данных: figshare [Интернет]. Доступно по ссылке: http://figshare.com/articles/QPX_Genome_Browser_Feature_Tracks/701214 |
Мультимедиа (видео, фильмы или телешоу) | Хичкок А., продюсер и режиссер. Заднее стекло [пленка]; 1954. Лос-Анджелес: MGM. |
Вспомогательная информация
Авторы могут отправлять необходимые вспомогательные файлы и мультимедийные файлы вместе со своими рукописями. Вся подтверждающая информация будет подвергнута экспертной оценке.Могут быть отправлены все типы файлов, но их размер не должен превышать 20 МБ.
Авторы могут использовать практически любое описание в качестве имени элемента для файла вспомогательной информации, если он содержит букву «S» и номер. Например, «Приложение S1» и «Приложение S2», «Таблица S1» и «Таблица S2» и т. Д.
Файлы вспомогательной информации публикуются точно так, как указано, и не редактируются.
Вспомогательные информационные подписи
Перечислить вспомогательные информационные подписи в конце файла рукописи.Не отправляйте подписи в отдельном файле.
Номер и имя файла являются обязательными в заголовке, и мы также настоятельно рекомендуем включать однострочное название. Вы также можете включить легенду в свою подпись, но это не обязательно.
Пример заголовкаS1 Текст. Заголовок настоятельно рекомендуется.
Условные обозначения не обязательны.Цитаты в тексте
Мы рекомендуем вам цитировать подтверждающую информацию в тексте рукописи, но это не является обязательным требованием.Если вы цитируете подтверждающую информацию в тексте, цитаты не обязательно должны быть в порядке номеров.
Рисунки и таблицы
Фигуры
Вы можете включить рисунки в основной файл рукописи при первоначальной подаче. Если рукопись доходит до стадии доработки, подготовьте и отправьте каждый рисунок в виде отдельного файла.
Указывайте цифры в порядке возрастания номеров при первом появлении в файле рукописи.
Подписи к рисункам
Вставляйте подписи к рисункам в текст рукописи сразу после абзаца, в котором рисунок впервые цитируется (порядок чтения).Не включайте подписи как часть самих файлов рисунков и не отправляйте их в отдельный документ.
Добавьте как минимум следующее в подписи к рисункам:
- Ярлык с цифрами с арабскими цифрами и надписью «Figure», сокращенно «Fig» (например, Fig 1, Fig 2, Fig 3 и т. Д.). Сопоставьте метку вашего рисунка с именем файла, загруженного при отправке (например, ссылка на рисунок «Рис. 1» должна относиться к файлу рисунка с именем «Fig1.tif»).
- Краткое описательное название
При необходимости заголовок может также включать легенду.
Таблицы
При первом появлении в файле рукописи цитируйте таблицы в возрастающем числовом порядке.
Поместите каждую таблицу в файл рукописи сразу после абзаца, в котором она впервые цитируется (порядок чтения). Не отправляйте свои таблицы в отдельные файлы.
Таблицытребуют размещения над таблицей метки (например, «Таблица 1») и краткого описательного заголовка. Разместите легенды, сноски и другой текст под таблицей.
Отчетность
Все данные и соответствующие метаданные, лежащие в основе результатов, представленных в представленной рукописи, должны быть депонированы в соответствующем публичном хранилище, если они еще не предоставлены как часть представленной статьи.
Репозитории могут быть либо тематическими (если таковые существуют) и принимать определенные типы структурированных данных, либо универсальными репозиториями, которые принимают несколько типов данных. Мы рекомендуем авторам выбирать репозитории, соответствующие их области. Репозитории могут быть предметно-зависимыми (например, GenBank для последовательностей и PDB для структур), общими или институциональными, при условии, что предоставлены DOI или номера доступа, а данные по крайней мере так же открыты, как CC BY. Авторам рекомендуется выбирать репозитории, которые соответствуют принятым критериям надежных цифровых репозиториев, таким как критерии Центра исследовательских библиотек или Знак одобрения данных.Большие международные базы данных сохранятся с большей вероятностью, чем небольшие местные.
Для поддержки совместного использования данных и соблюдения авторами политики данных PLOS мы интегрировали наш процесс отправки с выбранным набором репозиториев данных. Список не является ни репрезентативным, ни исчерпывающим для подходящих репозиториев, доступных авторам. Текущие партнеры по интеграции репозиториев включают Dryad и FlowRepository. Пожалуйста, свяжитесь с [email protected], чтобы дать рекомендации по дальнейшему сотрудничеству.
