Владимир Путин провел большое совещание, посвященное развитию генетических технологий в РФ
Генетика сегодня — тема дня. С одной стороны, перспективная. Это новые возможности лечить болезни — наследственные или смертельные, от того же COVID-19 до рака. Это новые горизонты в сельском хозяйстве. С другой стороны, чувствительная. Вторжение в природу. Обо всем этом провел большое совещание президент.
Изменения в геноме растений, животных, да и человека уже давно не научная фантастика. Пшеница, которая не боится вредителей; лекарства, способные лечить онкологию; даже бактерии, способные в буквальном смысле пожирать, например, разлившуюся нефть. Все это работает уже сегодня. По сути, генетика — стратегическая отрасль. Поэтому столь пристальное внимание и к исследованиям в этой области, и к разработкам.
«Здесь, как и во всех передовых областях, где человечество пока идет неизведанным, прямо скажем, путем, немало сложных, спорных вопросов как юридических, так и гуманитарных.
Совершенно очевидно, что законодательство в сфере генетики должно открывать простор для научного поиска и создания инноваций в медицине, ветеринарии, селекции, в других сферах. Вместе с тем нужно четко обозначить и пределы допустимого использования генетических технологий. Речь идет не только о современном правовом регулировании, но и о соблюдении этических норм. Они должны быть понятны, признаны исследователями и бизнесом и, что принципиально важны, приняты обществом, пользоваться доверием людей», — подчеркнул глава государства.
Совещание по генетике Владимир Путин проводит ежегодно, после того как в 2019 году было принято решение о создании специальной госпрограммы по ускоренному развитию генетических технологий. Понятно, что пандемия внесла в эту программу коррективы и часть научной мысли была брошена на передовую борьбы с коронавирусом.
«В сотрудничестве с медиками ФМБА и учеными Сибирской Академии Наук мы разработали лекарство на основе моноклональных антител, нейтрализующих коронавирус, в том числе «дельта» и «гамма» варианты.
Подобрана доза антител, снижающая вирусную нагрузку в 100 тысяч раз», — сообщил директор Института молекулярной биологии имени Энгельгардта Александр Макаров.
Вообще же, пандемия подтолкнула генетиков и медиков к совместным исследованиям. Так, появились чипы, показывающие предрасположенность к онкологическим заболеваниям.
«Это, собственно, и есть биочип — пластинка с нанесенными молекулярными зондами, каждая из которых распознает отдельную поломку в ДНК человека», — поясняет главный научный сотрудник Института молекулярной биологии имени Энгельгардта Дмитрий Грядунов.
Чип никуда не вживляется. Достаточно сдать кровь, и врач тут же узнает, есть ли у человека онкология. Разработано и лекарство от некоторых видов рака. Причем, как бы это ни казалось странным, на основе вирусов.
«Технологию ждут в лабораториях Центра онкологии имени Блохина. Рассчитываем, что с ее помощью улучшатся результаты лечения пациенток с раком молочной железы, яичников, с раком поджелудочной железы.
Кроме того, центром изучены четыре новых онколитических вируса, активных против клеток рака молочной железы и глиобластомы», — сообщила вице-премьер Татьяна Голикова.
«Но здесь надо провести целый комплекс работы, генно-инженерной работы, для того чтобы придать дополнительные терапевтические свойства этим вирусам и они могли найти свое применение в клинической практике», — отметил генеральный директор ЗАО «Биокад» Дмитрий Морозов.
«А вот по срокам практически как это вы видите?» — спросил Владимир Путин.
«Мы видим, что опухоль погибает при воздействии тех вирусов, которые нам коллеги дали. Мы видим ее гибель в животных. Значит, исходя из сроков, мы готовы выйти на доклинические испытания, это восемь месяцев займет, ну и через год попробовать в первой фазе клинических испытаний посмотреть безопасность этих препаратов», — пояснил Дмитрий Морозов.
Именно в тандеме медики — генетики была разработана и и полностью отечественная тест-система, выявляющая заражение коронавирусом.
«В 1,5 раза мы увеличили охват и готовимся к тому, что все пациенты с клиникой ОРВИ будут обследоваться теперь на COVID-19 в обязательном порядке», — сообщила руководитель Роспотребнадзора Анна Попова.
«Ладно. Хорошо. Скорости тестирования нужно увеличивать, я уже говорил об этом», — сказал глава государства.
Вообще же, для лечения и профилактики самых различных болезней, а также продовольственной безопасности страны необходимо создать единую геномную базу. Нечто подобное в свое время академик Вавилов создавал в Советском Союзе, собирая всевозможные семена растений в запасниках института.
Вариант сегодняшнего дня — такое же хранилище в виде цифрового описания геномов и генетического материала. В том числе и генетического материала людей. В США, например, такое хранилище уже есть.
В России геномный центр решено построить в научном кластере на Воробьевых горах в Москве. На совещании об этом рассказывал Игорь Сечин, глава «Роснефти». Он же и предложил, что первыми добровольцами, которые сдадут свой генетический материал для хранения и изучения, станут сотрудники компании.
«На первом этапе основным результатом станет создание базы данных на 100 тысяч полногеномных последовательностей россиян, расположенной на серверах, находящихся в России. Для этого будет проведено масштабное добровольное популяционное исследование. Мы начнем с собственных сотрудников, что позволит определить референсные геномы для разных народов России», — рассказал Игорь Сечин.
Что касается генетических данных растений, то единое хранилище так и останется на базе Института имени Вавилова.
«С учетом полученного опыта необходимо создать современное правовое поле для всех типов биологических коллекций. Убежден, что в отношении образцов таких особо ценных генетических ресурсов растений должны действовать специальные правила обращений. Соответствующий указ будет мною подписан в самое ближайшее время», — сообщил глава государства.
В Курчатовском же институте собраны генетические данные промышленных микроорганизмов, то есть созданных искусственно для производства антивирусных препаратов, витаминов, вакцин.
Здесь давно проводят исследования генома, к примеру, пшеницы — одного из стратегических сельхозпродуктов. В скором времени здесь обещают не просто новые сорта, а сорта даже не для регионов, а отдельных хозяйств.
«Скажем, первое, если нам нужна пшеница, как основа качественной еды, для продуктовой линии, нам надо резко увеличить белковое содержание, то есть клейковину. А если нам нужно сырье для биотехнологической промышленности, для «зеленой» химии, то нам надо увеличить содержание крахмала», — рассказал президент НИЦ «Курчатовский институт» Михаил Ковальчук.
Так же тщательно Курчатовский институт, как выяснилось, подходит и к исследованиям генома в такой отрасли, как виноделие.
«Мы можем прорваться там только благодаря науке, благодаря тому, что мы будем опираться на генетические данные и на базу данных, о которых мы говорим», — заметил Михаил Ковальчук.
«Мы знаем еще со времен реализации Советским Союзом ядерного проекта, что если «курчатник» за что-то берется, то он делает это основательно и доводит всегда задачи, которые перед собой или перед ним ставит государство, до логического завершения.
Поэтому чувствую, что у нас будет и что выпить, и чем закусить. Так что желаю вам успехов!» — сказал президент.
Если же говорить серьезно, то потребность в специалистах-генетиках с каждым годом будет расти. Их недостаток, на самом деле, ощущается уже сейчас. Именно поэтому сразу в нескольких вузах появились специальные курсы для студентов, интересующихся этим предметом. В центре «Сириус» разработаны специальные лабораторные учебные установки для школ, где генетика будет изучаться в рамках уроков биологии и химии.
Майская образовательная программа по генетике: О программе
Положение о Майской образовательной программе по генетике
Образовательного центра «Сириус»
1. Общие положения
Настоящее Положение определяет порядок организации и проведения Майской образовательной программы по генетике Образовательного центра «Сириус» (далее — образовательная программа), её методическое и финансовое обеспечение.
1.1. Образовательная программа проводится в Образовательном центре «Сириус» (Образовательный Фонд «Талант и успех») с 7 по 30 мая 2021 года.
1.2. Для участия в образовательной программе приглашаются школьники 9-10 классов (на май 2021 года) из образовательных организаций всех субъектов Российской Федерации. К участию в конкурсном отборе в виде исключения могут быть допущены обучающиеся 7–8 классов, прошедшие отбор по общим правилам.
1.3. К участию в образовательной программе допускаются школьники, являющиеся гражданами Российской Федерации.
1.4. Персональный состав участников образовательной программы утверждается Экспертным советом Образовательного Фонда «Талант и успех» по направлению «Наука».
1.5. Научно-методическое и кадровое сопровождение профильной образовательной программы осуществляют Биологический факультет МГУ имени М.
В. Ломоносова, Центр педагогического мастерства г. Москвы, сотрудники вузов и институтов РАН и ФМБА, имеющие опыт работы в области классической или молекулярной генетики и необходимую педагогическую квалификацию.
1.6. В связи с целостностью и содержательной логикой образовательной программы, интенсивным режимом занятий и объемом академической нагрузки, рассчитанной на весь период пребывания обучающихся в Образовательном центре «Сириус», не допускается участие школьников в отдельных мероприятиях или части образовательной программы: исключены заезды и выезды школьников вне сроков, установленных Экспертным советом Фонда по направлению «Наука».
1.7. В случае нарушений правил пребывания в Образовательном центре «Сириус» или требований настоящего Положения решением Координационного совета участник образовательной программы может быть отчислен с образовательной программы.
1.8. В целях создания более широких возможностей посещения Образовательного центра «Сириус» допускается участие школьников в течение учебного года (с июля 2020 г.
по июнь 2021 г.) не более чем в двух образовательных программах по направлению «Наука» (по любым профилям, включая проектные образовательные программы).
2. Цели и задачи образовательной программы
2.1. Образовательная программа ориентирована на выявление одаренных школьников, интересующихся генетикой, развитие их творческих способностей, знакомство с практическим и исследовательским применением современных генетических технологий, а также повышение образовательного уровня школьников в области генетики и смежных дисциплин.
2.2. Задачи образовательной программы:
— знакомство школьников с актуальным положением в областях молекулярной и медицинской генетики;
— развитие практических способностей учащихся в области современных генетических методов;
— развитие умений и навыков решения задач по генетике и молекулярной генетике;
— развитие у школьников навыков критического мышления и формирование у них представлений о возможностях современных генетических технологий;
— популяризация генетики как науки.
3. Порядок отбора участников образовательной программы
3.1. Отбор участников осуществляется Координационным советом, формируемым Руководителем Образовательного Фонда «Талант и успех», на основании требований, изложенных в настоящем Положении, а также в Порядке отбора школьников на профильные образовательные программы Фонда по направлению «Наука».
3.2. Для участия в конкурсном отборе необходимо пройти регистрацию на официальном сайте Образовательного центра «Сириус».
Регистрация будет открыта до 5 февраля 2021 года.
Не зарегистрировавшиеся школьники к участию в образовательной программе не допускаются.
3.4. Отбор участников осуществляется в два этапа. Первый этап — дистанционный учебно-отборочный курс в системе Сириус.Онлайн. Второй этап — заключительный очный отборочный тур (проводится в регионах).
3.4.1. С 25 января по 6 марта 2021 года для зарегистрировавшихся школьников будет организован дистанционный учебно-отборочный курс.
Информация о курсе размещается в личном кабинете участника после его регистрации.
3.4.2. Обучение на дистанционном учебно-отборочный курсе можно начинать в любой момент до 7 февраля 2021 года включительно.
3.4.3. В рамках дистанционного учебно-отборочного курса оценивается успешность освоения учебного материала, а также результат, показанный на дистанционном тестировании, проводящемся в рамках курса. Дистанционное тестирование состоится 6 марта 2021 года.
3.4.4. По итогам обучения в дистанционном учебно-отборочном курсе и финального дистанционного тестирования будут определены участники заключительного очного отборочного тура, который пройдет на площадках в субъектах Российской Федерации 20 марта 2021 года.
3.4.5. Список школьников, допущенных к участию в заключительном очном отборочном туре, будет опубликован на сайте Образовательного центра «Сириус» не позднее 10 марта 2021 года.
3.4.6. Регламент проведения заключительного очного отборочного тура, места и время проведения этого тура в регионах будут опубликованы на сайте Образовательного центра «Сириус» не позднее 12 марта 2021 года.
3.5. Олимпиады, конкурсы и турниры любого уровня не дают права внеконкурсного зачисления на программу. Победители и призеры Московской олимпиады школьников по генетике 2019/2020 учебного года получают при регистрации на программу бонусный балл на дистанционном этапе, не превышающий 20% для победителей и 10% для призеров от максимальной суммы баллов за отбор дистанционного этапа. В заключительном очном отборочном туре льгот или бонусных баллов не предусмотрено.
3.6. В образовательной программе могут принять участие не более 30 школьников от одного субъекта Российской Федерации. В случае прохождения более 30 школьников от одного региона через первичный проходной балл для данного региона Координационный совет программы принимает вторичный проходной балл, допускающий прохождение не более 30 школьников.
3.7. Учащиеся, отказавшиеся от участия в образовательной программе, могут быть заменены на следующих за ними по рейтингу школьников (по итогам заключительного очного отборочного тура). Решение о замене участников принимается Координационным советом программы. Внесение изменений в список участников программы происходит до 27 апреля 2021 года.
3.8. Список участников образовательной программы будет опубликован на сайте Образовательного центра «Сириус» не позднее 1 апреля 2021 года.
4. Аннотация образовательной программы
Образовательная программа включает в себя лекционные, семинарские и практические занятия по классической, популяционной, молекулярной и медицинской генетике, лекции ведущих российских специалистов в области генетики, тематические экскурсии, общеобразовательные, культурно-досуговые и спортивно-оздоровительные мероприятия.
5. Финансирование образовательной программы
Оплата проезда, пребывания и питания школьников — участников образовательной программы осуществляется за счет средств Образовательного Фонда «Талант и успех».
Страница не найдена |
Страница не найдена |404. Страница не найдена
Архив за месяц
ПнВтСрЧтПтСбВс
12
12
1
3031
12
15161718192021
25262728293031
123
45678910
12
17181920212223
31
2728293031
1
1234
567891011
12
891011121314
11121314151617
28293031
1234
12
12345
6789101112
567891011
12131415161718
19202122232425
3456789
17181920212223
24252627282930
12345
13141516171819
20212223242526
2728293031
15161718192021
22232425262728
2930
Архивы
Фев
Мар
Апр
Май
Июн
Июл
Авг
Сен
Окт
Ноя
Дек
Метки
Настройки
для слабовидящих
Отдел молекулярной биологии и генетики
Руководитель отдела
Ильина Елена Николаевна
член-корреспондент РАН, доктор биологических наук, профессор РАН
В настоящее время отдел состоит из следующих лабораторий:
История отделаИстория отдела
В начале 90-х гг.
на базе лаборатории биохимии клеточных культур НИИ ФХМ был образован отдел молекулярной биологии и генетики (руководитель-профессор, д.б.н. Говорун В.М.). Основным направлением научной деятельности отдела является разработка универсальной платформы для высокоплотного геномного картирования и определения транскрипционной, протеомной и матаболической активности генома биологических объектов, создание единых экспериментально-расчетных форматов исследования прокариотических микроорганизмов для нужд медицины, биотехнологической промышленности, генерации знаний, поиска новых лекарственных соединений. В научных проектах, выполняемых в отделе в области постгеномной биологии и медицины, используется не только информация о полной нуклеотидной последовательности ДНК изучаемого объекта, но и изучается постоянство генома, описывается его микро- и макрогетерогенность, а также причинно-следственные взаимоотношения, которые возникают при нестабильности ДНК на уровне матричной РНК и белков. Ключевым условием выполнения проектов по системной биологии является создание технологического комплекса методов, так называемой технологической платформы, которая позволит проводить исследования сразу на четырех уровнях организации клетки – определять параметры стабильности генома изучаемого объекта (полногеномное сканирование), определять уровень транскрипции генов (транскрипционный профиль), измерять экспрессию белков их посттрансляционную модификацию (протеомный профиль), а также регистрировать потоки метаболитов.
Генерация большого количества информации в ходе экспериментального исследования обуславливает необходимость выработки единого формата хранения и экспортирования данных для их последующего математического анализа и построения моделей.
Кафедра экологии и генетики — Институт биологии
КАФЕДРА ЭКОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ
Заведующая кафедрой экологии и генетики Пак Ирина Владимировна, доктор биологических наук, профессор. |
Професорско-преподавательский состав кафедры
Учебно-вспомогательный состав кафедры
Квашнина Юлия Михайловна | Инженер II категории, сов-во. лаборант |
Рустамов Ризван Дилман оглы | Инженер II категории |
| Булашева Евгения Николаевна | Инженер II категории |
Юрганова Валерия Максимовна | Лаборант |
Фёдорова Татьяна Сергеевна | Лаборант |
| Агабалаев Давид Накам Оглы | Лаборант-исследователь |
| Дорогов Глеб Олегович | Лаборант-исследователь |
Из истории кафедры.
..Коллектив кафедры насчитывает 12 сотрудников, из которых штатными являются 10. Среди сотрудников кафедры 3 доктора наук, 4 сотрудника имеют ученую степень кандидатов наук, а 6 – ученое звание доцента.
Кафедра экологии и генетики была организована в 1988 году по инициативе доктора биологических наук профессора Рольфа Максимовича Цоя, который возглавлял ее до 2007 г. С 2007 г. до настоящее время кафедрой заведует д. б. н., профессор Ирина Владимировна Пак.
Кафедра осуществляет подготовку специалистов трех уровней: бакалавров направления «Биология», которое включает два профиля: «Биоэкология» и «Генетика» и магистров по программе «Экологическая генетика». Образование завершается в аспирантуре по специальности 03.00.16 – Экология.
С 2013 г. открыта и реализуется новая перспективная междисциплинарная специальность «Биоинженерия и биоинформатика» (срок обучения 5 лет). В России всего несколько вузов осуществляет подготовку специалистов в этой области, поэтому выпускники кафедры по этой специальности находят престижную и высокооплачиваемую работу в НИИ или промышленных предприятиях соответствующего профиля.
Под руководством д.б.н. Р. М. Цоя, И. В. Пак и Г. А. Петуховой на кафедре выполнены и успешно защищены 3 докторские и более 20 кандидатских диссертаций. В числе диссертантов – доценты разных вузов Тюменской области (Е. Г. Бойко, А. А. Говорухина, Е. Ю. Промоторова, О. Г. Воронова, М. В. Семёнова, Н. А. Алексеева, О. Н. Жигилёва, Т. Д. Швенк и другие). Среди выпускников кафедры есть доктора (д.м.н. В. П. Зуевский). Немало выпускников кафедры являются руководителями учебных заведений и предприятий г. Тюмени. Например, Е. Г. Бойко является ректором Государственного аграрного университета Северного Зауралья, Д. Н. Нигматулина заведует кафедрой основ безопасной жизнедеятельности в Тюменском государственном архитектурно-строительном университете. Ряд выпускников кафедры нашли свое место в ведущих зарубежных научно-исследовательских центрах. В настоящее время К. И. Глебов работает в Нейроцентре им. Франсуа Маженди Национального института Здоровья (Франция).
Выпускница кафедры С.
А. Секерина исследует репарацию неканонических пар ДНК в одном из крупных исследовательских центров г. Хьюстона (США). Научная деятельность кафедры, которой руководил д.б.н., академик РАЕН Р. М. Цой была первоначально связана цитогенезом сиговых рыб. Наиболее значительными результатами исследований
генетиков стала разработка генетических методов селекции искусственных и природных популяций рыб, методов стимуляции их икры. Н. А Боме внесла значительный вклад в выведение новых сортов зерновых и кормовых культур, устойчивых к экстремальным условиям Западной Сибири. Давние и прочные связи установились у кафедры с крупными научно-исследовательскими институтами и университетами России: Санкт-Петербургским университетом, Всероссийским научно-исследовательским институтом ветеринарной энтомологии и арахнологии, Тюменским научно-исследовательским институтом краевой инфекционной патологии, Институтом проблем освоения Севера, Институтом систематики и экологии животных (г. Новосибирск), ГосНИОРХом (г.
Санкт-Петербург).
В настоящее время сотрудниками кафедры ведется большая научно-исследовательская работа.
Отражением ее являются не только гранты, научно-исследовательские темы, но и многочисленные публикации. Отражением активной учебно-методической и научно-исследовательской работы сотрудников кафедры являются издание монографий, учебных пособий (только за последние 5 лет – 3 монографии и 5 учебных пособий, 4 из них с грифом УМО): публикации в центральных академических журналах, таких как «Генетика»; «Экология»; «Физиология человека»; «Сибирский экологический журнал»; «Вопросы ихтиологии»; «Иммунология»; «Сельскохозяйственная биология»; «Онтогенез», региональных изданиях, выступления на многочисленных конференциях и т.д.
Основными научными направлениями работы кафедры являются:
1. Эколого-генетический мониторинг популяций растений и животных в районах с различной антропогенной нагрузкой.
2. Разработка тест-систем для определения мутагенной активности средовых факторов (вод, водных растворов, грунтов и т.
д.) и усовершенствование методов биоиндикации среды для оценки отдаленных последствий антропогенного воздействия.
3. Изучение популяционно-генетических механизмов устойчивости паразитарных систем и выявление генетических маркеров резистентности животных к паразитарным заболеваниям.
4. Разработка адаптивной нормы для жителей различных населенных пунктов Тюменской области.
5. Решение проблемы дифференциальной диагностики лейкоза животных на основе рестрикционного и протеомного анализов.
6. Разработка технологии получения добавок к кормам с использованием микроорганизмов, в т.ч. эукариот – продуцентов белка.
Петербургский Политех и Институт общей генетики РАН имени Н.И. Вавилова приступают к совместной работе в области теоретической биологии, компьютерной геномики и вирома человека
10 февраля в Санкт‑Петербургском политехническом университете Петра Великого (СПбПУ) состоится пресс-конференция, посвященная разработке новой биологической теории, компьютерной геномике и вирому человека.
Над уникальным проектом работают Петербургский Политех и Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН (ИОГен РАН).
10 февраля в Санкт‑Петербургском политехническом университете Петра Великого (СПбПУ) состоится пресс-конференция, посвященная разработке новой биологической теории, компьютерной геномике и вирому человека. Над уникальным проектом работают Петербургский Политех и Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН (ИОГен РАН).
Соглашение о сотрудничестве между организациями подпишут ректор СПбПУ академик Андрей Рудской и директор ИОген РАН член-корреспондент РАН Александр Кудрявцев. Журналистам также покажут суперкомпьютерный центр «Политехнический» (2-й среди вузов России и 4-й по мощности среди всех суперкомпьютеров России), в котором будут проводиться работы по компьютерной геномике и расчеты вирома человека.
В конце 2020 года в Политехе была создана Лаборатория теоретической биологии Андрея Петровича Козлова.
Это одна из первых лабораторий теоретической биологии в России и первая именная лаборатория в истории Политеха. Лаборатория продолжит работы в области новой теории (carcino-evo-devo) и связанной с ней компьютерной геномикой.
По Распоряжению Президента РФ в России создается Центр фундаментальной вирусологии, в рабочую группу по организации которого приказом Минобрнауки назначен руководитель Лаборатории теоретической биологии СПбПУ, д.б.н, профессор Андрей Козлов. В рамках этого проекта ученые Политеха и ИОГена будут работать над технологиями, необходимыми для создания высокоэффективных средств диагностики, профилактики и лечения инфекционных заболеваний, вызываемых новыми вирусами. Планируется, что Политехнический университет выступит в качестве IT-центра этого проекта.
Политехнический университет обладает серьезными компетенциями в области вирусологии. Совместно с ИОГен РАН Политех участвует в разработке ДНК-вакцины против коронавируса.
Дополнительный интерес предстоящему событию придает тот факт, что в самом конце 2020 года Правительство Санкт‑Петербурга наградило профессора Козлова премией имени Н.
И. Вавилова в области биологических наук за открытие TSEEN генов, предсказанных теорией carcino-evo-devo, и разработку платформы ДНК-вакцин.
***
Теоретическая биология – направление биологии, занимающееся построением биологических теорий.
Компьютерная геномика – изучение генома человека и других организмов компьютерными методами.
Виром – это совокупность всех вирусов человека. Его изучение позволит предсказывать пандемии и оперативно создавать новые вакцины.
Дата: 10 февраля 2021 года
Время: 13:00
Место: Научно-исследовательский корпус «Технополис Политех» (ул. Политехническая, д.29 лит. АФ)
По вопросам аккредитации: Управление по связям с общественностью,
Тел: (812) 591-66-75
Об Институте
На сегодняшний день Институт является безусловным лидером в области исследований механизмов регуляции экспрессии генов.
Помимо этого, основного, направления в Институте ведутся фундаментальные и трансляционные исследования в области геномных, протеомных и постгеномных технологий, биоинженерии, биомедицинских и клеточных технологий.
Фундаментальные исследования, которые проводятся в Институте, в основном, сконцентрированы на решении задач, связанных с различными аспектами функционирования генома. В частности, можно выделить такие направления как:
- механизмы регуляции экспрессии генов;
- пространственная организация генома, структура хроматина, структура и динамика клеточного ядра;
- механизмы поддержания стабильности генома;
- молекулярные основы клеточной дифференцировки, иммунитета и онкогенеза;
- поиск и исследование новых природных ингибиторов различных ферментов прокариот, изучение механизмов функционирования CRISPR/Cas-системы бактериальной защиты от чужеродной ДНК.
Кроме того, в Институте ведутся трансляционные исследования по следующим направлениям:
- разработка принципиально новых подходов направленной внутриклеточной доставки противораковых лекарств;
- поиск и разработка новых биосинтетических продуктов и антибактериальных препаратов;
- роль нарушения механизмов реализации и защиты генетической информации в развитии в развитии социально значимых заболеваний;
- разработка технологий получения трансгенных организмов и клеточных линий;
- создание с помощью технологий геномного редактирования in vivo моделей редких генетических заболевания для поиска путей персонализированной и/или мишень-ориентированной терапии;
- молекулярная медицина, в том числе иммунная, генная и клеточная терапия.
В Институте действует очная аспирантура по специальностям «Молекулярная генетика» и «Молекулярная биология», в которой в настоящее время обучаются 24 аспиранта. Кроме того, на базе ИБГ РАН создан диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций, принимающий к защите диссертации по соответствующим специальностям.
Сотрудники ИБГ РАН ведут активную преподавательскую деятельность в различных ВУЗах (МГУ им. М.В. Ломоносова, МФТИ, ПМГМУ им. И.М. Сеченова). В 2014 году создана базовая кафедра Сколковского института науки и технологий, на которой сотрудниками ИБГ РАН проводится обучение студентов, а также выполнение дипломных работ магистрами Сколковского института науки и технологий.
Все лаборатории Института оснащены современным оборудованием для проведения молекулярно-генетических работ. В ИБГ РАН функционирует центр коллективного пользования.
Period (Gene) – обзор
1 period
Как упоминалось ранее, ген Period был идентифицирован Конопкой и Бензером (1971), когда они выделили мутанты с измененными циркадианными ритмами.
Примерно 10 лет спустя Кириаку и Холл (1980) показали, что периодов также контролируют ритмы в совершенно другой временной области.
Песня о любви, которую самцы D. melanogaster издают во время ухаживания, состоит из синусоидальной песни с несущей частотой около 160 Гц и пульсирующей песни с межимпульсным интервалом (IPI) около 35 мс (Schilcher, 1976a; Wheeler ). и другие., 1988, 1989). Кириаку и Холл (1980) обнаружили, что среднее значение IPI колеблется с периодом около 60 с и что на мутаций будут ускоряться ( на S = 40 с), уничтожаться ( на O ), или замедлить ( на L = 80 секунд) эти ритмы песни. Более того, они также показали, что у родственных видов D. melanogaster , D. simulans, средний IPI колеблется с другим ритмом (40 с).Позже, используя эксперименты с воспроизведением, те же авторы (Кириаку и Холл, 1982, 1986) продемонстрировали, что правильное сочетание видоспецифического среднего ИПИ и песенного ритма наиболее эффективно стимулирует самок к копуляции, указывая на важную роль, которую играют различия в песнях могут играть роль в половом отборе и репродуктивной изоляции.
Выводы Кириаку и Холла о существовании колебаний IPI и их влиянии на латентный период инициации спаривания были независимо подтверждены позже (Alt et al., 1998; Ричи и др. , 1999), а признаки наличия ритмов в песнях о любви также были обнаружены у других видов Drosophila (Demetriades et al. , 1999; Noor and Aquadro, 1998).
Эксперименты по трансформации с использованием генных химер D. melanogaster / D. simulans (Wheeler et al. , 1991) не только доказали, что на ответственны за видовые различия в ритмах песен, но и сопоставили их с аминокислотные изменения ниже повторов Thr-Gly.Хотя количество повторов может не играть никакой роли в различиях в песнях между двумя видами, удаление всех повторяющихся единиц влияет на период циклирования IPI (Yu et al. , 1987). Следовательно, возможно, что половой отбор на изменение песни ухаживания может также играть роль в поддержании полиморфизма в области Thr-Gly у D.
melanogaster и D. simulans, , как обсуждалось ранее. Если это так, то адаптивная ценность различных вариантов Thr-Gly зависит от комбинации их циркадных и песенных эффектов.
Из-за его роли в видоспецифических различиях признака песни ухаживания у Drosophila, per был назван «геном видообразования» (Coyne, 1992) и стал интересным маркером для исследований в этой области эволюционной генетики. . Как упоминалось ранее, виды подгруппы melanogaster демонстрируют вариации не только в количестве повторов Thr-Gly, но и в аминокислотной последовательности нижестоящей фланкирующей области (Thackeray and Kyriacou, 1990; Peixoto et al., 1992). Некоторые из этих различий могут влиять на вариации ритма песни, наблюдаемые между D. melanogaster и его дальними родственниками внутри подгруппы, такими как D. yakuba (Demetriades et al. , 1998). На самом деле, эти молекулярные и поведенческие различия становятся еще более актуальными после замечательного недавнего открытия нового вида, принадлежащего к подгруппе melanogaster , D.
santomea, , эндемичных для острова Сан-Томе в Гвинейском заливе, Западная Африка (Lachaise и др., 2000). Анализ гена на и других маркеров показывает, что D. santomea является родственником D. yakuba . Оба вида существуют на этом острове; но в то время как D. santomea встречается в предгорных тропических лесах (выше 1100 м), D. yakuba встречается на более низких высотах. Два вида образуют высотную гибридную зону с несколькими редкими гибридами, обнаруженными в дикой природе. Аминокислотные различия в PER были обнаружены между D. santomea и D.yakuba ниже по течению от области Thr-Gly, что могло повлиять на ритм песни (Lachaise et al. , 2000). Будет очень интересно изучить любовную песню D. santomea, , в частности цикличность IPI, и ее роль в презиготной изоляции между двумя видами.
Kliman and Hey (1993) были одними из первых, кто проанализировал молекулярную изменчивость за пределами области повтора Thr-Gly у D.
melanogaster и его близких родственников. Данные предполагали D.simulans быть «родительскими» видами D. mauritiana и D. sechellia, , что подтверждается гораздо большим исследованием, включающим 14 генов (Kliman et al. , 2000). Форд и др. (1994) использовали на для изучения изменчивости внутри и между тремя полувидами комплекса D. athabasca . Позже Форд и Аквадро (1996) проанализировали дифференциацию между тремя полувидовыми Х-сцепленными генами (включая на ) по сравнению с аутосомными локусами и предположили, что Х-хромосома подверглась избирательному сканированию, вероятно, связанному с песней ухаживания. различия, существующие между полувидами.
Глисон и Пауэлл (1997) изучали ген на у D. willistoni и родственных ему видов. Сравнение короткой области повторов Thr-Gly выявило консервативность, хотя полиморфизм и межвидовые вариации длины были обнаружены в нижестоящей области, содержащей от 6 до 18 повторов Gly.
Возможная связь между изменчивостью в этом регионе и вариациями песен, наблюдаемыми в группе willistoni (Ritchie, Gleason, 1995), не исследовалась, поскольку у этих видов не проводились поиски песенных циклов.
Используя на для изучения видообразования в группе virilis , Хилтон и Хей (1996) показали, что D. novamexicana может фактически представлять два разных загадочных вида. Они также показывают, что два хромосомных подвида D. americana ( D. a. americana и D. a. texana ) имеют обширный поток генов между собой, несмотря на их разные кариотипы. на также использовался в исследованиях видообразования D. pseudoobscura и родственных ему видов D.pseudoobscura bogotana, D. persimilis, и , D. miranda (Wang and Hey, 1996). Эти анализы показали, что генетическая изменчивость в на генов D. p. bogotana, , изолированного подвида D. pseudoobscura , обнаруженного в Колумбии, значительно ниже, чем ожидалось, и, вероятно, является результатом селекции.
Wang and Hey (1996) также обнаружили признаки интрогрессии между D. pseudoobscura и D. persimilis . Необычный D.Аллель persimilis показывает область высокого сходства с D. pseudoobscura, предполагает старое событие интрогрессии с последующей рекомбинацией, поскольку остальная часть последовательности демонстрирует сходство с другими аллелями D. persimilis . Поэтому авторы пришли к выводу, что маловероятно, что на играет важную роль в изоляции между этими двумя видами. Однако интересно отметить, что область сходства с D. pseudoobscura не включала фланкирующие области Thr-Gly-подобных повторов, где D.melanogaster / D. simulans существуют различия в ритме песни (см. обсуждение выше). Следовательно, если из ответственны за какие-либо различия, наблюдаемые в любовной песне двух видов (Noor and Aquadro, 1998), то можно предположить, что этот фрагмент pseudoobscura выжил в D.
persimilis только потому, что он «рекомбинировали» область, контролирующую песню.
Ген периода
Ген периода Период http://en.wikipedia.org/wiki/Period_gene1. Причины номинации: Вместо подробного описания этого гена на этой странице указано только, что ген менструации является геном, участвующим в циркадных ритмах. Он упускает из виду тот факт, что циркадный ритм регулируется сложным механизмом петель обратной связи, включающим такие гены, как TIM, CRY. Эта страница нуждается в редактировании для получения дополнительной информации и может быть использован для связывания других циркадных генов на вики.
2. Ген Period (per) является ключевым геном для проверки молекулярной основы циркадных ритмов у животных.На текущей странице рассказывается только о том, как аллели могут изменяться
циркадные периоды. Нет подробной информации о том, как выглядит ген, как он работает, какое значение он имеет для хронобиологии, кто и чем
значит, открыл ген. Утверждение «Все еще неясно, как именно работает этот ген» на сегодняшний день не соответствует действительности, поскольку генетический анализ
раскрыл многие детали этого гена.
Также не упоминается взаимодействие с геном tim, хотя такая информация может быть важна для исследователей.Точно так же мы должны указать, как каждый ген регулируется у животного. Мы также можем добавить эквиваленты каждого гена у млекопитающих и таким образом показать значимость
на ген в поле. Текущие исследовательские проекты по per также должны быть включены в вики-страницу, чтобы направлять читателей к более современным и
Подробная информация. Мы можем сделать это, предоставив имена ведущих исследователей и их публикации.
В статье объясняется, что ген отвечает за продолжительность циркадного цикла, и перечислены три гомолога периода вместе с их идентификаторами.Этот
на странице отсутствует несколько известных концепций об этом важном регуляторе циркадного функционирования. Следующая информация должна быть добавлена на страницу для улучшения
качество понимания для общественного достояния:
Физические характеристики
Первооткрыватель и то, как он был обнаружен
Белок, кодируемый геном, и механизмы белка
Другие функции гена/белка, не связанные с хронобиологией
Текущие исследования гена проводятся
Другие факторы, которые работают параллельно ген
3.
«Период (ген)» утверждает только, что per участвует в регуляции циркадного ритма у дрозофилы, и дает ссылки на статьи о человеческих гомологах и
их записи MeSH. Особенно по сравнению с другими записями о циркадных генах, статья крайне скудна (всего 4 предложения) и не содержит конкретных
информация или цитаты о том, что заявлено.
4. Здесь представлена самая беглая информация о PER. На странице упоминается расположение гена и его основная функция в сокращении периода
организма менее 24 часов.Также упоминаются три типа PER, которые могут быть обнаружены, но не упоминается история того, как эти гены были обнаружены, и
методы, которыми они были отделены от другого. Связь с другими генами, такими как Timeless и Clock, слабая, и внизу даны только ссылки. я
рекомендуем добавить историю на эту страницу, изменить введение, чтобы дать более подробную информацию о фактическом механизме PER (включая двойную обратную связь с TIM), и
изменение справочных страниц, чтобы давать больше ссылок на основные статьи, а не только другие термины, встречающиеся в хронобиологии.
5. В вики-статье не упоминается, когда и как он был открыт, что делает ген (помимо «регуляции циркадного ритма»), размер гена и интронов. и экзонов, число хромосом и т. д. Для белка PER нет статьи, поэтому информация, описывающая его взаимодействие с другими белками, размер и т. д., является необходимый. Текущие исследования также нуждаются в упоминании. Должна быть описана информация о том, как регулируется ген, а также информация о мутантах per (per01, pers и perl).Этот ген важен для создания вики-статьи, поскольку это был чрезвычайно важный прорыв в области хронобиологии (и поведенческой генетики). То Открытие каждого гена показало, что ген может действовать как часы и что один ген может контролировать сложное поведение животных.
6. Статья в том виде, в каком она есть сейчас, является заготовкой, с кратким описанием гена. В этом семействе есть ссылки на три известных человеческих гена.
Следует описать механизм самоингибирования гена, а также эксперименты с дрозофилами, которые привели к его открытию и изучению.
Эффекты
следует описать мутации гена, возможно, с дополнительными диаграммами измененных циркадных ритмов.
7. Ген на является ключевым регулятором циркадных часов многих животных, включая дрозофилу и некоторые виды птиц. Био 4030 ушел в
подробно о том, как именно каждый ген регулирует транскрипцию PER и как ингибирование по принципу обратной связи создает ритмичность во многих выходных путях. Текущая статья в Википедии
только утверждает, что ген регулирует циркадный ритм.В статье также говорится, что есть некоторые аллели, которые могут производить более короткие или более длинные ритмы.
точный механизм регуляции неизвестен. Bio 4030 узнал об этих аллелях и механизмах и может внести свой вклад в эту статью, добавив их. В
Кроме того, мы можем включить ключевые эксперименты, которые привели к открытию каждого гена и того, как он работает, и мы можем обсудить, как он по-разному функционирует внутри
разные виды. Можно упомянуть и другие гены, с которыми он связан, например, tim.
Поскольку этой статьи по существу не существует, если бы мы выбрали эту
статью, мы сможем в полной мере применить наши знания, отформатировать ее так, как мы хотим, и написать ее так, чтобы она была понятной для тех, кто не знаком с
поле и все же подробно для тех, кто знает циркадные ритмы.
8. Понятно, что тот, кто написал статью о периоде, почти ничего о нем не знал. Даже Википедия отмечает, что статья о периоде гена в году
Дрозофила является заглушкой.В статье нет ссылок на какие-либо статьи и даже говорится: «До сих пор неясно, как именно работает этот ген». Большинство
статья — это просто ссылки на три человеческих гомолога PER. Для начала в статье должны быть ссылки на последовательность гена и последовательность белка в .
Дрозофила (которую, как я только что подтвердил, действительно существует). Во-вторых, мы знаем основы функции per: это фактор транскрипции в отрицательной обратной связи.
петля. Известно, что он взаимодействует с другими белками, такими как тим.
Он имеет известный паттерн ритмичности и известные аллели со своими паттернами, но все
в статье упоминается, что «существуют некоторые известные аллели этого гена [которые изменяют период]». Сравните это со статьей для времени. Он становится более подробным и
охватывает как гены дрозофилы , так и гены человека. Учитывая, что три статьи PER для людей также являются незавершенными, наиболее эффективным может быть объединение всех четырех статей.
статьи в одну статью о семействе генов периода.
9. На эту тему есть только короткий абзац и нет существенной или другой полезной информации.
Поскольку мы обсуждали ген период уже на нескольких лекциях, и мы уже читали статью о гене периода, мы можем поместить всю информацию
что мы знаем из Википедии.
Этот сайт (и другой мой сайт) является одним из главных кандидатов на редактирование, потому что на эту тему нет никакой информации. Ни один эксперимент не
описаны, а пути даже не упоминаются. Есть много возможностей для улучшения, потому что мы будем теми, кто пишет и разрабатывает всю вики.
10. Ген Period играет центральную роль в циркадном ритме; однако его статья в Википедии (http://en.wikipedia.org/wiki/Period_gene) в настоящее время является незавершенной. состоящее из четырех предложений.В настоящей статье утверждается, что ген Period имеет несколько аллелей и участвует в циркадном ритме, а также упоминается что у человека есть три семейных гена периода. Эту статью можно было бы улучшить, если бы мы подробно рассказали о трех аллелях и о том, как эксперименты повлияли на них. показали пейсмекерные свойства гена Period. Кроме того, взаимодействия белка PER с другими белками (timeless, Clock, Cycle), а также per транскрипцию следует обсудить.
11. Сайт «Период» следует редактировать, поскольку он является неотъемлемой частью часового механизма.Запись очень короткая, не объясняя гены, с которыми она связана,
или любую информацию о том, как работает его петля обратной связи транскрипции, или его большую роль в часовом механизме. Сайт сам себе противоречит по количеству
генов у дрозофилы и ссылается только на веб-сайты с расположением генов.
Учитывая обширную роль гена периода как части часов, эта страница нуждается в
обширное редактирование. Редактирование должно включать ссылки на конкретные исследовательские работы, раздел о его роли в биологических часах, а также его задокументированные
взаимодействия с другими генами, такими как часы и вневременные.
12. Эта страница Википедии, посвященная гену периода, до сих пор является незавершенной и может быть значительно расширена. Точность текущей страницы хорошая хотя бы потому, что
страница такая короткая. Однако информация очень расплывчата, и нет никаких цитат. Чтобы исправить это, мы могли бы смоделировать формат страницы
быть похожими на другие страницы о генах, таких как sonic hedgehog: http://en.wikipedia.org/wiki/Sonic_hedgehog. А именно, страница должна быть разделена на
четыре общих раздела: введение, открытие, функция и обработка.Вводный раздел прост — текущий
страница представляет собой очень краткое и общее введение, которое можно было бы улучшить с помощью более конкретных ссылок, таких как
мутант.
В разделе открытия должна быть задокументирована история открытия гена. Вклад Рона Конопки, Холла,
и Rosbach должны быть освещены здесь, наряду с соответствующими научными цитатами. В функциональном разделе функция гена как
следует отметить циркадный водитель ритма у мух и связь per с другими генами, такими как timeless.В разделе обработки мы
должны включать механизмы обратной связи пер. Наконец, должна быть создана правильная боковая панель с идентификаторами, генной онтологией,
ортологи и другие данные.
13. Эта статья является лишь заготовкой, и Википедия фактически поощряет пользователей расширять информацию, содержащуюся в статье.
По сути, единственная информация, содержащаяся в статье, заключается в том, что ген per кодирует белок PER, который функционирует у дрозофилы.
циркадный цикл. Статья не содержит ссылок и содержит только ссылки на информацию о белках PER человека.Мутанты на ген
упоминаются, но не расширяются. Наш класс мог бы сразу улучшиться в этой области, предоставив конкретную информацию о мутантах.
такие как pers и perl и как они использовались в исследованиях. Но чтобы действительно улучшить этот сайт, класс должен представить
немного новой информации. Статья нуждается в обсуждении открытия ген. Информации о взаимодействиях с белками нет.
как взаимодействие PER и TIM и без обсуждения возможных механизмов, посредством которых per функционирует в циркадном цикле.Большой разрыв в
Информация делает эти предложения лишь небольшой частью списка работы, которую необходимо выполнить. Этот сайт заслуживает редактирования, потому что
Дрозофила часто упоминается в литературе по хронобиологии из-за того, что дрозофила является модельным организмом.
14. Я также предлагаю, чтобы мы редактировали сайт Википедии о гене Period. Есть отличный сайт для гена Timeless и хороший сайт для
ген Clock (хотя ввод Clk, распространенной аббревиатуры, не приводит к ссылке на Clock), поэтому кажется ошибочным не создавать
всеобъемлющий сайт для периода, а также.В настоящее время на сайте отсутствует обширная информация об открытии функции гена,
механизмы, лежащие в основе его функции, различные обнаруженные мутантные формы и его местонахождение в циркадном пути
каскад сигналов.