Инструкции по отправке PLOS с данными, размещенными в репозитории партнера по интеграции:
- Храните данные в выбранном интегрированном репозитории.
- После того, как депонирование будет окончательным и завершенным, репозиторий предоставит вам набор данных DOI (предварительный) и частный URL-адрес для рецензентов, чтобы получить доступ к данным.
- Введите данные DOI в полное Заявление о доступности данных, которое запрашивается в разделе «Дополнительная информация» формы подачи PLOS.Затем укажите код доступа URL-адреса в разделе «Прикрепить файлы».
Если у вас есть вопросы, напишите нам.
Заявление о доступности данных
Заявление о доступности данных должно содержать подробную информацию как о данных, так и о коде, который поддерживает результаты, представленные в статье. Как для кода, так и для данных вы должны указать имя репозитория или репозиториев, а также идентификаторы цифровых объектов (DOI), номера доступа или коды или другие постоянные идентификаторы.
Примеры операторов:
Все человеческие данные, код статистического анализа, стимулы, сетевые обучающие наборы и обученные сети доступны на Zenodo по ссылке http://doi.org/10.5281/zenodo.3534568.
В статье отсутствуют первичные данные; все материалы доступны по адресу https://github.com/bbolker/HIV_LHS/, и мы заархивировали наш код на Zenodo (DOI: 10.5281 / zenodo.437497).
Все соответствующие данные находятся в документе, его файлах с вспомогательной информацией и на сайте Zenodo по адресу https: // doi.org / 10.5281 / zenodo.2640689. Код REMI доступен на GitHub по адресу https://github.com/EPFL-LCSB/remi.
Все данные и код, используемые для проведения экспериментов, подбора моделей и построения графиков, доступны в репозитории GitHub по адресу https://github.com/wtadler/confidence. Мы также использовали Zenodo для присвоения DOI репозиторию: 10.5281 / zenodo.1422804.
Исходный код и данные, использованные для получения результатов и анализа, представленных в этой рукописи, доступны в репозитории Bitbucket Git: https: // bitbucket.org / alexeyg-com / irespredictor.
Весь код, написанный в поддержку этой публикации, находится в открытом доступе по адресу https://bitbucket.org/pkhlab/pkh-lab-analyses. Входные файлы моделирования и сгенерированные данные доступны по адресу https://doi.org/10.5281/zenodo.3711649.
Если существуют этические или юридические ограничения на совместное использование кода, авторы должны предоставить следующую информацию в своем заявлении о доступности данных при подаче заявки и должны связаться с редакцией журнала (ploscompbiol @ plos.орг):
- Подробно объясните ограничения (например, код потенциально может идентифицировать или раскрывать конфиденциальную информацию о пациенте).
- Предоставьте всю необходимую контактную информацию, необходимую другим лицам для выполнения запросов на доступ к коду, включая контактное лицо третьей стороны.
Любые данные, которые не могут быть переданы из-за этических или юридических ограничений, должны соответствовать рекомендациям, изложенным в правилах доступности данных.
Код отчетности
Весь созданный автором код, непосредственно связанный с выводами, о которых сообщается в представленной рукописи, должен быть общедоступным без ограничения доступа, если только определенные юридические или этические ограничения не запрещают публичное распространение кода.Подробная информация о местоположении кода должна быть указана в заявлении о доступности данных.
Мы настоятельно рекомендуем хранить весь код в постоянном общедоступном репозитории, который выдает цитируемые идентификаторы цифровых объектов (DOI) или другие постоянные идентификаторы, например, используя Zenodo для архивирования пакетов GitHub, CodeOcean или архива Software Heritage. Авторам рекомендуется выбирать репозитории, которые позволяют управлять версиями, чтобы версия опубликованной записи постоянно документировалась и ей присваивался собственный DOI.Мы настоятельно рекомендуем авторам лицензировать код, чтобы он соответствовал определению открытого исходного кода.
Для получения дополнительной информации см. Наш список часто задаваемых вопросов.
Регистрационный номер
Все соответствующие наборы данных, изображения и информация должны храниться в соответствующем общедоступном репозитории. См. Наш список рекомендуемых репозиториев.
Номера доступа (и номера версий, если необходимо) должны быть указаны в Заявлении о доступности данных.Номера доступа или ссылка на DOI также должны быть предоставлены, когда набор данных упоминается в рукописи.