Написание расплывчатое и делает обобщения: «Есть некоторые известные аллели каждого гена». Плюс на сайте нет
ссылки, серьезная оплошность для любого научного письма. Статья также является незавершенной, то есть в настоящее время в ней нет таблицы
содержание или разделы, отличные от раздела определения и общего фона.Мы потратили много времени на изучение каждого гена, мы знаем
что касается его биологического значения, он заслуживает лучшего места в Википедии, чем сейчас.
Что я предлагаю сделать: расширить статью и сделать пояснения в ней осмысленными и точными, используя ряд научных
документы в качестве ссылок. Мы должны создать раздел, посвященный истории открытия гена, раздел о его функции и
связь с другими циркадными генами, факторами транскрипции и продуктами транскрипции (т.е.его функция внутри организмов) и
раздел, в котором перечислены/объяснены известные мутанты (это может быть просто список названий мутантных аллелей и краткое описание их
фенотипы)
15. На чем мы должны сосредоточиться при начальном редактировании
.
Определить механизм выражения PER так четко, как мы знаем из занятий и литературы. Упоминание и ссылка на per, tim, DBT и т. д.
Найдите схему, чтобы читателям было легче ее понять.
— Познакомьте читателей с терминологией хронобиологии, используя такие слова, как «кардиостимулятор», «необходимый» и «достаточный».
— Добавить и процитировать важные эксперименты, приведшие к открытию механизма обратной связи, и подчеркнуть важность
молекулярная основа (транскрипция ДНК) пер. Также обсудите текущие исследования Per.
— Обсудите состояния, связанные с мутациями в Per, такие как FASPS в гене Per2 человека.
— Перенесите и процитируйте важную информацию о генах и белках, содержащуюся в ссылках для гомологов.
16. На странице Википедии очень и очень мало информации о гене Per — ее так много не хватает, что я даже не знаю, куда обратиться.
Начало.Вики-страница включает в себя белок, закодированный (PER), простое объяснение его функции («регуляция циркадных ритмов» и «некоторые
известные аллели.
.. могут сделать циркадный цикл длиннее или короче, чем обычно»), и ссылки на страницу гена на веб-сайте NCBI.
На вики-странице ничего не говорится о его связи с Тимом, Часами или Циклом или о петле автоматического подавления отрицательной обратной связи.
все эти гены/белки задействованы. Здесь не сказано, кто открыл ген, или как, или какие эксперименты или мутанты были обнаружены.Есть страницы, связанные со страницами Википедии для PER1, PER2 и PER3 у дрозофилы, и все эти страницы также крайне ограничены.
информативно.
17. Вики в настоящее время редки. Это объясняет, что per является геном дрозофилы, который кодирует белок PER, регулирующий циркадные ритмы.
ритм. Он отмечает, что определенные мутации могут укорачивать или удлинять тау. На странице также есть ссылки на страницы MeSH всех трех гомологов человека.
в качестве их местоположения и ссылок для Entrez, HUGO, OMIM, RefSeq и UniProt.В нем говорится, что неясно, как работает ген, но это
неверно: много известно о регуляции per и белков, с которыми взаимодействует PER.
Есть ссылки на вики на ген часов и
вневременной ген, но нет объяснения их роли или существования петли обратной связи PER/per.
Эту статью необходимо обновить, чтобы включить цикл обратной связи и роли TIM, DBT, CLOCK и CYC. Он должен включать в себя ген размер, количество интронов и экстронов, посттрансляционные модификации, роль домена PAS и местоположение (я) каждой экспрессии для как дрозофилы, так и человека.Открытие Бенцером и Конопкой пер и Робаш, работа Холла и Хардина над функцией пер в кардиостимуляторе следует подчеркнуть. Следует осветить работу Птачека над FASPS, а также текущие исследования каждой функции у дрозофилы.
18. Текущая страница является незавершенной и не имеет ссылок. Эта страница должна быть отредактирована, чтобы включить информацию о белке PER дрозофилы, для
которой нет существующей страницы. В этом разделе следует упомянуть его роль в циркадном пути синхронизации, домене PAS и связывании с
TIM и контроль через петлю отрицательной обратной связи транскрипция-трансляция.
Информация о мутантных аллелях может быть более конкретной, и
следует добавить информацию об открытии, включая ключевые даты и имена.
19. На этой странице почти нет информации, а то, что есть, не совсем полезно. Кроме того, на стороне утверждается, что их три.
Гены дрозофилы, но у меня сложилось впечатление, что у дрозофилы только один, а у млекопитающих три. Сайт утверждает, что есть
являются мутациями, которые изменяют период, но не говорится, что это за мутации или как они работают.Есть также ряд
другие вещи, которые могут быть добавлены, например, график нормальных колебаний per или схематическая диаграмма того, как PER взаимодействует с другими
белки. Обязательно должно быть краткое изложение того, как PER саморегулирует уровни экспрессии, что приводит к циркадным часам. Эта страница
также должны быть связаны со страницей BMAL1. Поскольку период так важен для многих организмов, а информации о каждом из них почти нет.
на вики (также нет страницы PER, что делает потребность в точной информации тем более важной) это отличный кандидат на
наш классный вики-проект.
20. Оценка:
Существующей информации для этой страницы недостаточно. В статье упоминается, что ген регулирует циркадные ритмы и цитируется
научного журнала, он не описывает истинное значение гена. Он не упоминает первооткрывателя, дрозофилу.
мутантов, и что ген сделал для хронобиологии и исключения фактора X.
Рекомендация:
Группа студентов могла бы улучшить эту страницу, расширив информацию о гене. Они могли не только превратить страницу в
хорошая статья о циркадных генах, группа также может связать страницу с важными аспектами хронобиологии.Это будет включать
историческое значение и термины хронобиологии, такие как актограмма.
21. Я также номинирую ген Period у дрозофилы, о которой есть только заглушка статьи (http://en.wikipedia.org/wiki/Period_(gene)).
Эту статью можно было бы расширить, включив в нее информацию о его открытии Конопкой, его последовательности, а также подробности различных практических,
длинные и короткие мутанты. Кроме того, информация о колебаниях и их взаимодействии с timeless , Clock и другими белками для
производят клеточные ритмы.
Этот сайт также очень выиграл бы от хорошей диаграммы, такой как те, которые мы использовали в классе, чтобы понять
петля отрицательной обратной связи и взаимодействие белков.
22. На этом сайте почти нет информации и цитат о гене Period. Сайта для белка PER нет. Он имеет менее предложение о том, что он делает у дрозофилы. Я чувствую, что мы должны добавить немного больше о функции PER гена у дрозофилы и его взаимодействия с вневременными и часовыми генами.
23.Текущая страница Википедии для гена периода содержит только несколько предложений содержания и не содержит ссылок. Страница делает
идентифицировать и отображать информацию о человеческих гомологах гена, но не предоставляет много информации о самом гене периода,
Помимо самой базовой информации о том, что он кодирует белок PER и участвует в циркадных ритмах.
Эта статья должна содержать больше исходных материалов о гене, таких как его размер и расположение в геноме мухи, а также
информацию о кодируемом им белке.
В статье следует обсудить историю гена, сосредоточив внимание на раннем вкладе
Конопка и Росбаш. Следует обсудить обнаруженные мутации гена Period, а также их влияние на циркадные ритмы.
ритмы. Следует обсудить ритмическую экспрессию гена, а также важный вывод о том, что PER зависит от каждой транскрипции.
и последствия этого открытия для выяснения механизма циркадных осцилляторов. Представление о том, как PER вписывается в большую
изображения системы циркадных часов дрозофилы, включая ее взаимодействие с TIM.В статье также следует обсудить, как работать над этим
повлиял на изучение циркадных генов человека.
24. В этой статье есть четыре предложения, которые описывают, что делает ген (кодирует белки) и что некоторые аллели точки могут сделать
циркадный ритм удлиняется или укорачивается. В этой статье можно упомянуть статьи о гене периода дрозофилы, а также
проведенные опыты и достигнутые результаты. Эти детали могут быть использованы для повышения качества статьи и понимания ее публикой.
ген, регулирующий циркадный ритм.Могут быть включены различные эксперименты, чтобы точно показать, что происходит, когда используются разные процедуры.
проводимые в период (абляция, стимуляция и т. д.) и что это означает для циркадного ритма. Дело в том, что ген, контролирующий
Циркадные часы имеют только четыре предложения в Википедии, которые необходимо изменить.
25. Текущая статья Википедии о гене период находится по адресу http://en.wikipedia.org/wiki/Period_%28gene%29. Это здоровый пень; Это кратко представляет общий обзор того, что это такое и как функционирует ген.Наш класс может конкретизировать заглушку в полноценный статья. Ключевые моменты, которые можно было бы осветить, включают то, как он был обнаружен, кто участвовал в его открытии и его роль в циркадных ритмах. пути. per имеет решающее значение для циркадных ритмов; улучшая статью в Википедии, учащиеся лучше понимают вместе с общими биологическими механизмами циркадных ритмов.
26. Ген Period был впервые обнаружен Конопкой в 1971 году с помощью мутаций EMS, и его можно считать геном, который необходим для роста
циркадной биологии.
Тем не менее, статья в Википедии о per является жалкой «заглушкой», в которой говорится только о том, что мало что известно о том, как это
модулирует периоды. Научных ссылок нет, а внешние ссылки расплывчаты и неинформативны, особенно для среднего Джо.
На этом сайте полностью отсутствует история открытия гена, а также он не проливает света на то, как циклически экспрессируется сам по себе.
или как он работает с другими генами, такими как CLK, TIM и PDF, чтобы вовлечь организм в круговорот света и темноты в окружающей среде.Пока он связывает
до PER1, PER2 и PER3 на этих страницах также отсутствует исчерпывающее объяснение циркадного пути. Короче, вики-статьи по PER делают
ни в коем случае не отражают знания современного научного сообщества об этом важном циркадном гене. Полировка
этот сайт был бы достойным временем для класса Bio4030, чтобы начинающие циркадианные биологи могли оценить истинную
важность и сложность как PER, так и циркадного осциллятора внутри каждого из нас.
27. На странице Википедии отсутствуют существенные подробности о гене, а информация, которая дается, расплывчата и ограничена.
это единственный
основной циркадный ген (среди генов Timeless, CLOCK, Period и BMAL), у которого есть страница в Википедии без конкретной информации о его
предполагаемая роль в циркадных ритмах или как изменения в гене влияют на циркадный ритм человека. Известные взаимодействия гена
не перечислены, равно как и функции его белковых гомологов (каждому даны отдельные статьи в Википедии).Кроме того, хотя три
известные белковые гомологи должны играть различную роль в циркадных ритмах, в каждой из этих статей не удается отличить один гомолог от другого.
Другая. Вместо того, чтобы описываться как почти идентичные, сайт должен указывать на различия между тремя белками. Там есть
также отсутствие надлежащего цитирования для этой страницы. Например, в статье утверждается, что все еще существуют некоторые неопределенности относительно того, как период
ген работает; однако в списке нет источника, подтверждающего правильность этого утверждения.Кроме того, даже если верно, что многие атрибуты
гена неизвестны, однако статья должна содержать общепринятые теории или гипотезы о том, как работает ген, а также любые
текущее исследование, проводимое на пер.
Эта статья должна содержать всю эту информацию о гене. В заключение, поскольку статья гена периода
(по сути, худшая статья по хронобиологии из всех) лишена почти всех атрибутов того, что этот класс определяет как «хорошую» статью о генах, редактирование
это должно быть главным приоритетом.
Использование генетики для понимания биологии
al-Khodairy F, Carr AM (1992) Мутанты репарации ДНК, определяющие пути контрольных точек G2 у Schizosaccharomyces pombe. EMBO J 11:1343–1350
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Арнольдо А., Киттанаком С., Хейслер Л.Е., Мак А.Б., Шукалюк А.И., Торти Д. и др. (2014)Скрининг сверхэкспрессии в масштабе генома для выявления активности лекарств в клетках человека. Геном Мед 6:32
PubMed ПабМед Центральный Google Scholar
Баба Т., Ара Т., Хасегава М., Такай Й., Окумура Й., Баба М.
и др.(2006) Конструирование мутантов Escherichia coli K-12 внутри рамки, нокаутных мутантов с одним геном: коллекция Keio. Мол Сист Биол 2:2006 0008
PubMed ПабМед Центральный Google Scholar
Bargmann CI (1998) Нейробиология генома Caenorhabditis elegans. Наука 282:2028–2033
CAS пабмед Google Scholar
Бейтсон В. (1901) Эксперименты по гибридизации растений.JR Hortic Soc 26: 1–32
Google Scholar
Bateson W, Saunders ER, Punnet, RC (1905). Дальнейшие эксперименты по наследованию душистого горошка и подвоя: предварительный отчет. Proc R Soc B 77 : 236–238.
Google Scholar
Баудин А., Озьер-Калогеропулос О., Деноуэль А., Лакрут Ф., Каллин С. (1993) Простой и эффективный метод прямой делеции генов у Saccharomyces cerevisiae.
Рез. нуклеиновых кислот 21:3329–3330
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Beach D, Durkacz B, Nurse P (1982) Функционально гомологичные гены контроля клеточного цикла у почкующихся и делящихся дрожжей. Природа 300:706–709
CAS пабмед Google Scholar
Beach D, Nurse P (1981) Высокочастотная трансформация делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe.Природа 290:140–142
CAS пабмед Google Scholar
Beadle GW, Tatum EL (1941) Генетический контроль биохимических реакций у нейроспор. ПНАС 27:499–506
КАС пабмед Google Scholar
Бин Д.М., Хаймбах Дж., Фикорелла Л., Миклем Г., Оливер С.Г., Фаврин Г. (2014) esyN: построение сети, совместное использование и публикация. PLoS ONE 9:e106035
PubMed ПабМед Центральный Google Scholar
Beggs JD (1978) Трансформация дрожжей репликирующей гибридной плазмидой.
Природа 275:104–109
CAS пабмед Google Scholar
Birrell GW, Giaever G, Chu AM, Davis RW, Brown JM (2001) Полногеномный скрининг Saccharomyces cerevisiae на наличие генов, влияющих на чувствительность к ультрафиолетовому излучению. Proc Natl Acad Sci USA 98:12608–12613
CAS пабмед Google Scholar
Blethrow JD, Glavy JS, Morgan DO, Shokat KM (2008) Ковалентный захват киназ-специфических фосфопептидов выявляет субстраты Cdk1-циклина B.Proc Natl Acad Sci USA 105:1442–1447
CAS пабмед Google Scholar
Brenner S (1972) Генетика Caenorhabditis elegans. Генетика 77:71–94
Google Scholar
Brenner S, Jacob F, Meselson M (1961) Нестабильный промежуточный продукт, несущий информацию от генов к рибосомам для синтеза белка. Природа 190:576–581
CAS пабмед Google Scholar
Червиц С.
А., Хестер Э.Т., Болл К.А., Долински К., Дуайт С.С., Харрис М.А. и другие.(1999) Использование базы данных генома Saccharomyces (SGD) для анализа сходства и структуры белков. Nucleic Acids Res 27:74–78
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Coudreuse D, Nurse P (2010) Управление клеточным циклом с минимальной сетью управления CDK. Природа 468:1074–1079
CAS пабмед Google Scholar
Крик Ф.Х., Барнетт Л., Бреннер С., Уоттс-Тобин Р.Дж. (1961) Общая природа генетического кода белков.Природа 192:1227–1232
CAS пабмед Google Scholar
Dickinson DJ, Goldstein B (2016) Методы инженерии генома Caenorhabditis elegans на основе CRISPR. Генетика 202:885–901
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Dietzl G, Chen D, Schnorrer F, Su KC, Barinova Y, Fellner M et al.
(2007) Полногеномная трансгенная библиотека РНКи для условной инактивации генов у дрозофилы.Природа 448:151–156
CAS пабмед Google Scholar
Дудна Дж. А., Шарпантье Э. (2014) Редактирование генома. Новый рубеж инженерии генома с CRISPR-Cas9. Наука 346:1258096
PubMed Google Scholar
Элленбрук Б., Юн Дж. (2016)Модели грызунов в нейробиологических исследованиях: это крысиные бега? Dis Model Mech 9:1079–1087
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Feenstra WJ (1964) Выделение пищевых мутантов у Arabidopsis thaliana.Генетика 35:259–269
CAS пабмед Google Scholar
Fisher RA (1936) Работа Менделя была открыта заново. Энн Сай 1: 115–126
Google Scholar
Фрокьяер-Дженсен С.
, Дэвис М.В., Холлопетер Г., Тейлор Дж., Харрис Т.В., Никс П. и др. (2010) Целевые делеции генов у C. elegans с использованием вырезания транспозонов. Nat Methods 7:451–453
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Гиавер Г., Чу А.М., Ни Л., Коннелли С., Райлз Л., Веронно С. и др.(2002)Функциональное профилирование генома Saccharomyces cerevisiae. Природа 418:387–391
CAS пабмед Google Scholar
Gong WJ, Golic KG (2004) Геномные делеции генов Hsp70 Drosophila melanogaster. Генетика 168:1467–1476
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Gramates LS, Marygold SJ, Santos GD, Urbano JM, Antonazzo G, Matthews BB et al.(2017) FlyBase в 25 лет: взгляд в будущее. Рез. нуклеиновых кислот 45: D663–D671
CAS пабмед Google Scholar
Gratz SJ, Harrison MM, Wildonger J, O’Connor-Giles KM (2015)Точное редактирование генома дрозофилы с помощью Cas9 под управлением CRISPR РНК.
Методы Mol Biol 1311:335–348
PubMed ПабМед Центральный Google Scholar
Gutierrez-Escribano P, Nurse P (2015) Одного комплекса циклин-CDK достаточно как для митотической, так и для мейотической прогрессии у делящихся дрожжей.Национальная общность 6:6871
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Hartwell LH, Culotti J, Reid B (1970) Генетический контроль цикла клеточного деления у дрожжей. I. Обнаружение мутантов. Proc Natl Acad Sci USA 66:352–359
CAS пабмед Google Scholar
Hartwell LH, Mortimer RK, Culotti J, Culotti M (1973)Генетический контроль цикла клеточного деления у дрожжей: V.Генетический анализ мутантов cdc. Генетика 74:267–286
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Hartwell LH, Weinert TA (1989) Контрольные точки: средства контроля, обеспечивающие порядок событий клеточного цикла.
Наука 246:629–634
CAS пабмед Google Scholar
Hayles J, Fisher D, Woollard A, Nurse P (1994) Временной порядок S-фазы и митоза у делящихся дрожжей определяется состоянием комплекса p34cdc2-митотический B-циклин.Сотовый 78:813–822
CAS пабмед Google Scholar
Hayles J, Wood V, Jeffery L, Hoe KL, Kim DU, Park HO et al. (2013) Полногеномный ресурс генов клеточного цикла и формы клеток делящихся дрожжей. Открытая биология 3:130053
PubMed ПабМед Центральный Google Scholar
Хоффман К.С., Вуд В., Фантес П.А. (2015) Древние дрожжи для молодых генетиков: учебник по системе моделей Schizosaccharomyces pombe.Генетика 201:403–423
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Hofmann JF, Beach D (1994) cdt1 является важной мишенью фактора транскрипции Cdc10/Sct1: необходимо для репликации ДНК и ингибирования митоза.
EMBO J 13:425–434
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Howe KL, Bolt BJ, Cain S, Chan J, Chen WJ, Davis P et al (2016) WormBase 2016: расширение для проведения геномных исследований гельминтов Nucleic Acids Res 44:D774–D780
CAS пабмед Google Scholar
Джейкоб Ф., Моно Дж. (1961) Генетические регуляторные механизмы синтеза белков.J Mol Biol 3:318–356
CAS пабмед Google Scholar
Jensen LJ, Kuhn M, Stark M, Chaffron S, Creevey C, Muller J et al (2009) STRING 8 — общий взгляд на белки и их функциональные взаимодействия в 630 организмах Nucleic Acids Res 37:D412–D416
КАС пабмед Google Scholar
Kacser H, Burns JA (1995) Контроль потока. Biochem Soc Trans 23:341–366
CAS пабмед Google Scholar
Kamath RS, Ahringer J (2003) Полногеномный скрининг RNAi у Caenorhabditis elegans.
Методы 30:313–321
CAS пабмед Google Scholar
Карлебах Г., Шамир Р. (2008) Моделирование и анализ регуляторных сетей генов. Nat Rev Mol Cell Biol 9:770–780
CAS пабмед Google Scholar
Kiger AA, Baum B, Jones S, Jones MR, Coulson A, Echeverri C et al. (2003) Функциональный геномный анализ морфологии клеток с использованием РНК-интерференции.Дж Биол 2:27
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Kim DU, Hayles J, Kim D, Wood V, Park HO, Won M et al. (2010) Анализ полногеномного набора генных делеций у делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe. Nat Biotechnol 28: 617–623
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Kohli J, Hottinger H, Munz P, Strauss A, Thuriaux P (1977) Генетическое картирование Schizosaccharomyces pombe с помощью митотического и мейотического анализа и индуцированной гаплоидизации.
Генетика 87:471–489
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Ледер П., Ниренберг М.В. (1964)Кодовые слова РНК и синтез белка, III. О нуклеотидной последовательности кодового слова цистеина и лейцина РНК. Proc Natl Acad Sci USA 52:1521–1529
CAS пабмед Google Scholar
Льюис Э.Б. (1978) Комплекс генов, контролирующий сегментацию у дрозофилы.Природа 276:565–570
CAS пабмед Google Scholar
Лок А., Резерфорд К., Харрис М.А., Хейлз Дж., Оливер С.Г., Бахлер Дж. и др. (2018). PomBase 2018: повторное внедрение базы данных делящихся дрожжей под управлением пользователя обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной взаимосвязанной информации. Рез. нуклеиновых кислот 47: D821-D827.
Центральный пабмед Google Scholar
Мезельсон М.