В некоторых случаях авторы не могут получить инвентарные номера DOI до тех пор, пока рукопись не будет принята; в этих случаях авторы должны указать эти номера при приемке. Во всех остальных случаях эти номера должны быть предоставлены при полной подаче заявки.
Идентификаторы
По возможности предоставьте номера доступа или идентификаторы для всех объектов, таких как гены, белки, мутанты, болезни и т. Д., для которого есть запись в общедоступной базе данных, например:
Идентификаторы должны быть указаны в скобках после объекта при первом использовании.
Данные молекулярной динамики
Если ваше исследование включает моделирование молекулярной динамики, а ваши данные слишком велики, чтобы их можно было легко опубликовать, обратитесь к этому руководству, чтобы узнать, что следует включить в вашу заявку. Авторы должны обратить особое внимание на следующие моменты:
- Предоставьте файл README со списком включенных файлов и / или ссылками на общедоступные репозитории вместе с их кратким описанием.Это должно быть включено в дополнительный материал.
- Авторы должны описать все используемое программное обеспечение, включая конкретные версии, использованные в работе, и способы их получения.
- PLOS ожидает, что исследователи поделятся программным обеспечением и скриптами, необходимыми для работы. Если это не может быть сделано общедоступным (например, из-за лицензий), метод моделирования должен быть представлен достаточно подробно, чтобы результаты в принципе могли быть воспроизведены с использованием общедоступного программного обеспечения.
- Авторы должны предоставить полный набор входных файлов, используемых для запуска вычислений, включая входные координаты, топологии и файлы параметров. Эти файлы должны быть представлены в удобочитаемых форматах и должны быть включены в качестве дополнительных материалов.
- Авторы должны размещать траектории в публичном репозитории в соответствии с принципами FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Примеры таких баз данных включают ModEL, Nomad и репозиторий Dryad.
Обратите внимание, что рецензенты и редакторы могут запрашивать дополнительные данные и информацию, где это необходимо.
Данные малых кристаллов и макромолекул
Рукописи, сообщающие о новых и неопубликованных трехмерных структурах, должны включать достаточные подтверждающие данные и подробные описания методологий, используемых для воспроизведения и проверки структур. Все новые структуры перед отправкой должны быть помещены в одобренную сообществом базу данных (см. Наш список рекомендуемых репозиториев).
Данные о монокристаллах малых молекул
Авторы, сообщающие о рентгеновских кристаллографических структурах малых органических, металлоорганических и неорганических молекул, должны депонировать свои данные в Кембриджском центре структурных данных (CCDC), в базе данных неорганической кристаллической структуры (ICSD) или в аналогичных базах данных сообщества, обеспечивающих признанную валидацию. функциональность. От авторов также требуется включить соответствующие ссылочные номера структур в основной текст (например, идентификационный номер CCDC), а также файлы кристаллографической информации (.cif) в качестве дополнительной информации вместе с отчетами о валидации checkCIF, которые можно получить через Международный союз кристаллографии (IUCr).
Макромолекулярные структуры
Авторы, сообщающие о новых макромолекулярных структурах, должны были депонировать свои данные перед отправкой во Всемирный банк данных по белкам (wwPDB), банк данных биологического магнитного резонанса (BMRB), банк данных электронной микроскопии (EMDB) или другие базы данных сообщества, предоставляющие признанные функциональность проверки.Авторы должны включить ссылочные номера структур в основной текст и представить в качестве дополнительной информации официальные отчеты о валидации из этих баз данных.
Яркое изображение
Вы можете загрузить яркое изображение вместе с вашим заявлением, которое мы можем использовать для демонстрации вашей статьи через онлайн-каналы PLOS. Мы выбираем изображение ежемесячного выпуска из ярких изображений, представленных вместе со статьями, запланированными к публикации.
Критерии подачи
- Выберите изображение, которое ярко и привлекает внимание к товару.
- Он может быть получен из рисунка или файла вспомогательной информации из бумаги, и это может быть обрезанная часть изображения или все изображение.
- В качестве альтернативы вы можете создать изображение или использовать его как источник, если оно соответствует нашей лицензии CC BY.
- Высокое разрешение: 300-600 dpi
- Одинарная панель
- В идеале избегайте дополнительных деталей, таких как текст, масштабные линейки и стрелки.
Как отправить
- Отправьте свое яркое изображение в систему подачи, используя тип файла «Яркое изображение».
- Загрузите отдельный файл с соответствующей подписью.
Если яркое изображение не загружено, член команды журнала выберет подходящее изображение, которое может быть фигурой из заявки или отдельно взятым изображением CC BY.
Дополнительная информация, запрошенная при подаче
Отчет о раскрытии финансовой информации
Эта информация должна описывать источники финансирования, которые поддержали работу.Если ваша рукопись опубликована, ваше заявление появится в разделе «Финансирование» статьи.
Включите свое заявление в раздел «Раскрытие финансовой информации» формы первоначальной подачи.
В выписке должны быть указаны:
- Конкретные номера грантов
- Инициалы авторов, получивших каждую награду
- URL-адресов спонсорских сайтов
Также укажите, играли ли какие-либо спонсоры или спонсоры (кроме названных авторов) какую-либо роль в:
- Дизайн исследования
- Сбор и анализ данных
- Решение о публикации
- Оформление рукописи
Если они не играли никакой роли в исследовании, включите это предложение: «Спонсоры не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, решении опубликовать или подготовке рукописи.”
Если исследование не было профинансировано, включите это предложение в качестве заявления о раскрытии финансовой информации: «Автор (ы) не получил специального финансирования для этой работы».
Конкурирующие интересы
Автору-корреспонденту предлагается при подаче заявки заявить от имени всех авторов, существуют ли какие-либо финансовые, личные или профессиональные интересы, которые могут быть истолкованы как повлиявшие на работу.
Любые соответствующие конкурирующие интересы авторов должны быть доступны редакторам и рецензентам в процессе рецензирования и будут отражены в опубликованных статьях.
При отправке рукописи всех авторов просят указать, что у них нет связанной или дублирующей рукописи, рассматриваемой (или принимаемой) для публикации в другом месте. Если связанная работа была или будет отправлена в другое место или находится в печати в другом месте, то необходимо загрузить копию статьи, представленной в PLOS. Рецензентов попросят прокомментировать совпадение между соответствующими материалами.
Препринты
PLOS поощряет авторов размещать препринты, чтобы ускорить распространение исследований и поддерживать авторов, которые хотят поделиться своей работой раньше и получить обратную связь до официального рецензирования.Размещение рукописей на серверах препринтов не влияет на рассмотрение рукописи в каком-либо журнале PLOS.
Авторы, публикующие сообщения на bioRxiv, могут направлять документы в журналы PLOS посредством прямой передачи bioRxiv в службу журналов.
Авторы, отправляющие рукописи по наукам о жизни в PLOS Computational Biology , могут согласиться на размещение своей работы на bioRxiv во время процесса первоначальной подачи PLOS Computational Biology .
Предложения рецензентов и редакторовМы просим авторов предлагать подходящих редакторов и не менее четырех потенциальных рецензентов при подаче рукописи.При внесении этих предложений помните о любых потенциальных конкурирующих интересах. Не рекомендуется рекомендовать недавних сотрудников или других исследователей в вашем учреждении. См. Нашу политику в отношении конкурирующих интересов для получения дополнительной информации.
Оппозиционные рецензенты
Авторы могут потребовать, чтобы человек был исключен из процесса рецензирования и не участвовал в их рукописи. При внесении этих предложений, пожалуйста, укажите конкретные причины, по которым каждый человек не должен просматривать вашу заявку в каждом поле «Причина».Редакционная группа будет уважать эти запросы до тех пор, пока это не помешает объективной и тщательной оценке заявки.
Выбор раздела
Выбор раздела необходим для подачи и будет использован для передачи вашей рукописи соответствующему заместителю редактора. Выберите один из следующих разделов или выберите «Общие», если остальные не подходят.
Сравнительный анализ
Исследования, представляющие качественные и исчерпывающие тесты, в которых показатели производительности каждого оцениваемого инструмента отражают его реальную полезность.
Биологические макромолекулы
Изучение структуры, функции, динамики, взаимодействия и эволюции биологических макромолекул (включая белки, РНК и ДНК).
Клеточная биология и физиология
Исследования животных, растений и микробов на клеточном уровне. Вычислительные подходы, которые выясняют механизмы функционирования клеток, регуляции и болезней.
Эпидемиология и клинические / трансляционные исследования
Исследования распространения инфекционных и неинфекционных заболеваний и клинические исследования, дающие представление о распространении болезней.
Эволюция, экология и поведение
Исследования с упором на вычисления по всем аспектам эволюции, экологии и поведения.