, Шталь Ф.В. (1958) Репликация ДНК в кишечной палочке.Proc Natl Acad Sci USA 44:671–682
CAS пабмед Google Scholar
Moreno S, Nurse P (1994) Регуляция прохождения через фазу G1 клеточного цикла с помощью гена rum1+. Природа 367: 236–242
CAS пабмед Google Scholar
Morgan TH (1910) Ограниченное полом наследование у дрозофилы. Наука 32:120–122
CAS пабмед Google Scholar
Морган Т. Х., Стертевант А. Х., Мюллер Х. Дж., Бриджес С. Б. (1915) Механизм менделевского наследования.Генри Холт, Нью-Йорк, NY
Google Scholar
Морис Н., Шривастава Дж., Джеффри Л., Ли Дж.Дж., Хейлс Дж., Медсестра П. (2016) Полногеномный скрининг для выявления генов, контролирующих скорость вступления в митоз у делящихся дрожжей. Клеточный цикл 15:3121–3130
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Nasmyth K, Nurse P (1981) Мутанты цикла клеточного деления изменены в репликации ДНК и митозе у делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe.
Мол Ген Жене 182:119–124
CAS пабмед Google Scholar
Nasmyth KA, Reed SI (1980) Выделение генов путем комплементации у дрожжей: молекулярное клонирование гена клеточного цикла. Proc Natl Acad Sci USA 77:2119–2123
CAS пабмед Google Scholar
Navarro FJ, Nurse P (2012) Систематический скрининг выявляет новые элементы, действующие на контроль клеточного цикла G2/M.Геном Биол 13: R36
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Нейман М. (1964) Некоторые фундаментальные вопросы микроминиатюризации. Радиотехника 1:3–12
Google Scholar
Nishitani H, Lygerou Z, Nishimoto T, Nurse P (2000) Белок Cdt1 необходим для лицензирования ДНК для репликации в делящихся дрожжах. Природа 404:625–628
CAS пабмед Google Scholar
Nishitani H, Nurse P (1995) p65cdc18 играет важную роль, контролируя инициацию репликации ДНК у делящихся дрожжей.
Сотовый 83:397–405
CAS пабмед Google Scholar
Novick P, Schekman R (1979) Секреция и рост клеточной поверхности заблокированы у чувствительного к температуре мутанта Saccharomyces cerevisiae. Proc Natl Acad Sci USA 76:1858–1862
CAS пабмед Google Scholar
Nurse P, Bisset Y (1981) Ген, необходимый в G1 для участия в клеточном цикле и в G2 для контроля митоза у делящихся дрожжей.Природа 292:558–560
CAS пабмед Google Scholar
Медсестра П., Турио П. (1980) Регуляторные гены, контролирующие митоз у делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe. Генетика 96:627–637
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Медсестра П., Турио П., Насмит К. (1976) Генетический контроль цикла клеточного деления у делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe.
Мол Ген Жене 146:167–178
CAS пабмед Google Scholar
Rhind N, Furnari B, Russell P (1997) Фосфорилирование тирозина Cdc2 необходимо для контрольной точки повреждения ДНК у делящихся дрожжей. Genes Dev 11: 504–511
CAS пабмед Google Scholar
Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M (2006) BioGRID: общий репозиторий наборов данных взаимодействия Nucleic Acids Res 34:D535–D539
CAS пабмед Google Scholar
Struhl G (1981) Гомеотическая мутация, превращающая ногу в антенну у дрозофилы.Природа 292:635–638
CAS пабмед Google Scholar
Swaffer MP, Jones AW, Flynn HR, Snijders AP, Nurse P (2016)Фосфорилирование субстрата CDK и упорядочение клеточного цикла. Сотовый 167: 1750–1761 e1716
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Takeshige K, Baba M, Tsuboi S, Noda T, Ohsumi Y (1992) Аутофагия у дрожжей, продемонстрированная с помощью мутантов с дефицитом протеиназы, и условия ее индукции.
J Cell Biol 119:301–311
CAS пабмед Google Scholar
Thumm M, Egner R, Koch B, Schlumpberger M, Straub M, Veenhuis M et al. (1994)Выделение аутофагоцитарных мутантов Saccharomyces cerevisiae. Письмо FEBS 349: 275–280
CAS пабмед Google Scholar
Thuriaux P, Nurse P, Carter B (1978) Мутанты, измененные в контроле, координирующем деление клеток с ростом клеток у делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe.Мол Ген Жене 161:215–220
CAS пабмед Google Scholar
Watson JD, Crick FH (1953) Молекулярная структура нуклеиновых кислот; структура нуклеиновой кислоты дезоксирибозы. Природа 171:737–738
CAS пабмед Google Scholar
Winzeler EA, Shoemaker DD, Astromoff A, Liang H, Anderson K, Andre B et al. (1999) Функциональная характеристика С.
cerevisiae путем делеции генов и параллельного анализа. Science 285:901–906
CAS пабмед Google Scholar
Вуд В., Гвиллиам Р., Раджандрим М.А., Лайн М., Лайн Р., Стюарт А. и другие. (2002)Последовательность генома Schizosaccharomyces pombe. Природа 415:871–880
CAS пабмед Google Scholar
Yanow SK, Lygerou Z, Nurse P (2001) Экспрессия Cdc18/Cdc6 и Cdt1 во время фазы G2 вызывает инициацию репликации ДНК.EMBO J 20:4648–4656
CAS пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Генетическая регуляция экспрессии генов и сплайсинга в течение 10-летнего периода старения человека | Геномная биология
Бар-Джозеф З., Гиттер А., Саймон И. Изучение и моделирование динамических биологических процессов с использованием данных экспрессии генов временных рядов. Нат Рев Жене. 2012 г.
; 13(8):552–64.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Fairfax BP, Humburg P, Makino S, Naranbhai V, Wong D, Lau E, Jostins L, Plant K, Andrews R, McGee C, Knight JC.Активность врожденного иммунитета обусловливает влияние регуляторных вариантов на экспрессию генов моноцитов. Наука. 2014; 343(6175):1246949. https://doi.org/10.1126/science.1246949.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Консорциум GTEx. Генетические эффекты на экспрессию генов в тканях человека. Природа. 2017; 550 (7675): 204–13. https://doi.org/10.1038/nature24277.
Артикул Google Scholar
McCarroll SA, Murphy CT, Zou S, Pletcher SD, Chin C-S, Jan YN, Kenyon C, Bargmann CI, Li H.Сравнение паттернов геномной экспрессии у разных видов позволяет выявить общий профиль транскрипции при старении.
Нат Жене. 2004 г.; 36(2):197–204. https://doi.org/10.1038/ng1291.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Винуэла А., Снук Л.Б., Риксен ДЖАГ, Камменга Д.Е. Полногеномная регуляция экспрессии генов в зависимости от генотипа и возраста у C . Элеганс . Геном Res. 2010 г.; 20(7):929–37.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Magalhães D, Pedro J, Curado J, Church GM. Метаанализ профилей экспрессии генов, связанных с возрастом, позволяет выявить общие признаки старения. Биоинформатика. 2009 г.; 25(7):875–81.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Харрис Л.В., Эрнандес Д., Хенли В., Вуд А.Р., Холли А.С., Брэдли-Смит Р.М., Ягхуткар Х., Датта А., Мюррей А., Фрайлинг Т.М., Гуральник Дж.М.
, Бандинелли С., Синглтон А., Ферруччи Л., Мельцер Д.Старение человека характеризуется целенаправленными изменениями экспрессии генов и нарушением регуляции альтернативного сплайсинга. Стареющая клетка. 2011 г.; 10(5):868–78.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Кент Дж.В., Геринг Х.Х.Х., Чарльзворт Дж.К., Дригаленко Э., Диего В.П., Карран Дж.Е., Джонсон М.П., Дайер Т.Д., Коул С.А., Джоуэтт Дж.Б. Уильямс-Блангеро С. Взаимодействие генотипа и возраста при транскрипционном старении человека.Механическое старение Dev. 2012 г.; 133 (9-10): 581–90.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Glass D, Vinuela A, Davies MN, Ramasamy A, Parts L, Knowles D, Brown AA, Hedman AK, Small KS, Buil A, Grundberg E, Nica AC, Di Meglio P, Nestle FO, Ryten M , Дурбин Р., Маккарти М.И., Делоукас П., Дермицакис Э.
Т., Уил М.Е., Батай В., Спектор Т.Д. Экспрессия генов меняется с возрастом в коже, жировой ткани, крови и мозге.Геном биол. 2013; 14:75. https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-7-r75.
Артикул КАС Google Scholar
Yao C, Joehanes R, Johnson AD, Huan T, Esko T, Ying S, Freedman JE, Murabito J, Lunetta KL, Metspalu A, Munson PJ, Levy D. EQTL, взаимодействующие с полом и возрастом человека сложные заболевания. Хум Мол Жене. 2014; 23 (7): 1947–56.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Петерс М.Дж., Джоханес Р., Пиллинг Л.С., Шурманн С., Конни К.Н., Пауэлл Дж., Рейнмаа Э., Сатфин Г.Л., Жернакова А., Шрамм К., Уилсон Ю.А., Кобес С., Тукиайнен Т., Консорциум Н., Наллс М.А., Эрнандес Д.Г., Куксон М.Р., Гиббс Р.Дж., Харди Дж., Рамасами А., Зондерман А.Б., Диллман А., Трейнор Б., Смит С., Лонго Д.Л., Трабзуни Д., Тронкосо Дж.Транскрипционный ландшафт возраста в периферической крови человека.
Нац коммун. 2015 г.; 6:9570.
Артикул КАС Google Scholar
Su J, Ekman C, Oskolkov N, Lahti L, Ström K, Brazma A, Groop L, Rung J, Hansson O. Новый атлас экспрессии генов в скелетных мышцах человека раскрывает молекулярные изменения, связанные со старением. Скелетная мышца. 2015 г.; 5:35.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Ян Дж., Хуан Т., Петралия Ф., Лонг К., Чжан Б., Аргманн С., Чжао И., Моббс С.V, Schadt EE, Zhu J, Tu Z, Consortium TG, Ardlie KG, Deluca DS, Segrè AV, Sullivan TJ, Young TR, Gelfand ET, Trowbridge CA, Maller JB, Tukiainen T, Lek M, Ward LD, Kheradpour P, Ириарте Б., Мэн Ю., Палмер К.Д., Винклер В., Хиршхорн Дж., Келлис М., Макартур Д.Г., Гетц Г., Шаблин А.А., Ли Г., Чжоу Ю.Х., Нобель А.Б. Синхронизированные возрастные изменения экспрессии генов во многих тканях человека и связь со сложными заболеваниями.
Научный представитель 2015 г.; 5:15145.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Виньуэла А., Браун А.А., Буил А., Цай П.С., Дэвис М.Н., Белл Дж.Т., Дермицакис Э.Т., Спектор Т.Д., Смолл К.С.Возрастные изменения среднего значения и дисперсии экспрессии генов в тканях в когорте близнецов. Хум Мол Жене. 2018; 27(4):732–41.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Jia K, Cui C, Gao Y, Zhou Y, Cui Q. Анализ генов, связанных со старением, полученный в рамках проекта Genotype-Tissue Expression (GTEx). Сотовая смерть Discov. 2018; 4(1):91.
Артикул КАС Google Scholar
Rajicic N, Cuschieri J, Finkelstein DM, Miller-Graziano CL, Hayden D, Moldauer LL, Moore E, O’Keefe G, Pelik K, Warren HS, Schoenfeld DA, Воспаление и реакция хозяина на травму большая масштабная совместная исследовательская программа.
Идентификация и интерпретация продольных изменений экспрессии генов при травме. ПЛОС ОДИН. 2010 г.; 5(12):14380.
Артикул КАС Google Scholar
Zhu J, Chen Y, Leonardson AS, Wang K, Lamb JR, Emilsson V, Schadt EE. Характеристика динамических изменений в транскрипционной сети крови человека. PLOS Comput Biol. 2010 г.; 6(2):1000671.
Артикул КАС Google Scholar
Леви Ю., Тибо Р., Монтес М., Лакабарац С., Слоан Л., Кинг Б., Перюза С., Харрод С., Кобб А., Робертс Л.К., Сюрено М., Бушери С., Журавски С., Делогерр С., Ришер Л., Шене Г., Баншеро Дж., Палука К.Терапевтическая вакцина на основе дендритных клеток вызывает полифункциональный ВИЧ-специфический Т-клеточный иммунитет, связанный с контролем вирусной нагрузки. Евр Дж Иммунол. 2014; 44 (9): 2802–10.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Де Йонг С.
, Нилеман М., Луйкс Дж. Дж., Тен Берг М. Дж., Стренгман Э., Ден Брейен Х. Х., Стийверс Л. С., Бьюзер-Воскамп Дж. Э., Баккер С. С., Кан Р. С., Хорват С., Ван Солиндж В. В., Опхофф Р. А. Сезонные изменения экспрессии генов отражают состав клеток цельной крови.Хум Мол Жене. 2014; 23 (10): 2721–8.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Юнг М., Джин С.Г., Чжан С., Сюн В., Гогошин Г., Родин А.С., Пфайфер Г.П. Продольные эпигенетические профили и профили экспрессии генов, проанализированные с помощью трехкомпонентного анализа, показывают подавление генов, участвующих в трансляции белков при старении человека. Нуклеиновые Кислоты Res. 2015 г.; 43(15):100.
Артикул КАС Google Scholar
Фурман Д., Чанг Дж., Лартиг Л., Болен К.Р., Хаддад Ф., Годильер Б., Ганио Э.А., Фрагиадакис Г.К., Спитцер М.Х., Душе И., Дабюрон С., Моро Ж.
Ф., Нолан Г.П., Бланко П., Дешане-Мервиль J, Dekker CL, Jojic V, Kuo CJ, Davis MM, Faustin B.Экспрессия специфических модулей гена воспаления разделяет пожилых людей на два крайних клинических и иммунологических состояния. Нат Мед. 2017; 23(2):174–84.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Бриуа Дж., Буил А., Феррейра П.Г., Панусис Н.И., Браун А.А., Винуэла А., Планшон А., Бильсер Д., Смолл К., Спектор Т., Дермицакис Э.Т. Зависящие от времени генетические эффекты на экспрессию генов связаны с процессами старения.Геном Res. 2017; 27(4):545–52.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Харрис С.Э., Риджио В., Эвенден Л., Гилкрист Т., Маккафферти С., Мерфи Л., Вробель Н., Тейлор А.М., Корли Дж., Патти А., Кокс С.Р., Мартин-Руис С., Прендергаст Дж., Старр Дж.М., Мариони RE, Дорогой IJ. Связанные с возрастом изменения экспрессии генов и широкомасштабное транскриптомное ассоциативное исследование черт физического и когнитивного старения в когорте рождений Лотиана, 1936 г.
Старение. 2017; 9(12):2489–503.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Mazin P, Xiong J, Liu X, Yan Z, Zhang X, Li M, He L, Somel M, Yuan Y, Phoebe Chen YP, Li N, Hu Y, Fu N, Ning Z, Zeng R , Yang H, Chen W, Gelfand M, Khaitovich P. Широко распространенные изменения сплайсинга в развитии и старении человеческого мозга. Мол Сист Биол. 2013; 9:633.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Ли Х, Ван З, Ма Т, Вэй Г, Ни Т.Альтернативный сплайсинг при старении и возрастных заболеваниях. Транс Мед Старение. 2017; 1:32–40.
Артикул Google Scholar
Deschênes M, Chabot B. Новая роль альтернативного сплайсинга в процессах старения и старения. Стареющая клетка. 2017; 16(5):918–33.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Ван К.
, Ву Д., Чжан Х., Дас А., Басу М., Малин Дж., Цао К., Ханненхалли С.Комплексная карта связанных с возрастом изменений сплайсинга в тканях человека и их вклада в возрастные заболевания. Научный представитель 2018 г.; 8(1):10929.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Линд Л., Форс Н., Холл Дж., Марттала К., Стенборг А. Сравнение трех различных методов оценки эндотелийзависимой вазодилатации у пожилых людей: проспективное исследование сосудистой системы у пожилых людей Уппсалы (PIVUS).Артериосклеры Тромб Васк Биол. 2005 г.; 25 (11): 2368–75.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Лук-порей JT, Стори JD. Выявление гетерогенности в исследованиях экспрессии генов с помощью анализа суррогатных переменных. ПЛОС Жене. 2007 г.; 3(9):161.
Артикул КАС Google Scholar
Stegle O, Parts L, Piipari M, Winn J, Durbin R.
Использование вероятностной оценки остатков экспрессии (PEER) для повышения мощности и интерпретируемости анализа экспрессии генов.Нат Проток. 2012 г.; 7 (3): 500–7.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Гонских Ю., Полачек Н. Изменения аппарата трансляции при старении и реакции на стресс. Механическое старение Dev. 2017; 168:30–6.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Бухвальтер А, Хетцер М.В. Расширение ядрышек и повышенная трансляция белка при преждевременном старении.Нац коммун. 2017; 8(1):328.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Брейс Л.Е., Восе СК, Станя К., Гатхунгу Р.М., Марур В.Р., Лоншам А., Тревиньо-Вильярреал Х., Мехия П., Варгас Д., Иноуэ К., Бронсон Р.Т., Ли Х.Х., Нейлан Э.
, Кристал Б.С., Митчелл младший Повышенное окислительное фосфорилирование в ответ на острое и хроническое повреждение ДНК. NPJ Aging Mech Dis. 2016; 2:16022. https://doi.org/10.1038/npjamd.2016.22.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Burhans WC, Weinberger M. Стресс репликации ДНК, нестабильность генома и старение. Нуклеиновые Кислоты Res. 2007 г.; 35 (22): 7545–56. https://doi.org/10.1093/nar/gkm1059.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Liu DJ, Peloso GM, Yu H, Butterworth AS, Wang X, Mahajan A, Saleheen D, Emdin C, Alam D, Alves AC, Amouyel P, Di Angelantonio E, Arveiler D, Assimes TL, Auer PL , Бабер У., Баллантайн К.М., Банг Л.Е., Бенн М., Бис Дж.К., Бёнке М., Бурвинкль Э., Борк-Дженсен Дж., Боттингер Э.П., Брандслунд И., Браун М., Бусонеро Ф., Колфилд М.Дж., Чемберс Д.К., Часман Д.И., Чен Е.
, Чен Ю-Ди, Чоудхури Р., Кристенсен С., Чу А.И., Коннелл Дж.М., Кукка Ф., Капплс Л.А., Дамрауэр С.М., Дэвис Г., Дири И.Дж., Дедуссис Г., Денни Д.С., Доминикак А., Дубе М.П., Эбелинг Т., Эйриксдоттир Г. , Эско Т, Фармаки А.Э., Фейтоса М.Ф., Феррарио М., Феррьер Дж., Форд И., Форнаж М., Франкс П.В., Фрайлинг Т.М., Фрикке-Шмидт Р., Фриче Л.Г., Фроссар П., Фустер В., Ганеш СК, Гао В., Гарсия М.Е. , Гигер С., Джулианини Ф., Гударзи М.О., Граллерт Х., Граруп Н., Груп Л., Гроув М.Л., Гуднасон В., Хансен Т., Харрис Т.Б., Хейворд С., Хиршхорн Дж.Н., Холмен О.Л., Хаффман Дж., Хуо И., Хвием К., Джабин С., Джексон А.У., Якобсдоттир Дж., Ярвелин М.Р., Дженсен Г.Б., Йоргенсен М.Э., Дж. ukema JW, Justesen JM, Kamstrup PR, Kanoni S, Karpe F, Kee F, Khera AV, Klarin D, Koistinen HA, Kooner JS, Kooperberg C, Kuulasmaa K, Kuusisto J, Laakso M, Lakka T, Langenberg C, Langsted A , Launer LJ, Lauritzen T, Liewald DCM, Lin LA, Linneberg A, Loos RJF, Lu Y, Lu X, Mägi R, Malarstig A, Manichaikul A, Manning A.
К., Мянтиселькя П., Марули Э., Маска Н.Г.Д., Маскио А., Мейгс Дж.Б., Меландер О., Метспалу А., Моррис А.П., Моррисон А.С., Мулас А., Мюллер-Нурасид М., Манро П.Б., Невилл М.Дж., Нильсен Д.Б., Нильсен С.Ф., Нордестгаард Б.Г., Ордовас Дж.М., Мехран Р., О’Доннелл С.Дж., Орхо-Меландер М., Молони К.М., Мунтендам П., Падманабхан С., Палмер К.Н.А., Пасько Д., Патель А.П., Педерсен О., Перола М., Петерс А., Писингер С., Пистис Г. , Поласек О., Поултер Н., Псати Б.М., Радер Д.Дж., Рашид А., Раурамаа Р., Рейли Д.Ф., Райнер А.П., Ренстрем Ф., Рич С.С., Ридкер П.М., Риу Д.Д., Робертсон Н.Р., Роден Д.М., Роттер Д.И., Рудан И., Саломаа V, Samani NJ, Sanna S, Sattar N, Schmidt EM, Scott RA, Sever P, Sevilla RS, Shaffer CM, Sim X, Sivapalaratnam S, Small KS, Smith AV, Smith BH, Somayajula S, Southam L, Spector TD, Спелиотес Э.К., Старр Дж.М., Стремя К.Е., Ститзиэль Н., Штраух К., Стрингхэм Х.М., Сурендран П., Тада Х., Талл А.Р., Танг Х., Тардиф Дж.С., Тейлор К.Д., Тромпет С., Цао П.С., Туомилехто Дж., Тибьяэрг-Хансен А.
, ван Зуйдам Н.Р., Варбо А., Варга Т.В., Виртамо Дж., Вальденбергер М., Ван Н., Варех am NJ, Warren HR, Weeke PE, Weinstock J, Wessel J, Wilson JG, Wilson PWF, Xu M, Yaghootkar H, Young R, Zeggini E, Zhang H, Zheng NS, Zhang W, Zhang Y, Zhou W, Zhou Y , Zoledziewska M, Рабочая группа по зарядке диабета, Консорциум EPIC-InterAct, Консорциум EPIC-CVD, Консорциум GOLD, Программа VA Million Veteran Program, Howson JMM, Danesh J, McCarthy MI, Cowan CA, Abecasis G, Deloukas P, Musunuru K, Willer CJ , Катиресан С.Экзомное исследование липидов плазмы у более чем 300 000 человек. Нат Жене. 2017; 49 (12): 1758–1766. https://doi.org/10.1038/ng.3977.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Пала М., Заппала З., Маронгиу М., Ли Х, Дэвис Дж.Р., Кузано Р., Кробу Ф., Кукурба К.Р., Глудеманс М.Дж., Рейньер Ф., Берутти Р., Пирас М.Г., Мулас А., Золедзевска М., Маронгиу М., Сорокин Э.П., Хесс Г.Т., Смит К.С., Бусонеро Ф.
, Маскио А., Стери М., Сидор С., Санна С., Фиорилло Э., Бассик М.С., Сосер С.Дж., Баттл А., Новембре Дж., Джонс С., Ангиус А., Абекасис Г.Р., Шлессингер Д. , Кукка Ф., Монтгомери С.Б.Регуляторные вариации, специфичные для населения и отдельных лиц на Сардинии. Нат Жене. 2017; 49(5):700–7. https://doi.org/10.1038/ng.3840.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Московиц Д.М., Чжан Д.В., Ху Б., Со С.Л., Янес Р.Е., Йе З., Буэнростро Д.Д., Вейанд К.М., Гринлиф В.Дж., Горонзи Д.Дж. Эпигеномика дифференцировки и старения Т-клеток CD8 человека. Научный Иммунол. 2017; 2(8):0192. https://doi.org/10.1126/sciimmunol.ааг0192.
Артикул Google Scholar
Tacutu R, Thornton D, Johnson E, Budovsky A, Barardo D, Craig T, Lehmann G, Toren D, Fraifeld V, de Magalhaes JP. Геномные ресурсы старения человека: обновление 2018 г.: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор; 2017.
https://doi.org/10.1101/193326.
Ньюман А.М., Лю К.Л., Грин М.Р., Джентлс А.Дж., Фэн В., Сюй И., Хоанг К.Д., Дин М., Ализаде А.А. Надежный подсчет подмножеств клеток из профилей экспрессии тканей.Нат Методы. 2015 г.; 12(5):453–457. https://doi.org/10.1038/nmeth.3337.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Shaw AC, Goldstein DR, Montgomery RR. Возрастная дисрегуляция врожденного иммунитета. Нат Рев Иммунол. 2013; 13(12):875–87. https://doi.org/10.1038/nri3547.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Вилчес Д., Саез И., Диллин А.Роль механизмов клиренса белков в старении организма и возрастных заболеваниях. Нац коммун. 2014; 5:5659. https://doi.org/10.1038/ncomms6659.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Zhang P, Zhou C, Lu C, Li W, Li W, Jing B, Chen W, Zha Y, Zhang P, Bai C, Liu H, Zhang L.
PLEKHO2 необходим для M-CSF-зависимых выживания макрофагов. Сотовый сигнал. 2017; 37:115–22. https://doi.org/10.1016/j.cellsig.2017.06.006.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Лю Х, Син Х, Гао В, Ю Д, Чжао И, Ши Х, Чжан К, Ли П, Ю Дж, Сюй В, Шань Х, Чжан К, Бао В, Фу Х, Ян С, Wang S. Функциональный вариант гена OAS1 связан с синдромом Шегрена, осложненным HBV-инфекцией. Научный представитель 2017; 7(1):17571.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Reilly SM, Bhargava P, Liu S, Gangl MR, Gorgun C, Nofsinger RR, Evans RM, Qi L, Hu FB, Lee C-H.Корепрессор ядерных рецепторов SMRT регулирует митохондриальный окислительный метаболизм и опосредует ухудшение метаболизма, связанное со старением. Клеточный метаб. 2010 г.; 12(6):643–53. https://doi.org/10.1016/j.cmet.2010.11.007.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Li Z, Wright FA, Royland J.
Возрастная изменчивость экспрессии генов в сетчатке самцов крыс Fischer 344. Токсикол науч. 2009 г.; 107(1):281–92. https://дои.org/10.1093/toxsci/kfn215.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Куинтцле Р.С., Чоу Э.С., Вестби Т.Н., Гвахария Б.О., Гибултович Дж.М., Хендрикс Д.А. Циркадное глубокое секвенирование выявляет гены реакции на стресс, которые принимают устойчивую ритмическую экспрессию во время старения. Нац коммун. 2017; 8:14529.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Луизье Р., Тайзак Г.Э., Холл К.Э., Митчелл Дж.С., Девайн Х., Таха Д.М., Малик Б., Мейер И., Гринсмит Л., Ньюкомб Дж., Уле Дж., Ласкомб Н.М., Патани Р.Задержка интрона и потеря ядра SFPQ являются молекулярными признаками БАС. Нац коммун. 2018; 9(1):2010. https://doi.org/10.1038/s41467-018-04373-8.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Suraweera A, Becherel OJ, Chen P, Rundle N, Woods R, Nakamura J, Gatei M, Criscuolo C, Filla A, Chessa L, Fußer M, Epe B, Gueven N, Lavin MF.
Сенатаксин, дефектный при атаксии глазодвигательной апраксии 2 типа, участвует в защите от окислительного повреждения ДНК.Джей Селл Биол. 2007 г.; 177(6):969–79. https://doi.org/10.1083/jcb.200701042.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Ma L, Shi Y, Chen Z, Li S, Zhang J. Новая мутация гена SETX, связанная с ювенильным боковым амиотрофическим склерозом. Мозговое поведение. 2018; 8(9):01066. https://doi.org/10.1002/brb3.1066.
Артикул Google Scholar
Ли Й.И., Ноулз Д.А., Хамфри Дж., Барбейра А.Н., Дикинсон С.П., Им Х.К., Притчард Дж.К.Количественная оценка сплайсинга РНК без аннотаций с использованием LeafCutter. Нат Жене. 2018; 50 (1): 151–8. https://doi.org/10.1038/s41588-017-0004-9.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Лопес-Отин С.
, Бласко М. А., Партридж Л., Серрано М., Кремер Г. Признаки старения. Клетка. 2013; 153(6):1194–217.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Карасик Д., Демисси С., Капплс Л.А., Киль Д.П.J Gerontol Ser A Biol Sci Med Sci. 2005 г.; 60 (5): 574–87.
Чен Р., Миас Г.И., Ли-Пук-Тан Дж., Цзян Л., Лам ХИК, Чен Р., Мириами Э., Карчевски К.Дж., Харихаран М., Дьюи Ф.Е., Ченг Й., Кларк М.Дж., Им Х., Хабеггер Л. , Баласубраманиан С., О’Хуаллачейн М., Дадли Дж. Т., Хилленмейер С., Хараксинг Р., Шарон Д., Юскирхен Г., Лакрут П., Беттингер К., Бойл А. П., Касовски М., Груберт Ф., Секи С., Гарсия М., Вирл-Каррильо М., Gallardo M, Blasco MA, Greenberg PL, Snyder P, Klein TE, Altman RB, Butte AJ, Ashley EA, Gerstein M, Nadeau KC, Tang H, Snyder M.Личностное профилирование омиксов выявляет динамические молекулярные и медицинские фенотипы. Клетка. 2012 г.; 148(6):1293–307.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Чен Л.
, Ге Б., Касале Ф., Васкес Л., Кван Т., Гарридо-Мартин Д., Ватт С., Ян И., Кунду К., Экер С., Датта А., Ричардсон Д., Берден Ф., Мид Д., Манн А., Фернандес Дж., Роулстон С., Уайлдер С., Фэрроу С., Шао Х., Ламбурн Дж., Реденсек А., Альберс С., Амстиславский В., Эшфорд С., Беренсен К., Бомба Л., Бурк Г., Буджолд Д., Буше С., Карон М., Чен С.Х., Чунг В., Делано О., Дермицакис Э., Элдинг Х., Колгиу И., Баггер Ф., Фличек П., Хабиби Э., Иотчкова В., Янссен-Мегенс Э., Ким Б., Лехрах Х., Лоуи Э., Мандоли А., Матарезе Ф., Маурано М., Моррис Дж., Панкальди В., Пурфарзад Ф., Ренстром К., Рендон А., Риш Т., Шарифи Н., Саймон М.М., Султан М., Валенсия А., Уолтер К., Ван С.И., Фронтини М., Антонаракис С., Кларк Л., Яспо М.Л. , Бек С., Гиго Р., Рико Д., Мартенс Дж. А., Оувеханд В., Куиджперс Т., Пол Д., Стунненберг Х., Стегле О., Даунс К., Пастинен Т., Соранцо Н.Генетические факторы эпигенетических и транскрипционных изменений в иммунных клетках человека. Клетка. 2016; 167(5):1398–141424.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Горонзи Дж.
Дж., Вейанд К.М. Понимание иммуносенесценции для улучшения реакции на вакцины. Нат Иммунол. 2013; 14(5):428–36.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Мартинес-Хименес С.П., Элинг Н., Чен Х.С., Вальехос К.А., Колодзейчик А.А., Коннор Ф., Стойич Л., Рейнер Т.Ф., Стаббингтон М.Дж.Старение увеличивает изменчивость транскрипции от клетки к клетке при иммунной стимуляции. Наука. 2017; 355 (6332): 1433–6.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Незнакомец Б.Э., Ника А.С., Форрест М.С., Димас А., Бёрд С.П., Бизли С., Ингл К.Э., Даннинг М., Фличек П., Коллер Д., Монтгомери С., Таваре С., Делоукас П., Дермицакис Э.Т. Популяционная геномика экспрессии генов человека. Нат Жене. 2007 г.; 39 (10): 1217–24.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Ли Т.
И., Янг Р.А.Транскрипционная регуляция и ее неправильная регуляция при заболеваниях. Клетка. 2013; 152(6):1237–51.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Артигас М.С., Уэйн Л.В., Миллер С., Хейраллах А.К., Хаффман Дж.Е., Нталла И., Храм Н., Обейдат М., Троше Х., Макардл В.Л., Алвес А.С., Хуэй Дж., Чжао Дж.Х., Джоши П.К., Тоймер А., Альбрехт Э., Имбоден М., Равал Р., Лопес Л.М. Шестнадцать новых сигналов функции легких, идентифицированных с помощью условного обозначения справочной панели проекта 1000 геномов.Нац коммун. 2015 г.; 6:8658.
Артикул КАС Google Scholar
Делано О., Марчини Дж., Загури Дж.-Ф. Линейный метод фазирования сложности для тысяч геномов. Нат Методы. 2012 г.; 9(2):179–81.
Артикул КАС Google Scholar
Хоуи Б.Н., Доннелли П.
, Марчини Дж. Гибкий и точный метод определения генотипа для следующего поколения полногеномных ассоциативных исследований.ПЛОС Жене. 2009 г.; 5(6):1000529.
Артикул КАС Google Scholar
Консорциум проекта «1000 геномов». Глобальный справочник по генетической изменчивости человека. Природа. 2015 г.; 526 (7571): 68–74. https://doi.org/10.1038/nature15393.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Ли Х., Хэндсейкер Б., Высокер А., Феннелл Т., Руан Дж., Гомер Н., Март Г., Абекасис Г., Дурбин Р.Формат выравнивания/карты последовательностей и SAMtools. Биоинформатика. 2009 г.; 25 (16): 2078–2079.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Лав М.И., Хубер В., Андерс С. Модерированная оценка изменения кратности и дисперсии для данных секвенирования РНК с помощью DESeq2.
Геном биол. 2014; 15(12). https://doi.org/10.1186/s13059-014-0550-8.
Чен Дж., Бехнам Э., Хуан Дж., Моффатт М.Ф., Шайд Д.Дж., Лян Л., Линь Х.Быстрая и надежная корректировка клеточных смесей в исследованиях ассоциации всего эпигенома с помощью SmartSVA. Геномика BMC. 2017; 18:413. https://doi.org/https://doi.org/10.1186/s12864-017-3808-1.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Risso D, Ngai J, Speed TP, Dudoit S. Нормализация данных секвенирования РНК с использованием факторного анализа контрольных генов или образцов. Нац биотехнолог. 2014; 32(9):896–902.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Даль А., Гиллемо В., Меффорд Дж., Асхард Х., Зайтлен Н.Корректировка основных компонентов молекулярных фенотипов вызывает повторение ложных срабатываний. Генетика. 2019; 211(4):1179–89.
https://doi.org/10.1534/genetics.118.301768.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Бужа А., Эюбоглу Н. Замечания по параллельному анализу. Многовариантное поведение Res. 1992 год; 27(4):509–40.
Артикул КАС Google Scholar
Бейтс Д., Мэхлер М., Болкер Б., Уокер С.Подгонка линейных моделей смешанных эффектов с использованием lme4. Программное обеспечение J Stat. 2015 г.; 67(1):1–48. https://doi.org/10.18637/jss.v067.i01.
Артикул Google Scholar
Кузнецова А., Брокхофф П.Б., Кристенсен Р.Х.Б. Пакет lmerTest: тесты в линейных моделях смешанных эффектов. Программное обеспечение J Stat. 2017; 82(13). https://doi.org/http://doi.org/10.18637/jss.v082.i13.
Стори Д.Д., Тибширани Р. Статистическая значимость для полногеномных исследований.
Proc Natl Acad Sci. 2003 г.; 100 (16): 9440–5. https://doi.org/10.1073/pnas.1530509100.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Субраманиан А., Тамайо П., Мутха В.К., Мукерджи С., Эберт Б.Л., Джиллет М.А., Паулович А., Помрой С.Л., Голуб Т.Р., Ландер Э.С., Месиров Д.П. Анализ обогащения набора генов: основанный на знаниях подход к интерпретации профилей экспрессии всего генома. Proc Natl Acad Sci. 2005 г.; 102 (43): 15545–50.https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102.
Артикул КАС Google Scholar
Ван М., Чжао Ю., Чжан Б. Эффективное тестирование и визуализация многоуровневых пересечений. Научный представитель 2015 г.; 5:16923. https://doi.org/10.1038/srep16923.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Ван Дж., Васайкар С.
, Ши З., Грир М., Чжан Б. WebGestalt 2017: более полный, мощный, гибкий и интерактивный набор инструментов для анализа обогащения набора генов.Нуклеиновые Кислоты Res. 2017; 45 (W1): 130–137. https://doi.org/10.1093/nar/gkx356.
Артикул КАС Google Scholar
Шабалин А. А. Matrix eQTL: сверхбыстрый анализ eQTL с помощью больших матричных операций. Биоинформатика. 2012 г.; 28 (10): 1353–1358.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Петерсон К.Б., Богомолов М., Бенджамини Ю., Сабатти К.TreeQTL: иерархический контроль ошибок для результатов eQTL. Биоинформатика. 2016; 32 (16): 2556–8.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Саймс Р.Дж. Усовершенствованная процедура Бонферрони для множественных критериев значимости. Биометрика.
1986 год; 73 (3): 751–4. https://doi.org/10.2307/2336545.
Артикул Google Scholar
Бенджамини Ю., Хеллер Р.Отбор гипотез частичной конъюнкции. Биометрия. 2008 г.; 64(4):1215–22. https://doi.org/10.1111/j.1541-0420.2007.00984.x.
Артикул пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Богомолов М., Хеллер Р. Обнаружение результатов, которые воспроизводятся от первичного исследования высокой размерности до последующего исследования. J Am Stat Assoc. 2013; 108 (504): 1480–92. https://doi.org/10.1080/01621459.2013.829002.
Артикул КАС Google Scholar
Lee SH, Yang J, Goddard ME, Visscher PM, Wray N.R. Оценка плейотропии между сложными заболеваниями с использованием геномных отношений, полученных из однонуклеотидного полиморфизма, и ограничения максимальной вероятности. Биоинформатика (Оксфорд, Англия).
2012 г.; 28 (19): 2540–2. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts474.
Артикул КАС Google Scholar
Крибари-Нето Ф., Зейлейс А. Бета-регрессия в R. J Stat Softw. 2010 г.; 34(2):1–24.
Артикул Google Scholar
Geijn Bvd, McVicker G, Gilad Y, Pritchard JK.WASP: аллель-специфичное программное обеспечение для надежного обнаружения локуса молекулярного количественного признака. Нат Методы. 2015 г.; 12 (11): 1061–1063. https://doi.org/10.1038/nmeth.3582.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
ДеПристо М.А., Бэнкс Э., Поплин Р., Гаримелла К.В., Магуайр Дж.Р., Хартл С., Филиппакис А.А., дель Анхель Г., Ривас М.А., Ханна М., МакКенна А., Феннелл Т.Дж., Керницкий А.М., Сиваченко А.Ю., Цибульскис К. , Габриэль С.Б., Альтшулер Д., Дейли М.Дж.Основа для обнаружения вариаций и генотипирования с использованием данных секвенирования ДНК следующего поколения.
Нат Жене. 2011 г.; 43(5):491–8. https://doi.org/10.1038/ng.806.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Ноулз Д.А., Дэвис Дж.Р., Эджингтон Х., Радж А., Фаве М.Дж., Чжу Х, Поташ Дж.Б., Вайсман М.М., Ши Дж., Левинсон Д.Ф., Авадалла П., Мостафави С., Монтгомери С.Б., Баттл А. Аллель-специфический экспрессия выявляет взаимодействие между генетической изменчивостью и окружающей средой.Нат Методы. 2017; 14(7):699–702. https://doi.org/10.1038/nmeth.4298.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Ноулз Д.А. Environment-ASE посредством моделирования Generalized LinEar (EAGLE), v2. https://doi.org/https://doi.org/10.5281/zenodo.1579496. По состоянию на 27 ноября 2018 г.
Карпентер Б., Гельман А., Хоффман М., Ли Д., Гудрич Б., Бетанкур М., Брубейкер М., Го Дж., Ли П., Ридделл А.Стэн: вероятностный язык программирования.
J Stat Software Artic. 2017; 76(1):1–32. https://doi.org/10.18637/jss.v076.i01.
Google Scholar
Monlong J, Calvo M, Ferreira PG, Guigó R. Идентификация генетических вариантов, связанных с альтернативным сплайсингом, с использованием sQTLseekeR. Нац коммун. 2014; 5:4698. https://doi.org/10.1038/ncomms5698.
Артикул КАС пабмед ПабМед Центральный Google Scholar
Баллиу Б., Даррант М., де Гёде О., Абелл Н., Синь Л., Лю Б., Глудеманс М.Дж., Кук Н.Л., Смит К.С., Ноулз Д.А., Пала М., Кукка Ф., Шлессингер Д., Джайсвал С., Сабатти С., Линд Л., Ингельссон Э., Монтгомери С.Б. Генетическая регуляция экспрессии генов и сплайсинга в течение десятилетнего периода старения человека. Наборы данных. Архия генома-фенома евро. 2019. https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001004965. По состоянию на 7 января 2019 г.
Геномика циркадных ритмов в норме и при болезнях | Genome Medicine
Konopka RJ, Benzer S. Clock мутанты Drosophila melanogaster .Proc Natl Acad Sci U S A. 1971;68:2112–6.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Vitaterna MH, King DP, Chang AM, Kornhauser JM, Lowrey PL, McDonald JD, et al. Мутагенез и картирование мышиного гена часов, необходимого для циркадного поведения. Наука. 1994; 264:719–25.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
King DP, Zhao Y, Sangoram AM, Wilsbacher LD, Tanaka M, Antoch MP, et al. Позиционное клонирование гена циркадных часов мыши. Клетка. 1997; 89: 641–53.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
van der Horst GT, Muijtjens M, Kobayashi K, Takano R, Kanno S, Takao M, et al. Cry1 и Cry2 млекопитающих необходимы для поддержания циркадных ритмов.
Природа. 1999; 398: 627–30.
ПабМед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Bunger MK, Wilsbacher LD, Moran SM, Clendenin C, Radcliffe LA, Hogenesch JB, et al. Mop3 является важным компонентом основного циркадного водителя ритма у млекопитающих. Клетка. 2000; 103:1009–17.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Zheng B, Larkin DW, Albrecht U, Sun ZS, Sage M, Eichele G, et al. Ген mPer2 кодирует функциональный компонент циркадных часов млекопитающих. Природа. 1999; 400:169–73.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Bae K, Jin X, Maywood ES, Hastings MH, Reppert SM, Weaver DR. Дифференциальные функции mPer1, mPer2 и mPer3 в циркадных часах СХЯ. Нейрон. 2001; 30: 525–36.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Тей Х., Окамура Х., Шигеёси Ю., Фукухара К., Одзава Р., Хиросе М., Сакаки Ю.Циркадные колебания гомолога гена дрозофилы у млекопитающих. Природа. 1997; 389: 512–6.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Vitaterna MH, Selby CP, Todo T, Niwa H, Thompson C, Fruechte EM, et al. Дифференциальная регуляция генов периода млекопитающих и циркадных ритмов с помощью криптохромов 1 и 2. Proc Natl Acad Sci U S A. 1999; 96:12114–9.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Куме К., Зилка М.Дж., Срирам С., Ширман Л.П., Уивер Д.Р., Джин Х и др. mCRY1 и mCRY2 являются важными компонентами отрицательной части петли обратной связи циркадных часов. Клетка. 1999; 98: 193–205.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Гекакис Н., Стакнис Д., Нгуен Х.Б., Дэвис Ф.К., Уилсбахер Л.Д., Кинг Д.П. и др. Роль белка CLOCK в циркадном механизме млекопитающих. Наука. 1998; 280:1564–9.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Schwartz WJ, Daan S. Origins: краткий отчет о происхождении циркадной биологии. В: Кумар В., редактор. Биохронометрия: часы, ритмы и поведение, том. 1. Нью-Дели: Springer India; 2017.
Google Scholar
Халберг Ф., Джонсон Э.А., Браун Б.В., Биттнер Дж.Дж. Восприимчивость ритма к Е.coli эндотоксин и биопроба. Proc Soc Exp Biol Med. 1960; 103: 142–4.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Мур Р.Ю., Эйхлер В.Б. Потеря циркадного ритма кортикостерона надпочечников после супрахиазматических поражений у крыс. Мозг Res. 1972; 42: 201–6.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Stephan FK, Zucker I. Циркадные ритмы питьевого поведения и двигательной активности крыс устраняются поражением гипоталамуса. Proc Natl Acad Sci U S A. 1972;69:1583–6.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Рассел В.Л., Келли Э.М., Хансикер П.Р., Бэнгэм Дж.В., Мэддакс С.К., Фиппс Э.Л. Тест на специфический локус показывает, что этилнитрозомочевина является наиболее сильным мутагеном у мышей. Proc Natl Acad Sci U S A.1979; 76: 5818–9.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Lehman MN, Silver R, Gladstone WR, Kahn RM, Gibson M, Bittman EL. Циркадные ритмы восстановлены с помощью нейротрансплантата. Иммуноцитохимическая характеристика трансплантата и его интеграции с мозгом хозяина.