Геномика, эпигеномика и протеомика
Исследования организации, вариации и динамики геномов, эпигеномов, транскриптомов, протеомов и других молекулярных профилей в масштабе генома.
Иммунология, инфекционные заболевания и микробы
Исследования патогенных и непатогенных микробов и иммунных реакций, направленных на них.
Неврология
Исследования биологических механизмов, лежащих в основе пластичности и активности нейронов, динамики нейронных цепей, поведения животных и человека, неврологических заболеваний или психических расстройств.
Системная биология
Интегративные исследования взаимодействующих компонентов (например, белков, метаболитов, клеток и тканей) в биологических системах.
Методы
Исследования, описывающие выдающиеся методы исключительной важности, которые, как было показано, обеспечивают или обещают предоставить новые биологические знания (дополнительную информацию см. Ниже).
Программное обеспечение
Исследования, описывающие выдающееся программное обеспечение с открытым исходным кодом, имеющее исключительную важность, которое, как было показано, дает новые биологические идеи, либо как часть статьи о программном обеспечении, либо опубликовано в другом месте (дополнительную информацию см. Ниже).
Общие
Выберите этот вариант, если другие категории не применимы.
Benchmarkng представленных материалов
PLOS Computational Biology публикует специальные статьи по сравнительному анализу, в которых представлены хорошие и исчерпывающие тесты, в которых показатели производительности каждого оцениваемого инструмента отражают его практическую полезность.
Тестируемые методы должны находиться в активной области исследований. Инструменты, оцениваемые в исследовании, должны быть всеобъемлющими или тщательно отобранными из общедоступных в данной области и оцененными с точки зрения их практической значимости для потенциальных пользователей. Новые инструменты, созданные авторами параллельно с тестом, не следует включать в статью.
Исследование должно быть прозрачным в отношении того, как проводился эталонный тест. Для обеспечения воспроизводимости результатов условия обучения каждого инструмента должны быть четко указаны, а входные и ожидаемые выходные наборы данных, используемые в тесте, должны быть доступны в свободной форме в форме, упрощающей их применение и повторное использование.Для получения дополнительной информации обратитесь к редакционной статье Peters et al .
Методы представления
PLOS Computational Biology публикует статьи, специально обозначенные как документы о методах, которые должны описывать выдающиеся методы исключительной важности, которые, как было показано, обеспечивают или обещают предоставить новые биологические идеи.
Метод должен быть уже широко принят или обещает широкое применение широким сообществом пользователей.Усовершенствования существующих опубликованных методов будут рассматриваться только в том случае, если эти улучшения принесут исключительные новые возможности. Авторы должны четко предоставить детали, данные и, при необходимости, программное обеспечение, чтобы читатели могли воспроизвести методы и результаты.
Для статей о методахтребуется сопроводительное письмо с ответами на следующие вопросы:
- Что является основным нововведением в газете по сравнению с современным уровнем развития отрасли?
- Почему инновация существенна и актуальна?
- Какой конкретный метод предлагается и каково его предполагаемое сообщество пользователей?
- Как прошел валидацию метода?
- Как сделать метод доступным?
Статьи о методах следует отправлять через нашу онлайн-систему.Статья должна следовать тому же общему стилю, формату и организации, что и общая исследовательская статья. Примеры статей о методах можно найти в сборнике методов.
Отправка программного обеспечения
PLOS Computational Biology публикует статьи, описывающие выдающееся программное обеспечение с открытым исходным кодом исключительной важности, которое, как было показано, дает новые биологические идеи, либо как часть статьи о программном обеспечении, либо опубликованные где-либо еще.
Программное обеспечение должно уже получить широкое распространение или обещать широкое распространение широким сообществом пользователей.Усовершенствования существующего опубликованного программного обеспечения с открытым исходным кодом будут рассматриваться только в том случае, если эти улучшения принесут исключительные новые возможности. Программное обеспечение должно быть загружено анонимно в виде исходного кода и лицензировано согласно лицензии Open Source Initiative (OSI). Исходный код должен сопровождаться документацией по созданию и установке программного обеспечения из исходного кода, а также по использованию программного обеспечения, включая инструкции о том, как пользователь может протестировать программное обеспечение на предоставленных тестовых данных.
Для статей о программном обеспечениитребуется сопроводительное письмо, в котором объясняется, как выполняются указанные выше критерии.