Дж. Нейроски. 1987; 7: 1626–38.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Ральф М.Р., Фостер Р.Г., Дэвис Ф.К., Менакер М. Трансплантированное супрахиазматическое ядро определяет циркадный период. Наука. 1990; 247:975–8.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Ральф М.Р., Менакер М. Мутация циркадной системы у золотистых хомячков. Наука. 1988; 241:1225–7.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Валлийский Д.К., Логотетис Д.Э., Мейстер М., Репперт С.М. Отдельные нейроны, диссоциированные от супрахиазматического ядра крысы, экспрессируют независимо фазированные циркадные ритмы возбуждения. Нейрон. 1995; 14: 697–706.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Shearman LP, Sriram S, Weaver DR, Maywood ES, Chaves I, Zheng B, et al. Взаимодействующие молекулярные петли в циркадных часах млекопитающих. Наука. 2000; 288:1013–9.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Balsalobre A, Damiola F, Schibler U. Сывороточный шок индуцирует циркадную экспрессию генов в клетках культур тканей млекопитающих. Клетка. 1998; 93: 929–37.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Ямазаки С., Нумано Р., Абэ М., Хида А., Такахаши Р., Уэда М. и др.Сброс центральных и периферических циркадных осцилляторов у трансгенных крыс. Наука. 2000; 288: 682–5.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Lowrey PL, Shimomura K, Antoch MP, Yamazaki S, Zemenides PD, Ralph MR, et al. Позиционное синтетическое клонирование и функциональная характеристика циркадной мутации тау млекопитающих.
Наука. 2000; 288:483–92.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Хаттар С., Ляо Х.В., Такао М., Берсон Д.М., Яу К.В. Меланопсин-содержащие ганглиозные клетки сетчатки: архитектура, проекции и внутренняя светочувствительность. Наука. 2002; 295:1065–70.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Берсон Д.М., Данн Ф.А., Такао М. Фототрансдукция ганглиозными клетками сетчатки, которые устанавливают циркадные часы. Наука. 2002; 295:1070–3.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Provencio I, Rodriguez IR, Jiang G, Hayes WP, Moreira EF, Rollag MD. Новый человеческий опсин во внутренней части сетчатки. Дж. Нейроски. 2000;20:600–5.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Toh KL, Jones CR, He Y, Eide EJ, Hinz WA, Virshup DM, et al. Мутация сайта фосфорилирования hPer2 при семейном синдроме продвинутой фазы сна. Наука. 2001; 291:1040–3.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Panda S, Antoch MP, Miller BH, Su AI, Schook AB, Straume M, et al. Координированная транскрипция ключевых путей у мышей с помощью циркадных часов. Клетка. 2002; 109: 307–20.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Ueda HR, Chen W, Adachi A, Wakamatsu H, Hayashi S, Takasugi T, et al. Элемент ответа фактора транскрипции на экспрессию генов в течение циркадной ночи. Природа. 2002; 418: 534–9.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Сторч К.Ф., Липан О., Лейкин И., Вишванатан Н., Дэвис Ф.К., Вонг В.
Х., Вайц С.Дж. Обширная и дивергентная экспрессия циркадных генов в печени и сердце. Природа. 2002; 417:78–83.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Рудик Р.Д., Макнамара П., Кертис А.М., Бостон Р.С., Панда С., Хогенеш Дж.Б., Фитцджеральд Г.А.BMAL1 и CLOCK, два основных компонента циркадных часов, участвуют в гомеостазе глюкозы. PLoS биол. 2004;2:e377.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Turek FW, Joshu C, Kohsaka A, Lin E, Ivanova G, McDearmon E, et al. Ожирение и метаболический синдром у мышей с мутацией циркадных часов. Наука. 2005; 308:1043–5.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
О’Нил Дж.С., Редди АБ. Циркадные часы в эритроцитах человека. Природа. 2011; 469: 498–503.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Койке Н., Ю С.Х., Хуан Х.К., Кумар В., Ли С., Ким Т.К., Такахаши Д.С. Транскрипционная архитектура и хроматиновый ландшафт основных циркадных часов у млекопитающих. Наука. 2012; 338:349–54.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Фоллмерс С., Шмитц Р.Дж., Натансон Дж., Йео Г., Экер Дж.Р., Панда С. Циркадные колебания белок-кодирующих и регуляторных РНК в высокодинамичном эпигеноме печени млекопитающих. Клеточный метаб. 2012;16:833–45.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Rey G, Cesbron F, Rougemont J, Reinke H, Brunner M, Naef F. Полногеномные и фазово-специфические ДНК-связывающие ритмы BMAL1 контролируют циркадные выходные функции в печени мышей.PLoS биол. 2011;9:e1000595.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Menet JS, Rodriguez J, Abruzzi KC, Rosbash M. Nascent-Seq раскрывает новые особенности циркадной регуляции транскрипции у мышей. Элиф. 2012;1:e00011.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Gibbs JE, Blaikley J, Beesley S, Matthews L, Simpson KD, Boyce SH, et al.Ядерный рецептор REV-ERBα опосредует циркадную регуляцию врожденного иммунитета посредством селективной регуляции воспалительных цитокинов. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012;109:582–7.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Bellet MM, Deriu E, Liu JZ, Grimaldi B, Blaschitz C, Zeller M, et al. Циркадные часы регулируют реакцию хозяина на Salmonella . Proc Natl Acad Sci U S A. 2013;110:9897–902.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Scheiermann C, Kunisaki Y, Lucas D, Chow A, Jang JE, Zhang D, et al. Адренергические нервы регулируют циркадный рекрутмент лейкоцитов в ткани. Иммунитет. 2012; 37: 290–301.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Yu X, Rollins D, Ruhn KA, Stubblefield JJ, Green CB, Kashiwada M, et al.Дифференцировка клеток Th27 регулируется циркадными часами. Наука. 2013; 342: 727–30.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Mermet J, Yeung J, Hurni C, Mauvoisin D, Gustafson K, Jouffe C, et al. Зависимая от часов топология хроматина модулирует циркадную транскрипцию и поведение. Гены Дев. 2018; 32: 347–58.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Ким Ю.Х., Мархон С.А., Чжан Ю., Стегер Д.Дж., Вон К.Дж., Лазар М.
А. Rev-erbα динамически модулирует образование петель хроматина, чтобы контролировать циркадную транскрипцию генов. Наука. 2018; 359:1274–7.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Beytebiere JR, Trott AJ, Greenwell BJ, Osborne CA, Vitet H, Spence J, et al. Тканеспецифические цистромы BMAL1 показывают, что ритмическая транскрипция связана с ритмическими взаимодействиями энхансер-энхансер.Гены Дев. 2019; 33: 294–309.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Ruben MD, Wu G, Smith DF, Schmidt RE, Francey LJ, Lee YY, et al. База данных тканеспецифичных ритмически экспрессируемых генов человека имеет потенциальное применение в циркадной медицине. Sci Transl Med. 2018; 10: doi: https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aat8806.
ПабМед Статья КАС ПабМед Центральный Google Scholar
Патке А., Мерфи П.Дж., Онат О.Е., Кригер А.С., Озчелик Т., Кэмпбелл С.С., Янг М.В. Мутация гена циркадных часов человека CRY1 при семейном расстройстве фазы сна с задержкой. Клетка. 2017; 169: 203–15.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Hirano A, Shi G, Jones CR, Lipzen A, Pennacchio LA, Xu Y, et al. Мутация криптохрома 2 приводит к продвинутой фазе сна у человека. Элиф. 2016;5:doi: https://doi.org/10.7554/eLife.16695.
Kettner NM, Voicu H, Finegold MJ, Coarfa C, Sreekumar A, Putluri N, et al. Циркадный гомеостаз метаболизма печени подавляет гепатоканцерогенез. Раковая клетка. 2016;30:909–24.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Papagiannakopoulos T, Bauer MR, Davidson SM, Heimann M, Subbaraj L, Bhutkar A, et al. Нарушение циркадного ритма способствует онкогенезу легких.
Клеточный метаб. 2016;24:324–31.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Кисслинг С., Дюбо-Ларами Г., Ом Х., Лабрек Н., Оливье М., Чермакян Н. Циркадные часы в иммунных клетках контролируют масштабы паразитарной инфекции Leishmania . Научный доклад 2017; 7:10892.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Эдгар Р.С., Стангерлин А., Надь А.Д., Николл М.П., Эфстатиу С., О’Нил Дж.С., Редди А.Б. Автономная клеточная регуляция вирусной инфекции герпеса и гриппа с помощью циркадных часов. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016;113:10085–90.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Guan D, Xiong Y, Borck PC, Jang C, Doulias PT, Papazyan R, et al. Ремоделирование циркадианных энхансеров, вызванное диетой, синхронизирует противоположные процессы метаболизма липидов в печени.
Клетка. 2018; 174: 831–42.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Holth JK, Fritschi SK, Wang C, Pedersen NP, Cirrito JR, Mahan TE, et al. Цикл сна-бодрствования регулирует тау интерстициальной жидкости мозга у мышей и тау спинномозговой жидкости у людей. Наука. 2019;363:880–4.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Zwighaft Z, Aviram R, Shalev M, Rousso-Noori L, Kraut-Cohen J, Golik M, et al. Циркадные часы контролируются уровнями полиаминов через механизм, который снижается с возрастом. Клеточный метаб. 2015;22:874–85.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Такахаши Дж.С. Транскрипционная архитектура циркадных часов млекопитающих. Нат Рев Жене. 2017;18:164–79.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Winter C, Silvestre-Roig C, Ortega-Gomez A, Lemnitzer P, Poelman H, Schumski A, et al. Хронофармакологическое воздействие на ось CCL2-CCR2 улучшает течение атеросклероза. Клеточный метаб. 2018;28:175–82.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Sulli G, Rommel A, Wang X, Kolar MJ, Puca F, Saghatelian A, et al. Фармакологическая активация REV-ERB смертельна при раке и индуцированном онкогенами старении.Природа. 2018;553:351–5.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Кодзима С., Шингл Д.Л., Грин КБ. Посттранскрипционный контроль циркадных ритмов. Дж. Клеточные науки. 2011;124:311–20.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Мехра А., Бейкер С.Л., Лорос Дж.Дж., Данлэп Дж.К. Посттрансляционные модификации циркадных ритмов.
Тенденции биохимических наук. 2009; 34: 483–90.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Fang B, Everett LJ, Jager J, Briggs E, Armor SM, Feng D, et al. Циркадные энхансеры координируют несколько фаз ритмической транскрипции генов in vivo. Клетка. 2014; 159:1140–52.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Le Martelot G, Canella D, Symul L, Migliavacca E, Gilardi F, Liechti R, et al. Полногеномные профили РНК-полимеразы II и накопление РНК показывают кинетику транскрипции и связанные с ней эпигенетические изменения во время суточных циклов. PLoS биол. 2012;10:e1001442.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Агилар-Арнал Л., Хаким О., Патель В.Р., Бальди П., Хагер Г.Л., Сассон-Корси П. Циклы пространственной и временной организации хромосом, управляемые суточными часами.Nat Struct Mol Biol. 2013;20:1206–13.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Chen H, Chen J, Muir LA, Ronquist S, Meixner W, Ljungman M, et al. Функциональная организация 4D нуклеома человека. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015;112:8002–7.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Xu Y, Guo W, Li P, Zhang Y, Zhao M, Fan Z, et al.Взаимодействия хромосом дальнего действия, опосредованные cohesin, формируют циркадную экспрессию генов. Генетика PLoS. 2016;12:e1005992.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Zhao H, Sifakis EG, Sumida N, Millan-Arino L, Scholz BA, Svensson JP, et al. Опосредованные PARP1 и CTCF взаимодействия между активным и репрессированным хроматином в ламине способствуют осциллирующей транскрипции. Мол Ячейка. 2015; 59: 984–97.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Перелис М., Марчева Б., Рэмси К.М., Шипма М.Дж., Хатчисон А.Л., Тагучи А. и соавт. Энхансеры β-клеток поджелудочной железы регулируют ритмическую транскрипцию генов, контролирующих секрецию инсулина. Наука. 2015;350:aac4250.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Собел Дж. А., Криер И., Андерсин Т., Рагхав С., Канелла Д., Джиларди Ф. и др. Транскрипционная регуляторная логика суточного цикла в печени мышей.PLoS биол. 2017;15:e2001069.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Yeung J, Mermet J, Jouffe C, Marquis J, Charpagne A, Gachon F, Naef F. Ритмы активности факторов транскрипции и тканеспецифические взаимодействия хроматина объясняют циркадную экспрессию генов в разных органах. Геном Res. 2018;28:182–91.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Reddy AB, Karp NA, Maywood ES, Sage EA, Deery M, O’Neill JS, et al. Циркадная оркестровка печеночного протеома. Карр Биол. 2006; 16:1107–15.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Robles MS, Cox J, Mann M. Количественная протеомика in vivo выявила ключевой вклад посттранскрипционных механизмов в циркадианную регуляцию метаболизма печени. Генетика PLoS. 2014;10:e1004047.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Wang J, Mauvoisin D, Martin E, Atger F, Galindo AN, Dayon L, et al. Ядерная протеомика раскрывает суточные регуляторные ландшафты в печени мышей. Клеточный метаб. 2017;25:102–17.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Роблес М.С., Хамфри С.Дж., Манн М.Фосфорилирование является центральным механизмом циркадного контроля метаболизма и физиологии. Клеточный метаб. 2017;25:118–27.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Vanselow K, Vanselow JT, Westermark PO, Reischl S, Maier B, Korte T, et al. Дифференциальные эффекты фосфорилирования PER2: молекулярная основа семейного синдрома продвинутой фазы сна у человека (FASPS). Гены Дев. 2006; 20: 2660–72.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Xu Y, Padiath QS, Shapiro RE, Jones CR, Wu SC, Saigoh N, et al. Функциональные последствия мутации CKIdelta, вызывающей семейный синдром продвинутой фазы сна. Природа. 2005; 434: 640–4.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Леви А.Дж., Сак Р.Л., Миллер Л.С., Хобан ТМ. Антидепрессант и циркадные фазовые эффекты света. Наука. 1987; 235: 352–4.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Gordijn MC, Beersma DG, Bouhuys AL, Reinink E, Van den Hoofdakker RH. Продольное исследование суточных колебаний настроения при депрессии; характеристики и значение. J Аффективное расстройство. 1994; 31: 261–73.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Kang JE, Lim MM, Bateman RJ, Lee JJ, Smyth LP, Cirrito JR, et al. Динамика бета-амилоида регулируется орексином и циклом сна-бодрствования. Наука.2009; 326:1005–7.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Ng TH, Chung KF, Ho FY, Yeung WF, Yung KP, Lam TH. Нарушение сна и бодрствования при межэпизодном биполярном расстройстве и у лиц с высоким риском: систематический обзор и метаанализ. Sleep Med Rev. 2015; 20:46–58.
ПабМед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Pagani L, St Clair PA, Teshiba TM, Service SK, Fears SC, Araya C и др. Генетический вклад в циркадный ритм активности и фенотипы сна в родословных, сегрегирующих тяжелое биполярное расстройство. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016;13:E754–61.
Артикул КАС Google Scholar
Bahrami-Nejad Z, Zhao ML, Tholen S, Hunerdosse D, Tkach KE, van Schie S, et al. Цепь транскрипции фильтрует колеблющиеся циркадные гормональные входы, чтобы регулировать дифференцировку жировых клеток.Клеточный метаб. 2018;27:854–68.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Пасхос Г.К., Фицджеральд Г.А. Циркадные часы и сосудистая функция. Цирк рез. 2010; 106: 833–41.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Соланас Г., Пейшото Ф.О., Пердигуэро Э., Харди М., Руис-Бонилья В., Датта Д. и др.Состарившиеся стволовые клетки перепрограммируют свои ежедневные ритмические функции, чтобы адаптироваться к стрессу. Клетка. 2017;170:678–92.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Кондратов Р.В., Кондратова А.А., Горбачева В.Ю., Выхованец О.В., Анточ М.П. Раннее старение и возрастные патологии у мышей с дефицитом BMAL1, основного компонента циркадных часов. Гены Дев. 2006; 20:1868–73.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Ван Ю, Куанг З, Ю Х, Рун К.А., Кубо М., Хупер Л.В. Кишечная микробиота регулирует состав тела через NFIL3 и циркадные часы. Наука. 2017; 357:912–6.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Zee PC, Attarian H, Videnovic A. Нарушения циркадного ритма. Континуум (Миннеап Минн). 2013;19(1 Нарушения сна):132–47. https://doi.org/10.1212/01.CON.0000427209.21177.aa.
ПабМед ПабМед Центральный Google Scholar
Джаганнатх А., Тейлор Л., Вакаф З., Васудеван С.Р., Фостер Р.Г. Генетика циркадных ритмов, сна и здоровья. Хум Мол Жене. 2017; 26: Р128–38.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Jones SE, Lane JM, Wood AR, van Hees VT, Tyrrell J, Beaumont RN, et al. Полногеномный анализ ассоциации хронотипа у 697 828 человек дает представление о циркадных ритмах.Нац коммун. 2019;10:343.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Hayasaka N, Hirano A, Miyoshi Y, Tokuda IT, Yoshitane H, Matsuda J, Fukada Y. Киназа 3, индуцируемая солью, регулирует циркадные часы млекопитающих, дестабилизируя белок PER2. Элиф. 2017;6. https://doi.org/10.7554/eLife.24779.
Фунато Х., Миёси С., Фудзияма Т., Канда Т., Сато М., Ван З. и др. Прямой генетический анализ сна у случайно мутировавших мышей.Природа. 2016; 539: 378–83.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Karlsson B, Knutsson A, Lindahl B. Есть ли связь между сменной работой и наличием метаболического синдрома? Результаты популяционного исследования 27 485 человек. Оккупируйте Окружающая среда Мед. 2001; 58: 747–52.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Zhang EE, Liu Y, Dentin R, Pongsawakul PY, Liu AC, Hirota T, et al. Криптохром опосредует циркадную регуляцию передачи сигналов цАМФ и глюконеогенеза в печени. Нат Мед. 2010;16:1152–6.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Jang H, Lee GY, Selby CP, Lee G, Jeon YG, Lee JH и др. Передача сигналов SREBP1c-CRY1 подавляет выработку глюкозы в печени, способствуя деградации FOXO1 во время возобновления питания.Нац коммун. 2016;7:12180.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Lamia KA, Papp SJ, Yu RT, Barish GD, Uhlenhaut NH, Jonker JW, et al. Криптохромы опосредуют ритмическую репрессию глюкокортикоидных рецепторов. Природа. 2011; 480:552–6.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Grimaldi B, Bellet MM, Katada S, Astarita G, Hirayama J, Amin RH, et al.PER2 контролирует метаболизм липидов путем прямой регуляции PPARγ. Клеточный метаб. 2010;12:509–20.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Neufeld-Cohen A, Robles MS, Aviram R, Manella G, Adamovich Y, Ladeuix B, et al. Циркадный контроль колебаний митохондриальных ферментов, ограничивающих скорость, и использование питательных веществ белками PERIOD. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016;113:E1673–82.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Чо Х., Чжао Х., Хатори М., Ю. Р. Т., Бариш Г. Д., Лам М. Т. и др. Регуляция циркадного поведения и метаболизма с помощью REV-ERB-α и REV-ERB-β. Природа. 2012; 485:123–7.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Панда С. Циркадная физиология метаболизма. Наука. 2016; 354:1008–15.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Marcheva B, Ramsey KM, Bur ED, Kobayashi Y, Su H, Ko CH, et al. Нарушение компонентов CLOCK CLOCK и BMAL1 приводит к гипоинсулинемии и диабету. Природа. 2010; 466: 627–31.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Шимба С., Исии Н., Охта Ю., Оно Т., Ватабе Ю., Хаяши М. и др. Мозговой и мышечный Arnt-подобный белок-1 (BMAL1), компонент молекулярных часов, регулирует адипогенез.Proc Natl Acad Sci U S A. 2005; 102:12071–6.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Стабблфилд Дж.Дж., Гао П., Килару Г., Мукадам Б., Терриен Дж., Грин КБ. Временной контроль метаболической амплитуды с помощью Ноктюрнина. Cell Rep. 2018; 22:1225–35.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Dyar KA, Lutter D, Artati A, Ceglia NJ, Liu Y, Armenta D, et al.Атлас суточного метаболизма раскрывает общесистемную координацию и связь между часами. Клетка. 2018; 174:1571–85.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Фрой О. Метаболизм и циркадные ритмы — последствия ожирения. Endocr Rev. 2010; 31:1–24.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Киноути К., Маньян С., Челия Н., Лю Ю., Сервантес М., Пасторе Н. и др. Голодание обеспечивает переключение на альтернативные ежедневные пути в печени и мышцах. Cell Rep. 2018; 25:3299–314.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Хатори М., Фоллмерс С., Зарринпар А., Дитаккио Л., Бушонг Э.А., Гилл С. и соавт. Ограниченное по времени кормление без снижения калорийности предотвращает метаболические заболевания у мышей, которых кормили пищей с высоким содержанием жиров.Клеточный метаб. 2012; 15:848–60.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Chaix A, Zarrinpar A, Miu P, Panda S. Ограниченное по времени кормление является профилактическим и терапевтическим вмешательством при различных проблемах с питанием. Клеточный метаб. 2014;20:991–1005.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Лонго В.Д., Панда С. Голодание, циркадные ритмы и ограниченное по времени питание в здоровой жизни. Клеточный метаб. 2016;23:1048–59.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Мукерджи А., Кобиита А., Дамара М., Мисра Н., Мезиан Х., Чампи М.Ф., Шамбон П. Смещение приема пищи в фазу циркадного отдыха смещает периферические часы с основными часами спинномозговой коры и приводит к метаболическому синдрому. Proc Natl Acad Sci U S A.2015;112:E6691–8.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Mukherji A, Kobiita A, Chambon P. Смещение питания мышей на фазу покоя вызывает метаболические изменения, которые сами по себе сдвигают периферические циркадные часы на 12 часов. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015;112:E6683–90.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Дамиола Ф., Ле Минь Н., Прейтнер Н., Корнманн Б., Флери-Олела Ф., Шиблер У. Ограниченное питание разъединяет циркадианные осцилляторы в периферических тканях от центрального водителя ритма в супрахиазматическом ядре. Гены Дев. 2000;14:2950–61.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Acosta-Rodriguez VA, de Groot MHM, Rijo-Ferreira F, Green CB, Takahashi JS. Мыши с ограничением калорийности самостоятельно накладывают временное ограничение на потребление пищи, как показывает автоматическая система кормления.Клеточный метаб. 2017;26:267–77.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Cedernaes J, Huang W, Ramsey KM, Waldeck N, Cheng L, Marcheva B, et al. Транскрипционная основа ритмического контроля голода и метаболизма в нейроне AgRP. Клеточный метаб. 2019;29:1078–91.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Eckel-Mahan KL, Patel VR, de Mateo S, Orozco-Solis R, Ceglia NJ, Sahar S, et al. Перепрограммирование циркадных часов с помощью диеты. Клетка. 2013; 155:1464–78.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Kohsaka A, Laposky AD, Ramsey KM, Estrada C, Joshu C, Kobayashi Y, et al. Диета с высоким содержанием жиров нарушает поведенческие и молекулярные циркадные ритмы у мышей. Клеточный метаб. 2007; 6: 414–21.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Chen Z, Yoo SH, Park YS, Kim KH, Wei S, Buhr E, et al. Идентификация различных модуляторов центральных и периферических циркадных часов с помощью высокопроизводительного химического скрининга. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012;109:101–6.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Чен З., Ю С.Х., Такахаши Д.С. Разработка и терапевтический потенциал низкомолекулярных модуляторов циркадианных систем. Annu Rev Pharmacol Toxicol. 2018;58:231–52.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
He B, Nohara K, Park N, Park YS, Guillory B, Zhao Z, et al. Небольшая молекула нобилетина воздействует на молекулярный генератор, усиливая циркадные ритмы и защищая от метаболического синдрома.Клеточный метаб. 2016;23:610–21.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Лайтман С.Л., Конвей-Кэмпбелл Б.Л. Решающая роль пульсирующей активности оси HPA для непрерывного динамического равновесия. Нат Рев Нейроски. 2010;11:710–8.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Lee MJ, Pramyothin P, Karastergiou K, Fried SK.Деконструкция роли глюкокортикоидов в биологии жировой ткани и развитии центрального ожирения. Биохим Биофиз Акта. 1842; 2014: 473–81.
Google Scholar
Толедо М., Батиста-Гонсалес А., Мерхеб Э., Аун М.Л., Тарабра Э., Фенг Д. и др. Аутофагия регулирует печеночные часы и метаболизм глюкозы путем деградации CRY1. Клеточный метаб. 2018;28:268–81.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Шайерманн С., Гиббс Дж., Инс Л., Лаудон А. Введение в иммунитет. Нат Рев Иммунол. 2018;18:423–37.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Nguyen KD, Fentress SJ, Qiu Y, Yun K, Cox JS, Chawla A. Циркадный ген Bmal1 регулирует суточные колебания Ly6C(hi) воспалительных моноцитов. Наука. 2013; 341:1483–8.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Suzuki K, Hayano Y, Nakai A, Furuta F, Noda M. Адренергический контроль адаптивного иммунного ответа путем дневной рециркуляции лимфоцитов через лимфатические узлы. J Эксперт Мед. 2016; 213:2567–74.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Шимба А., Цуй Г., Тани-Ичи С., Огава М., Абэ С., Оказаки Ф. и др. Глюкокортикоиды вызывают суточные колебания распределения и ответов Т-клеток, индуцируя рецептор интерлейкина-7 и CXCR4.Иммунитет. 2018;48:286–98.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Друзд Д., Матвеева О., Инс Л., Харрисон У., Хе В., Шмаль С. и соавт. Циркадные часы лимфоцитов контролируют трафик лимфатических узлов и адаптивные иммунные реакции. Иммунитет. 2017;46:120–2.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Беседовский Л., Борн Дж., Ланге Т. Передача сигналов эндогенного глюкокортикоидного рецептора приводит к ритмическим изменениям числа субпопуляций Т-клеток человека и экспрессии хемокинового рецептора CXCR4. FASEB J. 2014; 28:67–75.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Abe Abe, Tani-ichi S, Shitara S, Cui G, Yamada H, Miyachi H, et al. Энхансер локуса α-цепи рецептора IL-7 контролирует экспрессию рецептора IL-7 и поддержание периферических Т-клеток.Дж Иммунол. 2015;195:3129–38.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Кертис А.М., Беллет М.М., Сассон-Корси П., О’Нил Л.А. Белки циркадных часов и иммунитет. Иммунитет. 2014;40:178–86.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Curtis AM, Fagundes CT, Yang G, Palsson-McDermott EM, Wochal P, McGettrick AF, et al.Циркадный контроль врожденного иммунитета в макрофагах с помощью миР-155, нацеленной на Bmal1. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015;112:7231–6.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Sutton CE, Finlay CM, Raverdeau M, Early JO, DeCourcey J, Zaslona Z, et al. Потеря молекулярных часов в миелоидных клетках усугубляет опосредованное Т-клетками аутоиммунное заболевание ЦНС. Нац коммун. 2017; 8:1923.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Early JO, Menon D, Wyse CA, Cervantes-Silva MP, Zaslona Z, Carroll RG, et al. Белок циркадных часов BMAL1 регулирует IL-1β в макрофагах через NRF2. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018;115:E8460–8.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Чжао Ю., Лю М., Чан С.Ю., Тан С.Ю., Субраманиам С., Фань Ю. и др. Раскрытие тайны противоположных циркадных ритмов между мышиными и человеческими лейкоцитами у гуманизированных мышей.Кровь. 2017; 130:1995–2005.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Zaslona Z, Palsson-McDermott EM, Menon D, Haneklaus M, Flis E, Prendeville H, et al. Индукция про-ИЛ-1β липополисахаридом требует продукции эндогенного простагландина Е2. Дж Иммунол. 2017;198:3558–64.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Хопвуд Т.В., Холл С., Бегли Н., Форман Р., Браун С., Вонслоу Р. и др. Циркадный регулятор BMAL1 программирует реакцию на заражение паразитическими червями через часы дендритных клеток. Научный доклад 2018; 8: 3782.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Majumdar T, Dhar J, Patel S, Kondratov R, Barik S. Фактор циркадной транскрипции BMAL1 регулирует врожденный иммунитет против некоторых РНК-вирусов. Врожденный иммун.2017;23:147–54.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Ehlers A, Xie W, Agapov E, Brown S, Steinberg D, Tidwell R, et al. BMAL1 связывает циркадные часы с вирусной патологией дыхательных путей и фенотипами астмы. Иммунол слизистых оболочек. 2018;11:97–111.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Фернандес Альфонсо Т., Челентано А.М., Гонсалес Каппа С.М., Голомбек Д.А.Циркадная система мышей, инфицированных Trypanosoma cruzi . Хронобиол Инт. 2003; 20:49–64.
ПабМед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Рихо-Феррейра Ф., Карвалью Т., Афонсу К., Санчес-Ваз М., Коста Р.М., Фигейреду Л.М., Такахаши Х.С. Сонная болезнь — это циркадное расстройство. Нац коммун. 2018;9:62.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Cavadini G, Petrzilka S, Kohler P, Jud C, Tobler I, Birchler T, Fontana A. TNF-альфа подавляет экспрессию часовых генов, вмешиваясь в транскрипцию, опосредованную E-box. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007; 104:12843–8.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Рихо-Феррейра Ф., Такахаши Дж.С., Фигейреду Л.М. Суточные ритмы паразитов. PLoS Патог. 2017;13:e1006590.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Thaiss CA, Zeevi D, Levy M, Zilberman-Schapira G, Suez J, Tengeler AC, et al. Транскрипционный контроль суточных колебаний микробиоты способствует метаболическому гомеостазу. Клетка. 2014;159:514–29.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Таисс К.А., Леви М., Корем Т., Дохналова Л., Шапиро Х., Джайтин Д.А., и соавт. В программах суточной ритмичности микробиоты транскриптомные колебания. Клетка. 2016; 167:1495–510.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Леоне В., Гиббонс С.М., Мартинес К., Хатчисон А.Л., Хуан Э.Ю., Чам С.М. и др. Влияние суточных колебаний кишечных микробов и питания с высоким содержанием жиров на функцию циркадных часов и метаболизм хозяина. Клеточный микроб-хозяин. 2015;17:681–9.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Godinho-Silva C, Domingues RG, Rendas M, Raposo B, Ribeiro H, da Silva JA, et al. Светововлекаемые и настраиваемые мозгом циркадные цепи регулируют ILC3 и гомеостаз кишечника. Природа. 2019; 574: 254–8.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Montaigne D, Marechal X, Modine T, Coisne A, Mouton S, Fayad G, et al. Дневная вариация периоперационного повреждения миокарда в кардиохирургии и его профилактика с помощью антагонизма rev-Erbα: одноцентровое когортное исследование с сопоставлением склонности и рандомизированное исследование.Ланцет. 2018; 391:59–69.
ПабМед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Кертис А.М., Ченг Ю., Капур С., Рейли Д., Прайс Т.С., Фицджеральд Г.А. Циркадные колебания артериального давления и сосудистый ответ на асинхронный стресс. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007; 104:3450–5.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Sitaula S, Billon C, Kamenecka TM, Solt LA, Burris TP. Подавление атеросклероза синтетическим агонистом REV-ERB. Biochem Biophys Res Commun. 2015; 460: 566–71.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Huo M, Huang Y, Qu D, Zhang H, Wong WT, Chawla A, et al. Миелоидная делеция Bmal1 увеличивает рекрутирование моноцитов и усугубляет атеросклероз. FASEB J. 2017; 31:1097–106.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Yang G, Chen L, Grant GR, Paschos G, Song WL, Musiek ES, et al. Время экспрессии основного гена часов Bmal1 влияет на его влияние на старение и выживание. Sci Transl Med. 2016;8:324ra316.
Google Scholar
Brancaccio M, Patton AP, Chesham JE, Maywood ES, Hastings MH. Астроциты контролируют циркадное хронометраж в супрахиазматическом ядре посредством глутаматергической передачи сигналов. Нейрон. 2017;93:1420–35.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Цо К.Ф., Саймон Т., Гринлоу А.С., Пури Т., Миеда М., Херцог Э.Д. Астроциты регулируют суточные ритмы в супрахиазматическом ядре и поведение. Карр Биол. 2017;27:1055–61.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Бранкаччо М., Эдвардс М.Д., Паттон А.П., Смилли Н.Дж., Чешам Д.Е., Мэйвуд Э.С., Гастингс М.Х. Автономные клеточные часы астроцитов управляют циркадным поведением у млекопитающих. Наука. 2019; 363: 187–92.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Mure LS, Le HD, Benegiamo G, Chang MW, Rios L, Jillani N, et al. Атлас суточного транскриптома примата по основным нервным и периферическим тканям. Наука. 2018;359. https://doi.org/10.1126/science.aao0318.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Наказато Р., Кавабе К., Ямада Д., Икено С., Миеда М., Шимба С. и др. Нарушение Bmal1 нарушает целостность гематоэнцефалического барьера из-за дисфункции перицитов. Дж. Нейроски. 2017;37:10052–62.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Чжан С.Л., Юэ З., Арнольд Д.М., Артюшин Г., Сегал А. Циркадные часы в гематоэнцефалическом барьере регулируют отток ксенобиотиков. Клетка. 2018;173:130–9.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
ЛеГейтс Т.А., Фернандес Д.К., Хаттар С. Свет как центральный модулятор циркадных ритмов, сна и аффекта. Нат Рев Нейроски. 2014; 15:443–54.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Fernandez DC, Fogerson PM, Lazzerini Ospri L, Thomsen MB, Layne RM, Severin D, et al. Свет влияет на настроение и обучение через различные пути сетчатки-мозга. Клетка. 2018; 175:71–84.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Фу Л., Кеттнер Н.М. Циркадные часы в развитии рака и терапии. Prog Mol Biol Transl Sci. 2013; 119: 221–82.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Фу Л., Ли К.С. Циркадные часы: кардиостимулятор и супрессор опухоли. Нат Рев Рак. 2003; 3: 350–61.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Ю Э.А., Уивер Др. Нарушение циркадных часов: влияние генов на старение, рак и другие фенотипы. Старение (Олбани, штат Нью-Йорк). 2011;3:479–93.
КАС Статья Google Scholar
Altman BJ, Hsieh AL, Sengupta A, Krishnaiah SY, Stine ZE, Walton ZE, et al. MYC нарушает циркадные часы и метаболизм в раковых клетках. Клеточный метаб. 2015;22:1009–19.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Bu Y, Yoshida A, Chitnis N, Altman BJ, Tameire F, Oran A, et al. Ось PERK-миР-211 подавляет циркадные регуляторы и синтез белка, способствуя выживанию раковых клеток. Nat Cell Biol. 2018;20:104–15.
КАС пабмед Статья Google Scholar
Peek CB, Levine DC, Cedernaes J, Taguchi A, Kobayashi Y, Tsai SJ, et al. Взаимодействие циркадных часов с HIF1α опосредует оксигенный метаболизм и анаэробный гликолиз в скелетных мышцах.Клеточный метаб. 2017;25:86–92.
КАС пабмед Статья Google Scholar
Ву И, Тан Д, Лю Н, Сюн В, Хуан Х, Ли И и др. Реципрокная регуляция между циркадными часами и передачей сигналов гипоксии на уровне генома у млекопитающих. Клеточный метаб. 2017;25:73–85.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Адамович Ю., Ладе Б., Голик М., Кёнерс М.П., Ашер Г.Ритмичные уровни кислорода сбрасывают циркадные часы через HIF1α. Клеточный метаб. 2017;25:93–101.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Walton ZE, Patel CH, Brooks RC, Yu Y, Ibrahim-Hashim A, Riddle M, et al. Кислота приостанавливает циркадные часы при гипоксии за счет ингибирования mTOR. Клетка. 2018; 174:72–87.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Кондратова А.А., Кондратов Р.В. Циркадные часы и патология стареющего мозга. Нат Рев Нейроски. 2012;13:325–35.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Чен С.И., Логан Р.В., Ма Т., Льюис Д.А., Ценг Г.К., Сибилль Э., МакКлунг К.А. Влияние старения на циркадные паттерны экспрессии генов в префронтальной коре человека. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016;113:206–11.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Накамура Т.Дж., Накамура В., Ямадзаки С., Кудо Т., Катлер Т., Колвелл К.С., Блок Г.Д. Возрастное снижение циркадного выброса. Дж. Нейроски. 2011;31:10201–5.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Sato S, Solanas G, Peixoto FO, Bee L, Symeonidi A, Schmidt MS, et al. Циркадное перепрограммирование в печени определяет метаболические пути старения. Клетка. 2017; 170: 664–77.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Хорват С., Радж К. Биомаркеры на основе метилирования ДНК и теория старения с помощью эпигенетических часов. Нат Рев Жене. 2018;19:371–84.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
О Г., Эбрахими С., Карлуччи М., Чжан А., Наир А., Грут Д.Е. и др. Модификации цитозина демонстрируют циркадные колебания, которые участвуют в эпигенетическом разнообразии и старении. Нац коммун. 2018;9:644.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Ро Дж. Х., Хуан И, Беро А. В., Кастен Т., Стюарт Ф. Р., Бейтман Р. Дж., Хольцман Д. М. Нарушение цикла сон-бодрствование и суточные колебания β-амилоида у мышей с патологией болезни Альцгеймера. Sci Transl Med. 2012;4:150ra122.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Hastings MH, Goedert M. Циркадные часы и нейродегенеративные заболевания: время агрегировать? Курр Опин Нейробиол. 2013;23:880–7.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Кресс Г.Дж., Ляо Ф., Димитри Дж., Седено М.Р., Фитцджеральд Г.А., Хольцман Д.М., Мусик Э.С. Регуляция динамики и патологии амилоида-β с помощью циркадных часов. J Эксперт Мед. 2018; 215:1059–68.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Musiek ES, Bhimasani M, Zangrilli MA, Morris JC, Holtzman DM, Ju YS.Циркадные изменения паттерна отдыха-активности при старении и доклинической болезни Альцгеймера. ДЖАМА Нейрол. 2018;75:582–90.
ПабМед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Рубен М.Д., Смит Д.Ф., Фитцджеральд Г.А., Хогенеш Дж.Б. Время дозирования имеет значение. Наука. 2019; 365: 547–9.
КАС пабмед Статья ПабМед Центральный Google Scholar
Cederroth CR, Albrecht U, Bass J, Brown SA, Dyhrfjeld-Johnsen J, Gachon F, et al.Медицина в четвертом измерении. Клеточный метаб. 2019;30:238–50.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Anafi RC, Francey LJ, Hogenesch JB, Kim J. ЦИКЛОП раскрывает транскрипционные ритмы человека в норме и при болезни. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017;114:5312–7.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Selfridge JM, Gotoh T, Schiffhauer S, Liu J, Stauffer PE, Li A, et al. Хронотерапия: интуитивная, обоснованная, обоснованная… но не широко применяемая. Наркотики. 2016;76:1507–21.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Zhang R, Lahens NF, Ballance HI, Hughes ME, Hogenesch JB. Атлас циркадной экспрессии генов у млекопитающих: значение для биологии и медицины. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111:16219–24.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Лонг Дж. Э., Дрейсон М. Т., Тейлор А. Е., Толлнер К. М., Лорд Дж. М., Филлипс А. С. Утренняя вакцинация усиливает реакцию антител по сравнению с дневной вакцинацией: кластерное рандомизированное исследование. вакцина. 2016; 34: 2679–85.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Рихо-Феррейра Ф., Пинту-Невес Д., Барбоза-Морайс Н.Л., Такахаши Х.С., Фигейреду Л.М.Метаболизм Trypanosoma brucei находится под циркадным контролем. Нат микробиол. 2017;2:17032.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Банерджи С., Ван Ю., Солт Л.А., Гриффет К., Казанцис М., Амадор А. и др. Фармакологическое воздействие на часы млекопитающих регулирует архитектуру сна и эмоциональное поведение. Нац коммун. 2014;5:5759.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Rey G, Valekunja UK, Feeney KA, Wulund L, Milev NB, Stangherlin A, et al. Пентозофосфатный путь регулирует циркадные часы. Клеточный метаб. 2016; 24:462–73.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Hughes ME, DiTacchio L, Hayes KR, Vollmers C, Pulivarthy S, Baggs JE, et al. Гармоники транскрипции циркадных генов у млекопитающих. Генетика PLoS. 2009;5:e1000442.
ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google Scholar
Vollmers C, Gill S, DiTacchio L, Pulivarthy SR, Le HD, Panda S. Время кормления и внутренние циркадные ритмы привода часов в экспрессии генов печени. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009;106:21453–8.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Zhu B, Zhang Q, Pan Y, Mace EM, York B, Antoulas AC, et al. Клетко-автономные 12-часовые часы млекопитающих координируют метаболические и стрессовые ритмы. Клеточный метаб.2017;25:1305–19.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Ди Франческо А., Ди Германио С., Бернье М., де Кабо Р. Время поститься. Наука. 2018;362:770–5.
ПабМед Статья КАС ПабМед Центральный Google Scholar
Лян Х, Бушман Ф.Д., Фитцджеральд Г.А. Ритмичность кишечной микробиоты регулируется полом и циркадными часами хозяина.Proc Natl Acad Sci U S A. 2015;112:10479–84.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google Scholar
Джеффри Холл | Факультет | Кафедра биологии
Hall JC (2000) Cryptochrome: сенсорная рецепция, трансдукция и функции часов, обслуживающие циркадные системы. Курс. мнение Нейробиол. 10: 456-466.
Park JH, Helfrich-Förster C., Lee GH, Liu L., Rosbash M. и Hall JC (2000) Дифференциальная регуляция выходного сигнала циркадного водителя ритма отдельными генами часов у Drosophila . Проц. Нац. акад. науч. США 97 : 3608-3613.
Эмери П., Станевски Р., Холл Дж. К. и Росбаш М. (2000) Уникальный фоторецептор циркадного ритма. Природа 404 : 456-457.
Эмери П., Станевски Р., Helfrich-Föster C., Emery-Le M., Hall J.C. и Rosbash M. (2000) Drosophila CRY представляет собой циркадный фоторецептор глубокого мозга. Нейрон 26 :493-504.
Канеко М. и Холл Дж. К. (2000) Нейроанатомия клеток, экспрессирующих часовые гены у Drosophila : трансгенные манипуляции с периодом и вневременными генами для маркировки перикарий циркадных нейронов водителя ритма и их проекций. Дж. Комп. Нейрол. 422 : 66-94.
Goodwin SF, Taylor BJ Villella A., Foss M., Ryner LC, Baker BS, and Hall JC (2000) Мутации в бесплодном гене Drosophila melanogaster , вызывающие аберрантный сплайсинг или измененное пространственное распределение fru ‘ s специфические для пола паттерны экспрессии. Генетика 154 : 725-745.
Ли Г., Фосс М., Гудвин С.Ф., Карло Т., Тейлор Б.Дж. и Холл Дж.К. (2000) Пространственные, временные и половые диморфные паттерны экспрессии бесплодного гена в ЦНС Drosophila . J. Нейробиол. 43: 404-426.
Ли Г. и Холл Дж. К. (2001) Аномалии экспрессии мужского белка FRU и серотонина в центральной нервной системе бесплодных мутантов у дрозофилы . J. Neurosci. 21: 513-526.
Ли Г., Виллелла А., Тейлор Б.Дж. и Холл Дж.К. (2001) Новые репродуктивные аномалии у бесплодных -мутантных самцов дрозофилы : чрезмерное удлинение продолжительности спаривания и бесплодие коррелируют с дефектной серотонинергической иннервацией репродуктивных органов. J. Нейробиол. 47 : 121-149.
Бейкер Б. С., Тейлор Б. Дж. и Холл Дж. К. (2001) Задается ли сложное поведение специальными регуляторными генами? Рассуждение из Дрозофилы . Сотовый 105 : 13-24.