Формат
Статьи должны быть краткими (менее 3500 слов, не включая дополнительный материал) и располагаться следующим образом:
Заголовок | Название должно включать название программного обеспечения. |
Авторы и аффилированные лица | |
Аннотация | Фундаментальные задачи, которые выполняет программное обеспечение, примеры биологических выводов из использования программного обеспечения, сведения о доступности, в том числе, где загрузить самый последний исходный код, лицензию, любые зависимости операционной системы и списки рассылки службы поддержки. |
Введение | Описание проблемы, решаемой программным обеспечением, а также его новизны и исключительного характера при решении этой проблемы. |
Разработка и реализация | Подробная информация об алгоритмах, используемых программным обеспечением, о том, как эти алгоритмы были созданы, включая зависимости. Подробная информация о предоставленных тестовых данных и о том, как установить и запустить программное обеспечение, должна быть подробно описана в дополнительных материалах. |
Результаты | Примеры биологических проблем, решаемых с помощью программного обеспечения, включая результаты, полученные с использованием депонированных данных испытаний и связанных параметров. |
Наличие и направления на будущее | Где было депонировано программное обеспечение. Авторы планируют провести любую будущую работу по расширению программного обеспечения. |
Предварительным условием для публикации является то, что результаты, описанные в документе, должны быть воспроизводимыми, когда рецензенты или редакторы решат запустить программное обеспечение на депонированном наборе данных с использованием предоставленных параметров.
Не существует минимального набора аппаратных платформ или операционных систем, на которых должно работать программное обеспечение, при условии, что они не ограничивают широкое распространение программного обеспечения. Точно так же программное обеспечение с открытым исходным кодом может зависеть от патентованного вспомогательного программного обеспечения или внешних API с закрытым исходным кодом для запуска или сборки. Такая зависимость не делает программное обеспечение неприемлемым, если оно является открытым исходным кодом, но зависимость может быть учтена при оценке пределов широкого распространения.
Авторы должны депонировать в журнал следующие документы при отправке для архивирования и рецензирования.
- Исходный код вместе с OSI-совместимой лицензией.
- Двоичные файлы (необязательно).
- Документация . Это должно включать инструкции по сборке и установке программного обеспечения из исходного кода, а также любые зависимости как от проприетарных, так и от свободно доступных предварительных условий. Для программных библиотек также требуются инструкции по использованию API.
- Данные испытаний и инструкции . Наборы тестовых данных должны обеспечивать полную демонстрацию возможностей программного обеспечения и могут быть либо доступны из общедоступного архива данных через предоставленный URI, либо могут быть специально созданы и доступны вместе с программным обеспечением.Результаты запуска программного обеспечения на тестовых данных должны быть воспроизводимыми, а любые внешние зависимости (например, внешние базы данных, которые могут измениться) должны быть задокументированы.
Архивное программное обеспечение и соответствующие тестовые данные, параметры и документация представляют собой копию записи, которая соответствует связанной опубликованной статье. Они должны храниться в виде файла с дополнительной информацией размером менее 100 МБ (в идеале .7z или .rar). Это гарантирует, что версия программного обеспечения всегда доступна сообществу.
Признавая, что программное обеспечение постоянно развивается, мы настоятельно рекомендуем авторам размещать и управлять своими версиями исходного кода в установленном репозитории контроля версий программного обеспечения (см. Википедию для получения списка и матрицы сравнения функций). Мы также поощряем программные проекты оказывать активную поддержку и взаимодействовать со своими сообществами пользователей через общедоступные списки рассылки. Авторы должны предоставить ссылки на расположение программного обеспечения, списки рассылки и т. Д. Как часть статьи.
статей по программному обеспечению следует отправлять через нашу онлайн-систему.
Для статей, написанных в LaTeX, необходимо следовать Руководству LaTeX по форматированию статьи.
Возможно, вы имеете право на поддержку APC
Многие институциональные партнеры по всему миру имеют соглашения о публикации с PLOS, позволяющие их соответствующим авторам публиковать материалы с сокращенным APC или без них. Чтобы определить, соответствует ли ваш автор-корреспондент требованиям, посетите страницу наших институциональных партнеров, чтобы определить, какое соглашение имеет ваше учреждение с PLOS.
Если ваш корреспондент связан с участвующим учреждением, они должны следовать приведенным ниже инструкциям, чтобы подтвердить право на участие.
Если ваш корреспондент не из участвующего учреждения и ему требуется помощь в оплате сборов за публикацию, рассмотрите возможность подачи заявления об отказе от платы при подаче.
.