Helfrich-Forster C., Winter C., Hofbauer A., Hall JC и Stanewsky R. (2001) Циркадные часы Drosophila слепы после устранения всех известных фоторецепторов. Нейрон . 30 : 249-261.
Кришнан Б., Левин Дж. Д., Линч К. С., Доус Х. Б., Фунес П., Холл Дж. К., Хардин П. Э. и Драйер С. Э. (2001) Новая роль криптохрома в циркадианном генераторе Drosophila . Природа . 411 : 313-317.
Кампесан С., Дуброва Ю., Холл Дж.К. и Кириаку С.П. (2001) Ген nonA в Drosophila передает видоспецифические поведенческие характеристики. Генетика 158 : 1535-1543.
Стемпфл, Т., Vogel M., Szabo G., Wülbeck C., Liu J., Hall JC и Stanewsky R. (2002) Идентификация энхансеров и генов, регулируемых суточными часами, Drosophila melanogaster путем мобилизации транспозонов с использованием люциферазы светлячка в качестве репортер. Генетика 160 : 571-593.
Чан Б., Виллелла А., Фунес П. и Холл Дж. К. (2002) Ухаживание и другое поведение, затронутое чувствительной к теплу, молекулярно новой мутацией в гене какофонии кальциевого канала дрозофилы . Генетика 162 : 135-153.
Левин Дж. Д., Фунес П., Доуз Х. Б. и Холл Дж. К. (2002) Сброс циркадных часов с помощью социального опыта у Drosophila melanogaster . Наука 298 : 2010-2012.
Hall J.C. (2003) Генетика и молекулярная биология ритмов у Drosophila и других насекомых. Доп. Гене . 48 : 1-286.
Пэн Ю., Столеру Д., Левин Дж. Д., Холл Дж.C., and Rosbash M. (2003) Drosophila свободные ритмы требуют межклеточной коммуникации. Паб. Либ. науч. биол. 1 : 32-40.
Hall JC (2003) Манифест нейрогенетика. Дж. Нейрогенет . 17 :1-90.
Велери С., Брандес К., Хелфрих-Фёрстер К., Холл Дж. К. и Станевски Р. (2003) Самоподдерживающийся, светововлекаемый циркадный генератор в мозге Drosophila . Курс. биол. 13: 1758-1767.
Шафер О., Левин Дж. Д., Трумэн Дж. В. и Холл Дж. К. (2004) Ночные мухи: влияние изменения продолжительности дня на циркадные часы дрозофилы . Курс. биол. 14: 424-432.
Чой Ю., Ли Г., Холл Дж. К. и Пак Дж. Х. (2005)Клонирование и анализ экспрессии генов, кодирующих коразонин, у видов Drosophila и функциональное понимание нейронов, экспрессирующих коразонин. Дж. Комп. Нейрол. 482: 372-385.
Холл Дж.C. (2005) Системные подходы к биологическим ритмам у Drosophila. Методы Фермент. 393: 61-185.
Маноли Д.С., Фосс М., Виллелла А., Тейлор Б.Дж., Холл Дж.К. и Бейкер Б.С. (2005) Специфичный для самцов бесплодный определяет нейронные субстраты дрозофилы брачного поведения. Природа 436: 395-400.
Виллелла А., Ферри С.Л., Кристал Дж.Д. и Холл Дж.К. (2005) Функциональный анализ бесплодной экспрессии генов с помощью трансгенных манипуляций ухаживания Drosophila . Проц. Нац. акад. науч. США . 102: 16550-16557.
Kadener S, Villella A, Kula E, Palm K, Pyza E, Botas J, Hall JC, Rosbash M. (2006) Экспрессия нейротоксического белка выявляет связь между суточными часами и поведением при спаривании у Drosophila . Proc Natl Acad Sci U S A. 5 сентября 2006 г .; 103 :13537-42.
Виллелла А., Пейр Дж. Б., Айгаки Т., Холл Дж. К. (2006) Дефектный перенос материалов семенной жидкости во время спаривания полуфертильных бесплодных мутантов у Drosophila .J Comp Physiol A Neuroethol Sens Neural Behav Physiol. 2006 декабрь; 192 :1253-69.
СОДЕРЖАНИЕ Главная страница Динамическое развитие Основы развития Биология Гаметогенез От спермы и яйцеклетки до эмбриона Генетическая регуляция развития Организация многоклеточного Эмбрион Создание разнообразия ячеек Динамическое развитие в Взгляд Учебные ресурсы Исследовательские ресурсы Журнал биологии развития Клуб Учебное пособие по биологии развития | Революция в молекулярной биологииРеволюция в молекулярной биологии в середине двадцатого века предоставил средства для изучения роли генов в развитии, которые Уилсон и его современникам недоставало.Ключевой технологический прогресс для исследования генным контролем развития была возможность изолировать и клонировать гены. Затем можно было бы оценить роли, которые отдельные гены играют в развитии. напрямую. Паттерны экспрессии отдельных генов можно было проследить. путем отслеживания продуктов их экспрессии в зародыше. Анализы экспрессии специфических генов во время развития выявили области тех генов, которые регулируют их экспрессию и идентифицировали белки в ядрах эмбриональных клеток, которые взаимодействуют с этими областями генов, обеспечивающих их регуляцию.Кроме того, регулирующие каскады было продемонстрировано, какие гены раннего действия кодируют ядерные белки, регулируют гены, которые экспрессируются позже. Большая часть современных исследований в области биологии развития связана с попытками понимать клеточные и межклеточные события, которые сигнализируют ядру экспрессировать гены или инициировать последовательность экспрессии генов. Среди самых мощных методик на вооружении современных биологов это возможность вводить клонированные гены в эмбрионы и оценивать их эффекты на развитие.Другим крупным достижением стала разработка методов устранить или «выбить» определенные гены и определить эффекты на развитие. Эти два метода позволяют исследователям непосредственно проверять Роль отдельных генов в развитии. Молекулярная биология получила очень мощный инструмент для облегчения исследования нуклеиновых кислот при полимеразной цепной реакции ( ПЦР ) был развит. Этот метод позволяет исследователям усиливать определенные последовательности ДНК во много раз из незначительного количества исходного материала с использованием олигонуклеотида праймеры, которые фланкируют интересующий участок ДНК.ПЦР не только способствовала клонирование генов, но оно предоставило биологам развития новый инструмент для изучить РНК эмбрионов. Известно, что из-за своего небольшого размера эмбрионы плохие источники РНК. Это не критично, если можно собрать очень большое количество синхронно развивающихся эмбрионов. Однако это не всегда возможно. Модификация метода ПЦР, называемая ОТ-ПЦР, Выделяют РНК, делают кДНК-копию РНК с помощью фермента, обратного Затем транскриптаза и кДНК многократно амплифицируются с помощью ПЦР.Таким образом, практически неограниченное количество ДНК, представляющей РНК в конкретном стадии развития или из определенной области эмбриона. Дрозофила : Молекулярный Розеттский каменьЭра молекулярной биологии принесла с собой беспрецедентные возможности для понимания того, как происходит развитие. Его самые мощные приложения и большая часть взрывного прогресса в современной биологии развития приходит, когда молекулярная биология сочетается с генетическим анализом.Давайте исследуем пример этого синергизма, рассматривая развитие глаза плодовая муха, Drosophila melanogaster . Глаз дрозофилы представляет собой так называемый сложный глаз , состоящий несколько граней с фоторецепторами, которые обнаруживают свет и передают свет изображения в мозг. Хотя его структура сильно отличается от человеческого глаза и от простых фоторецепторов примитивных червей, глаза дрозофилы выполняют по существу ту же функцию, что и делать в этих других организмах.
Доказательства, позволяющие ответить на некоторые из этих вопросов, получены в результате изучения мутаций. в гене под названием безглазый у дрозофилы. Эти мутации могут либо вызывают дефицит глаз, либо полностью устраняют глаза. Более того, эктопическая экспрессия безглазого (т.е. экспрессия гена в аномальное расположение) может привести к образованию ткани сетчатки в тех места. Таким образом, экспрессия аллеля дикого типа безглазого является необходимые для развития глаз. Этот ген является по крайней мере одним из генов, способен запускать события, которые приводят к образованию глаз. Мутации, которые уменьшают или устраняют глаза, также наблюдались у млекопитающих.К ним относятся Small Eye у мышей и Aniridia у людей. молекулярный анализы показали, что эти гены имеют существенное сходство в их нуклеотидные последовательности к гену Drosophila Eyeless . Эти сходство, по-видимому, возникло из-за того, что дрозофила , мыши и все люди произошли от предков с похожим геном. Гены, которые разделяют существенным сходством называются гомологичных генов или гомологов .Эти гены, контролирующие развитие глаз, являются членами семейства генов позвонил Пакс-6 . Гомолог Pax-6 обнаружен в организмах столь же разнообразны, как млекопитающие, кальмары, асцидии, насекомые, головоногие и немертины (Гальдер и др. , 1995; Томарев и др. , 1997). Pax-6 теперь признан главным контрольным геном для производства глаз у животных всех видов. Гены Pax-6 в различных организмах настолько похожи по своим функциям, что выражение мыши Маленький глаз ген вызовет образование эктопических глаз у дрозофилы .Несмотря на то что детали развития глаз резко различаются от одного вида к другому, их спецификация зависит от экспрессии гена Pax-6 . Pax-6 Гены являются регуляторами транскрипции генов. Таким образом, они должны имеют гены-мишени, которые опосредуют их роль в качестве генов основного контроля. По факту, сложный каскад событий, который приводит к образованию глаза, запускается Экспрессия гена Pax-6 . Различия между этими последующими событиями приведет к различной морфологии глаз.Один из этих нижестоящих генов у дрозофилы есть глаза отсутствуют , у которых тоже есть гомологи у позвоночные (Xu и др. ., 1997). Мы описали, как анализ мутации, контролирующей формирование глаз у дрозофилы привело к открытию семейства генов который контролирует формирование глаз у других организмов и способствовал открытию последовательности событий, кульминацией которых является формирование этих важнейших органов. Это всего лишь один из примеров того, как сравнение между генами в Дрозофила и другие организмы помогли распутать генетические основой для основных процессов развития и привести к беспрецедентному прогрессу в понимании эмбрионального развития. Дрозофила приобрела роль эталонного организма благодаря открытию большого количества мутации, влияющие на определенные процессы развития, и через обширные анализ аномалий, которые они вызывают, и роли их дикого типа аналоги в нормальном развитии. Таким образом, биологи развития могут идентифицировать ген, влияющий на развитие в одном организме, таком как Drosophila , и использовать его для поиска генов в другие организмы. Этот подход аналогичен процессу, который привел к расшифровка древнеегипетской письменности с помощью Розетты Камень.Камень, написанный в 196 г. до н.э. и обнаруженный в 1799 г. возле приморского города Розетта в Нижнем Египте есть такая же надпись. написано тремя способами: греческим, иероглифами и демотическим, то есть курсивом. письменность, полученная из иероглифов. Сравнивая иероглифическое и демотическое текстов к греческому тексту, была раскрыта основа древнеегипетской письменности. Сравнение нуклеотидных последовательностей генов между дальнеродственными организмы оказали такое же глубокое влияние на биологию развития как Розеттский камень для понимания древнеегипетской письменности. Среди наиболее поразительных мутаций Drosophila те, которые влияют на основной план тела мухи. Генетики поняли, что эти мутации были ценны для понимания того, как гены регулируют процесс развития. Тело дрозофилы состоит из трех основных отделов: головы, грудной клетки и живот. Выявлены мутации, изменяющие процессы развития образовавших эти регионы. Такие изменения означают, что аллели дикого типа из этих мутаций ответственны за контроль формирования эмбриона на очень базовом уровне. Например, была обнаружена группа генов, отвечающих за с указанием определяющей характеристики мух ( двукрылых ): одна пара крыльев. Грудная клетка насекомых состоит из трех сегментов: переднегрудь, среднегрудь и заднегрудь. На каждом сегменте имеется пара ног, а среднегрудь также имеет пару крыльев. Большинство насекомых также имеют пару крыльев на заднегрудь, но у двукрылых вместо пары уравновешивающих органы, называемые жужжальцами, которые выглядят как рудиментарные крылья.Мутации некоторые гены комплекса bithorax дрозофилы могут производить четырехкрылое существо, у которого жужжальца заменены второй парой крыльев. Таким образом, клетки в одной области мухи ведут себя так, как если бы они находились в Другая. Это так называемая гомеотическая трансформация . Мутации ответственные за такое превращение, называются гомеозисными мутациями. Эдвард Б. Льюис в Калифорнийском технологическом институте подробно изучал генетическая основа гомеотических превращений. (см. Браудер и др. , 1991, рис. 1.6; Гилберт, рис. 14.29; Калтхофф, рис. 21.32; Шостак, рис. 22.8; Вольперт и др. , рис. 5.36) Льюис обнаружил, что комплекс bithorax состоит из семейства генов, контролирующих сегментацию задней части грудной клетки и брюшка вдоль передне-задняя ось тела. Еще один комплекс, связанный с комплекс bithorax , комплекс антеннопедия , сегмент управления идентичность в голове и передней части грудной клетки.Одно из важнейших открытий что сделал Льюис, заключалось в том, что гены в начале этих комплексов контролируют самые передние сегменты тела, в то время как гены находятся дальше по генетической карта контролирует все больше задних сегментов. Это коллинеарность принцип . Льюис также показал, что эти гены имеют перекрывающиеся домены и что взаимодействия между ними необходимы для уточнения развития отдельных сегменты тела (Lewis, 1978). Гомеозисные гены дрозофилы впоследствии были клонированы и использованы для идентификации их гомологов (т. генов HOX ) у высших организмов.Единый кластер гомеозисных генов в Дрозофила была продублирована в ходе эволюции, что привело к четыре комплекса генов HOX у млекопитающих. Сохранение гена комплексы настолько полны, что гены HOX гена скопления млекопитающих встречаются в том же порядке, что и у дрозофилы и демонстрируют перекрывающиеся домены экспрессии вдоль передне-заднего оси тела в соответствии с принципом колинеарности. Очевидно, что основной план тела дрозофилы контролируется генетически.Таким образом, систематический и всесторонний поиск генов, определяющих план тела (так называемые генов формирования паттерна ) должен обеспечивать средство для открытия схемы формирования мухи. В 1980 году два немецкие ученые Кристиана Нюсляйн-Фольхард и Эрик Вишаус, опубликовал первые результаты такого поиска, выявившего и охарактеризовавшего многие гены, отвечающие за основной план тела дрозофилы . Эти гены контролируют передне-задний план тела и определяют сегменты из которых образуются основные участки тела.Эти образования шаблона гены были клонированы, что позволило исследователям сравнить их с их аналоги в других организмах. Эти исследования показали, что большая часть гены формирования паттерна дрозофилы имеют гомологи как в высших и низшие организмы. Они могут не играть точно такую же роль у людей, как они есть у мух, но они являются критическими компонентами генетического инструментария что необходимо для построения сложного организма. Подобно гену Pax-6 , многие гены формирования паттерна было показано, что они кодируют белки, которые регулируют экспрессию других гены.14 ячеек. Координация деятельность и местонахождение такого количества клеток является монументальной задачей логистика. Каждая клетка имеет свое место и особую роль в тело. Без координации возникнет хаос. Производство эмбрионов форма и структура (морфогенез) зависят от согласованной деятельности из многих клеток. Клетки должны часто перемещаться на относительно большие расстояния в пределах эмбриона, и как только они прибудут в конечный пункт назначения, они должны установить стабильные многоклеточные структуры с определенной морфологией и функции.Эти действия требуют, чтобы клетки имели возможность контролировать форму и эффективно взаимодействовать с окружающей средой. Понимание того, как отдельные клетки приобретают свое местоположение, форму и функции во время развитие также является монументальной задачей. Клеточная биология предоставила инструменты для изучения клеточного поведения во время развития, и биологи развития воспользовались возможностями, которые эти технологии предоставляют для понимания как идет развитие. Эффективные взаимодействия клеток как с их неклеточной средой и другие клетки играют ключевую роль в координации клеточной активности.Чтобы взаимодействуют с окружающей средой, клетки должны воспринимать сигналы и иметь способность адекватно реагировать. Эти сигналы часто представляют собой большие молекулы. такие как пептиды или большие белки, которые не могут проникнуть в клетку-мишень. Следовательно, клетки должны иметь на своей поверхности рецепторы, позволяющие им обнаруживать эти молекулы в своем окружении и преобразовывают те внешние сигналы в сигналы, которые могут быть переданы внутрь клетки. Сигналы часто передаются внутри клетки от одной молекулы к другой множество раз прежде чем они достигнут своего конечного пункта назначения, который может быть либо ядром или цитоплазматическая органелла.Это называется преобразованием сигнала . каскад . Наиболее часто используемые каскады включают последовательность фосфорилирования. Фосфорилирование может быть похоже на двоичный переключатель, который изменяет молекулярную функцию. По мере того как фосфорилируется каждый последующий член каскада, он, в свою очередь, — фосфорилирует следующий член. Глубокие изменения в клетках могут быть произведены когда сигнал поступает в ядро и либо активирует, либо репрессирует экспрессия определенного гена. Таково следствие сигнализации ростом факторы эмбриональной индукции. Мутации генов, кодирующих белки этой системы, могут возникать позже в жизни и дерегулировать клеточную функцию, особенно контроль роста, что приводит к раку. Парадоксально, что система, которая так важна для координации рост клеток во время эмбрионального развития также может быть настолько разрушительным в более позднем возрасте. жизнь, если он выйдет из строя. Актуальная наукаБиология развития исследует непрерывность самой жизни. По мере того, как мы приобретаем более глубокое понимание процесса развития, мы не только удовлетворяем наше любопытство к одному из самых увлекательных и элегантных процессов в природы, но мы приобретаем дополнительные инструменты, которые позволяют нам вмешиваться, как никогда раньше в репродуктивном процессе. Дивный новый мир клонирования животныхЭксперименты Дриша по отделению бластомеров морского ежа привели к представление о том, что ядра бластомеров на стадии дробления сохраняют всю генетическую репертуара, необходимого для программирования развития полного организм. Сохранение полного потенциала развития на стадии дробления ядра называется тотипотентностью . Начиная с первоначального наблюдения Дриша, исследователи пытались выяснить, теряется ли потенция по мере развития доход.В 1950-х годах Роберт Бриггс и Томас Кинг разработали элегантную процедура проверки ядерной активности с использованием лягушки Rana pipiens . Путем трансплантации ядер из клеток эмбрионов в энуклеированную лягушку яйца, Бриггс и Кинг продемонстрировали, что эмбриональные ядра остаются тотипотентными. во время расщепления, но эта активность постепенно теряется по мере развития прошедших стадию расщепления. Они также продемонстрировали, что множественные тотипотентные ядра одного эмбриона могут быть трансплантированы в несколько энуклеированных яйца для производства нескольких особей, которые были генетически идентичными.Таким образом, донорский эмбрион может быть клонирован. Различные исследователи пытались продемонстрировать, являются ли клетки эмбрионов более поздних стадий, головастиков или даже взрослых особей сохраняют тотипотентность. Принято считать, что ядра в конечном итоге подвергаются изменения во время клеточной дифференцировки настолько резкие, что они не могут уговорить повторить полную программу развития. Исследователи показали, что клетки взрослых млекопитающих можно перепрограммировать. заменить ядро зиготы, что позволяет клонировать овец и мыши (Campbell et al., 1996; Вакаяма и др. , 1998). Таким образом, ядерные изменения во время дифференцировки клеток не обязательно необратимы. Последствия клонирования млекопитающих имеют далеко идущие последствия и вызвали серьезное беспокойство, поскольку возможность клонирования людей стала очень настоящий. Управление репродукциейКак и в случае с клонированием, недавний прогресс в понимании и управлении репродуктивный процесс поставил перед обществом новые этические проблемы. как предоставление новых возможностей для людей.Манипуляции с человеком женский менструальный цикл со стероидными гормонами привел к развитию противозачаточные таблетки, которые позволили парам предотвратить незапланированную беременность. Разработка технологии воспроизводства in vitro позволила парам кто в противном случае не смог бы зачать ребенка, чтобы сделать это. Эмбрионы произведены по технологии in vitro можно заморозить, а затем имплантировать в матку. В то время как это обычно делается с домашними животными с небольшими мучениями, судьба замороженных человеческих эмбрионов является предметом серьезных дискуссий. Разработаны методы получения трансгенных животных, в которых рождаются эмбрионы с клонированными генами. Это мощный эксперимент метод для использования с мухами, мышами и лягушками. Однако должно ли быть также применяется к человеку? Какие гены и для каких целей? Понятно, развивающий биология ставит перед нами новые возможности и новые задачи — не только для ученых, но и для общества в целом. Цели обучения
Копать глубже:Методы молекулярной биологииКлеточная основа развитияДрозофила : Молекулярный Розеттский каменьНобелевская премия 1995 г. Объявление о премии суммирует достижения Льюиса, Нуссляйна-Фольхарда. и Вишаус. Актуальная наукаМодельные системы в разработкеКаталожные номераБраудер, Л.В., Эриксон, К.А. и Джеффри, В. Р. 1991. Развитие Биология . Третье издание. Паб колледжа Сондерс. Филадельфия. Кэмпбелл, К. Х. С., Дж. Маквир, В. А. Ричи и И. Уилмут. 1996. Овцы клонируют путем переноса ядра из культивируемой клеточной линии. Природа, 380: 64-66. Гилберт, С.Ф. 1997. Биология развития . Пятое издание.Синауэр. Сандерленд, Массачусетс. Гальдер, Г., П. Каллартс и В. Дж. Геринг. 1995. Новые взгляды на глаза эволюция. Курс. мнение Жене. Дев., 5: 602-609. Гальдер, Г., П. Каллартс и В. Дж. Геринг. 1995а. Индукция внематочной глаза путем направленной экспрессии гена Eyeless у Drosophila . Наука, 267: 1788-1792. Kalthoff, K. 1996. Анализ биологического развития . Макгроу-Хилл. Нью-Йорк. Льюис, Э.Б. 1978 год.Генный комплекс, контролирующий сегментацию у дрозофилы . Природа, 276: 565-570. Шостак С. 1991. Эмбриология. Введение в биологию развития .  |